BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= AT3G02360.2 Length=1929 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg477469 jgi|Araly1|477469|fgenesh2_kg.3__170__AT3G02360.1 2641 0.0 > Ahg477469 jgi|Araly1|477469|fgenesh2_kg.3__170__AT3G02360.1 Length=1730 Score = 2641 bits (1430), Expect = 0.0 Identities = 1546/1601 (97%), Gaps = 11/1601 (1%) Strand=Plus/Plus Query 260 AGAGAAGAAGACTTAGAAAAATGGCTGTTCAACCTACAAGAATAGGTCTAGCTGGACTTG 319 |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| | Sbjct 135 AGAGAAGAAGACGAAGAAAAATGGCTGTTCAACCTACGAGAATTGGTCTAGCTGGACTGG 194 Query 320 CTGTGATGGGTCAGAACCTAGCTCTCAACATTGCAGAGAAAGGCTTCCCAATCTCTGTTT 379 |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| Sbjct 195 CTGTGATGGGTCAGAACCTAGCTCTCAACATTGCTGAGAAAGGCTTCCCAATCTCTGTTT 254 Query 380 ACAACAGAACTACTTCCAAAGTTGATGAGACCGTCGAACGAGCCAAAAAGGAAGGCAATC 439 |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 255 ACAACAGAACAACTTCCAAAGTTGATGAGACCGTCGAACGAGCCAAAAAGGAAGGCAATC 314 Query 440 TTCCTCTTTACGGCTTCCATGACCCCGAGTCTTTTGTCAAGTCCATTCAGAAGCCACGCG 499 |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 315 TTCCTCTTTATGGCTTCCATGACCCCGAGTCTTTTGTCAAGTCCATTCAGAAGCCACGCG 374 Query 500 TTATTATCATGCTTGTTAAGGCTGGTTCTCCCGTTGACCAGACCATCAAGACCCTCTCTG 559 |||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 375 TTATTATCATGCTTGTTAAGGCTGGTGCTCCTGTTGACCAGACCATCAAGACCCTCTCTG 434 Query 560 CTTATTTGGAGAAAGGTGACTGTATTGTCGATGGTGGTAATGAATGGTATGAGAACACTG 619 ||||||||||||| ||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 435 CTTATTTGGAGAAGGGTGATTGCATTGTTGATGGTGGTAATGAATGGTATGAGAACACTG 494 Query 620 AGAGGAGAGAAAAAGCCGTGGCGGAGAACGGTTTCCTCTACCTTGGAATGGGAGTTTCTG 679 |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 495 AGAGGAGAGAAAAAGCCGTGGCTGAGAACGGTTTCCTCTACCTTGGAATGGGAGTTTCTG 554 Query 680 GTGGTGAAGAAGGTGCTCGTAATGGCCCATCTATGATGCCTGGAGGCTCTTATGAAGCCT 739 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 555 GTGGTGAAGAAGGTGCTCGTAATGGCCCATCTATGATGCCTGGAGGCTCTTATGAAGCCT 614 Query 740 ACAAGAATATCGAAGACATTGTTCTCAAGGTTGCTGCTCAGGTTAGGGATAGTGGTCCCT 799 |||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 615 ACAAGAATATTGAGGACATTGTTCTCAAGGTTGCTGCTCAGGTTAGGGATAGTGGTCCCT 674 Query 800 GTGTGACTTATATCGGTAAGGGCGGGTCTGGAAACTTTGTCAAAATGGTCCACAATGGGA 859 | || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 675 GCGTTACTTACATCGGTAAGGGCGGGTCTGGAAACTTTGTCAAAATGGTCCACAATGGGA 734 Query 860 TCGAGTACGGTGATATGCAGCTGATTGCAGAAGCTTATGACGTCCTCAAGTCTGTTGGTA 919 ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| Sbjct 735 TCGAGTACGGTGATATGCAGCTGATCGCAGAAGCTTACGACGTCCTCAAGTCTGTTGGTA 794 Query 920 AATTATCGAATGAGGAGCTTCACAGTGTCTTCTCTGACTGGAACAAAGGTGAGCTTGAGA 979 ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 795 AATTAACGAATGAGGAGCTTCACAGTGTCTTCTCTGACTGGAACAAAGGTGAGCTTGAGA 854 Query 980 GTTTCTTGGTAGAGATCACAGCAGATATTTTCGGGATCAAGGACGATAAGGGAGATGGGC 1039 |||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 855 GTTTCTTGGTAGAGATCACAGCGGATATTTTTGGGATCAAGGACGATAAGGGAGATGGGC 