BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G03780.1
Length=2617
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg477628 jgi|Araly1|477628|fgenesh2_kg.3__329__AT3G03780.2 4362 0.0
Ahg488656 jgi|Araly1|488656|fgenesh2_kg.6__1790__AT5G17920.1 2815 0.0
Ahg913528 jgi|Araly1|913528|Al_scaffold_0001_3782 403 3e-111
> Ahg477628 jgi|Araly1|477628|fgenesh2_kg.3__329__AT3G03780.2
Length=2596
Score = 4362 bits (2362), Expect = 0.0
Identities = 2502/2569 (97%), Gaps = 12/2569 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 55 GTa-aaaaaacaaaaaacaaacaaaaaTGGCTTCCCACATTGTTGGATATCCACGTATGG 113
||| |||||| |||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 34 GTACAAAAAA-AAAAAAGAATCAAAAATGGCTTCCCACATTGTTGGATATCCACGTATGG 92
Query 114 GACCTAAGAGAGAGCTCAAGTTTGCATTGGAGTCTTTCTGGGATGGCAAGAGCAGTGCCG 173
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 93 GACCTAAGAGAGAGCTCAAGTTTGCATTGGAGTCTTTCTGGGATGGCAAGAGCAGTGCCG 152
Query 174 ATGATTTGCAGAAGGTGTCTGCTGATCTCAGGTCTGATATCTGGAAACAGATGTCTGCTG 233
| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 153 AGGATTTGCAGAAGGTGTCTGCTGATCTAAGGTCTGATATCTGGAAACAGATGTCTGCTG 212
Query 234 CTGGGATTAAGTATATCCCAAGCAACACCTTTTCTCATTATGACCAGGTGCTTGACACCA 293
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 213 CTGGGATTAAGTATATCCCAAGCAACACCTTTTCTCATTATGACCAGGTGCTTGACACCA 272
Query 294 CCGCCATGCTTGGTGCTGTTCCATCTAGATATGGATTTACCAGTGGTGAGATCGGTCTCG 353
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 273 CCGCCATGCTTGGTGCTGTTCCACCTAGATATGGATTTACTAGTGGTGAGATCGGTCTCG 332
Query 354 ATGTTTACTTCTCCATGGCTAGAGGAAATGCCTCTGTTCCAGCTATGGAGATGACCAAGT 413
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 333 ATGTTTACTTCTCCATGGCTAGAGGAAATGCCTCTGTTCCAGCTATGGAGATGACCAAGT 392
Query 414 GGTTTGACACCAACTACCATTACATCGTCCCAGAGTTGGGCCCTGAAGTGAAATTTTCTT 473
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 393 GGTTTGACACCAACTACCATTACATCGTCCCAGAGTTGGGCCCTGAAGTGAAATTCTCTT 452
Query 474 ACGCATCTCACAAGGCTGTCAATGAGTACAAGGAGGCCAAGGCTCTTGGTGTTGAGACCG 533
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |
Sbjct 453 ACGCATCTCACAAGGCTGTGAATGAGTACAAGGAGGCTAAGGCTCTTGGTGTTGAGACGG 512
Query 534 TCCCTGTACTTGTTGGCCCTGTCTCTTACTTGCTTCTTTCCAAGCTTGCTAAGGGTGTTG 593
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 513 TCCCTGTACTTGTTGGCCCTGTCTCTTACTTGCTTCTTTCCAAGCTTGCTAAGGGTGTTG 572
Query 594 ACAAGTCATTTGATCTTCTCTCCCTTCTCCCCAAAATCCTCCCAGTTTACAAGGAAGTCA 653
