BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT2G40840.1
Length=3263
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg483146 jgi|Araly1|483146|fgenesh2_kg.4__2206__AT2G40840.1 5201 0.0
> Ahg483146 jgi|Araly1|483146|fgenesh2_kg.4__2206__AT2G40840.1
Length=3204
Score = 5201 bits (2816), Expect = 0.0
Identities = 3091/3223 (96%), Gaps = 22/3223 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 44 AAATTAACGGTGCAGAGCGATTGAACAAAAACAAAAATATCTTCCAGAAAAAGCCATTTT 103
|||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1 AAATTAACGGTGCAGAGCGATTGAACCAAAACGAAAATATCTTCCAGAAAAAGACATTTT 60
Query 104 TGATTGCGTATAATGAATACACGAAATTAAAATCATTA-CTTGCCATATATAGTACACTA 162
||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| | ||||||||| |||||||||
Sbjct 61 TGATTGCGTATAATGAATATACGAAATTGAAATCATTAGC-TGCCATATAGAGTACACTA 119
Query 163 TTTCTCAGCTTCACTCACTCTCGAGACTCGTGTATGTTGATTTACGGTTTGTTCAAGCAA 222
||| | |||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 120 TTTAGCCGCTTCACTCACTGTCGAGACTCGTGCATGTTGATTTACGGTTTGTTTAAGCAA 179
Query 223 AGAGAATGATGAATCTAGGATCTCTTTCGTTGAGTACGAGCAAGTCGAGTAAGCCAATGG 282
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 180 AGAGAATGATGAATCTAGGATCGCTTTCGTTGAGTACGAGCAAGTCGAGTAAGCCAATGG 239
Query 283 TTAGCATCAGCTTTTGGATACCGTATTTCACTCACTGGGGAGAGAGCCTGCTGGTCTGTG 342
||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 240 TTAGCCTCAGCTTTTGGATACCATATTTCACTCACTGGGGAGAGAGCCTGCTGGTCTGTG 299
Query 343 GCTCGGCTCCTGGACTTGGTTCCGGGAATGTGAAAAAAGGTTTGCTGCTAAAGCCATCCC 402
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 300 GCTCGGCTCCTGGACTTGGTTCCGGGAATGTGAAAAAAGGTTTGCTGCTTAAGCCATCCC 359
Query 403 AGCAAGATGATCAGCTCATCTGGAGTGGCTCTGTCTCGGTTCCACCTGGGTTTAGCTCTG 462
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||
Sbjct 360 AGCAGGATGATCAGCTCATCTGGAGTGGCTCTGTCTCGGTTCCACCTGGCTTTAGCTGTG 419
Query 463 ACTATTGTTACTATGTGGTGGATGACTCGAAGAGTGTGTTAAGGTCGGAGTTTGGGATGA 522
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 420 ACTATTGTTACTATGTGGTGGATGACTCGAAGAATGTGCTAAGGTCGGAGTTTGGGATGA 479
Query 523 AACGAAAACTTGTGGTGCCTGAGACATTGACCGGTGGAGAGTCTGTTCATCTTCGTGATC 582
| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 480 AGCGAAAACTCGTGGTGCCTGAGACATTGACTGGTGGAGAGTCTGTTCATCTTCGTGATC 539
Query 583 TCTGGCAGAGTGGGGATCAAGCTCTTCCATTTAGAAGTGCATTTAAAGATGTCATCTTCC 642
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 540 TCTGGCAGAGTGGGGATCAAGCTCTTCCATTTAGAAGTGCATTTAAAGATGTCATCTTCC 599
Query 643 ACCACAGTTTCGATGTGAAAGTAGAAAAACCTCTAGGGGTCTTTATGAATAAGTCAGATC 702
|||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 600 ACCACAGTTTCGATGTAAAAGTAGAAAAACCGCTAGGGGTCTTTATGAATAAGTCGGATC 659
Query 703 AAGATGATTCAGTTGTTGTCCAATTCAAAATCTGTTGTCCAGACATTGGAGAGGGAACAT 762
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 660 AAGATGATTCAGTTGTTGTCCAATTCAAAATCTGTTGTCCAGACATTGGAGAGGGAACAT 719
Query 763 CTGTGTATGTTCTAGGCACCCCAGAAAAGTTGGGGAATTGGAAAGTTGAAAATGGACTTA 822
