BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= AT2G47850.1 Length=2149 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg935773 jgi|Araly1|935773|scaffold_403761.1 2364 0.0 Ahg887345 jgi|Araly1|887345|Al_scaffold_0039_1 1116 0.0 > Ahg935773 jgi|Araly1|935773|scaffold_403761.1 Length=1459 Score = 2364 bits (1280), Expect = 0.0 Identities = 1403/1461 (96%), Gaps = 13/1461 (1%) Strand=Plus/Plus Query 259 CCAAATCCCTAAATTTAAGGACATGTATGCTCGCAATCCTCCCCTCAATGGCTCACAATC 318 ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| Sbjct 1 CCAAATCCCTAAAAATAAGGACATGTATGCTCGCAATCCTCCCATCAATGGCTCACAATC 60 Query 319 TGCTCAAGCTCCCGACTGG---ACCCCTGCAGATGCCGATAC--C-GGACTCCAAGAATC 372 ||||||||||||||||||| ||||| | |||||||||||| | |||||| ||||||| Sbjct 61 TGCTCAAGCTCCCGACTGGACCACCCCCGGAGATGCCGATACTACTGGACTCGAAGAATC 120 Query 373 GATGTGGCGATTAGGGTTGGGTAGCGACTCGTACCCTGAGAGACCAGGTGCTCCTGACTG 432 ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||| |||||| |||||||| Sbjct 121 GATGTGGCGATTAGGGTTGGGTAGCGAGTCGTACCCTGAGCGACTAGGTGCCCCTGACTG 180 Query 433 TGCCTACTACATGCGAACTGGTGTCTGTGGCTACGGTAATAGATGTCGTTACAATCACCC 492 |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 181 TGCCTACTACATGCGAACTGGTGTCTGTGGTTACGGTAATAGATGTCGTTACAATCACCC 240 Query 493 TCGCGATCGTGCCTCGGTTGAAGCAACTGTTAGAGCTACCGGGCAGTATCCTGAACGTTT 552 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| Sbjct 241 TCGCGATCGTGCCTCGGTTGAAGCAACTGTTAGAGCTACAGGGCAGTATCCAGAACGTTT 300 Query 553 TGGTGAACCCCCATGCCAGTTTTACTTGAAAACTGGAACTTGTAAATTTGGGGCGTCATG 612 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| Sbjct 301 AGGTGAACCCCCATGCCAGTTTTACTTGAAAACTGGAACCTGTAAATTTGGGGCGTCATG 360 Query 613 CAAATTCCACCATCCAAAGAATGCAGGTGGATCCATGAGCCACGTTCCACTAAATATATA 672 |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| Sbjct 361 CAAATTCCACCATCCAAAGAATGCTGGTGGATCCATGACCCACGTTCCACTAAATATATA 420 Query 673 TGGATACCCTGTACGAGAGGGTGATAACGAATGCTCCTACTATTTGAAAACGGGGCAATG 732 ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 421 TGGATACCCAGTACGAGAGGGTGATAACGAATGCTCCTACTATTTGAAAACGGGGCAATG 480 Query 733 CAAATTTGGTATAACCTGTAAATTTCATCATCCTCAGCCTGCTGGTACTACTGT--C-CC 789 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | || Sbjct 481 CAAATTTGGTATAACCTGTAAATTTCATCATCCTCAGCCTGCTGGTACAACTGTCCCACC 540 Query 790 ACCACCACCAGCATCTGCACCTCAGTTTTATCCATCGGTGCAGTCACTTATGCCTGACCA 849 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 541 ACCACCACCAGCATCTGCACCTCAGTTTTATCCATCGGTGCAGTCACTTATGCCTGACCA 600 Query 850 GTATGGAGGTCCATCTTCTAGCTTGAGAGTTGCAAGAACTCTTCTTCCTGGTTCTTATAT 909 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| Sbjct 601 GTATGGAGGTCCATCTTCTAGCTTGAGAGTTGCAAGAACTCTTCTTCCCGGTTCTTATAT 660 Query 910 GCAAGGCGCCTATGGTCCAATGCTATTAACCCCCGGGGTCGTTCCTATTCCAGGCTGGAG 969 