BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= AT2G38280.1 Length=2835 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg482837 jgi|Araly1|482837|fgenesh2_kg.4__1897__AT2G38280.2 4451 0.0 > Ahg482837 jgi|Araly1|482837|fgenesh2_kg.4__1897__AT2G38280.2 Length=2837 Score = 4451 bits (2410), Expect = 0.0 Identities = 2719/2860 (95%), Gaps = 54/2860 (2%) Strand=Plus/Plus Query 1 GCCACTAAAACGAAATCGTGGTCTTACTCTCTCTTCTGAGTTCTGACCTGAGCACACACA 60 |||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||||| |||||| Sbjct 1 GCCACTAAAACGAAATCGTGGTCTTA--CTCTC-TC----TTCTGACCTGAGCTCACACA 53 Query 61 CAGAGATTTTGA-T-TG--TGTCACTCATGGAACCCAATATTTACCAACTTGCCCTCGCG 116 | ||||||||| | || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 54 C--AGATTTTGATTGTGTCTGTCACTCATGGAACCCAATATTTACCAACTTGCCCTCGCG 111 Query 117 GCTCTATTCGGAGCTTCCTTCGTTGCTGTTTCTGGGTTTTTCATGCATTTCAAGGCACTG 176 ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 112 GCTCTCTTTGGAGCTTCCTTCGTTGCTGTTTCTGGGTTTTTCATGCATTTCAAGGCACTG 171 Query 177 AATCTAGTCCTTGAGCGTGGTAAGGAGCGTAAAGAGAACCCTGATGGAGACGAGCCTCAA 236 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| Sbjct 172 AATCTAGTCCTTGAGCGTGGTAAGGAGCGTAAAGAGAACCCTGAAGGAGACGAGCCTCAA 231 Query 237 AATCCGACCTTGGTGAGGCGGCGGAGCCAAGTTAGAAGGAAGGTTAATGACCAATATGGT 296 ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| || ||||||||| ||| Sbjct 232 AATCCGACCTTGGTGAGACGGCGGAGCCAAGTTAGAAGGAAGGGTATTGACCAATACGGT 291 Query 297 CGCAGTCCTGCTTCTCTTCCAGATGCCACTCCTTTTACCGATGGTggcggcggcggcggc 356 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||| Sbjct 292 CGCAGTCCTGCTTCTCTTCCAGATGCCACTCCTTTTACCGA---T------GGCGGCGGT 342 Query 357 ggTGATACAGGACGGAGCAACGGTCACGTTTATGTCGATGAAATTCCTCCTGGTCTCCCT 416 ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| Sbjct 343 GGTGATACAGGTCGGAGCAACGGTCACGTTTATGTCGATGAAATCCCTCCTGGTCTCCCG 402 Query 417 AGGCTTCATACGCCATCTGAAGGGAGAGCTTCTGTACATGGAGCTAGTAGTATCAGGAAA 476 |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 403 AGGCTTCATACGCCATCTGAGGGGAGAGCTTCAGTACATGGAGCTAGTAGTATCAGGAAA 462 Query 477 ACTGGAAGCTTTGTTAGACCAATATCTCCGAAATCCCCTGTTGCTAGTGCTAGTGCTTTT 536 ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 463 ACTGGAAGCTTTGTTAGACCAATCTCTCCGAAATCCCCTGTTGCTAGTGCTAGTGCTTTT 522 Query 537 GAGAGTGTGGAAGAATCAGATGATGATGATAATTTGACTAATAGTGAGGGTTTAGATGCT 596 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 523 GAGAGTGTGGAAGAATCAGATGATGATGATAATTTGACTAATAGTGAGGGTTTAGATGCT 582 Query 597 TCCTACTTGCAAGCTAATGGTGACAATG-A-----GATGCCTGCAGATGCTAATGAAGAA 650 |||||||||||||||||||||||||||| | || ||||| |||||| |||||||| Sbjct 583 