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||
Sbjct 573 ACAAGTCATTTGATCTTCTCTCCCTTCTCCCCAAAATTCTCCCAGTCTACAAGGAAGTCA 632
Query 654 TTGCAGAGCTTAAGGCAGCTGGTGCCTCCTGGATTCAGCTTGATGAGCCTCTCTTTGTCA 713
||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 633 TTGCAGAACTTAAGGCAGCTGGTGCCTCTTGGATTCAGCTTGATGAGCCTCTCTTTGTCA 692
Query 714 TGGATCTCGAGGGTCACAAACTCCAGGCTTTTAGCGGTGCCTATGCTGAGCTTGAATCAA 773
||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 693 TGGATCTTGAGGGTCAAAAACTCCAGGCTTTTAGCGGTGCCTATGCTGAGCTTGAATCAA 752
Query 774 CTCTCTCTGGTCTGAATGTTCTTGTGGAGACCTACTTCGCTGATATCCCTGCTGAAGCAT 833
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 753 CTCTCTCTGGTCTGAATGTTCTTGTGGAGACCTACTTTGCTGATATCCCTGCTGAAGCAT 812
Query 834 ACAAGACCCTTACTTCCTTGAAGGGTGTGACTGCCTTCGGATTTGATTTGGTTCGTGGCA 893
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |
Sbjct 813 ACAAGACTCTTACTTCCTTGAAGGGTGTGACTGCCTTTGGATTTGATTTGGTTCGTGGTA 872
Query 894 CCAAGACCATTGACTTGATCAAGTCAGGTTTCCCACAGGGCAAGTACCTCTTTGCTGGTG 953
||||||||||||||||||||||| | |||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 873 CCAAGACCATTGACTTGATCAAGGCTGGTTTCCCCCAGGGCAAGTACCTCTTTGCTGGTG 932
Query 954 TTGTTGACGGAAGGAACATCTGGGCCAATGACCTCGCTGCCTCTCTCATCACCTTGCAGT 1013
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 933 TTGTTGACGGAAGGAACATCTGGGCCAATGACCTCGCTGCCTCTCTCATCACCTTGCAGT 992
Query 1014 CACTTGAGGGTGTTGTTGGTAAAGACAAGCTTGTGGTCTCAACCTCTTGCTCTCTTCTCC 1073
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 993 CACTTGAGGGTGTTGTTGGTAAAGACAAGCTTGTGGTCTCAACCTCTTGCTCTCTTCTCC 1052
Query 1074 ACACTGCCGTTGACCTTATTAACGAGACTAAGCTTGATGCTGAAATCAAGTCGTGGCTAG 1133
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1053 ACACTGCCGTTGACCTTGTTAACGAGACTAAGCTTGATGCTGAAATCAAGTCGTGGCTAG 1112
Query 1134 CTTTTGCTGCCCAGAAGGTTGTTGAAGTTGACGCATTGGCCAAGGCTTTGGCCGGTCAGA 1193
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1113 CTTTTGCCGCCCAGAAGGTTGTTGAAGTTGACGCATTGGCCAAGGCTTTAGCCGGTCAGA 1172
Query 1194 CAAATGAGAGTTTCTTCACTGCCAACGCTGACGCATTGTCTTCGAGGAGGTCTTCCCCAA 1253
| ||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1173 CGAATGAGAGTTTCTTCACTGCCAACGCTGATGCTTTGTCTTCGAGGAGGTCTTCCCCAA 1232
Query 1254 GAGTCACCAATGAGTCTGTCCAGAAGGCTGCTGCTGCTTTGAAGGGATCTGACCACCGCC 1313
||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1233 GAGTCACTAATGAGGCTGTCCAGAAGGCTGCTGCTGCTTTGAAGGGGTCTGACCACCGCC 1292
Query 1314 GTACAACTGAAGTTAGCGCAAGGCTAGATGCTCAGCAGAAGAAGCTTAACCTTCCAATCC 1373
