BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G01720.1
Length=2867
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg477342 jgi|Araly1|477342|fgenesh2_kg.3__43__AT3G01720.1 4447 0.0
> Ahg477342 jgi|Araly1|477342|fgenesh2_kg.3__43__AT3G01720.1
Length=2818
Score = 4447 bits (2408), Expect = 0.0
Identities = 2696/2828 (95%), Gaps = 48/2828 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 2 TGTGTATGTAAAATGGTTGCCGGAGTCCATGGCAGCCAAAACTTGGGCGATTCAAAGAGA 61
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | ||||||||||||||||||
Sbjct 1 TGTGTATGTAAAATGGTTGCCGGAGTCCATGGCAGCCGAGA-TTGGGCGATTCAAAGAGA 59
Query 62 GAA---TCTTTGATTTATTATTCAAATGCCAAAGATCTCAACttttt-ttATTTATTAAT 117
||| |||||||||| |||||||||| |||| |||||||| ||||| ||||||||| ||
Sbjct 60 GAATCTTCTTTGATTTTTTATTCAAATTCCAACGATCTCAAATTTTTGTTATTTATTGAT 119
Query 118 TAGTCACAAGTGGCAGTTCTTCGTGGTCGCCACTACCTAATCATAACCA-TCGACAGGTT 176
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | ||||
Sbjct 120 TAGTCACAAGTGGCAGTTCTTCGTGGTCGCCACTACCTAATCATAACCATTTG---GGTT 176
Query 177 TATAGAGAAGAACTAGG-CAACGCATCGCCATGGATCAATCATCCTCCATGCATTGACtt 235
||| |||||||| ||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 177 TAT--AGAAGAACAAGGTC-ACGCATCGCCATGGATCAATCATCCTCCATGCATTGACTT 233
Query 236 tttttAGATCGGAGGAAAAAAGTATGCAAATTTAGTTAGGGTTTTGAAATTCGA-AAATC 294
||||| | | | | | ||||||||||| |||||||||||| |||||
Sbjct 234 TTTTT---T-----------A-T-TTTTACTTTAGTTAGGG-TTTGAAATTCGATAAATC 276
Query 295 GAGATGCGGTGGGATTTGATCACGGCGATTGTGGCTGCGCTGGTGGTCTCGGTTTTGGCT 354
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||
Sbjct 277 GAGATGCGGTGGGATTTGATCACGGCGATTGTGGCTGCGCTGGTGGTGTCGGGTTTGGCG 336
Query 355 GATGAATCGGGTCAAATGGCACCGTATCGGATCCACACGCTCTTCTCGGTGGAGTGCCAG 414
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 337 GATGAATCGGGTCAAAGGGCACCGTATCGGATCCACACGCTGTTCTCGGTGGAGTGCCAG 396
Query 415 AACTACTTCGATTGGCAGACTGTTGGTTTGATGCACAGCTTCTTGAAATCCGGCCAACCC 474
|||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 397 AACTACTTTGATTGGCAGACGGTTGGTTTGATGCACAGCTTCTTGAAATCCGGACAACCC 456
Query 475 GGTCCGATTACCCGGTTATTGAGCTGTACCGATGATCAGAAGAAGACTTACAGAGGCATG 534
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||
Sbjct 457 GGTCCGATTACCCGGTTATTGAGCTGTACCGATGAGCAGAAGAAGAATTACAGAGGCATG 516
Query 535 AATCTCGCTCCCACTTTCGAAGTTCCCTCTTGGAGCAGACATCCTAAGACCGGTGACTGG 594
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 517 AATCTCGCTCCCACTTTCCAAGTTCCCTCTTGGAGCAGACATCCTAAGACCGGTGACTGG 576
Query 595 TACCCAGCAATTAACAAACCAGTTGGAGTTCTTTACTGGCTTCAACACAGTGAAGAGGCC 654