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||
Sbjct 720 CGGTGTATGTTCTAGGCACCCCAGAAAAGTTGGGGAAATGGAAAGTTGTAAATGGACTTA 779
Query 823 GACTCAACTATGTCGATGATTCCATATGGGAAGCAGATTGCTTGATCCCTAAAGCAGACT 882
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 780 GACTCAACTATGTCGATGATTCCATATGGGAAGCAGATTGCTTGATCCCTAAAGCAGACT 839
Query 883 TTCCTATCAAATATAGATACTGTAAAGTTCAGAAGGAAGATAGCATAGGGTTTGAATCTG 942
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 840 TTCCTATCAAATATAGATACTGTAAAGTTCAGAAGGAAGGTAGCATAGGGTTTGAATCTG 899
Query 943 GTGGTAATCGGGAGCTGTCTCTTCACTCCATCGGTAGTAAACAGGAATACATTGTCATGT 1002
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 900 GTGGAAATCGGGAGCTGTCTCTTCACTCCATCGGTAGTAAACAGGAATACATTGTCATGT 959
Query 1003 CAGATGGCTTGTTTCGAGCAATGCCATGGAGGGGTGCTGGTGTAGCAGTTCCCATGTTCT 1062
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 960 CAGATGGCTTGTTTCGAGCAATGCCATGGAGGGGTGCTGGTGTCGCAGTTCCCATGTTCT 1019
Query 1063 CTGTAAGGTCAGAAGATGATGTTGGTGTGGGAGAGTTTCTCGATCTGAAGTTGCTTGTTG 1122
|||| || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1020 CTGTTAGATCAGAAGATGATGTTGGTGTGGGGGAGTTTCTCGATCTGAAGTTGCTTGTTG 1079
Query 1123 ATTGGGCTGTAGATTCCGGGTTGCATCTAGTACAACTTTTACCAGTAAATGACACATCCG 1182
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1080 ACTGGGCTGTAGATTCCGGGTTGCATCTAGTACAACTTTTACCAGTAAATGACACATCCG 1139
Query 1183 TTCATAAGATGTGGTGGGACTCGTATCCCTACAGCTCGTTATCTGTGTTTGCATTGCATC 1242
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1140 TGCATAAGATGTGGTGGGACTCGTATCCCTACAGCTCGTTATCTGTGTTTGCATTGCATC 1199
Query 1243 CATTATATCTTAGAGTGCAGGCTCTCTCTGAACGTCTGCCAGAAGATATCAAGGAAGAAA 1302
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1200 CATTATATCTTAGAGTGCAGGCTCTCTCTGAACGTTTGCCCGAAGATATCAAGGAAGAAA 1259
Query 1303 TTCAGAAGGCGAAGAATCAACTGGACAAGAATGATGTTGATTATGAGGCTACCATGGAAA 1362
|||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1260 TTCAGAAGGCGAAGAAGCAACTGGACAAGAAGGATGTCGATTATGAGGCTACCATGGAAA 1319
Query 1363 CTAAGCTTTCAATTGCCAAGAAAATCTTTGACATAGAGAAAGACCAGACTTTGAACTCAA 1422
|||| ||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1320 CTAAACTTTCAATTGCCAAGAAGATCTTTGACCTAGAGAAAGACCAGACGTTGAACTCAA 1379
Query 1423 GCACCTTCCAGAAATTCTTCTCTGAAAACGAGGGCTGGTTGAAACCATATGCAGCTTTCT 1482
|| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1380 GCTCCTTCCAAAAATTCTTCTCTGAAAACGAGGGCTGGTTGAAACCATACGCAGCTTTCT 1439
Query 1483 GCTTCCTTCGTGACTTTTTTGAGACTTCAGATCATAGTCAGTGGGGGACCTTTTCTGACT 1542
|||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1440 GCTTTCTCCGTGACTTTTTTGAGACTTCAGATCATAGTCAGTGGGGGACCTTTTCTGACT 1499
Query 1543 ATACAGACGACAAGCTTGAAAAATTGATATCCAAGGACAACTTGCACTATAACACTATAT 1602
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1500 ACACAGACGACAAGCTTGAAAAATTGATATCCAAGGACAGCTTGCACTATAACACTATAT 1559
Query 1603 GCTTCCACTACTACATTCAGTACCATTTACATGTACAATTGTCAGCAGCAGCAGAATATG 1662
