BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G04260.1
Length=2941
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg477686 jgi|Araly1|477686|fgenesh2_kg.3__387__AT3G04260.1 4859 0.0
Ahg952402 jgi|Araly1|952402|scaffold_68500002.1 741 0.0
> Ahg477686 jgi|Araly1|477686|fgenesh2_kg.3__387__AT3G04260.1
Length=2951
Score = 4859 bits (2631), Expect = 0.0
Identities = 2849/2953 (96%), Gaps = 20/2953 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGTCACTCTTGTTCCTCAATCCTCCGTTTCCCTCCAATTCAATCCACCCAATTCCTCGT 60
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1 ATGTCACTCTTGTTCCTCAATCCTCCGTTTCCCTCCAATTCAATCCACACAATTCCTCGT 60
Query 61 CGTGCCGCCGGAATATCCTCCATTCGATGCTCAATTTCTGCACCGGAGAAGAAACCGAGG 120
|| ||||||||| ||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 61 CGCGCCGCCGGATTATCCTCCATTAGGTGCTCAATTTCTGCACCGGAGAAGAAGCCGAGG 120
Query 121 AGGAGGAGGAAGCAGAAGCGCGGCGACGGAGCTGAGAATGACGACTCTTTGTCTTTCGGA 180
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||
Sbjct 121 AGGAGGAGGAAGCAGAAGCGCGGCGACGGAGCTGAGAATGACTCCTCCTTGTCTTTCGGA 180
Query 181 AGTGGTGAAGCTGTCTCCGCTCTGGAGAGGAGTCTCCGCCTCACTTTTATGGACGAGCTT 240
|| |||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 AGCGGTGAAGCTGTCTCGGCCCTGGAGAGGAGTCTCCGCCTCACTTTTATGGACGAGCTT 240
Query 241 ATGGAACGAGCTAGAAATCGAGATACTTCAGGTGTTTCTGAGGTTATCTATGACATGATT 300
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 241 ATGGAACGAGCTAGAAATCGAGATACTTCAGGTGTATCTGAGGTTATCTATGACATGATT 300
Query 301 GCTGCTGGGCTTAGCCCTGGACCTCGTTCTTTCCATGGTTTGGTTGTAGCTCACGCGCTT 360
||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 301 GCTGCTGGGCTAAGCCCTGGCCCTCGTTCTTTCCATGGTTTGGTTGTAGCTCACGCGCTT 360
Query 361 AACGGCGACGAACAAGGCGCGATGCACTCGCTGAGAAAGGAGCTAGGTGCAGGCCAACGT 420
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 361 AACGGCGACGAACAAGGCGCGATGCACTCGTTGAGAAAGGAGCTAGGTGCAGGCCAACGT 420
Query 421 CCGCTTCCTGAGACTATGATTGCTTTGGTTCGTCTCTCTGGTTCGAAAGGGAATGCTACG 480
||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||
Sbjct 421 CCGCTTCCTGAAACTATGATTGCTTTGGTTCGACTCTCGGGTTCGAAAGGAAATGCTACA 480
Query 481 AGAGGCCTAGAAATCCTCGCCGCTATGGAAAAGCTTAAGTATGACATTCGTCAAGCTTGG 540
|||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 481 AGAGGCTTAGAAATTCTCGCCGCTATGGAAAAGCTTAACTATGACATTCGTCAAGCTTGG 540
Query 541 CTCATTCTTGTTGAGGAGCTCATGAGGATCAATCACTTGGAAGATGCGAATAAAGTTTTC 600
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 541 CTCATTCTTGTTGAGGAGCTCATGAGGATCAATCACTTGGAAGATGCGAATAAAGTTTTC 600
Query 601 TTGAAGGGTGCAAGAGGTGGGATGAGAGCAACAGATCAGCTTTATGATTTGATGATTGAA 660
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 601 TTGAAGGGTGCTAGAGGTGGGATGAGAGCAACAGATCAGCTTTATGATCTGATGATTGAA 660
Query 661 GAAGATTGCAAAGCTGGAGATCATTCTAATGCCTTAGACATCTCTTACGAAATGGAGGCA 720
|||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 661 GAAGATTGCAAAGCGGGAGATCACTCTAATGCCTTAGACATCTCTTACGAAATGGAGGCA 720
Query 721 GCTGGTAGAATGGCCACAACATTTCATTTCAACTGTCTTCTTAGTGTGCAGGCTACATGT 780
|||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 721 GCTGGTAGAATGGCGACAACATTTCATTTCAATTGTCTTCTTAGTGTGCAGGCTACATGT 780