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 577 TACCCAGCAATTAACAAACCAGTTGGAGTTCTTTACTGGCTTCAACACAGTGAAGATGCC 636
Query 655 AAGCATGTGGATTGGGTCGTTATTCTTGATGCTGACATGATCATTCGAGGTCCTATCATC 714
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 637 AAGCATGTGGATTGGGTCGTTATTCTTGATGCTGACATGATCATTCGAGGTCCTATCATC 696
Query 715 CCTTGGGAACTCGGTGCTGAAAGGGGAAGACCCTTTGCCGCCCATTACGGCTACTTGGTG 774
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 697 CCTTGGGAACTCGGTGCCGAAAGGGGAAGACCCTTTGCCGCGCATTACGGCTACTTGGTG 756
Query 775 GGCTGCGATAACCTCCTTGTGCGGTTGCACACAAAGCATCCTGAACTCTGTGACAAAGTT 834
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 757 GGCTGCGATAACCTCCTTGTGCGGTTGCACACAAAGCATCCTGAACTCTGTGACAAAGTT 816
Query 835 GGCGGTCTTCTCGCTATGCATATCGACGATCTTCGGGTCTTGGCCCCTCTCTGGCTGTCA 894
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||
Sbjct 817 GGCGGTCTTCTCGCTATGCATATCGACGATCTTCGGGTCCTGGCCCCTCTCTGGCTTTCA 876
Query 895 AAGACCGAAGACGTTCGCCAAGATACAGCTCACTGGACCACCAATCTTACCGGAGATATT 954
||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||| | ||||||||| ||
Sbjct 877 AAGACTGAAGATGTTCGCCAAGATACAGCTCACTGGTCCACCAATATCACCGGAGATGTT 936
Query 955 TACGGCAAAGGTTGGATCAGTGAGATGTATGGTTACTCCTTCGGTGCTGCAGAGGCAGGA 1014
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 937 TACGGCAAAGGTTGGATCAGCGAGATGTATGGTTACTCCTTCGGTGCTGCAGAAGCAGGA 996
Query 1015 CTTAAGCACAAGATTAATGACGACTTGATGATATATCCCGGGTATGTTCCACGAGAAGGT 1074
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 997 CTTAAGCACAAGATTAATGACGACTTGATGATATATCCTGGGTATGTTCCACGAGAAGGT 1056
Query 1075 GTTGAGCCTGTTCTTATGCATTATGGTTTACCTTTTTCCATTGGGAACTGGTCTTTCACT 1134
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1057 GTTGAGCCTGTTCTTATGCATTACGGTTTACCTTTTTCCATTGGGAACTGGTCTTTCACT 1116
Query 1135 AAACTGGACCACCACGAAGACAATATAGTCTACGACTGCAATCGCCTCTTCCCCGAGCCT 1194
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1117 AAACTGGACCACCACGAAGACAATATAGTCTATGACTGCAATCGTCTCTTCCCCGAGCCT 1176
Query 1195 CCATATCCAAGAGAGGTTAAAATAATGGAACCTGATCCGTCTAAACGAAGAGGTCTAATT 1254
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1177 CCATATCCAAGAGAGGTTAAAATAATGGAACCTGATCCGTCTAAACGAAGAGGTCTAATT 1236
Query 1255 TTGAGTTTGGAATGCATGAATACATTGAACGAGGGACTCATACTGCGTCACGCAGAAAAT 1314
|||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1237 TTGAGTCTAGAATGCATGAATACATTGAACGAGGGACTCATACTGCATCACGCAGAAAAT 1296
Query 1315 GGGTGTCCAAAACCAAAGTGGACCAAATACTTGAGCTTTCTGAAGAGCAAAACTTTCATG 1374
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1297 GGGTGTCCAAAACCAAAGTGGACCAAATACTTGAGTTTTCTGAAGAGCAAAACTTTCATG 1356