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1293 GTACAACCGAAGTTAGCGCAAGGCTAGATGCTCAGCAGAAGAAGCTTAACCTTCCAATCC 1352
Query 1374 TCCCAACCACAACCATTGGATCCTTCCCACAGACCGTGGAACTCAGGAGAGTTCGCCGTG 1433
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1353 TCCCAACCACCACCATTGGATCCTTCCCACAGACCGTGGAACTCAGGAGAGTTCGCCGTG 1412
Query 1434 AATACAAGGCCAAGAAAATCTCTGAAGAGGATTACGTCAAGGCCATCAAGGAAGAGATCA 1493
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1413 AATACAAGGCGAAGAAAATCTCTGAAGAGGATTACGTCAAGGCCATCAAGGAAGAGATCA 1472
Query 1494 AGAAAGTTGTTGACATCCAAGAGGACCTTGACATTGATGTTCTTGTTCACGGAGAGCCTG 1553
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1473 AGAAAGTTGTTGACATCCAAGAGGACCTTGACATTGATGTTCTTGTTCACGGAGAGCCTG 1532
Query 1554 AGAGAAACGACATGGTTGAGTACTTTGGAGAGCAATTGTCAGGTTTCGCATTCACAGCAA 1613
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1533 AGAGAAACGATATGGTTGAGTACTTTGGAGAGCAATTGTCAGGTTTCGCATTCACAGCAA 1592
Query 1614 ACGGATGGGTGCAATCCTATGGATCTCGCTGTGTGAAGCCACCAGTTATCTATGGTGACG 1673
| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1593 ATGGGTGGGTGCAATCCTATGGATCTCGCTGTGTGAAGCCACCAGTTATCTACGGTGACG 1652
Query 1674 TGAGCCGCCCCAAGCCAATGACAGTCTTCTGGTCCTCAACAGCTCAGAGCATGACCAAAC 1733
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1653 TGAGCCGCCCCAAGCCAATGACAGTCTTCTGGTCCTCAACAGCTCAGAGCATGACCAAAC 1712
Query 1734 GTCCAATGAAGGGTATGCTTACAGGTCCAGTCACAATTCTCAACTGGTCTTTTGTCAGAA 1793
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||
Sbjct 1713 GTCCAATGAAGGGAATGCTTACAGGTCCAGTCACAATTCTTAACTGGTCTTTTGTTAGAA 1772
Query 1794 ACGACCAGCCCAGGCACGAAACCTGTTACCAGATCGCTTTGGCCATCAAAGATGAAGTGG 1853
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1773 ACGACCAGCCCAGGCACGAAACCTGTTACCAGATCGCTTTGGCCATCAAAGACGAAGTGG 1832
Query 1854 AAGACCTCGAGAAAGGCGGTATTGGAGTCATTCAGATCGATGAAGCCGCACTTAGAGAAG 1913
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1833 AAGACCTCGAGAAAGGCGGTATTGGAGTCATTCAGATCGATGAAGCCGCACTCAGAGAAG 1892
Query 1914 GATTGCCTCTTAGGAAAGCCGAACACTCTTTCTACTTGGACTGGGCTGTTCACTCTTTCA 1973
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1893 GATTGCCTCTTAGGAAAGCCGAACACTCTTTCTACTTGGACTGGGCTGTTCACTCTTTCA 1952
Query 1974 GAATCACCAACTGTGGCGTCCAAGACAGCACTCAGATTCACACTCACATGTGTTACTCAA 2033
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1953 GAATCACCAACTGTGGCGTCCAAGACAGCACTCAGATTCACACTCACATGTGTTACTCAA 2012
Query 2034 ACTTCAACGACATCATCCACTCAATCATTGACATGGACGCTGATGTCATCACCATTGAGA 2093
