BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT2G45910.1
Length=3148
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg483731 jgi|Araly1|483731|fgenesh2_kg.4__2791__AT2G45910.1 4763 0.0
> Ahg483731 jgi|Araly1|483731|fgenesh2_kg.4__2791__AT2G45910.1
Length=3055
Score = 4763 bits (2579), Expect = 0.0
Identities = 2866/3002 (95%), Gaps = 29/3002 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 112 TTCTTGCCGTGAGTTTTGGTTGGTCTGACCAAGAGTCCTTTTATTTGGTCAATACGTTTC 171
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 TTCTTGCCGTGAGTTTTGGTTGGTCTGACCAAGAGTCGTTTTATTTGGTCAATACGTTTC 120
Query 172 GAAATTTGATAATCAAACtctttcttcctcttcttcttcttccttATCCGTAGACTCTAG 231
|||| ||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| ||||||||||
Sbjct 121 GAAA-TTGAT-ATCAAACTCTTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCCGTATCCTTAGACTCTAG 178
Query 232 GGTTTCAATACGATTCGAGTGTGTCT-G--TTTGCTCTCTAGTCAAAAATTTCACTCT-- 286
||||||| |||||||||||||| ||| | |||| | | | || | | | |
Sbjct 179 GGTTTCACTACGATTCGAGTGTTTCTAGTATTTG-T-T-TGGT-TGTTGTGTGGTTTTAG 234
Query 287 GATATCAAACGATCTGGTTTGTCGGATTTGATATTGGAGCAATGGCTTTGGTGAGTCCAA 346
|| ||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 235 GA-ATCAAACGATCTGGTTTTTCGGATTTGGTATTGGAGCAATGGCTTTGGTGACTCCAA 293
Query 347 TTCCAGCAATGGGTGAAAGAGCTGGATCCATGAGATTTCACGGAATTGGTAGCCCAGGAT 406
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 294 TTCCAGCAATGGGTGAAAGAGCTGGATCCATGAGATTTCACGGAATTGGTAGCCCAGGAT 353
Query 407 CAAGGTCTAGTAGGAGCGGGATTATGGACGAACCTGTCTCGCGGCTGATTGACGAGAAGA 466
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |
Sbjct 354 CAAGGTCTAGTAGGAGCGGGATTATGGACGAACCTGTTTCGCGCCTGATTGACGAGAAAA 413
Query 467 TCTTCGTTGCAGTGGATAAACACGTGGCCAAGAGCAAATCTACACTCATTTGGGCTTTGC 526
|||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 414 TCTTCGTTGCTGTGGATAAGCACGTGGCCAAGAGCAAGTCTACACTCATTTGGGCTTTGC 473
Query 527 AAAACACTGGAGGCAAGAAGATTTGCCTTATTCATGTTCATCAGCCCTCCCAAATGATCC 586
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 474 AAAACACTGGCGGCAAGAAGATTTGCCTTATTCATGTTCATCAGCCCTCCCAAATGATTC 533
Query 587 CACTTATGGGCGCCAAATTTCCAGTTGGTGCTGTGAAGGAGGAAGAAGTCAGGGTTTTCA 646
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 534 CACTTATGGGCGCCAAATTTCCAGTTGGTGCTGTGAAGGAGGAAGAAGTCAGGGCTTTCA 593
Query 647 GGGAAAAGGAAAGGGAGAAAGTACATATGATCCTAGACGACTACCTTCGTATATGCCAGC 706
||||||| |||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 594 GGGAAAAAGAAAGGGAGAAAGTGCATATGATCTTAGACGACTACCTTCGTATATGCCAGC 653
Query 707 AGAGAGGGGTCAGGGCAGAAAAGATGTTTATTGAAATGGAATCCATCGAGAATGGAATTG 766
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 654 AGAGAGGGGTCAGGGCAGAAAAGATGTTTATTGAAATGGAGTCCATCGAGAATGGAATTG 713
Query 767 TGCAGCTCATCTCGGAGCTGGGAATCAGGAAACTTGTCATGGGAGCAGCAGCAGATAGAC 826
