BLASTN 2.2.26+


Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.



Database: halleri_transcript_ahg.fa
           32,672 sequences; 38,939,717 total letters



Query= AT3G03780.1

Length=2617
                                                                      Score     E
Sequences producing significant alignments:                          (Bits)  Value

  Ahg477628 jgi|Araly1|477628|fgenesh2_kg.3__329__AT3G03780.2         4362    0.0   
  Ahg488656 jgi|Araly1|488656|fgenesh2_kg.6__1790__AT5G17920.1        2815    0.0   
  Ahg913528 jgi|Araly1|913528|Al_scaffold_0001_3782                    403    3e-111


> Ahg477628 jgi|Araly1|477628|fgenesh2_kg.3__329__AT3G03780.2
Length=2596

 Score = 4362 bits (2362),  Expect = 0.0
 Identities = 2502/2569 (97%), Gaps = 12/2569 (0%)
 Strand=Plus/Plus

Query  55    GTa-aaaaaacaaaaaacaaacaaaaaTGGCTTCCCACATTGTTGGATATCCACGTATGG  113
             ||| |||||| |||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  34    GTACAAAAAA-AAAAAAGAATCAAAAATGGCTTCCCACATTGTTGGATATCCACGTATGG  92

Query  114   GACCTAAGAGAGAGCTCAAGTTTGCATTGGAGTCTTTCTGGGATGGCAAGAGCAGTGCCG  173
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  93    GACCTAAGAGAGAGCTCAAGTTTGCATTGGAGTCTTTCTGGGATGGCAAGAGCAGTGCCG  152

Query  174   ATGATTTGCAGAAGGTGTCTGCTGATCTCAGGTCTGATATCTGGAAACAGATGTCTGCTG  233
             | |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  153   AGGATTTGCAGAAGGTGTCTGCTGATCTAAGGTCTGATATCTGGAAACAGATGTCTGCTG  212

Query  234   CTGGGATTAAGTATATCCCAAGCAACACCTTTTCTCATTATGACCAGGTGCTTGACACCA  293
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  213   CTGGGATTAAGTATATCCCAAGCAACACCTTTTCTCATTATGACCAGGTGCTTGACACCA  272

Query  294   CCGCCATGCTTGGTGCTGTTCCATCTAGATATGGATTTACCAGTGGTGAGATCGGTCTCG  353
             ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct  273   CCGCCATGCTTGGTGCTGTTCCACCTAGATATGGATTTACTAGTGGTGAGATCGGTCTCG  332

Query  354   ATGTTTACTTCTCCATGGCTAGAGGAAATGCCTCTGTTCCAGCTATGGAGATGACCAAGT  413
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  333   ATGTTTACTTCTCCATGGCTAGAGGAAATGCCTCTGTTCCAGCTATGGAGATGACCAAGT  392

Query  414   GGTTTGACACCAACTACCATTACATCGTCCCAGAGTTGGGCCCTGAAGTGAAATTTTCTT  473
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct  393   GGTTTGACACCAACTACCATTACATCGTCCCAGAGTTGGGCCCTGAAGTGAAATTCTCTT  452

Query  474   ACGCATCTCACAAGGCTGTCAATGAGTACAAGGAGGCCAAGGCTCTTGGTGTTGAGACCG  533
             ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |
Sbjct  453   ACGCATCTCACAAGGCTGTGAATGAGTACAAGGAGGCTAAGGCTCTTGGTGTTGAGACGG  512

Query  534   TCCCTGTACTTGTTGGCCCTGTCTCTTACTTGCTTCTTTCCAAGCTTGCTAAGGGTGTTG  593
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  513   TCCCTGTACTTGTTGGCCCTGTCTCTTACTTGCTTCTTTCCAAGCTTGCTAAGGGTGTTG  572

Query  594   ACAAGTCATTTGATCTTCTCTCCCTTCTCCCCAAAATCCTCCCAGTTTACAAGGAAGTCA  653
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||
Sbjct  573   ACAAGTCATTTGATCTTCTCTCCCTTCTCCCCAAAATTCTCCCAGTCTACAAGGAAGTCA  632

