BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= AT3G04240.1 Length=3337 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg927966 jgi|Araly1|927966|scaffold_300423.1 5084 0.0 > Ahg927966 jgi|Araly1|927966|scaffold_300423.1 Length=2975 Score = 5084 bits (2753), Expect = 0.0 Identities = 2900/2973 (98%), Gaps = 2/2973 (0%) Strand=Plus/Plus Query 134 AATTTCATTAAGACGCGATGATCTCGTCCAAAAACGGAGCTGCCATGATCTCCCGACCTG 193 ||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||| Sbjct 4 AATTTCATTAAGAAGCGATGATCTCGTCGAAAAACGGAGCTGCGATGATCTCTCGACCTG 63 Query 194 TCTTTCTTTCCGATCGAGTTGATGAAGTCTTCTCTAGAAAGCTTGATTTGTCTGTCTCTT 253 | |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| Sbjct 64 TGTTTCTTTCGGATCGAGTTGATGAAGTCTTCTCTAGAAAGCTTGATTTGTCTGTTTCTT 123 Query 254 CTTCGTCTTCTTCGAGCCTCCTCCAGCAGTTCAATAAGACTCATGAAGGTGATGATGACG 313 |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| Sbjct 124 CTTCGTCTTCTTCGAGTCTCCTCCAGCAGTTCAATAAAACTCATGAAGGGGATGATGACG 183 Query 314 CACGCCTGGCTCTTGCTCATCAGCTATACAAAGGAGGCGATTTCAAACAAGCCCTGGAGC 373 ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |||| Sbjct 184 CACGCCTGGCTCTTGCTCATCAGCTGTACAAAGGAGGAGATTTCAAACAAGCCCTAGAGC 243 Query 374 ACAGCAACATGGTTTACCAGAGAAACCCATTACGCACTGATAATCTTCTTCTAATTGGTG 433 |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||| Sbjct 244 ACAGCAACATGGTTTACCAGAGAAACCCATTACGTACTGATAATCTTCTTCTGATTGGTG 303 Query 434 CTATTTATTACCAGCTTCAAGAGTATGATATGTGCATAGCTCGAAATGAAGAAGCTCTTC 493 |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| Sbjct 304 CTATTTATTACCAGCTCCAAGAGTATGATATGTGCATAGCTAGAAATGAAGAAGCTCTTC 363 Query 494 GTATTCAACCTCAGTTTGCTGAGTGTTATGGAAACATGGCAAACGCGTGGAAGGAAAAAG 553 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 364 GTATTCAACCTCAGTTTGCTGAGTGTTATGGAAACATGGCAAACGCGTGGAAGGAAAAAG 423 Query 554 GGGACACTGATCGTGCAATCCGCTACTATTTAATTGCAATTGAGCTGAGGCCCAATTTTG 613 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| Sbjct 424 GGGACACTGATCGTGCAATCCGCTACTATTTAATTGCAATTGAGCTGAGGCCCAACTTTG 483 Query 614 CTGATGCTTGGTCGAACTTGGCAAGTGCATACATGCGAAAGGGAAGACTCAGTGAGGCAA 673 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 484 CTGATGCTTGGTCGAACTTGGCAAGTGCATACATGCGAAAGGGAAGACTCAGTGAGGCAA 543 Query 674 CACAATGCTGTCAGCAGGCCCTCTCATTGAATCCACTTCTGGTTGACGCACATAGTAATC 733 |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 544 CACAATGCTGTCAGCAGGCCCTTTCATTGAATCCACTTCTGGTTGACGCACATAGTAATC 603 Query 734 TGGGGAATCTGATGAAGGCTCAAGGATTGATTCATGAAGCATACAGTTGTTACCTTGAAG 793 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 604 TGGGGAATCTGATGAAGGCTCAAGGATTGATTCATGAAGCATACAGTTGTTACCTTGAAG 663 Query 794 CTGTTCGTATACAACCAACATTTGCTATTGCATGGTCGAATCTTGCTGGTCTTTTCATGG 853 