||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2013 ACTTCAATGACATCATCCACTCAATCATCGACATGGACGCTGATGTCATCACCATTGAGA 2072
Query 2094 ACTCTCGTTCAGACGAGAAGCTTCTCTCAGTGTTCCGTGAAGGAGTGAAGTACGGTGCAG 2153
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2073 ACTCTCGTTCAGACGAGAAGCTTCTATCAGTGTTCCGTGAAGGAGTGAAGTACGGTGCAG 2132
Query 2154 GAATCGGTCCTGGTGTTTACGACATTCACTCTCCGAGAATACCATCCACAGATGAAATTG 2213
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2133 GAATCGGTCCTGGTGTTTACGACATTCACTCTCCAAGAATACCATCCACAGAAGAAATTG 2192
Query 2214 CAGACAGGATCAACAAGATGCTTGCGGTTCTTGAGCAGAACATCTTGTGGGTTAACCCTG 2273
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2193 CAGACAGGATCAACAAGATGCTTGCGGTTCTTGAGCAGAACATCTTGTGGGTTAACCCTG 2252
Query 2274 ACTGTGGTCTGAAGACAAGGAAGTACACTGAGGTTAAACCAGCACTTAAAGCCATGGTTG 2333
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2253 ACTGTGGTCTGAAGACAAGGAAGTACACTGAGGTTAAACCAGCACTTAAAGCCATGGTTG 2312
Query 2334 ACGCGGCTAAGCTTATCCGCTCCCAGCTCGGTAGTGCCAAGTGAAGAGCTTGAAGATATT 2393
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2313 ACGCGGCTAAGCTTATCCGCTCCCAGCTCGCTAGTGCCAAGTGAAGAACTTGAAGATATC 2372
Query 2394 ATTTCTATATTCCGGGATTTTTCTACGTGGTTTGTGTTTGTTCAGTTTCAATAACTTTTC 2453
|||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2373 ATTTCTAT-TTCCGGGATTTTTATACGTGGTTTGTGTTTGTTCAGTTTCAATAACTTTTC 2431
Query 2454 TTCCAAGAAAAATATTTT-AGCCAAAGTTAGGTTTTGAGGGAATGGAGTCACACTCTCTC 2512
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2432 TTCCAAGAAAAATATTTTTAGCCAAAGTTAGGTTTTGAGGGAATGGAGTCACACTCTCTC 2491
Query 2513 GCTTTCGTTGAAGAGAGTTTACGGCTTT-ATACT-ATATGT-TTCTCTTGTTGCAATGTT 2569
||||||||||||||||||||| |||||| || || |||| | |||| |||||||||||||
Sbjct 2492 GCTTTCGTTGAAGAGAGTTTATGGCTTTCAT-CTTATAT-TCTTCTTTTGTTGCAATGTT 2549
Query 2570 ATATGTATCTTTGTTTTCTCT-AATGAAATATATGCTTCTTTGATCTCT 2617
||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2550 ATATGTATCTTTGTTTTCTCTTAATGAAATAT--GCTTCTTTGATCTCT 2596
> Ahg488656 jgi|Araly1|488656|fgenesh2_kg.6__1790__AT5G17920.1
Length=2762
Score = 2815 bits (1524), Expect = 0.0
Identities = 2065/2325 (89%), Gaps = 42/2325 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 77 aaaaTGGCTTCCCACATTGTTGGATATCCACGTATGGGACCTAAGAGAGAGCTCAAGTTT 136
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 169 AAAATGGCTTCACACATTGTTGGATATCCACGTATGGGCCCTAAGAGAGAGCTCAAGTTT 228
Query 137 GCATTGGAGTCTTTCTGGGATGGCAAGAGCAGTGCCGATGAT-TTGCAGAAGGTGTCTGC 195