Query  654   TTGCAGAGCTTAAGGCAGCTGGTGCCTCCTGGATTCAGCTTGATGAGCCTCTCTTTGTCA  713
             ||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  633   TTGCAGAACTTAAGGCAGCTGGTGCCTCTTGGATTCAGCTTGATGAGCCTCTCTTTGTCA  692

Query  714   TGGATCTCGAGGGTCACAAACTCCAGGCTTTTAGCGGTGCCTATGCTGAGCTTGAATCAA  773
             ||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  693   TGGATCTTGAGGGTCAAAAACTCCAGGCTTTTAGCGGTGCCTATGCTGAGCTTGAATCAA  752

Query  774   CTCTCTCTGGTCTGAATGTTCTTGTGGAGACCTACTTCGCTGATATCCCTGCTGAAGCAT  833
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct  753   CTCTCTCTGGTCTGAATGTTCTTGTGGAGACCTACTTTGCTGATATCCCTGCTGAAGCAT  812

Query  834   ACAAGACCCTTACTTCCTTGAAGGGTGTGACTGCCTTCGGATTTGATTTGGTTCGTGGCA  893
             ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |
Sbjct  813   ACAAGACTCTTACTTCCTTGAAGGGTGTGACTGCCTTTGGATTTGATTTGGTTCGTGGTA  872

Query  894   CCAAGACCATTGACTTGATCAAGTCAGGTTTCCCACAGGGCAAGTACCTCTTTGCTGGTG  953
             ||||||||||||||||||||||| | |||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct  873   CCAAGACCATTGACTTGATCAAGGCTGGTTTCCCCCAGGGCAAGTACCTCTTTGCTGGTG  932

Query  954   TTGTTGACGGAAGGAACATCTGGGCCAATGACCTCGCTGCCTCTCTCATCACCTTGCAGT  1013
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  933   TTGTTGACGGAAGGAACATCTGGGCCAATGACCTCGCTGCCTCTCTCATCACCTTGCAGT  992

Query  1014  CACTTGAGGGTGTTGTTGGTAAAGACAAGCTTGTGGTCTCAACCTCTTGCTCTCTTCTCC  1073
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  993   CACTTGAGGGTGTTGTTGGTAAAGACAAGCTTGTGGTCTCAACCTCTTGCTCTCTTCTCC  1052

Query  1074  ACACTGCCGTTGACCTTATTAACGAGACTAAGCTTGATGCTGAAATCAAGTCGTGGCTAG  1133
             ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  1053  ACACTGCCGTTGACCTTGTTAACGAGACTAAGCTTGATGCTGAAATCAAGTCGTGGCTAG  1112

Query  1134  CTTTTGCTGCCCAGAAGGTTGTTGAAGTTGACGCATTGGCCAAGGCTTTGGCCGGTCAGA  1193
             ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct  1113  CTTTTGCCGCCCAGAAGGTTGTTGAAGTTGACGCATTGGCCAAGGCTTTAGCCGGTCAGA  1172

Query  1194  CAAATGAGAGTTTCTTCACTGCCAACGCTGACGCATTGTCTTCGAGGAGGTCTTCCCCAA  1253
             | ||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||
Sbjct  1173  CGAATGAGAGTTTCTTCACTGCCAACGCTGATGCTTTGTCTTCGAGGAGGTCTTCCCCAA  1232

Query  1254  GAGTCACCAATGAGTCTGTCCAGAAGGCTGCTGCTGCTTTGAAGGGATCTGACCACCGCC  1313
             ||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct  1233  GAGTCACTAATGAGGCTGTCCAGAAGGCTGCTGCTGCTTTGAAGGGGTCTGACCACCGCC  1292

Query  1314  GTACAACTGAAGTTAGCGCAAGGCTAGATGCTCAGCAGAAGAAGCTTAACCTTCCAATCC  1373
             ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  1293  GTACAACCGAAGTTAGCGCAAGGCTAGATGCTCAGCAGAAGAAGCTTAACCTTCCAATCC  1352

Query  1374  TCCCAACCACAACCATTGGATCCTTCCCACAGACCGTGGAACTCAGGAGAGTTCGCCGTG  1433
             |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  1353  TCCCAACCACCACCATTGGATCCTTCCCACAGACCGTGGAACTCAGGAGAGTTCGCCGTG  1412