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 664 CTGTTCGTATACAACCAACATTTGCTATTGCATGGTCGAATCTTGCTGGTCTTTTCATGG 723 Query 854 AGTCAGGTGATCTCAACAGAGCCCTTCAATACTACAAGGAAGCTGTGAAGTTGAAACCTG 913 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 724 AGTCAGGTGATCTCAACAGAGCCCTTCAATACTACAAGGAAGCTGTGAAGTTGAAACCTG 783 Query 914 CATTCCCTGATGCATATTTAAATTTAGGAAACGTGTATAAGGCCCTCGGGAGACCTACTG 973 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || |||||||| | Sbjct 784 CATTCCCTGATGCATATTTAAATTTAGGAAACGTGTATAAGGCTCTTGGAAGACCTACAG 843 Query 974 AAGCGATCATGTGTTATCAGCATGCCTTACAGATGCGGCCAAATTCTGCAATGGCATTTG 1033 |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| Sbjct 844 AAGCTATCATGTGTTATCAGCATGCCTTACAGATGCGGCCAAATTGTGCAATGGCATTTG 903 Query 1034 GGAATATAGCCAGTATATACTATGAGCAAGGTCAACTAGATTTAGCAATTCGACACTACA 1093 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| Sbjct 904 GGAATATAGCCAGTATATACTATGAGCAAGGTCAACTGGATTTAGCAATTCGACACTACA 963 Query 1094 AGCAGGCTCTCTCCCGGGATCCACGATTTTTGGAGGCTTACAATAACTTGGGTAATGCAT 1153 |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| Sbjct 964 AGCAGGCTATCTCCCGGGATCCACGATTTTTGGAGGCTTATAATAACTTGGGTAATGCAT 1023 Query 1154 TGAAGGATATTGGGCGAGTTGATGAAGCAGTTCGGTGTTATAATCAATGTCTTGCTTTAC 1213 ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1024 TGAAGGATATTGGGCGAGTTGATGAAGCAATTCGGTGTTATAATCAATGTCTTGCTTTAC 1083 Query 1214 AACCAAATCATCCACAAGCCATGGCTAATCTTGGAAACATTTATATGGAGTGGAATATGA 1273 ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| Sbjct 1084 AACCAAATCATCCACAAGCAATGGCTAATCTTGGAAATATTTATATGGAGTGGAATATGA 1143 Query 1274 TGGGTCCTGCTTCCTCATTATTCAAGGCTACTCTGGCTGTAACTACAGGGCTATCTGCTC 1333 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1144 TGGGTCCTGCTTCCTCATTATTCAAGGCTACTCTGGCTGTAACTACAGGGCTATCTGCTC 1203 Query 1334 CGTTCAATAACCTTGCTATAATTTACAAGCAACAGGGAAATTACTCGGATGCTATATCCT 1393 ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1204 CGTTCAATAACCTTGCTATAATTTATAAGCAACAGGGAAATTACTCGGATGCTATATCCT 1263 Query 1394 GCTATAATGAGGTTCTTCGTATTGACCCATTGGCAGCTGACGCTCTGGTTAATAGAGGGA 1453 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | Sbjct 1264 GCTATAATGAGGTTCTTCGTATTGACCCATTGGCAGCTGACGCTCTGGTTAATAGAGGCA 1323 Query 1454 ATACTTACAAAGAGATCGGGAGGGTAACTGAAGCAATTCAGGATTACATGCATGCTATAA 1513 |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | Sbjct 1324 ATACTTACAAAGAGATCGGGAGGGTAACTGAAGCTATTCAGGATTACATGCATGCTATTA 1383 Query 1514 ACTTCCGGCCTACAATGGCTGAAGCTCACGCAAACCTGGCCTCAGCTTACAAGGATAGTG 1573 | |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1384 ATTTCCGGCCTACAATGGCTGAAGCTCATGCAAACCTGGCCTCAGCTTACAAGGATAGTG 1443 Query 1574 GGCATGTAGAAGCTGCCATTACGAGCTATAAGCAGGCCTTGCTTCTACGACCAGACTTCC 