BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT2G42890.1
Length=3138
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg902294 jgi|Araly1|902294|Al_scaffold_0004_2944 4098 0.0
> Ahg902294 jgi|Araly1|902294|Al_scaffold_0004_2944
Length=2484
Score = 4098 bits (2219), Expect = 0.0
Identities = 2403/2492 (96%), Gaps = 11/2492 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 298 ATGGAGCTAGAACCCAATAAATCACTATCTGCTGATATGCCATCTTTGCTGAGTAGATCA 357
||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATGGAGCTAGAACCCAAGAAATCACTATCTGCTGACATGCCATCTTTGCTGAGTAGATCA 60
Query 358 TCTGAAGCTTTTAATGGAGGCACTGGATATCGTTCTTCAAGTGATCTCAGCATGTTCTCA 417
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 TCTGAAGCTTTTAATGGAGGCAGTGGATATCGTTCTGCAAGTGATCTCAGCATGTTCTCA 120
Query 418 AGCTCATTGCCCACACTTTTTCATGAAAAGCTGAATATGACTGATTCAGATAGTTGGCTC 477
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 AGCTCATTGCCTACACTTTTTCATGAAAAGCTGAATATGACTGATTCAGATAGTTGGCTC 180
Query 478 TCCTTTGATGAAAGCTCACCCAATCTGAACAAACTTGTCATAGGAAACTCAGAGAAAGAT 537
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||
Sbjct 181 TCCTTTGATGATAGCTCACCCAATCTGAACAAACTTGGCATAGGAAACTCAGAGAAGGAT 240
Query 538 TCTTTGGAAGATGTTGAACCCGATGCTTTAGAAATATTGCTGCCTGAGGATGAAAATGAG 597
|||||||||||||||||||||||| ||||||| || ||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 241 TCTTTGGAAGATGTTGAACCCGATTCTTTAGATATCTTGCTTCCTGAGGATGAAAATGAG 300
Query 598 CTCCTTCCTGGCCTCATTGATGAGCTTAATTTTACCGGGTTGCCTGATGAACTTGACGAT 657
|||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||| | | |||
Sbjct 301 CTCCTTCCTGGCCTCATTGACGAACTTAATTTTACCGGGTTGCCTGATG-A---G--GAT 354
Query 658 CTCGAAGAGTGTGATGTCTTTTGCACGGGAGGGGGTATGGAGTTGGATGTTGAATCCCAA 717
|| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 355 CTTGAAGAGTGTGATGTCTTTTGCACAGGAGGGGGTATGGAGTTGGATGTTGAATCCCAA 414
Query 718 GATAATCATGCTGTTGATGCGTCAGGGATGCAGATTTCTGATCGCGGTGCTGCAAATGCA 777
|||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 415 GATAATCATGCTGTTGATGCATCAGGGATGCAGATATCTGATCGCGGTGCTGCAAATGCA 474
Query 778 TTTGTTCCTCGTAAACGTCCCAATACGGCTGGTAGAGTTTCAGTGGAACATCCAAACGGT 837
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 475 TTTGTTCCTCGTAAACGTCCCAATACGGCTGGTAGAGTTTCAGTGGAACATCCGAACGGT 534
Query 838 GAACATCCTTCAAGGACATTATTTGTTAGGAATATCAACAGCAGTGTCGAGGATTCTGAG 897
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 535 GAACATCCTTCAAGGACATTATTTGTGAGGAATATCAACAGCAGTGTTGAGGATTCTGAG 594
Query 898 TTAAGCGCCCTTTTTGAGCCGTTTGGGGAGATCAGAAGTTTGTACACTGCATGTAAAAGC 957
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||
Sbjct 595 TTAAGCGCCCTTTTTGAGCCGTTTGGGGAGATCAGAAGTTTGTATACTGCATGCAAAAGC 654
Query 958 AGGGGGTTTGTTATGATATCCTACTACGATATTCGAGCTGCTCATGCCGCAATGCGTGCA 1017
||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 655 AGGGGTTTTGTAATGATATCCTACTACGATATTCGAGCTGCTCATGCCGCAATGCGTGCA 714
Query 1018 CTACAGAACACACTTTTAAGAAAAAGGACACTGGACATTCACTTTTCCATTCCTAAAGAA 1077
|||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 715 CTACAGAACACACTCTTAAGAAAAAGGACACTAGACATTCACTTTTCCATTCCTAAAGAA 774