Query  1434  AATACAAGGCCAAGAAAATCTCTGAAGAGGATTACGTCAAGGCCATCAAGGAAGAGATCA  1493
             |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  1413  AATACAAGGCGAAGAAAATCTCTGAAGAGGATTACGTCAAGGCCATCAAGGAAGAGATCA  1472

Query  1494  AGAAAGTTGTTGACATCCAAGAGGACCTTGACATTGATGTTCTTGTTCACGGAGAGCCTG  1553
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  1473  AGAAAGTTGTTGACATCCAAGAGGACCTTGACATTGATGTTCTTGTTCACGGAGAGCCTG  1532

Query  1554  AGAGAAACGACATGGTTGAGTACTTTGGAGAGCAATTGTCAGGTTTCGCATTCACAGCAA  1613
             |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  1533  AGAGAAACGATATGGTTGAGTACTTTGGAGAGCAATTGTCAGGTTTCGCATTCACAGCAA  1592

Query  1614  ACGGATGGGTGCAATCCTATGGATCTCGCTGTGTGAAGCCACCAGTTATCTATGGTGACG  1673
             | || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct  1593  ATGGGTGGGTGCAATCCTATGGATCTCGCTGTGTGAAGCCACCAGTTATCTACGGTGACG  1652

Query  1674  TGAGCCGCCCCAAGCCAATGACAGTCTTCTGGTCCTCAACAGCTCAGAGCATGACCAAAC  1733
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  1653  TGAGCCGCCCCAAGCCAATGACAGTCTTCTGGTCCTCAACAGCTCAGAGCATGACCAAAC  1712

Query  1734  GTCCAATGAAGGGTATGCTTACAGGTCCAGTCACAATTCTCAACTGGTCTTTTGTCAGAA  1793
             ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||
Sbjct  1713  GTCCAATGAAGGGAATGCTTACAGGTCCAGTCACAATTCTTAACTGGTCTTTTGTTAGAA  1772

Query  1794  ACGACCAGCCCAGGCACGAAACCTGTTACCAGATCGCTTTGGCCATCAAAGATGAAGTGG  1853
             |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct  1773  ACGACCAGCCCAGGCACGAAACCTGTTACCAGATCGCTTTGGCCATCAAAGACGAAGTGG  1832

Query  1854  AAGACCTCGAGAAAGGCGGTATTGGAGTCATTCAGATCGATGAAGCCGCACTTAGAGAAG  1913
             |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct  1833  AAGACCTCGAGAAAGGCGGTATTGGAGTCATTCAGATCGATGAAGCCGCACTCAGAGAAG  1892

Query  1914  GATTGCCTCTTAGGAAAGCCGAACACTCTTTCTACTTGGACTGGGCTGTTCACTCTTTCA  1973
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  1893  GATTGCCTCTTAGGAAAGCCGAACACTCTTTCTACTTGGACTGGGCTGTTCACTCTTTCA  1952

Query  1974  GAATCACCAACTGTGGCGTCCAAGACAGCACTCAGATTCACACTCACATGTGTTACTCAA  2033
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  1953  GAATCACCAACTGTGGCGTCCAAGACAGCACTCAGATTCACACTCACATGTGTTACTCAA  2012

Query  2034  ACTTCAACGACATCATCCACTCAATCATTGACATGGACGCTGATGTCATCACCATTGAGA  2093
             ||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  2013  ACTTCAATGACATCATCCACTCAATCATCGACATGGACGCTGATGTCATCACCATTGAGA  2072

Query  2094  ACTCTCGTTCAGACGAGAAGCTTCTCTCAGTGTTCCGTGAAGGAGTGAAGTACGGTGCAG  2153
             ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  2073  ACTCTCGTTCAGACGAGAAGCTTCTATCAGTGTTCCGTGAAGGAGTGAAGTACGGTGCAG  2132

Query  2154  GAATCGGTCCTGGTGTTTACGACATTCACTCTCCGAGAATACCATCCACAGATGAAATTG  2213
             |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||
Sbjct  2133  GAATCGGTCCTGGTGTTTACGACATTCACTCTCCAAGAATACCATCCACAGAAGAAATTG  2192