|| ||||| |||||||||||||| ||||||| ||| || ||| || ||||||||||||||
Sbjct 229 GCTTTGGAATCTTTCTGGGATGGTAAGAGCACTGCTGAGGATCTT-CAGAAGGTGTCTGC 287
Query 196 TGATCTCAGGTCTGAT--ATCTGGAAACAGATGTCTGCTGCTGGGATTAAGTAT-ATCCC 252
|||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||||| ||||| | |||||
Sbjct 288 TGATCTCAGGTC--ATCCATCTGGAAACAGATGTCTGCGGCTGGGACTAAGT-TCATCCC 344
Query 253 AAGCAACACCTTTTCTCATTATGACCAGGTGCTTGACACCACCGCCATGCTTGGTGCTGT 312
||||||||||||| |||| || |||||||| || ||||||||||| ||||| ||||||||
Sbjct 345 AAGCAACACCTTTGCTCACTACGACCAGGTTCTCGACACCACCGCTATGCTCGGTGCTGT 404
Query 313 TCCATCTAGATATGGATTTAC-C-AGTGGTGAGATCGGTCTCGATGTTTACTTCTCCATG 370
|||| |||||||||| |||| | ||||||||||||| || ||||||||||||||||||
Sbjct 405 TCCACCTAGATATGG--TTACACTGGTGGTGAGATCGGGCTTGATGTTTACTTCTCCATG 462
Query 371 GCTAGAGGAAATGCCTCTGTTCCAGCTATGGAGATGACCAAGTGGTTTGACACCAACTAC 430
|| ||||||||||||||||| || |||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 463 GCCAGAGGAAATGCCTCTGTGCCTGCTATGGAAATGACCAAGTGGTTTGACACCAACTAC 522
Query 431 CATTACATCGTCCCAGAGTTGGGCCCTGAAGTGAAATTTTCTTACGCATCTCACAAGGCT 490
|||||||||||||| |||||||||||||| || || || ||||||||||| ||||||||
Sbjct 523 CATTACATCGTCCCTGAGTTGGGCCCTGAGGTCAACTTCTCTTACGCATCCCACAAGGCG 582
Query 491 GTCAATGAGTACAAGGAGGCCAAGGCTCTTGGTGTTGAGACCGTCCCTGTACTTGTTGGC 550
|| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 583 GTGAATGAGTACAAGGAGGCCAAAGCTCTTGGTGTTGACACCGTCCCTGTACTTGTTGGC 642
Query 551 CCTGTCTCTTACTTGCTTCTTTCCAA-GCTTGCTAAGGGTGTTGACAAGTCATTTGATCT 609
|| |||||||||||||| |||||||| || ||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 643 CCAGTCTCTTACTTGCTGCTTTCCAAGGC-TGCCAAGGGTGTTGACAAGTCATTTGATCT 701
Query 610 TCTCTCCCTTCTCCCCAAAATCCTCCCAG-TTTACAAGGAAGTCATTGCAGAGCTTAAGG 668
||| || |||||||| ||||| ||||| | | ||||||||||| ||| | ||||||||||
Sbjct 702 TCTTTCTCTTCTCCCTAAAATTCTCCC-GATCTACAAGGAAGTGATTACCGAGCTTAAGG 760
Query 669 CAGCTGGTGCCTCCTGGATTCAGCTTGATGAGCCTCTCTTTGTCATGGATCTCGAGGGTC 728
||||||||||| |||||||||||||||| |||||| || |||| |||||||| |||||||
Sbjct 761 CAGCTGGTGCCACCTGGATTCAGCTTGACGAGCCTGTCCTTGTTATGGATCTTGAGGGTC 820
Query 729 ACAAACTCCAGGCTTTTAGC-GGTGCCTATGCTGAGCTTGAATCAACTCTCTCTGGTCTG 787
||||||||||||| |||| | |||||||||||||| |||||||||||||| |||||| ||
Sbjct 821 ACAAACTCCAGGCCTTTA-CTGGTGCCTATGCTGAACTTGAATCAACTCTTTCTGGTTTG 879
Query 788 AATGTTCTTGTGGAGACCTACTTCGCTGATATCCCTGCTGAAGCATACAAGACCCTTACT 847
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||