Query 1375 GAGTTAACAAGGCCTAAACTGCTTGCACCAGGAAGTGTACATATCCTGCCAGACCAACAC 1434
|||||||||| ||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1357 GAGTTAACAAAGCCTAAATTGCTTGCACCTGGAAGTGTACATATCCTGCCAGATCAACAC 1416
Query 1435 GAGCCGCCACCCATTGATGAATTCAAAGGAACTTATCCAAAGATTCACACACTGTTTTCT 1494
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1417 GAGCCGCCACCCATTGATGAATTCAAAGGACCTTATCCAAAGATTCACACACTGTTTTCT 1476
Query 1495 ACTGAGTGCACGACTTATTTCGATTGGCAAACAGTGGGCTTCATGCACAGTTTCCGCCAG 1554
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1477 ACTGAGTGCACGACTTATTTCGATTGGCAAACAGTCGGCTTCATGCACAGTTTCCGCCAG 1536
Query 1555 AGCGGCCAACCTGGAAATATCACTCGGCTTCTCAGTTGCACAGATGAAGCTCTTAAAAAC 1614
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1537 AGCGGCCAACCTGGAAATATCACTCGGCTTCTCAGTTGCACAGATGAAGCTCTTAAAAAC 1596
Query 1615 TATAAAGGTCATGACTTGGCCCCGACGCATTATGTTCCTTCGATGAGCAGACATCCTCTA 1674
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1597 TATAAAGGTCATGACTTGGCCCCGACGCATTATGTTCCTTCGATGAGCAGACATCCTCTA 1656
Query 1675 ACAGGCGATTGGTACCCGGCAATTAACAAACCAGCAGCAGTTGTCCATTGGCTTCACCAC 1734
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1657 ACAGGCGATTGGTATCCGGCAATTAACAAACCAGCAGCGGTTGTCCATTGGCTTCACCAC 1716
Query 1735 ACGAACATTGATGCAGAGTACGTAGTAATTCTTGATGCTGACATGATCCTTCGTGGACCC 1794
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||
Sbjct 1717 ACGAACATTGATGCAGAGTACGTAGTAATTCTTGATGCTGACATGATCCTCCGAGGACCC 1776
Query 1795 ATCACACCTTGGGAGTTTAAGGCAGCTCGAGGCCGACCAGTTTCAACTCCTTACGACTAT 1854
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1777 ATCACACCTTGGGAGTTTAAGGCAGCTCGAGGCCGACCAGTTTCGACTCCTTACGACTAT 1836
Query 1855 CTTATTGGATGTGATAATGACCTTGCAAGACTTCACACGCGTAATCCCGAGGCTTGTGAT 1914
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1837 CTTATTGGATGTGATAACGACCTTGCAAGACTTCACACGCGTAATCCCGAAGCTTGTGAT 1896
Query 1915 AAAGTTGGTGGAGTCATTATAATGCACATAGAGGATCTCCGGAAATTTGCAATGTACTGG 1974
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1897 AAAGTTGGTGGAGTCATTATAATGCACATAGAGGATCTCCGGAAATTCGCAATGTACTGG 1956
Query 1975 TTGCTTAAAACCCAGGAGGTTCGAGCAGACAAAGAACACTACGGGAAGGAGTTAACTGGG 2034
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1957 TTGCTTAAAACCCAGGAGGTTCGAGCAGACAAAGAACACTATGGGAAGGAGTTAACTGGG 2016
Query 2035 GATATATATGAATCCGGTTGGATCAGCGAAATGTATGGTTATTCATTTGGTGCTGCAGAG 2094
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2017 GATATATATGAATCCGGTTGGATCAGCGAAATGTATGGTTATTCATTTGGTGCTGCAGAG 2076
Query 2095 CTGAATTTGCGGCATAGCATAAACAAAGAAATTATGATTTATCCCGGGTATGTTCCTGAA 2154