Query  2214  CAGACAGGATCAACAAGATGCTTGCGGTTCTTGAGCAGAACATCTTGTGGGTTAACCCTG  2273
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  2193  CAGACAGGATCAACAAGATGCTTGCGGTTCTTGAGCAGAACATCTTGTGGGTTAACCCTG  2252

Query  2274  ACTGTGGTCTGAAGACAAGGAAGTACACTGAGGTTAAACCAGCACTTAAAGCCATGGTTG  2333
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  2253  ACTGTGGTCTGAAGACAAGGAAGTACACTGAGGTTAAACCAGCACTTAAAGCCATGGTTG  2312

Query  2334  ACGCGGCTAAGCTTATCCGCTCCCAGCTCGGTAGTGCCAAGTGAAGAGCTTGAAGATATT  2393
             |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||| 
Sbjct  2313  ACGCGGCTAAGCTTATCCGCTCCCAGCTCGCTAGTGCCAAGTGAAGAACTTGAAGATATC  2372

Query  2394  ATTTCTATATTCCGGGATTTTTCTACGTGGTTTGTGTTTGTTCAGTTTCAATAACTTTTC  2453
             |||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  2373  ATTTCTAT-TTCCGGGATTTTTATACGTGGTTTGTGTTTGTTCAGTTTCAATAACTTTTC  2431

Query  2454  TTCCAAGAAAAATATTTT-AGCCAAAGTTAGGTTTTGAGGGAATGGAGTCACACTCTCTC  2512
             |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  2432  TTCCAAGAAAAATATTTTTAGCCAAAGTTAGGTTTTGAGGGAATGGAGTCACACTCTCTC  2491

Query  2513  GCTTTCGTTGAAGAGAGTTTACGGCTTT-ATACT-ATATGT-TTCTCTTGTTGCAATGTT  2569
             ||||||||||||||||||||| |||||| || || |||| | |||| |||||||||||||
Sbjct  2492  GCTTTCGTTGAAGAGAGTTTATGGCTTTCAT-CTTATAT-TCTTCTTTTGTTGCAATGTT  2549

Query  2570  ATATGTATCTTTGTTTTCTCT-AATGAAATATATGCTTCTTTGATCTCT  2617
             ||||||||||||||||||||| ||||||||||  |||||||||||||||
Sbjct  2550  ATATGTATCTTTGTTTTCTCTTAATGAAATAT--GCTTCTTTGATCTCT  2596


> Ahg488656 jgi|Araly1|488656|fgenesh2_kg.6__1790__AT5G17920.1
Length=2762

 Score = 2815 bits (1524),  Expect = 0.0
 Identities = 2065/2325 (89%), Gaps = 42/2325 (2%)
 Strand=Plus/Plus

Query  77    aaaaTGGCTTCCCACATTGTTGGATATCCACGTATGGGACCTAAGAGAGAGCTCAAGTTT  136
             ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct  169   AAAATGGCTTCACACATTGTTGGATATCCACGTATGGGCCCTAAGAGAGAGCTCAAGTTT  228

Query  137   GCATTGGAGTCTTTCTGGGATGGCAAGAGCAGTGCCGATGAT-TTGCAGAAGGTGTCTGC  195
             || ||||| |||||||||||||| ||||||| ||| || ||| || ||||||||||||||
Sbjct  229   GCTTTGGAATCTTTCTGGGATGGTAAGAGCACTGCTGAGGATCTT-CAGAAGGTGTCTGC  287

Query  196   TGATCTCAGGTCTGAT--ATCTGGAAACAGATGTCTGCTGCTGGGATTAAGTAT-ATCCC  252
             ||||||||||||  ||  |||||||||||||||||||| ||||||| ||||| | |||||
Sbjct  288   TGATCTCAGGTC--ATCCATCTGGAAACAGATGTCTGCGGCTGGGACTAAGT-TCATCCC  344