TCCTACTTGCAAGCTAATGGTGACAATGAATTGGTGAAGCCTGTAGATGCCAATGAAGAG 642 Query 651 CAAATATCTATGGCTGCTTCAAGTATGATTCGATCCCATAGTGTGTCTGGTGACTTACAT 710 ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||| Sbjct 643 CAAATATCTATGGTTGCTTCAAGTATGATTCGATCACACAGTGTGTCTGGTGACTTACAT 702 Query 711 GGAGTTCAGCCTGATCCTATTGCTGCTGACATTCTTCGTAAGGAGCCAGAGCAAGAGACC 770 ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 703 GGAGTTCAGCCTGATCCTATTGCCGCTGATATTCTTCGTAAGGAGCCAGAGCAAGAGACC 762 Query 771 TTTGTCCGTCTTAATGTTCCTCTTGAGGTGCCAACGTCCGATGAAGTTGAAGCCTATAAA 830 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 763 TTTGTCCGTCTTAATGTTCCTCTTGAGGTGCCAACGTCCGATGAAGTTGAAGCCTATAAA 822 Query 831 TGTCTGCAAGAATGTCTTGAACTGCGGAAGAGGTATGTCTTCCAAGAAACAGTTGCACCA 890 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| Sbjct 823 TGTCTGCAAGAATGTCTTGAACTGCGGAAGAGGTATGTCTTCCAAGAAACAGTTGCGCCA 882 Query 891 TGGGAAAAAGAAGTCATATCTGATCCTAGTACTCCAAAGCCTAATACAGAGCCATTTGCA 950 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 883 TGGGAAAAAGAAGTCATATCTGATCCTAGTACTCCAAAGCCTAATACAGAGCCATTTGCA 942 Query 951 CACTATCCTCAGGGAAAATCTGATCATTGTTTTGAGATGCAAGATGGGGTTGTCCACGTG 1010 |||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||| Sbjct 943 CACTATCCTCAGGGAAAAACTGATCATTATTTTGAGATGCAAGATGGGGTAGTCCACGTG 1002 Query 1011 TTTGCAAATAAAGATGCAAAAGAAGATCTCTTCCCGGTAGCTGATGCCACAGCGTTTTTC 1070 |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1003 TTTGCAAATAAAGATGCAAAAGAAGAGCTCTTCCCGGTAGCTGATGCCACAGCGTTTTTC 1062 Query 1071 ACTGACTTGCATCACGTACTCAAAGTCATAGCTGCAGGAAACATCCGGACTTTGTGCCAC 1130 |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1063 ACTGACTTGCATCATGTACTCAAAGTCATAGCTGCAGGAAACATCCGGACTTTGTGCCAC 1122 Query 1131 CGTCGACTAGTGCTCCTAGAACAGAAATTTAATCTCCATTTGATGCTTAATGCGGATAAA 1190 ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1123 CGTCGACTAGTGCTCCTAGAACAGAAATTCAATCTCCATTTGATGCTTAATGCGGATAAA 1182 Query 1191 GAATTTCTTGCTCAAAAAAGTGCACCACATCGTGATTTTTATAACGTTAGGAAAGTCGAC 1250 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1183 GAATTTCTTGCTCAAAAAAGTGCACCACATCGTGATTTTTATAACGTTAGGAAAGTCGAC 1242 Query 1251 ACTCATGTGCATCATTCAGCTTGCATGAACCAGAAACACCTTTTAAGGTTTATTAAGTCA 1310 |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| Sbjct 1243 ACTCATGTTCATCACTCAGCTTGCATGAACCAGAAACACCTTTTAAGGTTTATCAAGTCA 1302 Query 1311 AAGCTCCGGAAAGAACCCGATGAGGTTGTAATATTCCGAGATGGAACATATTTGACCTTG 1370 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| Sbjct 1303 AAGCTCCGGAAAGAACCCGATGAGGTTGTAATATTCCGAGATGGGACATATTTGACCTTG 1362 Query 1371 AGAGAAGTTTTTGAGAGCCTGGATCTGACTGGATATGACCTGAACGTCGACCTTTTGGAT 1430 