BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT2G46270.1
Length=1933
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg322281 jgi|Araly1|322281|fgenesh1_pm.C_scaffold_4002338 1836 0.0
> Ahg322281 jgi|Araly1|322281|fgenesh1_pm.C_scaffold_4002338
Length=1143
Score = 1836 bits (994), Expect = 0.0
Identities = 1097/1147 (96%), Gaps = 6/1147 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 283 ATGGGAAATAGCAGCGAGGAACCAAAGCCTCCTACCAAATCAGATAAACCATCTTCACCC 342
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||| |
Sbjct 1 ATGGGAAATAGCAGCGAGGAACCAAAG---CCTACCAAATCAGAGAAACCTTCTTCAACT 57
Query 343 CCGGTGGATCAAACAAATGTTCATGTCTACCCTGATTGGGCAGCTATGCAGGCATATTAT 402
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 58 CCGGTGGATCAAACAAATGTTCATGTGTACCCTGATTGGGCAGCTATGCAGGCATATTAT 117
Query 403 GGTCCAAGAGTAGCAATGCCTCCTTATTACAATTCAGCTATGGCTGCATCTGGTCATCCT 462
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 118 GGTCCAAGAGTTGCAATGCCTCCTTATTACAATTCAGCTTTGGCTGCATCTGGTCATCCT 177
Query 463 CCTCCTCCTTACATGTGGAATCCTCAGCATATGATGTCACCATATGGAGCACCCTATGCT 522
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 178 CCTCCTCCTTACATGTGGAATCCTCAGCATATGATGTCACCATATGGAGCACCCTATGCT 237
Query 523 GCTGTTTATCCTCATGGAGGAGGAGTTTACGCTCATCCCGGTATTCCCATGGGATCACTG 582
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |
Sbjct 238 GCGGTTTATCCTCATGGAGGAGGAGTTTACGCTCATCCCGGAATTCCCATGGGATCACAG 297
Query 583 CCTCAAGGTCAAAAGGATCCACCTTTAACAACTCCGGGGACGCTTTTGAGCATCGACACT 642
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 298 CCTCAAGGTCAAAAGGCTCCACCTTTAACAACTCCGGGGACGCATTTGAGCATCGACACT 357
Query 643 CCTACTAAATCTACAGGGAACACAGACAATGGATTGATGAAGAAGCTGAAAGAGTTTGAT 702
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 358 CCTACTAAATCTACAGGGAACACAGACAATGGATTGATGAAGAAGCTGAAAGAGTTTGAT 417
Query 703 GGGCTTGCTATGTCTCTAGGAAATGGGAATCCTGAAAATGGTGCAGATGAACATAAACGA 762
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 418 GGGCTTGCTATGTCTCTAGGAAATGGAAATCCTGAAAGTGGTGCAGATGAACATAAACGA 477
Query 763 TCACGGAACAGCTCAGAAACTGATGGTTCTACTGATGGAAGTGATGGGAATACAACTGGG 822
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 478 TCACGGAACAGCTCAGAAACTGATGGTTCAACTGATGGAAGTGATGGGAATACAACTGGG 537
Query 823 GCAGATGAACCGAAACTTAAAAGAAGTCGAGAGGGAACTCCAACAAAAGATGGGAAACAA 882
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |
Sbjct 538 GCAGATGAACCGAAACTTAAAAGAAGTCGAGAGGGAACACCAACAAAAGATGGGAAACTA 597
Query 883 TTGGTTCAAGCTAGCTCATTTCATTCTGTTTCTCCGTCAAGTGGTGATACCGGCGTAAAA 942
|||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 598 GTGGTACAATCTAGCTCATTTCATTCTGTTTCTCCGTCAAGTGGTGATACCGGCGTAAAA 657
Query 943 CTCATTCAAGGATCTGGAGCTATACTCTCTCCTGGTGTAAGTGCAAATTCCAACCCCTTC 1002
|| ||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 658 CTTATTCAAGGATC---AGCAATACTCTCTCCTGGTGTAAGTGCAAATTCCAACCCCTTC 714
Query 1003 ATGTCACAATCTTTAGCCATGGTTCCTCCTGAAACTTGGCTTCAGAACGAGAGAGAACTG 1062
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 715 ATGTCACAATCTTTAGCCATGGTTCCTCCTGAAACTTGGCCTCAGAACGAGAGAGAACTG 774
Query 1063 AAACGGGAGCGAAGGAAACAGTCTAATAGAGAATCTGCTAGAAGGTCAAGATTAAGGAAA 1122
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 775 AAACGGGAGCGAAGGAAACAGTCTAATAGAGAATCTGCTAGAAGGTCAAGATTAAGAAAA 834
Query 1123 CAGGCCGAGACAGAAGAACTTGCTAGGAAAGTGGAAGCCTTGACAGCCGAAAACATGGCA 1182
||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 835 CAGGCCGAGACGGAAGAACTTGCTAGGAAAGTCGAAGCCTTGACAGCCGAAAACATGGCA 894
Query 1183 TTAAGATCTGAACTAAACCAACTTAATGAGAAATCTGATAAACTAAGAGGAGCAAATGCA 1242
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 895 CTAAGATCTGAACTAAACCAACTTAATGAGAAATCGGATAAACTAAGAGGAGCAAATGCA 954
Query 1243 ACCTTGTTGGACAAACTGAAATGCTCGGAACCCGAAAAGAGAGTCCCCGCAAATATGTTG 1302
|||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||| || |||||||||
Sbjct 955 ACCTTGTTGGACAAACTGAAATGCTCAGAACCTGAAAAGAGAGTCTGCGGGAATATGTTG 1014
Query 1303 TCTAGAGTTAAGAACTCAGGAGCTGGAGATAAGAACAAGAACCAAGGAGACAATGATTCT 1362
||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1015 TCTAGAGTTAAAAACTCAGGAGCTGGAGACAAGAACAAGAACCAAGGAGACAATGATTCT 1074
Query 1363 AACTCTACAAGCAAATTGCATCAACTGCTCGATACGAAGCCTCGAGCTAAAGCAGTAGCT 1422
|||||||||||||||||| | |||||||| ||||| ||||| |||||||| || ||||||
Sbjct 1075 AACTCTACAAGCAAATTGTACCAACTGCTGGATACAAAGCCCCGAGCTAATGCTGTAGCT 1134
Query 1423 GCAGGCT 1429
|| ||||
Sbjct 1135 GCGGGCT 1141
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 72638097215
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5