914 Query 1040 ATTTGGTTGACAAGGTCTTGGACAAAACCGGCATGAAAGGCACAGGAAAGTGGACCGTGC 1099 |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| Sbjct 915 ATTTGGTTGACAAGGTTTTGGACAAAACCGGCATGAAAGGTACAGGAAAGTGGACCGTGC 974 Query 1100 AGCAAGCTGCTGAGCTATCTGTTCCTGCTCCCACCATTGAATCCTCTCTTGATGCGAGGT 1159 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 975 AGCAAGCTGCTGAGCTATCTGTTCCTGCTCCCACCATTGAATCCTCTCTTGATGCGAGGT 1034 Query 1160 TCCTTAGCGGGCTTAAAGATGAACGTGTGCAAGCAGCTAAAGTCTTCAAGGCAGGTGGGT 1219 |||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1035 TCCTCAGCGGGCTAAAAGATGAACGTGTGCAAGCAGCTAAAGTCTTCAAGGCAGGTGGGT 1094 Query 1220 TTGGAGATATCTTGACCGATCAGAAAGTTGACAAGAAACAGCTAGTCGATGACGTGAGGA 1279 ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| Sbjct 1095 TTGGAGATATCTTGACCGATCAGAATGTTGACAAGAAGCAGCTAGTCGATGACGTGAGGA 1154 Query 1280 AGGCTCTTTACGCATCCAAAATCTGCAGCTACGCACAAGGCATGAACCTTATCCGTGCCA 1339 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1155 AGGCTCTTTACGCATCCAAAATCTGCAGCTACGCACAAGGCATGAACCTTATCCGTGCCA 1214 Query 1340 AGAGCATAGA-AAAGGGGTGGGGATTGAAGCTAGGTGAGTTAGCTAGAATCTGGAAAGGA 1398 |||||||||| ||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1215 AGAGCATAGAGAAA-GGGTGGGGCTTGAAGCTAGGTGAGTTAGCTAGAATCTGGAAAGGA 1273 Query 1399 GGCTGCATCATCAGAGCAATCTTCCTAGACAGGATCAAGCAAGCTTATGACAGGAACGCA 1458 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| Sbjct 1274 GGCTGCATCATCAGAGCAATCTTCCTAGACAGGATCAAGCAAGCTTATGACAGGAATGCA 1333 Query 1459 GAGCTAGCTAACCTCTTGGTGGATCCAGAGTTTGCGAAAGAGATAATCGAGAGACAGTCC 1518 ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1334 GAGCTGGCTAACCTCTTGGTGGATCCTGAGTTTGCGAAAGAGATAATCGAGAGACAGTCC 1393 Query 1519 GCGTGGAGAAGAGTCGTCTGCTTAGCTATCAACTCGGGTATCAGCACACCGGGTATGTCT 1578 || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||| Sbjct 1394 GCTTGGAGAAGAGTCGTCTGCTTAGCTATCAACTCGGGAATTAGCACACCGGGTATGTCT 1453 Query 1579 GCGAGTCTAGCCTACTTTGATTCTTACAGGAGAGAGAGATTGCCGGCAAATCTAGTCCAA 1638 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1454 GCGAGTCTAGCCTACTTTGATTCTTACAGGAGAGAGAGATTGCCGGCAAATCTAGTCCAA 1513 Query 1639 GCACAGAGAGACTACTTTGGTGCTCATACATATGAAAGGACTGATGTGGAAGGATCTTTC 1698 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1514 GCACAGAGAGACTACTTTGGTGCTCATACATATGAAAGGACTGATGTGGAAGGATCTTTC 1573 Query 1699 CACACCGAGTGGTTCAAGATTGCAAGACAATCTAAGATCTGAGATCTCTCATCCTCTT-G 1757 |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||| | Sbjct 1574 CACACCGAGTGGTTCAAGATTGCAAGACAATCCAAGATCTGAGATCTCTCCTCCTCTTTG 1633 Query 1758 TATTCTTCTTCTCCTTCAATAATAAGTTCCACACAGTATGTTT-CTTTCCTCAATGTGTG 1816 |||||||||||| | ||||||||| || ||||||| |||||| ||| |||||||||||| Sbjct 1634 TATTCTTCTTCT--T-CAATAATAATTTTCACACAGAATGTTTGCTT-CCTCAATGTGTG 1689 Query 1817 A-GA--TACCTTGGCTTATTTATGATTGTAGAACTGAGTTT 1854 | || ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1690 AAGAAATACATTGGCTTATTTATGATTGTAGAACTGAGTTT 1730 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 72485736235 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5