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1363 AAAGAAGTTTTTGAGAGCCTGGATCTGACTGGATATGACCTGAACGTCGACCTTTTGGAT 1422 Query 1431 GTTCATGCAGACAAAAGTACCTTTCATCGTTTTGATAAGTTCAACCTAAAGTATAACCCT 1490 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||| Sbjct 1423 GTTCATGCAGACAAAAGTACCTTTCATCGTTTTGATAAGTTTAACCTTAAGTATAATCCT 1482 Query 1491 TGTGGTCAAAGTAGGCTTAGGGAGATTTTCCTTAAACAGGATAATCTCATCCAAGGTCGA 1550 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1483 TGTGGTCAAAGTAGGCTTAGGGAGATTTTCCTTAAACAGGATAATCTCATCCAAGGTCGA 1542 Query 1551 TTTCTTGGTGAGATAACAAAGCAAGTCTTCTCTGACCTTGAAGCTAGTAAATATCAGATG 1610 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1543 TTTCTTGGTGAGATAACAAAGCAAGTCTTCTCTGACCTTGAAGCTAGTAAATATCAGATG 1602 Query 1611 GCTGAATACAGAATATCTATATATGGCAGAAAAATGAGCGAGTGGGACCAACTCGCTAGT 1670 || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| Sbjct 1603 GCCGAATACAGAATATCTATATATGGCAGAAAAATGAGCGAGTGGGACCAACTGGCTAGT 1662 Query 1671 TGGATTGTGAACAATGATCTATACAGTGAGAATGTTGTCTGGTTAATTCAGCTCCCACGC 1730 |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1663 TGGATTGTGAACAATGATCTATACAGCGAGAATGTTGTCTGGTTAATTCAGCTCCCACGC 1722 Query 1731 TTGTACAACATTTACAAGGACATGGGTATTGTGACATCGTTCCAGAATATCCTGGACAAT 1790 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||| Sbjct 1723 TTGTACAACATTTACAAGGACATGGGTATTGTGACATCTTTCCAGAATATCCTTGACAAT 1782 Query 1791 ATATTCATTCCTCTGTTTGAAGCCACGGTAGATCCTGATTCCCATCCTCAGCTCCATGtt 1850 || |||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| |||||||||||| Sbjct 1783 ATTTTCATTCCTCTGTTTGAAGCCACGATAGATCCCGATTCCCATCCCCAGCTCCATGTT 1842 Query 1851 tttttGAAGCAGGTTGTTGGATTTGATTTGGTTGATGATGAAAGCAAACCTGAAAGACGT 1910 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1843 TTTTTGAAGCAGGTTGTTGGATTTGATTTGGTTGATGATGAAAGCAAACCTGAAAGACGG 1902 Query 1911 CCCACAAAACACATGCCCACTCCAGCTCAATGGACTAACGCATTCAATCCTGCATTTTCG 1970 ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| Sbjct 1903 CCCACAAAACATATGCCCACTCCAGCTCAATGGACTAACGCGTTCAATCCTGCATTTTCA 1962 Query 1971 TATTATGTCTACTATTGTTATGCTAACCTCTATGTGTTAAATAAGCTTCGAGAGTCAAAG 2030 || ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| Sbjct 1963 TACTATGTCTACTATTGTTATGCTAACCTCTATGTGCTAAATAAGCTTCGGGAGTCAAAG 2022 Query 2031 GGCATGACTACTATCACGCTACGACCACATTCTGGAGAGGCTGGTGACATTGACCACTTG 2090 ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2023 GGCATGACTACCATCACGCTACGGCCACATTCTGGAGAGGCTGGTGACATTGACCACTTG 2082 Query 2091 GCTGCTACGTTTCTAACATGCCATAGCATCGCACATGGAATCAATCTGCGAAAGTCTCCT 2150 |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| Sbjct 2083 GCTGCTACGTTTCTCACATGCCATAGCATCGCACATGGAATCAATCTGCGGAAGTCTCCT 