BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G03310.1
Length=1635
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg927841 jgi|Araly1|927841|scaffold_300298.1 2357 0.0
> Ahg927841 jgi|Araly1|927841|scaffold_300298.1
Length=1406
Score = 2357 bits (1276), Expect = 0.0
Identities = 1363/1406 (97%), Gaps = 1/1406 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 73 CCGAAACCTGACCCGCTTTGATGGGCTGGATTCCGTGTCCGTGCTGGGGAACCAACGACG 132
|||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 CCGAAACCTGACCCGCTTCGATGGACTGGATTCCGTGTCCGTGCTGGGGAACCAACGACG 60
Query 133 ATGAAAACGCCGGCGAGGTGGCGGATCGTGATCCGGTGCTTCTAGTATCTGGAATTGGAG 192
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 61 ATGAAAACTCCGGCGAGGTGGCGGATCGTGATCCGGTGCTTCTAGTATCTGGAATAGGAG 120
Query 193 GCTCTATTCTGCATTCTAAGAAGAAGAATTCAAAGTCTGAAATTCGGGTTTGGGTCCGAA 252
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 GCTCTATTCTGCATTCTAAGAAGAAGGATTCAAAGTCTGAAATTCGGGTTTGGGTCCGAA 180
Query 253 TATTTCTAGCTAACCTTGCCTTTAAGCAGAGCCTCTGGTCTCTCTATAATCCCAAAACTG 312
||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 TATTTCTCGCCAACCTTGCCTTTAAGCAGAGCCTCTGGTCTCTCTATAATCCCAAAACTG 240
Query 313 GTTATACAGAGCCGTTGGATGATAATATTGAAGTATTGGTCCCTGATGATGACCATGGAC 372
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 241 GTTATACAGAGCCGTTGGATGATAATATTGAAGTATTGGTCCCTGATGATGACCATGGAC 300
Query 373 TCTATGCAATTGACATTCTAGATCCCTCTTGGTTTGTAAAGCTTTGTCACTTGACGGAGG 432
||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||
Sbjct 301 TCTATGCAATTGATATTCTAGATCCCTCCTGGTTTGTGAAGCTTTGTCACTTGACAGAGG 360
Query 433 TTTATCACTTTCACGATATGATAGAAATGCTGGTTGGATGCGGTTATAAGAAGGGGACTA 492
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 361 TCTATCACTTTCACGATATGATAGAAATGCTGGTTGGATGCGGTTATAAGAAGGGGACTA 420
Query 493 CATTATTCGGTTATGGTTACGATTTCCGTCAAAGCAATAGGATCGATCTACTTATACTAG 552
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 421 CATTATTCGGATATGGTTACGATTTCCGTCAAAGCAATAGGATCGATCTACTGATACTAG 480
Query 553 GTCTGAAGAAGAAGCTGGAAACTGCATATAAACGTTCAGGGGGGAGAAAAGTCACTATCA 612
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 481 GTCTGAAGAAGAAGCTGGAAACTGCATATAAACGTTCAGGGGGGAGAAAAGTCACTATCA 540
Query 613 TCTCCCATTCAATGGGAGGACTTATGGTTTCATGTTTCATGTATCTCCATCCGGAGGCAT 672
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 541 TCTCCCATTCAATGGGAGGAATTATGGTTTCATGTTTCATGTATCTCCATCCGGAGGCTT 600
Query 673 TTTCCAAGTATGTAAATAAATGGATTACAATTGCAACACCTTTCCAAGGAGCACCAGGGT 732
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 601 TTTCCAAGTATGTAAATAAATGGATTACAATTGCAACACCTTTCCAAGGAGCACCAGGGT 660
Query 733 GCATCAATGATTCAATCTTGACTGGAGTGCAATTTGTGGAAGGGTTAGAAAGTTTCTTTT 792
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 661 GCATCAATGATTCAATCTTGACTGGAGTGCAATTTGTGGAAGGGTTAGAAAGTTTCTTTT 720
Query 793 TTGTGTCACGTTGGACGATGCACCAACTGTTGGTCGAATGCCCATCTATATATGAGATGA 852
|||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 721 TTGTGTCAAGATGGACGATGCACCAACTGTTGGTCGAATGCCCATCTATATATGAGATGA 780
Query 853 TGGCAAATCCAGACTTTAAGTGGAAAAAGCAACCAGAGATTCGAGTTTGGCGTAAGAAAT 912
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 781 TGGCAAATCCAGATTTTAAGTGGAAAAAGCAACCAGAGATTCGAGTTTGGCGTAAGAAAT 840
Query 913 CTGAAAACGACGTTGATACTTCTGTAGAACTGGAATCATTTGGCTTAATCGAGAGTATTG 972
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 841 CTGAAAACGACGATGATACTTCTGTAGAACTGGAATCATTTGGCCTAATCGAGAGTATTG 900
Query 973 ATCTATTCAACGATGCATTAAAAAATAACGAGCTAAGCTATGGTGGGAATAAAATAGCTT 1032
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||
Sbjct 901 ATCTATTCAACGATGCATTGAAAAATAACGAGCTAAGCTACGGTGGGAACAAAATAGCTT 960
Query 1033 TGCCCTTTAACTTTGCTATCCTCGACTGGGCTGCTAAGACAAGAGAAATTCTCAACAAAG 1092
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 961 TGCCCTTTAACTTTGCTATCCTCGACTGGGCGGCTAAGACGAGAGAAATTCTCAACAAAG 1020
Query 1093 CGCAACTTCCTGATGGAGTGTCCTTCTATAACATATATGGAGTGTCACTTAATACACCCT 1152
||||||||||||||||||| |||||||||||||| || |||||||||||| |||||||||
Sbjct 1021 CGCAACTTCCTGATGGAGTTTCCTTCTATAACATTTACGGAGTGTCACTTGATACACCCT 1080
Query 1153 TTGATGTTTGTTATGGCACAGAGACTTCTCCGATAGACGATTTGTCTGAAATATGTCAAA 1212
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1081 TTGATGTTTGTTATGGCACAGAGACTTCTCCAATAGACGATCTGTCTGAAATATGTCAAA 1140
Query 1213 CTATGCCTGAGTATACATATGTAGATGGAGATGGAACTGTCCCTGCTGAATCAGCTGCAG 1272
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||| |
Sbjct 1141 CTATGCCTGAGTATACATATGTAGATGGAGATGGAACTGTACCTTCTGAATCAGCTGCGG 1200
Query 1273 CTGCTCAGTTTAAAGCAGTTGCTAGCGTAGGAGTTTCGGGTAGCCACCGCGGGCTTCTCC 1332
|||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1201 CTGCACAGTTTAAAGCAGTTGCAAGCGTAGGAGTTTCTGGTAGCCACCGCGGGCTTCTCC 1260
Query 1333 GTGATGAAAGAGTGTTTGAGCTCATTCAACAATGGTTAGGAGTTGAGCCCAAGAAGGCTA 1392
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1261 GTGATAAAAGAGTGTTTGAGCTCATTCAACAATGGTTAGGAGTTGAGCCCAAGAAGGCTA 1320
Query 1393 AACGGAAGCATTTAAGGACTCACAAAGTAGTTGATTCTGGTTAAGTCCAAAGCCTAGTAA 1452
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1321 AACGGAAGCATTTAAGGACTCACAAAGTTGTTGATTCTGGCCAAGTCCAAAGCCTAGTAA 1380
Query 1453 ACTAAAA-GATCTTGTTTGAATAAGT 1477
||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1381 ACTAAAAAGATCTTGTTTGAATAAGT 1406
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 61287204205
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5