Query 781 GGGATTCCCGAGGTAGCTTATGCTACATTCGAAAATATGGAGTACGGTGAA-G--TATTT 837
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||
Sbjct 781 GGGATTCCCGAGGTTGCTTATGCTACATTCGAAAATATGGAGTACGGTGAAGGTTTATTT 840
Query 838 ATGAAGCCTGACACTGAGACATATAACTGGGTGATTCAAGCCTACACTAGAGCCGAGTCA 897
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 841 ATGAAGCCTGACACTGAGACATATAACTGGGTGATTCAAGCCTACACTAGAGCCGAGTCG 900
Query 898 TATGATAGGGTTCAGGATGTTGCTGAATTACTTGGAATGATGGTTGAGGACCACAAACGT 957
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 901 TATGATAGGGTTCAGGATGTTGCTGAATTACTTGGAATGATGGTTGAGGACCACAAACGT 960
Query 958 GTGCAGCCAAATGTGAAGACTTATGCGCTCTTAGTTGAGTGCTTCACCAAATATTGTGTC 1017
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 961 GTGCAGCCAAATGTGAAGACTTATGCGCTCTTAGTTGAGTGCTTCACGAAATATTGTGTT 1020
Query 1018 GTGAAGGAAGCGATTAGACATTTTCGTGCTCTTAAAAACTTTGAAGGAGGAACAGTAATT 1077
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1021 GTGAAGGAAGCGATTAGACATTTTCGTGCACTTAAAAACTTTGAAGGAGGAACAACAATT 1080
Query 1078 TTACACAATGCAGGGAATTTTGAGGATCCTCTCTCTTTGTATCTCAGGGCTTTGTGTCGA 1137
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1081 TTACACAATGCAGGGAAATTTGAGGATCCTCTCTCTTTGTATCTCAGGGCTTTGTGTCGA 1140
Query 1138 GAAGGAAGAATTGTTGAGCTTATTGATGCTTTAGATGCAATGCGCAAAGATAACCAACCT 1197
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1141 GAAGGAAGAATTGTTGAGCTTATTGATGCTTTAGATGCAATGCGCAAAGATAGCCAACCT 1200
Query 1198 ATACCTCCAAGAGCCATGATTATGAGCAGAAAGTATCGAACACTAGTCAGCTCATGGATT 1257
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1201 ATACCTCCAAGAGCCATGATTATGAGCAGAAAGTATCGGACACTAGTCAGCTCATGGATT 1260
Query 1258 GAACCATTGCAAGAAGAAGCTGAACTTGGCTATGAGATTGATTATTTAGCGAGGTACATA 1317
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1261 GAACCATTGCAAGAAGAAGCTGAACTTGGCTATGAGATTGATTATGTAGCGAGGTACATA 1320
Query 1318 GAGGAAGGGGGACTTACTGGTGAACGCAAGCGTTGGGTACCTCGAAGAGGGAAAACTCCT 1377
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1321 GAGGAAGGGGGACTTACTGGTGAGCGCAAGCGTTGGGTACCTCGAAGAGGGAAAACTCCT 1380
Query 1378 TTAGATCCCGATGCTTCTGGTTTTATATACTCAAACCCTATTGAAACATCCTTTAAACAG 1437
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1381 TTAGATCCTGATGCTTCTGGTTTTATATACTCAAACCCTATTGAGACATCCTTTAAACAG 1440
Query 1438 AGATGCCTTGAAGATTGGAAAGTTCACCATAGGAAGCTCTTGAGAACCTTACAGAGTGAA 1497
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1441 AGATGCCTTGAAGATTGGAAAATTCACCATAGGAAGCTCTTGAGAACCTTACAGAGTGAA 1500
Query 1498 GGTCTTCCAGTTCTAGGAGATGCATCAGAATCTGATTACATGAGAGTGGTGGAGAGATTA 1557
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1501 GGTCTTCCAGTTCTAGGAGATGCATCAGAATCTGATTACATGAGAGTGATGGAGAGATTA 1560
Query 1558 CGGAACATAATAAAAGGTCCTGCACTGAATCTTTTGAAGCCGAAAGCAGCAAGCAAGATG 1617
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1561 CGGAACATAATAAAAGGTCCTGCACAGAATCTTTTGAAGCCGAAAGCAGCAAGCAAGATG 1620
Query 1618 GTTGTATCAGAGTTAAAGGAAGAACTCGAAGCTCAGGGTTTGCCAATTGATGGAACAAGA 1677
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1621 GTTGTATCAGAGTTAAAGGAAGAACTCGAAGCTCAGGGTTTGCCAATTGATGGAACAAGA 1680
Query 1678 AATGTGCTTTACCAGCGTGTCCAAAAAGCAAGGAGAATAAACAAATCTCGAGGTCGACCT 1737
