BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= AT3G01680.1 Length=2542 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg477347 jgi|Araly1|477347|fgenesh2_kg.3__48__AT3G01680.1 3757 0.0 > Ahg477347 jgi|Araly1|477347|fgenesh2_kg.3__48__AT3G01680.1 Length=2398 Score = 3757 bits (2034), Expect = 0.0 Identities = 2197/2277 (96%), Gaps = 6/2277 (0%) Strand=Plus/Plus Query 27 TCTAACAAAAGCAAACTGAACCAAGAATGGAGTCGCTGATCAAGTCCCAGCACGCTCAGC 86 ||| || ||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 4 TCTCAC-AAAGC-AACCCAACCAAGAATGGAGTCGCTGATCAAGTCCCAGCACGCTCAGC 61 Query 87 AACTGGCGGGTCACAAGAATACGACCGGTAAAACTCCGTCCATGGAGATGATACCGGCGA 146 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| ||||||||| Sbjct 62 AACTGGCGGGTCACAAGAATACGACCGGTAAAACTCCGGCTATGGAGATGCTACCGGCGA 121 Query 147 CGGGACTTGCGATGTCATCGGACGAAAGCATGATGCTGAAGCTGATTCAACAAACTCACT 206 ||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||| Sbjct 122 CGGGACTGGCCATGTCATCGGACGAAAGCATGATGCTGAAACTGATCCAACAGACTCACT 181 Query 207 CCCCAGATGCTCGCGAAGTCCAAGTGCGTGGCCTTCTCTCTCTCGTTGAAGATATTCTCG 266 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| Sbjct 182 CCCCAGATGCTCGCGAAGTCCAAGTGCGTGGCCTTCTCTCTCTCGTTGAAGATATCCTCG 241 Query 267 ATCGTGCCACTCTTGACTCTGAAGACACCAACGCCTCCATGCTTCCGTTGCCCACTGAGG 326 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||| Sbjct 242 ATCGTGCCACTCTTGACTCTGAAGACACCAACGCCTCCATGCTTCCATTGCCCACCGAGG 301 Query 327 ATAAACTGATGCAGTCAAGCATGATGAGCGTTCTTGATAGTGTCTCCTATGCTATCGATC 386 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 302 ATAAACTGATGCAGTCAAGCATGATGAGCGTTCTTGATAGTGTCTCCTATGCTATCGATC 361 Query 387 GTGTTGCCTGCGAGATAGCCTATAAGTCTCTGACGGGATCTGATTCACACGAAATCACAA 446 | || ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||||| Sbjct 362 GCGTCGCCTGTGAGATAGCCTACAAGTCTCTGACGGGATCCGACGCACACGAAATCACAA 421 Query 447 TGTCCGTGTTCGAACACCTCTCGAGCTTCCAGTGGGACGGCAAGCTCGTGCTGACTCTAG 506 |||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||| Sbjct 422 TGTCCGTGTTCGAACACCTCTCCAGCTTCCACTGGGACGGCAAGCTCGTTCTGACTCTAG 481 Query 507 CAGCGTTCGCGTTGAACTATGGAGAGTTTTGGCTTCTGGTCCAATTCTACTCAAAGAACC 566 |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 482 CAGCGTTCGCGTTGAATTATGGAGAGTTTTGGCTTCTGGTCCAATTCTACTCAAAGAACC 541 Query 567 AGCTTGCTAAGTCCCTAGCTATGCTCAAGCTCGTCCCTGTGCAGAACAGAGTGACCCTAG 626 | || ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 542 AACTAGCTAAGTCCCTAGCTCTGCTCAAGCTCGTCCCTGTGCAGAACAGAGTGACCCTAG 601 Query 627 AGTCTGTGTCCCAAGGGCTCAACGATCTCATCCGAGAGATGAAGAGCGTCACGGCATGTG 686 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| Sbjct 602 AGTCTGTGTCCCAAGGGCTCAACGATCTCATCCGAGAGATGAAGAACGTCACGGCATGTG 661 Query 687 TAGTGGAACTCAGCGAGTTACCTGATCGGTACATTACACCAGACGTTCCTCAGCTGTCGA 746 |||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| Sbjct 662 TAGTGGAACTCAGCGAGTTACCTGATCGATACATCACACCAGACGTTCCTCAGCTGTCGA 721 Query 747 GAATCCTCTCTACAATCCCAATTGCTGTCTATTGGACCATAAGAAGCGTCATCGCTTGCA 806 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||||| Sbjct 