Sbjct 880 AATGTTCTTGTCGAGACCTACTTCGCTGATATCCCTGCTGAGGCATACAAGACCCTAACT 939
Query 848 TCCTTGAAGGGTGTGACTGCCTTCGGATTTGATTTGGTTCGTGGCACCAAGACCATTGAC 907
|| |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 940 TCATTGAAGGGTGTGACTGCCTTTGGTTTTGATTTGGTTCGTGGCACCAAGACCCTTGA- 998
Query 908 TTGA-TCAAGTCAGGTTTCCCACAGGGCAAGTACCTCTTTGCTGGTGTTGTTGACGGAAG 966
|| | ||||| |||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 999 TTTAGTCAAGGCAGGTTTCCCTGAGGGAAAGTACCTCTTTGCTGGTGTTGTTGATGGAAG 1058
Query 967 GAACATCTGGGCCAATGACCTCGCTGCCTCTCTCATCACCTTGCAGTCACTTGAGGGTGT 1026
||||||||||||||||||| | ||||| ||||||| |||||||||| ||||||| || |
Sbjct 1059 GAACATCTGGGCCAATGACTTTGCTGCGTCTCTCAGCACCTTGCAGGCACTTGAAGGCAT 1118
Query 1027 TGTTGGTAAAGACAAGCTTGTGGTCTCAACCTCTTGCTCTCTTCTCCACACTGCCGTTGA 1086
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || |||||
Sbjct 1119 TGTTGGTAAAGACAAGCTTGTGGTCTCAACCTCCTGCTCTCTTCTCCACACCGCTGTTGA 1178
Query 1087 CCTTATTAACGAGACTAAGCTTGATGCTGAAATCAAGTCGTGGCTAGCTTTTGCTGCCCA 1146
||||| || |||||||||||||||| |||||||||||| ||| | || |||||||||||
Sbjct 1179 TCTTATCAATGAGACTAAGCTTGATGATGAAATCAAGTCATGGTTGGCGTTTGCTGCCCA 1238
Query 1147 GAAGGTTGTTGAAGTTG-ACGCATTGGCCAAGGCTTTGGCCGGTCAGACA-AATGAGAG- 1203
|||||||||||||| || |||||||||| ||||||||||| ||||||| | ||||| |
Sbjct 1239 GAAGGTTGTTGAAG-TGAACGCATTGGCTAAGGCTTTGGCTGGTCAGA-AGGATGAG-GC 1295
Query 1204 T-TTCTTCACTGCCAACGCTGAC-GCATTGTCTTCGAGGAGGTCTTCCCCAAGAGTCACC 1261
| || ||| ||||||| |||| | || ||| |||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1296 TCTT-TTCTCTGCCAATGCTG-CGGCTTTGGCTTCAAGGAGGTCTTCCCCAAGAGTCACC 1353
Query 1262 AATGAGTCTGTCCAGAAGGCTGCTGCTGCTTTGAAGGGATCTGACCACCGCCGTACAACT 1321
|| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||
Sbjct 1354 AACGAGGGTGTCCAGAAGGCTGCTGCTGCTTTGAAGGGATCTGACCACCGTCGTGCAACT 1413
Query 1322 GAA-GTTAGCGCAAGGCTAGATGCTCAGCAGAAGAAGCTTAACCTTCCAATCCTCCCAAC 1380
|| ||||| || |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||
Sbjct 1414 -AATGTTAGTGCTAGGCTAGATGCTCAGCAGAAGAAGCTCAACCTCCCAATCCTGCCAAC 1472
Query 1381 CACAACCATTGGATCCTTCCCACAGACCGTGGAACTCAGGAGAGTTCGCCGTGAATACAA 1440
||||||||| |||||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||| |||||
Sbjct 1473 CACAACCATCGGATCCTTCCCACAGACCGTAGAGCTCAGGAGAGTTCGTCGTGAGTACAA 1532
Query 1441 GGCCAAGAAA-ATCTCTGAAGAGGATTACGTCAAGGCCATCAAGGAAGAGATCAAGAAAG 1499
||| || ||| ||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1533 GGCGAA-AAAGGTCTCTGAGGAGGACTACGTTAAGGCCATCAAGGAAGAGATCAAGAAAG 1591