Query 1078 AATCCATCAGAGAAGGATATGAATCAAGGAACTCTTGTGATTTTTAATGTGGACACAACA 1137
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 775 AATCCATCAGAGAAGGATATGAATCAAGGAACTCTTGTGATTTTTAATGTGGATACAACA 834
Query 1138 GTATCGAATGATGAGCTCCTTCAGCTGTTT-GGTGCCTATGGTGAAATAAGAGAGATTAG 1196
||||| || |||||||||||||| || ||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 835 GTATCAAACGATGAGCTCCTTCAACT-TTTCGGTGCCTATGGTGAAATAAGAGAGATTAG 893
Query 1197 AGAAACCCCAAACAGGCGATTCCACAGGTTCATTGAGTACTATGATGTTAGAGATGCAGA 1256
||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 894 AGAAACCCCGAACAGACGATTTCACAGGTTCATTGAGTACTATGATGTTAGAGATGCAGA 953
Query 1257 GACAGCCTTGAAAGCACTGAATAGAAGCGAGATAGGTGGAAAATGTATAAAGCTCGAACT 1316
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 954 AACAGCCTTGAAAGCACTGAATAGAAGCGAGATAGGTGGAAAATGTATAAAGCTCGAACT 1013
Query 1317 TAGTCGTCCTGGAGGGGCTCGTCGACTGTCGGTCCCGTCACAAAGTCAAGATTTGGAGAG 1376
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1014 TAGTCGTCCTGGAGGGGCTCGTCGACTGTCGGTCCCGTCACAAAGTCAAGATTTGGACAG 1073
Query 1377 AACCGAAGTTACAAATTTCTACAATCAAGTAGGTTCACATGTTGCTAATTCTCCACCAGG 1436
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1074 AAACGAAGTTACAAATTTCTACAATCAAGTAGGTTCACATGTTGCTAATTCTCCACCAGG 1133
Query 1437 TAACTGGCCAATTGGTAGCCCAGTGAAGGGCTCTCCTTCGCATGCCTTTACGAGGCCACA 1496
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1134 TAACTGGCCAATTGGCAGCCCAGTGAAGGGCTCTCCTTCGCATGCCTTTACGAGGCCACA 1193
Query 1497 TGGTCTAGGAATGGTCAGGCCAGTTAACTCAGACAATATGCCAGGACTGGCTTCAATTCT 1556
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||
Sbjct 1194 TGGTCTAGGAATGGTCAGGCCAGTTAACTCAGATAATATGCCGGGACTGGCTTCTATTCT 1253
Query 1557 TCCTGCTCATCCTTCTAGCTTTCATGGATTTTCACCAGTCAGTAATGACCAAGGGCTATT 1616
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1254 TCCTGCTCATCCCTCTAGCTTTCATGGATTTTCACCAGTCAGTAATGACCAAGGGCTATT 1313
Query 1617 GAATCATTCAAACCAAACTATTCTGAATAAGGGATTGATGCACAACATTTCCTATGGGCA 1676
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||
Sbjct 1314 GAATCATCCAAACCAAACTATTCTGAATAAGGGATTGATGCACAATGTTGCCTATGGGCA 1373
Query 1677 ACCTCATTCTTTGCCAGAGCATATAACAGGGGGAATTTCCAACTCCATGAGGTTTATAGC 1736
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1374 ACCTCATTCTTTGCCAGAGCATATAACAGGGGGAATTTCCAACTCCATGAGGTTTATAGC 1433
Query 1737 TCCACACTCCTCAGGATTCGGGACTTCATCTGATCACCGCTATCGCTGGGGAAGCCCTCC 1796
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1434 TCCACACTCCTCAGGATTTGGGACTTCATCTGATCACCGCTATCGCTGGGGAAGCCCTCC 1493
Query 1797 TCAGCATATGAATTATCCTGGTTACACTGGAGTGTCGTCGTCATCGTCATCTACTGAACG 1856
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1494 TCAGCATATGAATTATCCTGGTTACACTGGAGTGTCGTCGTCATCGTCATCTACTGAACG 1553
Query 1857 TCCTTTCACTGTCAGGCATGGTTTTCCATTTGCTGAGAGGCAGGCTTCATTGCTTGGAAA 1916
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1554 TCCTTTCACTGTCAGGCATGGTTTTCCATTTGCTGAGAGGCAAGCTTCATTGCTTGGAAA 1613
Query 1917 ATACCAGCATCATGTGGGCTCTGCTCCCTCAAGCATTCATTTTAATACACAAATGAATTG 1976