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1560 GCTTCCACTACTACATTCAGTACCATTTACATGTACAATTGTCAGCAGCAGCAGAATATT 1619
Query 1663 CAAGGAAGAAAGGAGTTGTGCTGAAAGGAGACCTACCTATTGGCGTTGACAGAAACAGTG 1722
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||
Sbjct 1620 CAAGGAAGAAAGGAGTTGTGCTGAAAGGAGACCTACCTATCGGAGTTGACAGAAACAGTG 1679
Query 1723 TTGATACGTGGGTTTACAGGAATCTGTTTCGCATGAATACGTCAACTGGAGCACCTCCAG 1782
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1680 TTGATACGTGGGTTTACAGGAATCTGTTTCGCATGAATACGTCAACTGGAGCACCTCCAG 1739
Query 1783 ACTATTTTGACAAAAATGGTCAGAACTGGGGATTTCCTACTTATAACTGGGAGGAAATGT 1842
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1740 ACTATTTTGACAAAAATGGTCAGAACTGGGGATTTCCTACTTATAACTGGGAGGAAATGT 1799
Query 1843 CAAAAGACAACTATGCCTGGTGGCGTGCTCGCCTAACACAGATGGGGAAATATTTCACAG 1902
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1800 CAAAAGACAACTATGCCTGGTGGCGTGCTCGGCTAACACAGATGGGAAAATATTTCACAG 1859
Query 1903 CATACAGGATTGATCATATATTGGGATTCTTCAGAATCTGGGAGCTTCCAGCTCATGCTA 1962
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1860 CGTACAGGATTGATCATATATTGGGATTCTTCAGAATCTGGGAGCTTCCAGCTCATGCTA 1919
Query 1963 TGACTGGTTTAGTGGGGAAGTTCCGTCCATCTATTCCTTTAAGTCAGGAAGAGTTGGAAA 2022
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1920 TGACTGGTTTAGTGGGGAAGTTCCGTCCATCTATTCCGTTAAGTCAGGAAGAGTTGGAAA 1979
Query 2023 AGGAGGGAATATGGGATTTTGACCGCTTAAGCAAGCCCTATATCCAGAAGAAGTTTCTTG 2082
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1980 AGGAGGGAATATGGGATTTTGACCGCTTAAGCAAGCCCTATATCCAGAAGAAGTTTCTTG 2039
Query 2083 AGGAGAAATTTGGAGATTTTTGGCCTTTTATTGCATCAAACTTTCTTAATGAAACTCAGA 2142
|||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2040 AGGAGAAATTTGGAGACTTTTGGCCTTTCATTGCATCAAACTTTCTTAATGAAACTCAGA 2099
Query 2143 AGGACATGTATGAGTTCAAGGAGGACTGCAACACAGAGAAGAAGATTGTAGCAAAGCTGA 2202
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2100 AGGACATGTATGAGTTCAAGGAGGACTGCAACACAGAGAAGAAGATTGCAGCAAAGCTGA 2159
Query 2203 AGTCATTGGCTGAGAAGTCTTTGTTGCTAGAAAATGAGGACAAAGTTCGACGTGATGTCT 2262
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2160 AGTCATTGGCTGAGAAGTCTCTGTTGCTAGAAAATGAGGACAAAGTTCGTCGTGATGTCT 2219
Query 2263 TTGACATTTTACGGAATGTTGTTCTGATCAAAGATCCAGAGGATGCAAGAAAATTCTATC 2322
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2220 TTGACATTTTACGGAATGTTGTTCTGATCAAAGATCCAGAGGATGCAAGAAAATTCTATC 2279
Query 2323 CTCGCTTTAATATTGAGGATACTTCAAGCTTCCAGGATTTGGATGATCACAGCAAAAATG 2382
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 2280 CTCGCTTTAATATTGAGGATACGTCAAGCTTCCAGGATCTGGATGATCACAGCAAAAATG 2339
Query 2383 TTCTGAAGAGGCTATACTATGACTACTATTTCCAACGCCAAGAGGATCTATGGAGAAAAA 2442
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2340 TTCTGAAGAGACTATACTATGACTACTATTTCCAACGCCAAGAAGATCTATGGAGAAAAA 2399
Query 2443 ATGCTTTGAAAACCTTGCCTGCTCTGTTGAATTCATCTAATATGCTGGCATGTGGGGAGG 2502
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2400 ATGCTTTGAAAACCTTGCCTGCTCTGTTAAATTCATCTAATATGCTGGCCTGTGGGGAGG 2459