1633 ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| Sbjct 1444 GGCATGTGGAAGCTGCCATTACGAGCTATAAGCAGGCCTTGCTACTACGACCAGACTTCC 1503 Query 1634 CAGAAGCAACGTGCAACCTTCTACACACCTTACAGTGTGTATGCTGTTGGGAGGACCGTA 1693 |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| Sbjct 1504 CAGAAGCAACGTGCAACCTTCTGCACACCTTACAGTGTGTATGCTGTTGGGAAGACCGTA 1563 Query 1694 GCAAAATGTTCGCTGAAGTTGAAAGCATTATTAGGAGGCAAATAAATATGTCGGTCCTTC 1753 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1564 GCAAAATGTTCGCTGAAGTTGAAAGCATTATTAGGAGGCAAATAAATATGTCGGTCCTTC 1623 Query 1754 CAAGTGTCCAGCCCTTCCATGCAATAGCATATCCTATTGACCCTATTCTTGCCCTTGAAA 1813 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1624 CAAGTGTCCAGCCCTTCCATGCAATAGCATATCCTATTGACCCTATTCTTGCCCTTGAAA 1683 Query 1814 TCAGTCGTAAATACGCTGCACACTGCTCCATAATCGCTTCTCGTTTTGGACTACCTCCTT 1873 ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1684 TCAGTCGTAAATATGCTGCACACTGCTCCATAATCGCTTCTCGTTTTGGACTACCTCCTT 1743 Query 1874 TTACCCATCCAGCTGGGCTCCCTGTAAAACGTGAGGGAGGATTTAAGAGATTAAGGATTG 1933 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1744 TTACCCATCCAGCTGGGCTCCCTGTAAAACGTGAGGGAGGATTTAAGAGATTAAGGATTG 1803 Query 1934 GATACGTGAGCAGTGATTTTGGTAACCATCCGTTGTCACACCTCATGGGATCAGTGTTTG 1993 |||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1804 GATATGTGAGCAGTGATTTTGGTAACCATCCATTGTCACACCTCATGGGATCAGTGTTTG 1863 Query 1994 GGATGCACAACAGAGAAAACGTTGAGGTTTTCTGCTATGC-TCTGAGTGCAAATGATAAT 2052 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || | ||||||||||||||||| Sbjct 1864 GGATGCACAACAGAGAAAACGTTGAGGTTTTCTGCTACGCAT-TGAGTGCAAATGATAAT 1922 Query 2053 ACTGAGTGGAGACAGCGAATCCAGTCAGAAGCCGAGCATTTCCTGGACGTTTCTGCTATG 2112 ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| Sbjct 1923 ACTGAGTGGAGACAGCGTATCCAATCAGAAGCCGAGCATTTCCTGGACGTTTCTTCTATG 1982 Query 2113 TCATCTGATGCTATCGCCAAAATTATAAACCAAGACAAAATCCAGATCCTCATCAATCTA 2172 ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1983 TCATCTGATGCTATCGCCAAAATTATAAATGAAGACAAAATCCAGATCCTCATCAATCTA 2042 Query 2173 AACGGTTATACCAAGGGGGCTAGAAATGAAATATTTGCCATGCAGCCTGCTCCGATCCAG 2232 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| Sbjct 2043 AACGGTTATACCAAGGGGGCTAGAAATGAAATATTTGCCATGCAGCCTGCACCGATCCAG 2102 Query 2233 GTTTCATATATGGGCTTCCCGGGTACCACTGGAGCAACCTATATTGACTATCTAGTGACT 2292 |||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2103 GTTTCATATATGGGCTTCCCAGGTACAACTGGGGCAACCTATATTGACTATCTAGTGACT 2162 Query 2293 GATGAGTTCGTGTCTCCTCTGCAATATGCACATATTTACTCAGAGAAGCTGGTCCACCTT 2352 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| Sbjct 2163 GATGAGTTCGTGTCTCCTCTGCAATATGCACATATTTACTCAGAGAAGCTGGTCCATCTT 2222 Query 2353 CCCCATTGCTACTTTGTCAATGATTACAAGCAGAAAAATCAGGATGTGTTGGATCCAAAT 