Query  253   AAGCAACACCTTTTCTCATTATGACCAGGTGCTTGACACCACCGCCATGCTTGGTGCTGT  312
             ||||||||||||| |||| || |||||||| || ||||||||||| ||||| ||||||||
Sbjct  345   AAGCAACACCTTTGCTCACTACGACCAGGTTCTCGACACCACCGCTATGCTCGGTGCTGT  404

Query  313   TCCATCTAGATATGGATTTAC-C-AGTGGTGAGATCGGTCTCGATGTTTACTTCTCCATG  370
             |||| ||||||||||  |||| |  ||||||||||||| || ||||||||||||||||||
Sbjct  405   TCCACCTAGATATGG--TTACACTGGTGGTGAGATCGGGCTTGATGTTTACTTCTCCATG  462

Query  371   GCTAGAGGAAATGCCTCTGTTCCAGCTATGGAGATGACCAAGTGGTTTGACACCAACTAC  430
             || ||||||||||||||||| || |||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  463   GCCAGAGGAAATGCCTCTGTGCCTGCTATGGAAATGACCAAGTGGTTTGACACCAACTAC  522

Query  431   CATTACATCGTCCCAGAGTTGGGCCCTGAAGTGAAATTTTCTTACGCATCTCACAAGGCT  490
             |||||||||||||| |||||||||||||| || || || ||||||||||| |||||||| 
Sbjct  523   CATTACATCGTCCCTGAGTTGGGCCCTGAGGTCAACTTCTCTTACGCATCCCACAAGGCG  582

Query  491   GTCAATGAGTACAAGGAGGCCAAGGCTCTTGGTGTTGAGACCGTCCCTGTACTTGTTGGC  550
             || |||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct  583   GTGAATGAGTACAAGGAGGCCAAAGCTCTTGGTGTTGACACCGTCCCTGTACTTGTTGGC  642

Query  551   CCTGTCTCTTACTTGCTTCTTTCCAA-GCTTGCTAAGGGTGTTGACAAGTCATTTGATCT  609
             || |||||||||||||| |||||||| || ||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  643   CCAGTCTCTTACTTGCTGCTTTCCAAGGC-TGCCAAGGGTGTTGACAAGTCATTTGATCT  701

Query  610   TCTCTCCCTTCTCCCCAAAATCCTCCCAG-TTTACAAGGAAGTCATTGCAGAGCTTAAGG  668
             ||| || |||||||| ||||| ||||| | | ||||||||||| ||| | ||||||||||
Sbjct  702   TCTTTCTCTTCTCCCTAAAATTCTCCC-GATCTACAAGGAAGTGATTACCGAGCTTAAGG  760

Query  669   CAGCTGGTGCCTCCTGGATTCAGCTTGATGAGCCTCTCTTTGTCATGGATCTCGAGGGTC  728
             ||||||||||| |||||||||||||||| |||||| || |||| |||||||| |||||||
Sbjct  761   CAGCTGGTGCCACCTGGATTCAGCTTGACGAGCCTGTCCTTGTTATGGATCTTGAGGGTC  820

Query  729   ACAAACTCCAGGCTTTTAGC-GGTGCCTATGCTGAGCTTGAATCAACTCTCTCTGGTCTG  787
             ||||||||||||| |||| | |||||||||||||| |||||||||||||| |||||| ||
Sbjct  821   ACAAACTCCAGGCCTTTA-CTGGTGCCTATGCTGAACTTGAATCAACTCTTTCTGGTTTG  879

Query  788   AATGTTCTTGTGGAGACCTACTTCGCTGATATCCCTGCTGAAGCATACAAGACCCTTACT  847
             ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||
Sbjct  880   AATGTTCTTGTCGAGACCTACTTCGCTGATATCCCTGCTGAGGCATACAAGACCCTAACT  939

Query  848   TCCTTGAAGGGTGTGACTGCCTTCGGATTTGATTTGGTTCGTGGCACCAAGACCATTGAC  907
             || |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||| |||| 
Sbjct  940   TCATTGAAGGGTGTGACTGCCTTTGGTTTTGATTTGGTTCGTGGCACCAAGACCCTTGA-  998