|||||||||||||||| |||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2077 CTGAATTTGCGGCATATCATAAACAAAGAGATTTTGATTTATCCCGGGTATGTTCCTGAA 2136
Query 2155 CCTGGTGCTGACTATCGAGTTTTCCACTACGGTCTTGAGTTCAAAGTCGGAAATTGGAGC 2214
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2137 CCTGGTGCTGACTATCGAGTTTTCCACTACGGTCTTGAGTTCAAAGTCGGAAATTGGAGC 2196
Query 2215 TTTGACAAGGCGAACTGGAGGAACACTGATTTGATCAACAAATGCTGGGCAAAGTTTCCA 2274
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2197 TTTGACAAGGCGAATTGGAGGAACACTGATTTGATCAACAAATGCTGGGCAAAGTTTCCA 2256
Query 2275 GACCCGCCTAGTCCTTCGGCAGTCCATCAAACAGACAATGATCTACGGCAAAGAGACCTT 2334
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2257 GACCCGCCTAGTCCTTCGGCAGTCCATCAAACAGACAATGATCTACGGCAAAGAGACCTT 2316
Query 2335 CTCAGCATTGAATGTGGACAGAAGCTAAACGAAGCTCTATTTCTGCATCACAAGAGAAGA 2394
|| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||||||||||||||||
Sbjct 2317 CTGAGCATTGAATGTGGACAGAAGCTGAACGAAGCTCTGTATCTGCATCACAAGAGAAGG 2376
Query 2395 AATTGCCCTGAACCTGGATCAGAATCGACTGAGAAGATCTCGGTTTCGAGAAAAGTTGGT 2454
|||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2377 AATTGCCCTGAACCTGGATCTGAATCGACGGAGAAGATCTCGGTTTCGAGAAAAGTTGGT 2436
Query 2455 AACATTGAAACAAAACAAACCCAAGGAAGCGATGAAACAAAAGAGTCAAGTGGTTCGTCC 2514
||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| | |
Sbjct 2437 AACATTGAAACGAAAGAAACCCAAGGAAGCGATGATACAAAAGAGTCAAGTGGT--G-C- 2492
Query 2515 GAGTCTGAAGGGAGATTCAGCACGTTGAAATTATGGGTGATTGCGCTGTGGTTGATATCT 2574
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2493 ---T--GAAGGGAGATTCAGCACGTTGAAATTATGGGTGATTGCTCTGTGGTTGATATCT 2547
Query 2575 GGAGTAGGGTTCTTGGTAGTGATGCTATTGGTGTTCTCGACTCGTAGAGGCAGAGGAACA 2634
|| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2548 GGTGTAGGGTTCTTGGTAGTGATGCTTTTGGTGTTCTCGACTCGTAGAGGCAGAGGAACA 2607
Query 2635 ACAAGAGGGAAAGGTTACAGAAACAAGAGACGAACTTCTTACTCGAACACAGGTTTCTTG 2694
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 2608 ACAAGAGGGAAAGGTTACAGAAACAAGAGACGAACTTCGTACTCGAACACAGGTTTCTTG 2667
Query 2695 GACACTAAATGATC-AT---T-TCTGTTAGAATCTGAGCAATGTGTAGATACAAAC-AA- 2747
||||| |||||||| | | ||||||||||| |||||||||||||||||||| | ||
Sbjct 2668 GACACAAAATGATCGAGAGATATCTGTTAGAATGTGAGCAATGTGTAGATACAA-CTAAA 2726
Query 2748 CTAAACCaaaaaaaGGTGAGACATTTTGCTTCCCCCAAAGTCATATAGGTTTGTTTGTAT 2807
| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2727 CCAAACCAAAAAAAGGTGAGACATTTTGCTTCCCTCAAAGTCATATAGGTTTCTTTGTAT 2786
Query 2808 TCTTTTAA 2815
||||||||
Sbjct 2787 TCTTTTAA 2794
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 108214386045
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5