722 GAATCCTCTCTACAATCCCAATTGCTGTCTATTGGACAATAAGAAGCGTGGTGGCTTGCA 781 Query 807 TTTCTCAGATCAACATGATCACTGCTATGGGACATGAGATGATGAACACGCAAATGGATT 866 ||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||| Sbjct 782 TTTCTCAGATCAACATGATCACTGCCATGGGACACGAGATGATGAACACTCAAATGGATT 841 Query 867 TATGGGAAACATCGATGTTAGCTAACAAGCTTAAGAACATACATGACCATCTCGCTGAGA 926 ||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| |||||| Sbjct 842 CATGGGAAACGTCGATGTTAGCTAACAAGCTGAAGAACATTCATGACCATCTCTCTGAGA 901 Query 927 CCTTGAGGCTTTGTTACCGGCATATAGAGAAGCAGAGGAGCTCAGAGTCCTTAAAGGTGT 986 ||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 902 CCTTGAGGCTTTGTTACCGTCACATAGAGAAGCAGAGGAGCTCAGAGTCCTTAAAGGTGT 961 Query 987 TGCATTCTCTATTCGACACCACTCACATTGATAACATGAAGATTCTCACGGCCTTGGTTC 1046 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | Sbjct 962 TGCATTCTCTATTCGACACCACTCACATTGATAACATGAAGATTCTCACGGCCTTGATAC 1021 Query 1047 ATCCCAAACCCCACATCACTCCATTGCAAGATGGTTTGACCAAGAGAAAGGTTCACTTGG 1106 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1022 ATCCCAAACCCCACATCACTCCATTGCAAGATGGTTTGACCAAGAGAAAGGTTCACTTGG 1081 Query 1107 ATGTGTTGAGGAGGAAGACAGTGTTGCTGCTCATCTCTGATCTCAACATACTACAAGATG 1166 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1082 ATGTGTTGAGGAGGAAGACAGTGTTGCTGCTCATCTCTGATCTCAACATACTACAAGATG 1141 Query 1167 AGCTATCGATTTTCGAGCAAATCTACACAGAGTCAAGGAGGAACTTGGTTGGGGTCGATG 1226 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1142 AGCTATCGATTTTCGAGCAAATCTACACAGAGTCAAGGAGGAACTTGGTTGGGGTCGATG 1201 Query 1227 GTAAGAGTCATATGCCTTACGAGGTTGTGTGGGTTCCAGTAGTGGATCCTATTGAAGATT 1286 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| Sbjct 1202 GTAAGAGTCATATGCCTTACGAGGTTGTGTGGGTTCCAGTCGTGGATCCTATTGAAGATT 1261 Query 1287 TTGAAAGATCTCCGATTTTACAGAAGAAATTTGAGGATCTCCGTGACCCTATGCCATGGT 1346 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1262 TTGAAAGATCTCCGATTTTACAGAAGAAATTTGAGGATCTCCGTGACCCTATGCCATGGT 1321 Query 1347 ATTCAGTGGATAGCCCGAAGCTGATAGAGAGACATGTGGTGGAGTTTATGAGAGGGAGAT 1406 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| Sbjct 1322 ACTCAGTGGATAGCCCGAAGCTGATAGAGAGACATGTGGTGGAGTTCATGAGAGGGAGAT 1381 Query 1407 GGCATTTTATGAACAAGCCGATACTTGTGGTGATTGATCCACAAGGCAACGAGGCTAGCC 1466 ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1382 GGCATTTCATGAACAAGCCGATACTTGTGGTGATTGATCCACAAGGCAACGAGGCTAGCC 1441 Query 1467 TCAATGCGCTTCATATGATCTGGATTTGGGGCACTGAAGCTTTCCCTTTCACTAGATCTC 1526 ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1442 TCAATGCGCTTCACATGATCTGGATTTGGGGCACTGAAGCTTTCCCTTTCACTAGATCTC 1501 Query 1527 GTGAGGAAGAGCTCTGGAGGAGAGAGACCTTTTCCCTTAACCTCATCGTCGACGGCATCG 1586 |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1502 GTGAGGAAGAGCTCTGGAGGAGAGAGACCTTTTCGCTTAACCTCATCGTCGACGGCATCG 1561 Query 1587 ACTCTGTCATTTTCAACTGGATAAAACCGGATAATTACATTTTCCTGTACGGAGGAGATG 1646 |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1562 ACTCTGTCATTTTCAACTGGATAATCCCGGATAATTACATTTTCCTGTACGGAGGAGATG 1621 Query 1647 