||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 714 TGCAGCTGATCTCAGAGCTGGGAATCAGGAAGCTTGTCATGGGAGCAGCAGCAGATAGAC 773
Query 827 ACTATTCAAGGAGAATGACGGATCTGAAGTCCAGGAAAGCCATCTTCGTACGCCGAGAAG 886
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 774 ACTATTCAAGGAGAATGACGGATCTGAAGTCCAGGAAAGCCATCTTTGTACGCCGAGAAG 833
Query 887 CACCTACTCTTTGTCAAATATGGTTTACTTGCAAAGGATACTTGATACATACAAGGGAAG 946
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 834 CACCTAGTCTTTGTCAAATATGGTTTACTTGCAAAGGATACTTGATACATACAAGGGAAG 893
Query 947 CTACTATGGACGACACTGAATCAGAATATGCATCTCCGCGTCCTTCCATAAGTGCAAGTG 1006
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 894 CTACGATGGACGACACTGAATCAGAATATGCATCTCCGCGTCCTTCCATAAGTGCAAGTG 953
Query 1007 ATCTACTTCAAACTTTCTCTACACCGGAGTCTGAACATCAGCATATATCTCGAGTACAGA 1066
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 954 ATCTACTTCAAACTTTCTCTACACCGGAGTCTGAACATCAGCATATATCTCGAGTACAGA 1013
Query 1067 GCACCGATTCAGTTCAACAATTAGTAAGCAATGGAAGCTCAACTGAACAAAGCGGGAGGG 1126
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1014 GCACCGATTCAGTTCAACATTTAGTAAGCAATGGAAGTTCAACTGAACACAGCGGGAGGG 1073
Query 1127 TGTCGGATGGGTCTTTAAATACTGATGAGGAGGAGAGAGAATCTGATGGCAGTGAAGTAA 1186
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1074 TGTCAGATGGGTCTTTAAATACTGATGAGGAGGAGAGAGAATCTGGTGGCAGTGAAGTAA 1133
Query 1187 CGGGAAGTGCAACAGTTATGAGTTCTGGCCATTCATCTCCCTCCAGTTTTCCGGATGGGG 1246
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1134 CGGGAAGTGCAACAGTTATGAGTTCTGGCCATTCATCTCCCTCCAATTTTCCGGATGGGG 1193
Query 1247 TGGATGATTCTTTTAACGTTAAAATCCGAAAAGCCACGTCAGAGGCTCACAGTTCAAAAC 1306
|||||||||| || |||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1194 TGGATGATTCATTCAACGATAAAATTCGAAAAGCCACGTCAGAGGCTCACAGTTCAAAAC 1253
Query 1307 AAGAAGCTTTTGCAGAGACTCTTAGGCGTCAGAAAGCCGaaaaaaaCGCACTTGATGCAA 1366
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1254 AAGAAGCTTTTGCAGAGACTCTTAGGCGACAGAAAGCCGAAAAAAACGCACTTGATGCAA 1313
Query 1367 TCAGAAGGGCTAAACAATCAGAAAGTGCCTATTCTGAGGAATTGAAGCGAAGGAAAGATA 1426
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1314 TCAGAAGGGCTAAACAATCAGAAAGTGCATATTCTGAGGAGTTGAAGCGAAGGAAAGATA 1373
Query 1427 CGGAGATAGCAGTAGCGAAAGAGAAAGAGAGATTTATAACAATAAAAAACGAGCAAGAGG 1486
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1374 CGGAGATAGCAGTAGCGAAAGAGAAAGAGAGATTTATAACAATAAAAAACGAGCAAGAGG 1433
Query 1487 TGATCATGGAAGAACTTCAAAGTGCAATGGCTCAGAAAGCGATGCTTGAGAGCCAGATAG 1546
| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1434 TAATCATGGAAGAACTTCAAAGTGCAATGGATCAGAAAGCGATGCTTGAGAGCCAAATAG 1493
Query 1547 CAAAATCTGATGGTACAATGGAAAAGCTAAACCAGAAGCTTGATATAGCTGTGAAGTTGT 1606
|| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1494 CAGAATCCGATGGTACAATGGAAAAGCTAAACCAGAAGCTTGATATAGCTGTGAAGTTGT 1553
Query 1607 TGCAAAAGTTGAGGGATGAACGAGAGGAGTTGCAGACAGAACGTGACAGAGCACTCAGAG 1666
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1554 TGCAAAAGTTGAGGGATGAACGAGAGGAGTTGCAGACAGAACGTGACAGGGCACTCAGAG 1613
Query 1667 AAGCTGAGGAGTTAAGGAGTCACGCAGAAACCTCAACCCTACAGTTGCCTCAGTACTTCA 1726
||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1614 AAGCTGAGGAGTTAAGGAGTCGCGCAGAAACCTCAACCCTACAGTTACCTCAGTACTTCA 1673
Query 1727 CGGATTTCTCATTCTCCGAGATTGAGGAAGCAACTAATCACTTTGATTCGACCCTGAAGA 1786
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1674 CGGATTTCTCATTCTCAGAGATTGAGGAAGCAACTAATCACTTTGATTCGACCCTGAAGA 1733
Query 1787 TTGGGGAAGGTGGATATGGAAGCATCTACGTTGGTTTACTGCGTCATACTCAGGTGGCTA 1846
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1734 TTGGGGAAGGTGGATATGGAAGCATCTACATTGGTTTACTGCGTCATACTCAGGTGGCTA 1793
Query 1847 TAAAAATGTTGAATCCTAACAGTTCGCAAGGCCCTGTAGAATATCAACAGGAGGTTGATG 1906
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1794 TAAAAATGTTGAATCCTAACAGTTCGCAAGGCCCTGTAGAATATCAACAGGAGGTTGATG 1853
Query 1907 TCCTAAGTAAAATGAGGCATCCAAATATCATTACGCTAATTGGAGCATGTCCAGAGGGGT 1966
| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1854 TGCTAAGTAAAATGAGGCATCCAAATATAATTACGCTAATTGGAGCATGTCCAGAGGGGT 1913
Query 1967 GGAGTCTTGTCTATGAGTATCTTCCGGGTGGAAGCCTTGAAGACAGGCTTACTTGCAAAG 2026
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||| |
Sbjct 1914 GGAGTCTTGTCTATGAGTATCTTCCGGATGGAAGCCTTGAAGACAGGCTTAATTGCAAGG 1973
Query 2027 ACAACTCTCCACCCTTGTCGTGGCAAAATCGTGTGCGCATTGCCACTGAGATATGTGCAG 2086
| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1974 AGAACTCTCCACCCTTGTCGTGGCAAAATCGTGTACGCATTGCCACTGAGATATGCGCAG 2033
Query 2087 CACTTGTCTTTCTTCATTCTAATAAAGCTCATAGCTTAGTACATGGTGATTTGAAGCCGG 2146
|||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2034 CACTAGTCTTTCTTCATTCCAATAAAGCTCATAGCTTAGTACATGGTGATTTGAAGCCAG 2093
Query 2147 CAAATATCCTACTCGATTCCAATCTCGTTAGCAAGTTAAGTGACTTTGGGACCTGCTCAC 2206
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2094 CAAATATCCTTCTCGATTCCAATCTCGTTAGCAAGTTAAGTGACTTTGGAACCTGCTCAC 2153
Query 2207 TACTTCATCCTAACGGAAGCAAAAGTGTGAGAACTGACGTTACAGGCACAGTTGCCTATT 2266
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || || ||||||||||||||||
Sbjct 2154 TACTTCATCCTAGTGGAAGCAAAAGTGTGAGAACTGATGTCACGGGCACAGTTGCCTATT 2213
Query 2267 TGGATCCAGAAGCTTCCAGTAGTGGAGAGCTAACTCCTAAGTCAGATGTTTACTCGTTTG 2326
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2214 TGGATCCAGAAGCTTCCAGTAGTGGAGAGCTAACTCCGAAGTCAGATGTGTACTCGTTTG 2273
Query 2327 GGATTATCTTATTGCGCTTGTTGACCGGGAGACCTGCCTTACGGATATCAAATGAAGTGA 2386
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2274 GGATTATCTTATTGCGCTTGTTGACCGGGAGACCAGCCTTACGGATATCAAACGAAGTGA 2333
