BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT2G39730.1
Length=1833
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg482998 jgi|Araly1|482998|fgenesh2_kg.4__2058__AT2G39730.1 2852 0.0
> Ahg482998 jgi|Araly1|482998|fgenesh2_kg.4__2058__AT2G39730.1
Length=1789
Score = 2852 bits (1544), Expect = 0.0
Identities = 1724/1808 (95%), Gaps = 24/1808 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 AACTTGGCCAATCCGCATCGTGTGGCGATCAGAGAGTTAAGCCTTGAAGACGAAGAGATA 60
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1 AACTTGGCCAATCCGTATCGTGTGGCGATCAGAGAGTTAAGCCTTGAGGACGAAGAGATA 60
Query 61 ACGAATTGGTTGTTGATCACTCGCTTTATAAATCTCTCAGTTTCTTGCTCACACCAACAT 120
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||
Sbjct 61 ACGAATT-GTTGTTGATCACTCGCTTTATAAATCTCTTAATTTCTTGCTCACACCAACAT 119
Query 121 CTCTCTAAGCTTCTTCTTCTACCAATCTAATTCCTCTCTTCAGCTTCTTGTGTTGTGACG 180
||||| ||| |||||||| || | |||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 120 CTCTCAAAG---CTTCTTCT-----TC----T-CTCTCTTCAGCTTCTTGTGTCGTGACG 166
Query 181 CATACTCGTCGCAGTCTTGAGATATGGCCGCCGCAGTTTCCACCGTCGGTGCCATCAACA 240
|| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 167 CACACTCGTCGCAGTCGTGAGATATGGCCGCCGCAGTTTCCACCGTCGGTGCAATCAACA 226
Query 241 GAGCTCCGTTGAGCTTGAACGGGTCAGGATCAGGAGCTGTATCAGCCCCAGCTTCAACCT 300
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 227 GAGCTCCGTTGAGCTTGAACGGGTCAGGATCAGGAGCTGCATCAGCCCCAGCTTCAACCT 286
Query 301 TCTTGGGAAAGAAAGTTGTAACTGTGTCGAGATTCGCACAGAGCAACAAGAAGAGCAACG 360
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 287 TCTTGGGAAAGAAAGTTGTAACTGTGTCGAGATTCGCACAGAGCAACAAGAAGAGCAACG 346
Query 361 GATCATTCAAGGTGTTGGCTGTGAAAGAAGACAAACAAACCGATGGAGACAGATGGAGAG 420
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 347 GATCATTCAAGGTGTTGGCTGTGAAAGAAGACAAACAAACCGATGGAGACAGATGGA-AG 405
Query 421 G-TCTTGCCTACGACACTTCTGATGATCAACAAGACATCACCAGAGGCAAGGGTATGGTT 479
| ||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 406 GGTCTTGCCTACGACACATCTGATGATCAGCAAGACATCACCAGAGGCAAAGGTATGGTT 465
Query 480 GACTCTGTCTTCCAAGCTCCTATGGGAACCGGAACTCACCACGCTGTCCTTAGCTCATAC 539
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || || ||
Sbjct 466 GACTCTGTCTTCCAAGCTCCTATGGGAACTGGAACTCACCACGCTGTCCTAAGTTCCTAT 525
Query 540 GAATACGTTAGCCAAGGCCTTAGGCAGTACAACTTGGACAACATGATGGATGGGTTTTAC 599
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 526 GAATACATTAGCCAAGGCCTTAGGCAGTACAACTTGGACAACATGATGGATGGGTTTTAC 585
Query 600 ATTGCTCCTGCTTTCATGGACAAGCTTGTTGTTCACATCACCAAGAACTTCTTGACTCTG 659
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 586 ATTGCCCCTGCTTTCATGGACAAGCTTGTTGTTCACATCACCAAGAACTTCTTGACTTTG 645
Query 660 CCTAACATCAAGGTTCCACTTATTTTGGGTATATGGGGAGGCAAAGGTCAAGGTAAATCC 719
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 646 CCTAACATCAAGGTTCCACTTATTTTGGGTATTTGGGGAGGAAAAGGTCAAGGTAAATCC 705
Query 720 TTCCAGTGTGAGCTTGTCATGGCCAAGATGGGTATCAACCCAATCATGATGAGTGCTGGA 779
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 706 TTCCAGTGTGAGCTTGTCATGGCCAAGATGGGTATCAACCCAATCATGATGAGCGCTGGA 765
Query 780 GAGCTTGAGAGTGGAAACGCAGGAGAACCCGCAAAGCTTATCCGTCAGAGGTACCGTGAG 839
||||||||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 766 GAGCTTGAGAGCGGAAACGCAGGAGAACCAGCGAAGCTTATCCGTCAGAGGTACCGTGAG 825
Query 840 GCAGCTGACTTGATCAAGAAGGGAAAGATGTGTTGTCTCTTCATCAACGATCTTGACGCT 899
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 826 GCAGCTGACATGATCAAGAAGGGAAAGATGTGTTGTCTCTTCATCAACGATCTTGACGCT 885