Query  908   TTGA-TCAAGTCAGGTTTCCCACAGGGCAAGTACCTCTTTGCTGGTGTTGTTGACGGAAG  966
             || | ||||| ||||||||||  |||| |||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct  999   TTTAGTCAAGGCAGGTTTCCCTGAGGGAAAGTACCTCTTTGCTGGTGTTGTTGATGGAAG  1058

Query  967   GAACATCTGGGCCAATGACCTCGCTGCCTCTCTCATCACCTTGCAGTCACTTGAGGGTGT  1026
             ||||||||||||||||||| | ||||| ||||||| |||||||||| ||||||| ||  |
Sbjct  1059  GAACATCTGGGCCAATGACTTTGCTGCGTCTCTCAGCACCTTGCAGGCACTTGAAGGCAT  1118

Query  1027  TGTTGGTAAAGACAAGCTTGTGGTCTCAACCTCTTGCTCTCTTCTCCACACTGCCGTTGA  1086
             ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || |||||
Sbjct  1119  TGTTGGTAAAGACAAGCTTGTGGTCTCAACCTCCTGCTCTCTTCTCCACACCGCTGTTGA  1178

Query  1087  CCTTATTAACGAGACTAAGCTTGATGCTGAAATCAAGTCGTGGCTAGCTTTTGCTGCCCA  1146
              ||||| || |||||||||||||||| |||||||||||| ||| | || |||||||||||
Sbjct  1179  TCTTATCAATGAGACTAAGCTTGATGATGAAATCAAGTCATGGTTGGCGTTTGCTGCCCA  1238

Query  1147  GAAGGTTGTTGAAGTTG-ACGCATTGGCCAAGGCTTTGGCCGGTCAGACA-AATGAGAG-  1203
             |||||||||||||| || |||||||||| ||||||||||| ||||||| |  ||||| | 
Sbjct  1239  GAAGGTTGTTGAAG-TGAACGCATTGGCTAAGGCTTTGGCTGGTCAGA-AGGATGAG-GC  1295

Query  1204  T-TTCTTCACTGCCAACGCTGAC-GCATTGTCTTCGAGGAGGTCTTCCCCAAGAGTCACC  1261
             | || ||| ||||||| |||| | || ||| |||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct  1296  TCTT-TTCTCTGCCAATGCTG-CGGCTTTGGCTTCAAGGAGGTCTTCCCCAAGAGTCACC  1353

Query  1262  AATGAGTCTGTCCAGAAGGCTGCTGCTGCTTTGAAGGGATCTGACCACCGCCGTACAACT  1321
             || |||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||
Sbjct  1354  AACGAGGGTGTCCAGAAGGCTGCTGCTGCTTTGAAGGGATCTGACCACCGTCGTGCAACT  1413

Query  1322  GAA-GTTAGCGCAAGGCTAGATGCTCAGCAGAAGAAGCTTAACCTTCCAATCCTCCCAAC  1380
              || ||||| || |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||
Sbjct  1414  -AATGTTAGTGCTAGGCTAGATGCTCAGCAGAAGAAGCTCAACCTCCCAATCCTGCCAAC  1472

Query  1381  CACAACCATTGGATCCTTCCCACAGACCGTGGAACTCAGGAGAGTTCGCCGTGAATACAA  1440
             ||||||||| |||||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||| |||||
Sbjct  1473  CACAACCATCGGATCCTTCCCACAGACCGTAGAGCTCAGGAGAGTTCGTCGTGAGTACAA  1532

Query  1441  GGCCAAGAAA-ATCTCTGAAGAGGATTACGTCAAGGCCATCAAGGAAGAGATCAAGAAAG  1499
             ||| || |||  ||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  1533  GGCGAA-AAAGGTCTCTGAGGAGGACTACGTTAAGGCCATCAAGGAAGAGATCAAGAAAG  1591

Query  1500  TTGTTGACATCCAAGAGGACCTTGACATTGATGTTCTTGTTCACGGAGAGCCTGAGAGAA  1559
             |||||||| |||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||
Sbjct  1592  TTGTTGACCTCCAAGAGGAACTTGACATCGATGTTCTTGTCCACGGAGAGCCAGAGAGAA  1651