Query 2387 AATATGCCCTCGATAATGGAACATTGAACGACCTCTTGGACCCTTTAGCAGGGGACTGGC 2446
| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2334 AGTATGCCCTCGATAATGGAAAATTGAACGACCTCTTGGACCCTTTAGCAGGGGACTGGC 2393
Query 2447 CCTTTGTTCAGGCTGAGCAGCTTGCTCGCTTAGCATTGAGATGCTGCGAGACTGTCAGCG 2506
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2394 CCTTTGTTCAGGCTGAGCAGCTTGCTCGCTTGGCATTGAGATGCTGCGAGACTGTCAGCG 2453
Query 2507 AGAATCGTCCAGATCTTGGAACTGAAGTGTGGAGGGTACTTGAACCTATGAGGGCTTCTA 2566
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2454 AGAATCGTCCGGATCTTGGAACTGAAGTGTGGAGGGTACTTGAACCTATGAGGGCTTCTA 2513
Query 2567 GTGGAGGATCTTCATCTTTCCATCTTGGCCGTAACGAGCACCGGATAGCCCCTCCATACT 2626
||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2514 GTGGAGGATCTTCATCTTTCCATCTCGGCCGTAATGAGCACCGCATAGCCCCTCCATACT 2573
Query 2627 TCATTTGCCCCATTTTCCAGGAAGTCATGCAGGATCCACACGTGGCTGCAGACGGTTTCA 2686
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2574 TCATTTGCCCCATTTTCCAGGAAGTCATGCAGGATCCACACGTGGCTGCAGATGGTTTCA 2633
Query 2687 CATACGAAGCAGAGGCTATAAGAGCGTGGCTGGACAGTGAGCATGATACTTCACCAATGA 2746
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||
Sbjct 2634 CATACGAAGCAGAGGCTATAAGAGCGTGGCTGGACAGTGAACACGATACTTCACCAATGA 2693
Query 2747 CCAATGTCAAGCTTTCTCACACCAGCCTAATAGCTAACCATGCTCTTCGTTCTGCGATTC 2806
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2694 CCAATGTCAAGCTTTCTCACACCAGCCTAATCGCTAACCATGCTCTTCGTTCTGCTATTC 2753
Query 2807 AAGAGTGGCTTCAACATCATTTGTGAAAATAAAATCCTTCAAACCCTCAATCCCTGTTC- 2865
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2754 AAGAGTGGCTTCAACATCATTTGTGAAAATAAAATCCTTCGAACCCTCAATCCCTGTTCG 2813
Query 2866 T-CT-T-ATGAAAAAACGTTTTTGCCTTTTCTGCGGGAGGCAACAGAG--TAAGTGAGT- 2919
| || | ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2814 TTCTCTTATGAAAAAAAGTTTTTGCCTTTTCTGCGGGAGGCAACAGAGAGTAAGTGAGTG 2873
Query 2920 A--A-GATTAGTGTTTTCAGTCTTCCTTATACATATACATACGATCTAATC-ATGGATAG 2975
| | ||||||| |||||| |||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||
Sbjct 2874 AGTAAGATTAGTTTTTTCAATCTTCCTTATACGTATACATACGATCTC-TCCATGGATAG 2932
Query 2976 CA-GCATATTTGTTTACTTTTTCAAGCATAGTGTAAGTCCTCCATATCAGTCATATATGA 3034
|| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||
Sbjct 2933 CAAGCATATTTGTTTACTTTGTCAAGCATAGTGTAAGTCCTCCATATTTGTCAGATATGA 2992
Query 3035 AAAGAAGAAGCTGGTGAGATTTGTATGTGGATATGtatatatatatatatatatatatat 3094
|||||||||||||||||||||||| || |||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2993 AAAGAAGAAGCTGGTGAGATTTGT--GT--ATATATATATATATATATATATATATATAT 3048
Query 3095 at 3096
||
Sbjct 3049 AT 3050
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 118917744890
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5