Query 1500 TTGTTGACATCCAAGAGGACCTTGACATTGATGTTCTTGTTCACGGAGAGCCTGAGAGAA 1559
|||||||| |||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||
Sbjct 1592 TTGTTGACCTCCAAGAGGAACTTGACATCGATGTTCTTGTCCACGGAGAGCCAGAGAGAA 1651
Query 1560 ACGACATGGTTGAGTACTTTGGAGAGCAATTGTCAGGTTTCGCATTCACAGCAAACGGAT 1619
| ||||||||||||||||| || ||||| ||||| ||||| || ||||| ||||||||||
Sbjct 1652 ATGACATGGTTGAGTACTTCGGGGAGCAGTTGTCTGGTTTTGCCTTCACTGCAAACGGAT 1711
Query 1620 GGGTGCAATCCTATGGATCTCGCTGTGTGAAGCCACCAGTTATCTATGGTGACGTGAGCC 1679
|||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||
Sbjct 1712 GGGTCCAATCTTATGGATCTCGTTGTGTGAAGCCACCAGTTATCTACGGTGATGTGAGCC 1771
Query 1680 GCCCCAAGCCAATGACAGTCTTCTGGTCCTCAACAGCTCAGAGCATGACCAAACGTCCAA 1739
| |||||| ||||||| |||||||||||| ||| ||||||||||||||| || ||||
Sbjct 1772 GTCCCAAGGCAATGACCGTCTTCTGGTCCGCAATGGCTCAGAGCATGACCTCTCGCCCAA 1831
Query 1740 TGAAGGGTATGCTTACAGGTCCAGTCACAATTCTCAACTGGTCTTTTGTCAGAAACGACC 1799
|||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||| || |||||||||||||
Sbjct 1832 TGAAGGGTATGCTTACCGGTCCCGTCACCATTCTCAACTGGTCCTTCGTCAGAAACGACC 1891
Query 1800 AGCCCAGGCACGAAACCTGTTACCAGATCGCTTTGGCCATCAAAGATGAAGTGGAAGACC 1859
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| || || |
Sbjct 1892 AGCCCAGGCACGAAACCTGTTACCAGATCGCTTTGGCCATCAAGGACGAAGTCGAGGATC 1951
Query 1860 TCGAGAAAGGCGGTATTGGAGTCATTCAGATCGATGAAGCCGCACTTAGAGAAGGATTGC 1919
| |||||||| || || || ||||||||||| ||||| || ||||||||||||||| | |
Sbjct 1952 TTGAGAAAGGTGGAATCGGTGTCATTCAGATTGATGAGGCTGCACTTAGAGAAGGACTAC 2011
Query 1920 CTCTTAGGAAAGCCGAACACT-CTTTCTACTTGGACTGGGCTGTTCACTCTTTCAGAATC 1978
| || |||||| |||| || | ||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||
Sbjct 2012 CACTCAGGAAATCCGAGCA-TGCTTTCTACTTGGACTGGGCCGTTCACTCCTTCAGAATC 2070
Query 1979 ACCAACTGTGGCGTCCAAGACAGCACTCAGATTCACACTCACATGTGTTACTCAAACTTC 2038
||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||| |||||
Sbjct 2071 ACCAACTGTGGAGTCCAAGACAGCACCCAGATCCACACTCACATGTGCTACTCCCACTTC 2130
Query 2039 AACGACATCATCCACTCAATCATTGACATGGACGCTGATGTCATCACCATTGAGAACTCT 2098
|| |||||||| ||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2131 AATGACATCATACACTCCATCATCGACATGGATGCTGATGTCATCACCATTGAGAACTC- 2189
Query 2099 C-GTTCAGACGAGAAGCTTCTCTCAGTGTTCCGTGAAGGAGTGAAGTACGGTGCAGGAAT 2157
| | || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2190 CAGGTCTGACGAGAAGCTTCTCTCCGTGTTCCGTGAAGGAGTGAAGTACGGTGCTGGAAT 2249