Query  1560  ACGACATGGTTGAGTACTTTGGAGAGCAATTGTCAGGTTTCGCATTCACAGCAAACGGAT  1619
             | ||||||||||||||||| || ||||| ||||| ||||| || ||||| ||||||||||
Sbjct  1652  ATGACATGGTTGAGTACTTCGGGGAGCAGTTGTCTGGTTTTGCCTTCACTGCAAACGGAT  1711

Query  1620  GGGTGCAATCCTATGGATCTCGCTGTGTGAAGCCACCAGTTATCTATGGTGACGTGAGCC  1679
             |||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||
Sbjct  1712  GGGTCCAATCTTATGGATCTCGTTGTGTGAAGCCACCAGTTATCTACGGTGATGTGAGCC  1771

Query  1680  GCCCCAAGCCAATGACAGTCTTCTGGTCCTCAACAGCTCAGAGCATGACCAAACGTCCAA  1739
             | |||||| ||||||| |||||||||||| |||  |||||||||||||||   || ||||
Sbjct  1772  GTCCCAAGGCAATGACCGTCTTCTGGTCCGCAATGGCTCAGAGCATGACCTCTCGCCCAA  1831

Query  1740  TGAAGGGTATGCTTACAGGTCCAGTCACAATTCTCAACTGGTCTTTTGTCAGAAACGACC  1799
             |||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||| || |||||||||||||
Sbjct  1832  TGAAGGGTATGCTTACCGGTCCCGTCACCATTCTCAACTGGTCCTTCGTCAGAAACGACC  1891

Query  1800  AGCCCAGGCACGAAACCTGTTACCAGATCGCTTTGGCCATCAAAGATGAAGTGGAAGACC  1859
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| || || |
Sbjct  1892  AGCCCAGGCACGAAACCTGTTACCAGATCGCTTTGGCCATCAAGGACGAAGTCGAGGATC  1951

Query  1860  TCGAGAAAGGCGGTATTGGAGTCATTCAGATCGATGAAGCCGCACTTAGAGAAGGATTGC  1919
             | |||||||| || || || ||||||||||| ||||| || ||||||||||||||| | |
Sbjct  1952  TTGAGAAAGGTGGAATCGGTGTCATTCAGATTGATGAGGCTGCACTTAGAGAAGGACTAC  2011

Query  1920  CTCTTAGGAAAGCCGAACACT-CTTTCTACTTGGACTGGGCTGTTCACTCTTTCAGAATC  1978
             | || |||||| |||| || | ||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||
Sbjct  2012  CACTCAGGAAATCCGAGCA-TGCTTTCTACTTGGACTGGGCCGTTCACTCCTTCAGAATC  2070

Query  1979  ACCAACTGTGGCGTCCAAGACAGCACTCAGATTCACACTCACATGTGTTACTCAAACTTC  2038
             ||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||  |||||
Sbjct  2071  ACCAACTGTGGAGTCCAAGACAGCACCCAGATCCACACTCACATGTGCTACTCCCACTTC  2130

Query  2039  AACGACATCATCCACTCAATCATTGACATGGACGCTGATGTCATCACCATTGAGAACTCT  2098
             || |||||||| ||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| 
Sbjct  2131  AATGACATCATACACTCCATCATCGACATGGATGCTGATGTCATCACCATTGAGAACTC-  2189

Query  2099  C-GTTCAGACGAGAAGCTTCTCTCAGTGTTCCGTGAAGGAGTGAAGTACGGTGCAGGAAT  2157
             | | || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct  2190  CAGGTCTGACGAGAAGCTTCTCTCCGTGTTCCGTGAAGGAGTGAAGTACGGTGCTGGAAT  2249

Query  2158  CGGTCCTGGTGTTTACGACATTCACTCTCCGAGAATACCATCCACAGATGAAATTGCAGA  2217
              ||||| || || |||||||| |||||||| |||||||||||  | || ||||| |||||
Sbjct  2250  TGGTCCAGGAGTCTACGACATCCACTCTCCAAGAATACCATCTTCTGAGGAAATCGCAGA  2309