ACTTGGACTGGATAAGGAGATTCACAATGGCGGCCAAAGCAACGGCCAAAGATTCCAACG 1706 |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1622 ACTTGGACTGGATAAGGAGATTTACAATGGCGGCCAAAGCAACGGCCAAAGATTCCAACG 1681 Query 1707 TGAACCTTGAGATGGCTTACGTCGGAAAACGAAACCATAGCCACAGGGAACAGATCAGGC 1766 ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1682 TGAACCTGGAGATGGCTTACGTCGGAAAACGAAACCATAGCCACAGGGAACAGATCAGGC 1741 Query 1767 GTATCAGTGAAGTAATCAGGTCTGAAAACCTGAGCCATAGCTGGGCCGAACCTGCCTTGA 1826 |||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| Sbjct 1742 GTATCAGTGAAGCAGTCAGGTCTGAAAACCTGAGCCATAGCTGGGCCGAGCCTGCCTTGA 1801 Query 1827 TGTGGTTCTTCTGGACTAGGCTCGAGAGCATGTTGTACTCCAAGATTCAACTCGGTAAAG 1886 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| Sbjct 1802 TGTGGTTCTTCTGGACTAGGCTCGAGAGCATGTTGTACTCTAAGATTCAACTCGGTAAAG 1861 Query 1887 CCGATGATCACGACGATGTGATGCAAGGAATCAAAAAGATACTAAGCTACGACAAGCTTG 1946 |||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1862 CCGATGATCAGGACGATGTGATGCAAGGAATCAAGAAGATACTAAGCTACGACAAGCTTG 1921 Query 1947 GAGGATGGGCACTACTGAGCAAAGGACCTGAGATAGTGATGATCGCTCACGGTGCCATAG 2006 |||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| Sbjct 1922 GAGGATGGGCACTATTGAGCAAAGGACCAGAGATAGTGATGATCGCTCACGGTGCGGTAG 1981 Query 2007 AGAGGACTATGAGTGTTTACGACCGGACCTGGAAAACCCACGTCCCGACCAAAGGCTACA 2066 ||||||||||||||| |||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||| | Sbjct 1982 AGAGGACTATGAGTGCTTACGATCGGACCTGGAAAGCCCACGTCCCGACCAAAGGCTATA 2041 Query 2067 CCAAAGCAATGTCCGACCACCACCACGATGAGGTCCTCCGTGAAACCGGAAAACCTTGCG 2126 |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2042 CCAAAGCAATGTACGACCACCACCACGATGAGGTCCTCCGTGAAACCGGAAAACCTTGCG 2101 Query 2127 GCCACTTTGATTTCCACATCACTGCTCGGAGCGGTCGGATTCCGGAGAAGATGAAT-TGC 2185 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| Sbjct 2102 GCCACTTTGATTTCCACATCACTGCTCGGAGCGGTCGGATTCCGGAGAAGATGA-TGTGC 2160 Query 2186 TTCGAGTGTCAGCGTCCGATGGAGAAGTACATGAGCTTCT-CTTGTTGTCACGATGAAAA 2244 ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||| Sbjct 2161 TTCGAGTGTCAGCGTCCCATGGAGAAGTACATGAGCTT-TACTTGTTGTCACGATGAAAA 2219 Query 2245 GCTCCACGAAGACGAGAACTACAACTTCTAAATGATGCAATAAGCTCACGTCTCTTC 2301 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| Sbjct 2220 GCTCCACGAAGACGAGAACTACAACTTCTAAATGATGCAATAAGCACACGTCTCTTC 2276 Score = 169 bits (91), Expect = 1e-40 Identities = 115/126 (91%), Gaps = 4/126 (3%) Strand=Plus/Plus Query 2358 AATAATTTCTGAATTTCAATATCTTTGTATGAGAGAGAATTGGTCATTCCATGTGTGTGG 2417 |||||||||||||||||||| |||||||| |||||| ||||| ||||||||||||| Sbjct 2277 AATAATTTCTGAATTTCAATGCCTTTGTAT----GAGAATCGGTCAGTCCATGTGTGTGG 2332 Query 2418 TTTGGCCTTTGTGGGACATGTTCGATTGAAGTATTCCTAATAATTTTCAATAATTAACAA 2477 ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| Sbjct 2333 TTTGGCCGTTGTGGGACATGTTCGATTGAAGTATTCCTAATAATTTTCAATAATAAACAA 2392 Query 2478 TTTCTT 2483 | |||| Sbjct 2393 TATCTT 2398 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 95835056420 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5