Query 2503 ATCTGGGTCTCATTCCATCTTGTGTACATCCTGTTATGCAAGAACTGGGATTGGTTGGCC 2562
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2460 ATCTGGGTCTCATTCCTTCTTGTGTACATCCTGTTATGCAAGAACTGGGGTTGGTTGGCC 2519
Query 2563 TTCGCATCCAGCGCATGCCAAGTGAGTCCGATGTGAAGTTTGGGATTCCGTCTAATTATG 2622
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2520 TTCGCATCCAGCGCATGCCCAGTGAGTCCGATGTGAAGTTTGGGATTCCGGCTAATTATG 2579
Query 2623 ACTATATGACGGTGTGTGCTCCTTCATGCCACGACTGCTCTACCCTGCGAGCTTGGTGGG 2682
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || ||||||||||
Sbjct 2580 AATATATGACGGTGTGTGCTCCTTCATGCCACGACTGCTCTACACTACGGGCTTGGTGGG 2639
Query 2683 AAGAGGACGAAGAGAGAAGACAGCAGTACTTCAAGGAAGTGATTGGTGTAGATGGAATCC 2742
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2640 AAGAGGACGAAGAGAGAAGACAACAGTACTTCAAGGAAGTGATTGGTGTAGATGAAATCC 2699
Query 2743 CTCCAAGTCAGTGTATTCCAGAGATAACTCATTTCATTCTGAGGCAACATGTTGAAGCTC 2802
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2700 CTCCAAGTCAGTGTGTTCCAGAGATAACTCATTTCATTCTGAGGCAACATGTCGAAGCTC 2759
Query 2803 CATCAATGTGGGCTATTTTCCCGCTTCAGGATATGATGGCTCTGAAAGAAGAGTACACTA 2862
|||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2760 CATCAATGTGGGCTATTTTCCCTCTGCAGGATATGATGGCTCTGAAAGAAGAGTATACTA 2819
Query 2863 CTCGTCCTGCAACAGAGGAGACAATCAATGATCCAACAAACCCCAAACACTACTGGAGAT 2922
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||
Sbjct 2820 CTCGTCCTGCAACAGAGGAGACGATCAATGATCCAACAAACCCTAAACATTACTGGAGAT 2879
Query 2923 ACCGCGTACACGTGACTTTGGACTCGCTTCTAAAGGACACTGACCTGAAGTCAACCATCA 2982
|||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 2880 ACCGTGTACATGTGACGTTGGACTCGCTTCTAAAGGACACAGACCTGAAGTCAACCATCA 2939
Query 2983 AGAACCTCGTTTCCAGCAGTGGAAGATCTGTTCCTGCTAATGTTTCTGGTGAAGACAT-C 3041
||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||| || | ||||||| |
Sbjct 2940 AGAACCTCGTTTCGAGCAGTGGAAGATCTGTTCCTTCTA--GT----G---AAGACATTC 2990
Query 3042 AACAAAAGCCGAGGAGAAGTTATAGCCAATGGCTCGACTAAGCCAAACCCATAAAGCA-A 3100
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | |
Sbjct 2991 AACAAAAGCCAAGGAGAAGTTATAGCCAATGGCTCGACTAAGCCAAACCCATGAAG-AGA 3049
Query 3101 TAAGCCTTCTGATTTCCTGTTTGGTTCCACATATGTTGCTTATTAGTTATTATCATTATC 3160
||| ||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||| || | |
Sbjct 3050 CAAGTCTTCTGATTTCCTGTCTGGTTCCACAAATGTTGCTTATTAGTTATT--CACT--C 3105
Query 3161 ACTCAAAATAGTACAAGCTCTCAACATCATTGTCCATAAGACATAAAACTCTGTATTTGT 3220
| ||||||||||| | |||||||| |||||||||||| |||||| ||||||||||||
Sbjct 3106 A---AAAATAGTACAGGAGCTCAACATTATTGTCCATAAGGCATAAA-CTCTGTATTTGT 3161
Query 3221 TGTTCCTGTCCAAAATAAAATCCTCAATTTTCGGTGTTAACTT 3263
|||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||
Sbjct 3162 TGTTCCTGTCCAAAATAAAATCCTTAATTTTCGGTATTAACTT 3204
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 123154306228
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5