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1681 AATGTGCTTTACCAGCGTGTCCAAAAAGCAAGGAGAATAAACAAATCTCGAGGTCGACCT 1740
Query 1738 CTTTGGGTTCCTCCAATTGAAGAAGAAGAGGAGGAGGTCGATGAAGAAGTAGACGATTTA 1797
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1741 CTTTGGGTTCCTCCAATTGAAGAAGAAGAGGAGGAGGTCGATGAAGAAGTAGACGATTTA 1800
Query 1798 ATATGTCGAATCAAGCTACATGAAGGAGACACAGAGTTCTGGAAACGTCGGTTTCTTGGA 1857
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1801 ATATGTCGAATCAAGCTACATGAAGGAGACACAGAGTTCTGGAAACGTCGGTTTCTTGGA 1860
Query 1858 GAAGGCTTGATTGAAACTTCAGTTGAATCCAAGGAAACGACTGAATCAGTGGTTACAGGT 1917
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1861 GAAGGCTTGATTGAAACTTCAGTTGAATCCAAGGAAACGACTGAATCAGTGGTTACAGGT 1920
Query 1918 GAATCGGAGAAAGCGATTGAAGATATTTCAAAAGAAGCTGACAatgaggaggatgatgat 1977
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1921 GAGTCGGAGAAAGCGATTGAAGATATTTCAAAAGAAGCTGACAATGATGAGGATGATGAT 1980
Query 1978 gaggaggaacaagaaggagatgaggatgatgatgaaaatgaagaggaaga--a-gTGGTT 2034
||||||||||||||||||||||| ||||| || |||| |||||||||||| | ||||||
Sbjct 1981 GAGGAGGAACAAGAAGGAGATGATGATGACGACGAAACTGAAGAGGAAGAGGAAGTGGTT 2040
Query 2035 GTTCCAGAAACTGAGAATCGAGCAGAAGGAGAAGATTTAGTGAAGAATAAGGCAGCTGAC 2094
||| ||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2041 GTTGCAGAAACAGAGAATCGAGCAGAAGGAGAGGAGTTAGTGAAGAATAAGGCAGCTGAC 2100
Query 2095 GCGAAGAAGCATCTTCAAATGATTGGAGTCCAACTCTTGAAAGAATCCGATGAAGCAAAC 2154
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2101 GCGAAGAAGCATCTTCAAATGATTGGAGTCCAACTCTTGAAAGAATCCGATGAAGCAAAC 2160
Query 2155 AGAACAAAGAAACGTGGGAAGAGGGCATCTCGTATGACACTTGAGGATGATGCAGATGAG 2214
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2161 AGAACAAAGAAACGTGGGAAGAGGGCATCTCGTATGACACTTGAGGATGATGCAGATGAG 2220
Query 2215 GATTGGTTCCCTGAGGAACCATTTGAAGCATTCAAAGAAATGAGGGAAAGAAAAGTGTTC 2274
||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2221 GATTGGTTCCCAGAGGACCCATTCGAAGCATTCAAAGAAATGAGGGAAAGAAAAGTGTTT 2280
Query 2275 GATGTGGCTGACATGTATACAATAGCAGACGTTTGGGGTTGGACATGGGAGAAGGATTTT 2334
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2281 GATGTGTCTGACATGTATACAATAGCAGACGTTTGGGGTTGGACATGGGAAAAGGATTTT 2340
Query 2335 AAGAACAAAACTCCAAGGAAATGGTCACAAGAGTGGGAAGTCGAGTTGGCAATTGTGCTC 2394
||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2341 AAGAACAGAACTCCTAGGAAATGGTCACAAGAGTGGGAAGTCGAGTTGGCAATTGTGCTA 2400
Query 2395 ATGACAAAGG------TGATTGAATTGGGTGGAATTCCAACGATTGGTGATTGTGCAGTG 2448
|||||||||| |||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2401 ATGACAAAGGCAAGAGTGATTGAACTGGGTGGAATTCCAACAATTGGTGATTGTGCAGTG 2460
Query 2449 ATATTACGAGCTGCTTTAAGAGCTCCCATGCCTTCAGCCTTCTTGAAGATCTTGCAGACG 2508
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2461 ATATTACGAGCTGCTTTAAGAGCTCCCATGCCTTCAGCCTTCTTGAAGATCTTGCAGACG 2520
Query 2509 ACACACAGTCTTGGCTACTCATTTGGCAGCCCGTTGTACGATGAGATCATCACATTGTGT 2568
|||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2521 ACACACAGTCTTGGCTACTCTTTTGGCAGCCCATTGTACGATGAGATCATCACATTGTGT 2580
Query 2569 TTGGACCTTGGAGAACTTGATGCAGCCATCGCCATAGTTGCAGATATGGAAACCACAGGG 2628