Query 900 GGTGCGGGTCGTATGGGTGGTACTACTCAGTACACTGTCAACAACCAGATGGTTAACGCA 959
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||
Sbjct 886 GGTGCTGGTCGTATGGGTGGTACTACTCAGTACACTGTTAACAACCAGATGGTCAACGCA 945
Query 960 ACACTCATGAACATTGCTGATAACCCAACCAACGTCCAGCTCCCAGGAATGTACAACAAG 1019
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 946 ACACTCATGAACATTGCTGATAACCCAACCAACGTCCAGCTCCCAGGAATGTACAACAAG 1005
Query 1020 GAAGAGAACGCACGTGTCCCCATCATT-TGCACTGGTAACGATTTCTCCACCCTATACGC 1078
||||||||||||||||||||||||||| | ||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1006 GAAGAGAACGCACGTGTCCCCATCATTGT-CACGGGTAACGATTTCTCCACCCTATACGC 1064
Query 1079 TCCTCTCATCCGTGATGGACGTATGGAGAAGTTCTACTGGGCCCCGACCCGTGAAGACCG 1138
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1065 TCCTCTCATCCGTGATGGACGTATGGAGAAGTTCTACTGGGCCCCGACCCGTGAAGACCG 1124
Query 1139 TATCGGTGTCTGCAAGGGTATCTTCAGAACTGACAAGATCAAGGACGAAGACATTGTCAC 1198
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1125 TATCGGTGTCTGCAAGGGTATCTTCAGAACTGACAATATCAAGGACGAAGACATTGTCAC 1184
Query 1199 ACTTGTTGATCAGTTCCCTGGTCAATCTATCGATTTCTTCGGTGCTTTGAGGGCGAGAGT 1258
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1185 CCTTGTTGATCAGTTCCCTGGTCAATCTATCGATTTCTTCGGTGCCTTGAGGGCGAGAGT 1244
Query 1259 GTACGATGATGAAGTGAGGAAGTTCGTTGAGAGCCTTGGAGTTGAGAAGATCGGAAAGAG 1318
||||||||||||||||||||||||||| ||| | |||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1245 GTACGATGATGAAGTGAGGAAGTTCGTCGAGGGACTTGGAGTGGAGAAGATCGGAAAGAG 1304
Query 1319 GCTGGTTAACTCAAGGGAAGGACCTCCCGTGTTCGAGCAACCCGAGATGACT-TATGAGA 1377
| |||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| | |||||
Sbjct 1305 GTTGGTGAACTCAAGGGAAGGACCTCCCGTGTTTGAGCAACCCGAGATGACTCT-TGAGA 1363
Query 1378 AGCTTATGGAATACGGAAACATGCTTGTGATGGAACAAGAGAATGTCAAGAGAGTCCAAC 1437
|||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1364 AGCTTATGGAGTACGGAAACATGCTCGTGATGGAACAAGAGAATGTCAAGAGAGTCCAAC 1423
Query 1438 TTGCCGAGACCTACCTCAGCCAGGCTGCTTTGGGAGACGCAAACGCTGACGCCATCGGCC 1497
||||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1424 TTGCCGACACTTACCTCAGCCAGGCTGCGTTGGGAGACGCAAACGCTGACGCCATCGACC 1483
Query 1498 GCGGAACTTTCTACGGAAAAGGAGCCCAGCAAGTAAACCTGCCAGTTCCTGAAGGGTGTA 1557
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1484 GCGGAACTTTCTACGGAAAAGGTGCCCAGCAAGTAAGCCTGCCTGTTCCTGAAGGGTGTA 1543
Query 1558 CTGATCCTGTGGCTGAAAACTTTGATCCAACGGCTAGAAGTGACGATGGAACCTGTGTCT 1617
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1544 CTGATCCTGTGGCTGAAAACTTTGATCCAACCGCTAGAAGTGACGATGGAACCTGTGTCT 1603
Query 1618 ACAACTTTTGAGCAATATTATCCTGCTTATTAATTTGCTGTTTTACTCCTATTGTCTCTT 1677
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1604 ACAACTTTTGAGCAATATTATCCTGCTTATTAATTTGCTGTTTTACTCCTATTGTCTCTT 1663
Query 1678 TTGGTTTATTTTT-CTCCTTT-GTGTAATTGTGGATTGGATCTTGTCCTCTTTTGTTCCC 1735
|||||| |||||| | ||||| |||||| |||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1664 TTGGTT-ATTTTTTCCCCTTTTGTGTAACTGTGGATTGGGTCTTGTCCTCTTTTGTTCC- 1721
Query 1736 tttttttttttttATGATGTACAACACATTGGTAATTTAAAATTGCCTTGTCATAAACTA 1795
|||||||||| | || |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1722 TTTTTTTTTTATGATCATGTGCAACACATTGGTAATTTAAAATTGCCTTGTCATAAACTA 1781
Query 1796 CACTTCTT 1803
|| |||||
Sbjct 1782 CATTTCTT 1789
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 68829072715
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5