2142 Query 2151 GTGCTTCAGTATCTGTACTACCTCGCCCAGATTGGTCTGGCCATGTCACCACTGAGCAAC 2210 |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| Sbjct 2143 GTGCTTCAGTATCTCTACTACCTCGCCCAGATTGGTCTGGCCATGTCTCCACTGAGCAAC 2202 Query 2211 AACTCTTTGTTTCTAGATTACCACCGGAACCCGTTTCCTGTGTTTTTCTTAAGAGGTCTC 2270 |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||| Sbjct 2203 AACTCTTTGTTTCTAGATTACCACCGAAACCCGTTTCCTGTGTTTTTCTTGAGAGGTCTC 2262 Query 2271 AATGTTTCTCTGTCTACTGATGACCCCCTTCAGATTCACTTAACTAAAGAACCTCTCGTG 2330 |||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2263 AATGTTTCCCTGTCTACGGATGATCCCCTTCAGATTCACTTAACTAAAGAACCTCTCGTG 2322 Query 2331 GAAGAGTATAGCATAGCTGCATCAGTTTGGAAGCTGAGTGCGTGTGACCTGTGCGAGATA 2390 |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2323 GAAGAGTATAGCATAGCTGCCTCAGTTTGGAAGCTGAGTGCGTGTGACCTGTGCGAGATA 2382 Query 2391 GCTCGTAACTCAGTGTACCAGTCAGGTTTCTCACACGCCCTGAAGTCGCACTGGATTGGA 2450 ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| Sbjct 2383 GCTCGTAACTCAGTGTACCAGTCAGGTTTCTCACATGCCCTGAAGTCGCACTGGATTGGA 2442 Query 2451 AAAGATTACTACAAAAGAGGACCTGATGGAAACGACATTCACAAAACAAACGTGCCACAC 2510 ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||| Sbjct 2443 AAAGACTACTACAAAAGAGGACCTGATGGAAACGATATTCACAAAACAAATGTGCCTCAC 2502 Query 2511 ATAAGGGTGGAGTTCCGTGACACGATCTGGAAAGAGGAGATGCAACAGGTTTATCTGGGC 2570 ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2503 ATAAGGGTGGAGTTCCGGGACACGATTTGGAAAGAGGAGATGCAACAGGTTTATCTGGGC 2562 Query 2571 AAGGCTGTTATCTCTGATGAAGTTGTTCCATAAAAACCACAATCAGAAATGGCAA-G--- 2626 |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| | Sbjct 2563 AAGGCTGTTATCTCAGATGAAGTTGTTCCGTAAAAACCGCAATCAGAAATGGCAACGTTT 2622 Query 2627 A-----C-A---T-TG-CAGGGGAACAAAGAGAGCATTT---T-GAGAAGTATACGAAAG 2671 | | | | | |||| |||||||||||||| | |||||||||||||| | Sbjct 2623 AAGAATCCAACATATTTCAGGAGAACAAAGAGAGCAAGCAGCTAGAGAAGTATACGAA-G 2681 Query 2672 CAGGAACCTAGTAGATAGGGTAATAATATGAGTGGCTCTGTGCCCTGAGAAAGCGATTAG 2731 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | Sbjct 2682 CAGGAACCTAGTAGATAGGGTAATAATATGAGTGGCTCTGTGCCCTGAGAAAGCGATTTG 2741 Query 2732 GCTGTGCCAAAATCTTATTGTTTTATAAAGCTTTTTAGATAATGAGA--TACAAAGAGAC 2789 ||||| | || || |||||| |||||||||||||||||||| |||| ||||||||||| Sbjct 2742 GCTGT-C-AA--TCATATTGTCTTATAAAGCTTTTTAGATAAAGAGAGATACAAAGAGAC 2797 Query 2790 CAGTTGAGAACCGGTTTTAATATAATGGATTTCAGTTTTT 2829 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2798 TAGTTGAGAACCGGTTTTAATATAATGGATTTCAGTTTTT 2837 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 106995498205 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5