|| ||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2581 TTAGACATTGGAGAACTTGATGCAGCCATTGCCATAGTTGCAGATATGGAAACCACAGGG 2640
Query 2629 ATCACTGTCCCTGATCAAACCCTTGACAAGGTCATATCTGCTAGACAATCTAATGAGAGT 2688
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2641 ATCACTGTCCCTGATCAAACCCTTGACAAGGTCATATCTGCTAGACAATCTAATGAGAAT 2700
Query 2689 CCGCGGTCTGAGCCTGAAGAGCCAGCATCAACAGTAAGCTCTTAGTTATCATATC--C-T 2745
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| | |
Sbjct 2701 CCGCGGTCTGAGCCTGAAGAGCCACCATCAACAGTAAGCTCTTAGTTATCATATCTTCCT 2760
Query 2746 -CTTCTGCTTGT--TGTGAAGTCTCTATAAGAAACAGAAATCGGTAGAAGGAGCTGAATC 2802
||||||||| | ||||||| |||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||
Sbjct 2761 TCTTCTGCTT-TACTGTGAAG-CTCTCTAAGAAACAGAAATCGGAAGAAGCAGCTGAATC 2818
Query 2803 TGTCTTAGTTATGAAAGTTTTGTTCATTATAAGTACAAGTCATGTAGTTCCGAGTGTAGA 2862
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2819 CGTCTTAGTTATAAAAGTTTTGTTCATTATAAGTACAAGTCATGTAGTTCCCAGTGTAGA 2878
Query 2863 ACAGTTTTTACTAGTGTTGCACCAGGTCCCTCCAGTCTGATACTTAATTCTTTAGTGTTG 2922
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2879 ACAGTTTTTACTAGTGTTGCACCAGGTCCCTCCAGTTTGATACTTAATTCTTTAGTGTTG 2938
Query 2923 GATCTTTCTATAT 2935
|||| |||||||
Sbjct 2939 AATCTCTCTATAT 2951
> Ahg952402 jgi|Araly1|952402|scaffold_68500002.1
Length=454
Score = 741 bits (401), Expect = 0.0
Identities = 436/453 (96%), Gaps = 2/453 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 2299 GCAGACGTTTGGGGTTGGACATGGGAGAAGGATTTTAAGAACAAAACTCCAAGGAAATGG 2358
|||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| |||||| |||||||||
Sbjct 1 GCAGACGTTTGGGGTTGGACATGGGAAAAGGA-TTTAAGAACAGAACTCCTAGGAAATGG 59
Query 2359 TCACAAGAGTGGGAAGTCGAGTTGGCAATTGTGCTCATGACAAAGGTGATTGAATTGGGT 2418
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||
Sbjct 60 TCACAAGAGTGGGAAGTCGAGTTGGCAATTGTGCTAATGACAAAGGTGATTGAACTGGGT 119
Query 2419 GGAATTCCAACGATTGGTGATTGTGCAGTGATATTACGAGCTGCTTTAAGAGCTCCCATG 2478
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 120 GGAATTCCAACAATTGGTGATTGTGCAGTGATATTACGAGCTGCTTTAAGAGCTCCCATG 179
Query 2479 CCTTCAGCCTTCTTGAAGATCTTGCAGACGACACACAGTCTTGGCTACTCATTTGGCAGC 2538
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 180 CCTTCAGCCTTCTTGAAGATCTTGCAGACGACACACAGTCTTGGCTACTCTTTTGGCAGC 239
Query 2539 CCGTTGTACGATGAGATCATCACATTGTGTTTGGACCTTGGAGAACTTGATGCAGCCATC 2598
|| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 240 CCATTGTACGATGAGATCATCACATTGTGTTTAGACATTGGAGAACTTGATGCAGCCATT 299
Query 2599 GCCATAGTTGCAGATATGGAAACCACAGGGATCACTGTCCCTGATCAAACCCTTGACAAG 2658
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 300 GCCATAGTTGCAGATATGGAAACCACAGGGATCACTGTCCCTGATCAAACCCTTGACAAG 359
Query 2659 GTCATATCTGCTAGACAATCTAATGAGAGTCCGCGGTCTGAGCCTGAAGAGCCAGCATCA 2718
|||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 360 GTCATATCTGCTAGACAATCCAATGAGAATCCGCGGTCTGAGCCTGAAGAGCCACCATCA 419
Query 2719 ACAGTAAGCTCTTAGTTATCATATCCTC-TTCT 2750
||||||||||||||||||||||||| || ||||
Sbjct 420 ACAGTAAGCTCTTAGTTATCATATCTTCCTTCT 452
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 111033064175
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5