Query 2158 CGGTCCTGGTGTTTACGACATTCACTCTCCGAGAATACCATCCACAGATGAAATTGCAGA 2217
||||| || || |||||||| |||||||| ||||||||||| | || ||||| |||||
Sbjct 2250 TGGTCCAGGAGTCTACGACATCCACTCTCCAAGAATACCATCTTCTGAGGAAATCGCAGA 2309
Query 2218 CAGGATCAACAAGATGCTTGCGGTTCTTGAGCAGAACATC-TTGTGGGTTAACCCTGACT 2276
||| |||||||||||||||| || || |||||||||||| || ||||| ||||||||||
Sbjct 2310 GAGGGTCAACAAGATGCTTGCTGTCCTAGAGCAGAACATCCTT-TGGGTCAACCCTGACT 2368
Query 2277 GTGGTCTGAAGACAAGGAAGTACACTGAGGTTAAACCAGCACTTAA-AGCCATGGTTGAC 2335
||||||| ||||| | |||||||| |||||||| || || || || | | ||||||||
Sbjct 2369 GTGGTCTCAAGACCCGTAAGTACACCGAGGTTAAGCCTGCGCTCAAGAAC-ATGGTTGAT 2427
Query 2336 GCGGCTAAGCTTATCCGCTCCCAGCTCGGTAGTGCCAAGTGAAGA 2380
||||| ||||| ||||| |||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2428 GCGGCCAAGCTCATCCGTTCCCAGCTCGCCAGTGCCAAGTGAAGA 2472
> Ahg913528 jgi|Araly1|913528|Al_scaffold_0001_3782
Length=366
Score = 403 bits (218), Expect = 3e-111
Identities = 322/371 (87%), Gaps = 11/371 (3%)
Strand=Plus/Plus
Query 941 CTCTTTGCTGGTGTTGTTGACGGAAGGAACATCTGGGCCAATGACCTCGCTGCCTCTCTC 1000
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| | ||||| || ||
Sbjct 1 CTCTTTGCTGGTGTTGTTGATGGAAGGAACATCTGGGCCAACGACTTTGCTGCGTCCCTA 60
Query 1001 ATCACCTTGCAGTCACTTGAGGGTGTTGTTGGTAAAGACAAGCTTGTGGTCTCAACCTCT 1060
| |||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 AGCACCTTGCAGGCACTTGAGGACATTGTTGGTAAAGACAAGCTTGTGGTCTCAACCTCC 120
Query 1061 TGCTCTCTTCTCCACACTGCCGTTGACCTTATTAACGAGACTAAGCTTGATGCTGAAATC 1120
||||||||||||||||| || ||||| ||||| || |||||||||||||||| |||||||
Sbjct 121 TGCTCTCTTCTCCACACCGCTGTTGATCTTATCAATGAGACTAAGCTTGATGATGAAATC 180
Query 1121 AAGTCGTGGCTAGCTTTTGCTGCCCAGAAGGTTGTTGAAGTTGAC-GCATTGGCCAAGGC 1179
||||| ||| | || |||||||||||||||||||||||||| || || |||||||||||
Sbjct 181 AAGTCATGGTTGGCGTTTGCTGCCCAGAAGGTTGTTGAAGT-GAATGCGTTGGCCAAGGC 239
Query 1180 TTTGGCCGGTCAGACAA-ATGAGAG-T-TTCTTCACTGCCAACGCTGACG-CATTGTCTT 1235
|||||| ||||||| | ||||| | | || ||| ||||||| |||| || | ||| |||
Sbjct 240 TTTGGCTGGTCAGA-AGGATGAG-GCTCTT-TTCTCTGCCAATGCTG-CGACTTTGGCTT 295
Query 1236 CGAGGAGGTCTTCCCC-AAGAGTCACCAATGAGTCTGTCCAGAAGGCTGCTGCTGCTTTG 1294
| ||||||| |||||| |||||||||||| ||| ||| |||||||| ||||||||||||
Sbjct 296 CAAGGAGGTTTTCCCCCAAGAGTCACCAACGAGGGTGTTCAGAAGGCCGCTGCTGCTTTG 355
Query 1295 AAGGGATCTGA 1305
|||||||||||
Sbjct 356 AAGGGATCTGA 366
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 98691824795
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5