2412 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| Sbjct 2223 CCCCATTGCTACTTTGTCAATGATTACAAGCAGAAAAATCAGGATGTGTTAGATCCAAAT 2282 Query 2413 TCGAAGCCCAAGCGATCAGACTATGGACTTCCTGAAGACAAATTCATATTTGCATGCTTC 2472 || ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2283 TCTAAGCCCAAGAGATCAGACTATGGACTTCCTGAAGACAAATTCATATTTGCATGCTTC 2342 Query 2473 AACCAACTGTACAAAATGGATCCTGAGATCGTTAATACTTGGTGCAACATTCTTAAACGA 2532 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2343 AACCAACTGTACAAAATGGATCCTGAGATCGTTAATACTTGGTGCAACATTCTTAAACGA 2402 Query 2533 GTACCCAACAGTGCTCTTTGGCTTCTCCGTTTTCCAGCAGCCGGAGAGATGAGGTTTCGC 2592 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2403 GTACCCAACAGTGCTCTTTGGCTTCTCCGTTTTCCAGCAGCCGGAGAGATGAGGTTTCGC 2462 Query 2593 ACATATGCTGCTGCCCAAGGTGTACAGCCTGATCAAATTATCTTCACTGATGTTGCCATG 2652 ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2463 ACATATGCTGCTGCCCAAGGTGTACAGTCTGATCAAATTATCTTCACTGATGTTGCCATG 2522 Query 2653 AAGAGTGAACATATCAGGCGAAGTGTCCTTGCCGATGTAATCCTCGACACGCCCCTGTGC 2712 |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| Sbjct 2523 AAGAGTGAACATATCAGGCGAAGTGTCCTTGCTGATGTAATCCTCGACACGCCTCTGTGC 2582 Query 2713 AATGGACACACAACAGGAACAGATGTACTGTGGGCTGGTGTACCAATGATAACGTTACCA 2772 |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||| Sbjct 2583 AATGGACACACAACAGGAACAGATGTGCTGTGGGCTGGTGTACCGATGATAACATTACCA 2642 Query 2773 CTTGAGAAAATGGCAACTCGAGTGGCTGGATCACTCTGCCTTGCAACTGGTCTGGGCCAT 2832 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| Sbjct 2643 CTTGAGAAAATGGCAACTCGAGTGGCTGGATCACTCTGTCTTGCAACTGGTCTGGGCCAT 2702 Query 2833 GGGATGATTGTTAACAGCTTGGAGGAGTACGAAGAGAAGGCTGTCTCTTTGGCACTGAAC 2892 | |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2703 GAGATGATAGTTAACAGCTTGGAGGAGTACGAAGAGAAGGCTGTCTCTTTGGCACTGAAC 2762 Query 2893 AAGCCAAAACTTCAGGCACTGACTAAGGAATTGAGGGCTAGCCGCTTAACCTGTCCTCTA 2952 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2763 AAGCCAAAACTTCAGGCACTGACTAAGGAATTGAGGGCTAGCCGCTTAACCTGTCCTCTA 2822 Query 2953 TTCGACACCATGCGTTGGGTGAAGAATCTGGAGAGGTCATACTTCAAAATGTGGAACCTC 3012 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| Sbjct 2823 TTCGACACCATGCGTTGGGTGAAGAATCTGGAGAGGTCGTACTTCAAAATGTGGAACCTC 2882 Query 3013 CATTGCTCTGGGCAGCAGCCACAACACTTCAAGGTGTTGGAAAACGACCTAGAATTCCCA 3072 ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2883 CATTGCTCTGGACAGCAGCCACAACACTTCAAGGTGTTGGAAAACGACCTAGAATTCCCA 2942 Query 3073 CATGACAGATAAACAAGGAGGGAAAGACAACTG 3105 |||||||||||||||| |||||||||| ||||| Sbjct 2943 CATGACAGATAAACAACGAGGGAAAGAAAACTG 2975 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 125970566630 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5