Query  2218  CAGGATCAACAAGATGCTTGCGGTTCTTGAGCAGAACATC-TTGTGGGTTAACCCTGACT  2276
              ||| |||||||||||||||| || || |||||||||||| || ||||| ||||||||||
Sbjct  2310  GAGGGTCAACAAGATGCTTGCTGTCCTAGAGCAGAACATCCTT-TGGGTCAACCCTGACT  2368

Query  2277  GTGGTCTGAAGACAAGGAAGTACACTGAGGTTAAACCAGCACTTAA-AGCCATGGTTGAC  2335
             ||||||| |||||  | |||||||| |||||||| || || || || | | |||||||| 
Sbjct  2369  GTGGTCTCAAGACCCGTAAGTACACCGAGGTTAAGCCTGCGCTCAAGAAC-ATGGTTGAT  2427

Query  2336  GCGGCTAAGCTTATCCGCTCCCAGCTCGGTAGTGCCAAGTGAAGA  2380
             ||||| ||||| ||||| ||||||||||  |||||||||||||||
Sbjct  2428  GCGGCCAAGCTCATCCGTTCCCAGCTCGCCAGTGCCAAGTGAAGA  2472


> Ahg913528 jgi|Araly1|913528|Al_scaffold_0001_3782
Length=366

 Score =  403 bits (218),  Expect = 3e-111
 Identities = 322/371 (87%), Gaps = 11/371 (3%)
 Strand=Plus/Plus

Query  941   CTCTTTGCTGGTGTTGTTGACGGAAGGAACATCTGGGCCAATGACCTCGCTGCCTCTCTC  1000
             |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| | ||||| || || 
Sbjct  1     CTCTTTGCTGGTGTTGTTGATGGAAGGAACATCTGGGCCAACGACTTTGCTGCGTCCCTA  60

Query  1001  ATCACCTTGCAGTCACTTGAGGGTGTTGTTGGTAAAGACAAGCTTGTGGTCTCAACCTCT  1060
             | |||||||||| |||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||| 
Sbjct  61    AGCACCTTGCAGGCACTTGAGGACATTGTTGGTAAAGACAAGCTTGTGGTCTCAACCTCC  120

Query  1061  TGCTCTCTTCTCCACACTGCCGTTGACCTTATTAACGAGACTAAGCTTGATGCTGAAATC  1120
             ||||||||||||||||| || ||||| ||||| || |||||||||||||||| |||||||
Sbjct  121   TGCTCTCTTCTCCACACCGCTGTTGATCTTATCAATGAGACTAAGCTTGATGATGAAATC  180

Query  1121  AAGTCGTGGCTAGCTTTTGCTGCCCAGAAGGTTGTTGAAGTTGAC-GCATTGGCCAAGGC  1179
             ||||| ||| | || |||||||||||||||||||||||||| ||  || |||||||||||
Sbjct  181   AAGTCATGGTTGGCGTTTGCTGCCCAGAAGGTTGTTGAAGT-GAATGCGTTGGCCAAGGC  239

Query  1180  TTTGGCCGGTCAGACAA-ATGAGAG-T-TTCTTCACTGCCAACGCTGACG-CATTGTCTT  1235
             |||||| ||||||| |  ||||| | | || ||| ||||||| |||| || | ||| |||
Sbjct  240   TTTGGCTGGTCAGA-AGGATGAG-GCTCTT-TTCTCTGCCAATGCTG-CGACTTTGGCTT  295

Query  1236  CGAGGAGGTCTTCCCC-AAGAGTCACCAATGAGTCTGTCCAGAAGGCTGCTGCTGCTTTG  1294
             | ||||||| |||||| |||||||||||| |||  ||| |||||||| ||||||||||||
Sbjct  296   CAAGGAGGTTTTCCCCCAAGAGTCACCAACGAGGGTGTTCAGAAGGCCGCTGCTGCTTTG  355

Query  1295  AAGGGATCTGA  1305
             |||||||||||
Sbjct  356   AAGGGATCTGA  366



Lambda     K      H
    1.33    0.621     1.12 

Gapped
Lambda     K      H
    1.28    0.460    0.850 

Effective search space used: 98691824795


  Database: halleri_transcript_ahg.fa
    Posted date:  Sep 25, 2014  2:02 AM
  Number of letters in database: 38,939,717
  Number of sequences in database:  32,672



Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5