||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1614 ATACCAGCATCATGTAGGCTCTGCTCCCTCAAGCATTCATTTTAATACCCAAATGAATTG 1673
Query 1977 CTACACGGGATCACCAGAGATACCCCTTGGATTTAGTGATATGGGAATCAACAGAAACTA 2036
|||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1674 CTACCCGGGATCACCAGAGATACCCCTTGGATTTGGTGATATGGGAATCAACAGA---TA 1730
Query 2037 TAACAGTGCTCATGGAAAAGCAAACCTTGGTGTTAGTCTACCGGGGAACAGTAGTGAACA 2096
||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||
Sbjct 1731 TAACAATGCCCATGGAAAAGCAAACCTTGGTGTTAGTCTACCGGGAAACCGTAGTGAACA 1790
Query 2097 GGATTTCACTGGCTTTGGCATGTCTTCAATGCCTACAGTTCCTTTCGGTGGGAGTAGAGG 2156
| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1791 GAAATTCACTGGCTTTGGCATGTCTTCAATGCCTACAGTTCCTTTCGGTGGGAGTAGAGG 1850
Query 2157 ATTACAATCAGTAAGGCCTGAACCTTTTGCTGAGCAGGGTAGGATACATAACCACGAGAG 2216
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1851 ATTACAATCAGTAAGGCCTGAACCTTTTGATGAGCAGGGTAGGATCCATAACCACGAGAC 1910
Query 2217 TCACAATCAGAATCAGTTCATAGATGGTGGGAGATATCATATCGACTTGGATAGGATTGC 2276
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1911 TCACAACCAGAATCAGTTCATAGATGGTGGGAGATATCATATTGACTTGGATAGGATTGC 1970
Query 2277 TAGTGGAGATGAAATCCGAACTACATTAATCATCAAAAACATCCCAAACAAGTACACTTA 2336
|||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1971 TAGTGGAGATGAAATCCGGACTACATTAATCATTAAAAACATCCCAAACAAGTACACTTA 2030
Query 2337 CAAGATGCTGGTGGCTGAAATCGACGAAAAGCACAAGGGAGACTATGACTTTCTATGCTT 2396
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2031 CAAGATGCTGGTGGCTGAAATCGACGAAAAGCACAAGGGAGACTATGACTTTCTATGCTT 2090
Query 2397 GCCGACAGACTTTAAGAATAAATGCAACATGGGTCACGCTTTTATCAACATGGTCTCTCC 2456
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2091 ACCGACAGACTTTAAGAATAAGTGCAACATGGGTCACGCTTTTATCAACTTGGTCTCTCC 2150
Query 2457 ATTGCACATCGTTCCCTTCCAACAGACTTTCAATGGTAAAATATGGGAGAAATTCAACAG 2516
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2151 ATTGCACATCGTTCCCTTCCAACAGACTTTCAGTGGTAAAATATGGGAGAAATTCAACAG 2210
Query 2517 TGGGAAAGTTGCTTCATTGGCATATGCAGAGATCCAAGGAAAGTCTGCCCTTGCGTCATA 2576
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2211 TGGGAAAGTTGCTTCATTGGCATATGCAGAGATCCAAGGAAAGTCTGCTCTTGCGTCATA 2270
Query 2577 CATGCAGACTCCAAGTTCTATGAAGGAACAAAAGCAATTGTTTCCAGAAGTCTCCTACCA 2636
|||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2271 CATGCAGACTCCAAGTTCTATGAAGGAAGATAAGCAATTGTTTCCAGAAGTCTCCTACCA 2330
Query 2637 TGATGATGGTCAAGACGCCAATGATCACGAGCAACTGTTTTCAAGCATTTGGAACATAAC 2696
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2331 TGATGAGGGTCAAGACGCCAATGATCACGAGCAACTTTTTTCAAGCATTTGGAACATAAC 2390
Query 2697 CGCGCCTGATTCAGATTGGTCTTACACAATGGATCTTATCGAAAATCCGAGGGAGAACGG 2756
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| | |||||||||||||
Sbjct 2391 CGCGCCTGATTCAGATTGGTCTTACACAATGGATCTTCTCGAAAGTACGAGGGAGAACGG 2450
Query 2757 TAACTCCAAGAATGCTGCAGAAGAGTCCTCTT 2788
||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2451 TAACTCCAAGAATCCTGCAGAAGAGTCCTCTT 2482
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 118536842440
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5