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 661 GCAAGGCGCCTATGGTCCAATGCTATTAACCCCCGGGGTCGTTCCTATTCCAGGCTGGAG 720 Query 970 TCCTTACTCGGCACCTGTGAGCCCTGCTCTATCTCCTGGTGCGCAGCACGCTGTTGGGGC 1029 |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 721 TCCTTATTCGGCACCTGTGAGCCCTGCTCTATCTCCTGGTGCGCAGCACGCTGTTGGGGC 780 Query 1030 AACTTCTTTATATGGAGTTACACAGCTCACTTCCACCACTCCTTCGCTTCCCGGGGTTTA 1089 |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 781 AACTTCTTTATATGGAGTTACACAGCTCTCTTCCACCACTCCTTCGCTTCCCGGGGTTTA 840 Query 1090 TCCATCTCTGTCCTCTCCTACAGGTGTTATACAGAAAGAACAGGCCTTTCCAGAGAGACC 1149 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 841 TCCATCTCTGTCCTCTCCTACAGGTGTTATACAGAAAGAACAGGCCTTTCCAGAGAGACC 900 Query 1150 TGGTGAACCAGAGTGCCAATACTATTTGAAAACAGGAGATTGTAAGTTTGGAACATCTTG 1209 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 901 TGGTGAACCAGAGTGCCAATACTATTTGAAAACAGGAGATTGTAAGTTTGGAACATCTTG 960 Query 1210 TAAGTTTCATCATCCTCGAGATCGGGTTCCACCAAGAGCGAATTGCGTCCTCAGCCCCAT 1269 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| Sbjct 961 TAAGTTTCATCATCCTCGAGATCGGGTTCCACCAAGAGCTAATTGCATCCTCAGCCCCAT 1020 Query 1270 TGGTCTTCCTCTACGCCCGGGTGTGCAACGGTGCACTTTCTACGTACAAAACGGCTTCTG 1329 ||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1021 TGGCCTTCCTCTACGCCCGGGTGTGCAACGCTGCACTTTCTACGTACAAAACGGCTTCTG 1080 Query 1330 TAAGTTTGGATCAACATGTAAGTTTGATCATCCAATGGGAACGATCAGATACAATCCTTC 1389 ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| Sbjct 1081 TAAGTTTGGATCAACATGTAAATTTGATCATCCAATGGGAACCATCAGATACAATCCTTC 1140 Query 1390 TGCGTCCTCTCTAGCTGATGCACCGGTGGCTCCTTACCCAGTGAGCTCTCTCTTGGGTGC 1449 ||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1141 TGCATCGTCTCTAGCTGATGCACCGGTGGCTCCTTACCCAGTGAGCTCTCTCTTGGGTGC 1200 Query 1450 TCTGGCAGCTGCCCCTTCTTCTTCATCGACAGAGCTCATAGCAGGCGGTGCAAAAGATGC 1509 ||| ||||| || ||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||| | Sbjct 1201 TCTCGCAGCCGCACCTTCTTCTTCATCGACTGAGCTCATAACAGGCGGTGCAAAAGATCC 1260 Query 1510 TTACATGACCGGTGTGCCTACATCAAGAAGCACATCAAACATCTCGGCAGGTTTGATTTT 1569 ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1261 GTACTTGACCGGTGTGCCTACATCAAGAAGCACATCAAACATCTCGGCAGGTTTGATTTT 1320 Query 1570 CTCCCAGAGCGGTGGGTCAATTCCATTCTCAGAGCTGCAACTCTCGAGCCAGAGC-TCTC 1628 ||||||||| ||||| |||||||||||||| || || |||||||||||||||| | |||| Sbjct 1321 CTCCCAGAGTGGTGGCTCAATTCCATTCTCTGACCTACAACTCTCGAGCCAGA-CATCTC 1379 Query 1629 TTCCTCTAACAGGTAGCAGAATCACAAGACAAGGGCGTGAAATTCGTCGATCCTTTTGAA 1688 |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| Sbjct 1380 TTCCTCCAACAGGTAGCAGAATCACAAGACAAGGGCGAGAAATTCGTCGATCCTTTTGAA 1439 Query 1689 -TAGATCACCTCAGAAAAGGG 1708 | |||||||||||||||||| Sbjct 1440 CT-GATCACCTCAGAAAAGGG 1459 > Ahg887345 jgi|Araly1|887345|Al_scaffold_0039_1 Length=762 Score = 1116 bits (604), Expect = 0.0 Identities = 705/748 (94%), Gaps = 30/748 (4%) Strand=Plus/Plus Query 572 TTTTACTTGAAAACTGGAACTTGTAAATTTGGGGCGTCATGCAAATTCCACCATCCAAAG 631 |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1 TTTTACTTGAAAACTGGAACCTGTAAATTTGGGGCGTCATGCAAATTCCACCATCCAAAG 60 Query 632 AATGCAGGTGGATCCATGAGCCACGTTCCACTAAATATATATGGATACCCTGTACGAGAG 691 ||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| Sbjct 61 AATGCTGGTGGATCCATGACCCACGTTCCACTAAATATATATGGATACCCAGTACGAGAG 120 Query 692 GGTGATAACGAATGCTCCTACTATTTGAAAACGGGGCAATGCAAATTTGGTATAACCTGT 751 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 121 GGTGATAACGAATGCTCCTACTATTTGAAAACGGGGCAATGCAAATTTGGTATAACCTGT 180 Query 752 AAATTTCATCATCCTCAGCCTGCTGGTACTACTGT--C-CCACCACCACCAGCATCTGCA 808 ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | ||||||||||||||||||||| Sbjct 181 AAATTTCATCATCCTCAGCCTGCTGGTACAACTGTCCCACCACCACCACCAGCATCTGCA 240 Query 809 CCTCAGTTTTATCCATCGGTGCAGTCACTTATGCCTGACCAGTATGGAGGTCCATCTTCT 868 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 241 CCTCAGTTTTATCCATCGGTGCAGTCACTTATGCCTGACCAGTATGGAGGTCCATCTTCT 300 Query 869 AGCTTGAGAGTTGCAAGAACTCTTCTTCCTGGTTCTTATATGCAAGGCGCCTATGGTCCA 928 ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 301 AGCTTGAGAGTTGCAAGAACTCTTCTTCCCGGTTCTTATATGCAAGGCGCCTATGGTCCA 360 Query 929 ATGCTATTAACCCCCGGGGTCGTTCCTATTCCAGGCTGGAGTCCTTACTCGGCAC---CT 985 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | | || Sbjct 361 ATGCTATTAACCCCCGGGGTCGTTCCTATTCCAGGCTGGAGTCCTTATTCGTCTCTTTCT 420 Query 986 G--T-------G----AG-C-CCTG----C--T-CT--ATCTCCTGGTGCGCAGCACGCT 1021 | | | || | |||| | | || |||||||||||||||||||||| Sbjct 421 GACTCACTTTTGCTTCAGGCACCTGTGAGCCCTGCTCTATCTCCTGGTGCGCAGCACGCT 480 Query 1022 GTTGGGGCAACTTCTTTATATGGAGTTACACAGCTCACTTCCACCACTCCTTCGCTTCCC 1081 |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| Sbjct 481 GTTGGGGCAACTTCTTTATATGGAGTTACACAGCTCTCTTCCACCACTCCTTCGCTTCCC 540 Query 1082 GGGGTTTATCCATCTCTGTCCTCTCCTACAGGTGTTATACAGAAAGAACAGGCCTTTCCA 1141 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 541 GGGGTTTATCCATCTCTGTCCTCTCCTACAGGTGTTATACAGAAAGAACAGGCCTTTCCA 600 Query 1142 GAGAGACCTGGTGAACCAGAGTGCCAATACTATTTGAAAACAGGAGATTGTAAGTTTGGA 1201 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 601 GAGAGACCTGGTGAACCAGAGTGCCAATACTATTTGAAAACAGGAGATTGTAAGTTTGGA 660 Query 1202 ACATCTTGTAAGTTTCATCATCCTCGAGATCGGGTTCCACCAAGAGCGAATTGCGTCCTC 1261 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||| Sbjct 661 ACATCTTGTAAGTTTCATCATCCTCGAGATCGGGTTCCACCAAGAGCTAATTGCATCCTC 720 Query 1262 AGCCCCATTGGTCTTCCTCTACGCCCGG 1289 ||||||||||| |||||||||||||||| Sbjct 721 AGCCCCATTGGCCTTCCTCTACGCCCGG 748 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 80865590135 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5