BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= AT3G06430.1 Length=1769 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg928272 jgi|Araly1|928272|scaffold_300729.1 2475 0.0 > Ahg928272 jgi|Araly1|928272|scaffold_300729.1 Length=1501 Score = 2475 bits (1340), Expect = 0.0 Identities = 1444/1495 (97%), Gaps = 4/1495 (0%) Strand=Plus/Plus Query 40 AGGTGTGAAGGAAGAAGACGATGGCGTCAATGTCTCTCTCCTTTTCTTCTTCGCTATGTT 99 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1 AGGTGTGAAGGAAGAAGACGATGGCGTCAATGTCTCTCTCCTTTTCTTCTTCGCTATGTT 60 Query 100 CATC-CAGAATCCCCGAAGGTAAGCGTAGGTTTCGTCACAGAGATGTGGGCATCGTTA-G 157 | || | |||| |||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| || ||| || | Sbjct 61 CGTCTC-GAATTCCCGAAGGAAAGCGTAGGTTTCTTCACAGAGATGTGAGCTTCG-TACG 118 Query 158 ATGCGTTTTGGCTGCTTCGAAATCTTCTCCGGGAAGTGTTACGAAGAAGAGGCTTTGGAA 217 |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 119 ATGCGTTTTGGCTGCTTCTAAATCTTCTCCGGGAAGTGTTACGAAGAAGAGGCTTTGGAA 178 Query 218 AGACGGCGAATTCCCCGGAATCACGGAGCCGGTTAATCAGAGAAGAACTCCGATAAAGAA 277 |||||||||||| |||||||||||||| || ||||||| ||||||||||||||| ||||| Sbjct 179 AGACGGCGAATTTCCCGGAATCACGGAACCTGTTAATCCGAGAAGAACTCCGATTAAGAA 238 Query 278 TGTGAAGAAGAAACTTGACAGGAGAAGCAAAGCTAACGGATGGGTTAACACCGTCACTGA 337 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| Sbjct 239 TGTGAAGAAGAAACTTGACAGGAGAAGCAAAGCTAACGGATGGGCTAACACCGTCACTGA 298 Query 338 AACTTTGTCCGATCTCATCGCCAAAAAGCAGTGGTTACAAGCTCTCGAGGTTTTTGATAT 397 ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| Sbjct 299 AACTTTGGCCGATCTCATCGCCAAAAAGCAGTGGTTACAAGCTCTTGAGGTTTTTGATAT 358 Query 398 GTTGAGGGAACAAACATTTTATCAACCAAAGGAAGGAACTTACATGAAGCTGCTTGTTCT 457 ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 359 GTTGAGGGAACAAACGTTTTATCAACCAAAGGAAGGAACTTACATGAAGCTGCTTGTTCT 418 Query 458 TCTCGGTAAATCTGGTCAACCCAATCGTGCACAGAAGCTGTTCGACGAAATGCTTGAAGA 517 ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 419 TCTGGGTAAATCTGGTCAACCCAATCGTGCACAGAAGCTGTTCGACGAAATGCTTGAAGA 478 Query 518 AGGACTTGAACCAACTGTTGAACTCTACACTGCTCTTCTCGCTGCTTACACTCGCAGCAA 577 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 479 AGGACTTGAACCAACTGTTGAACTCTACACTGCTCTTCTCGCTGCTTACACTCGCAGCAA 538 Query 578 TCTCATCGACGATGCTTTTTCAATTCTTGATAAAATGAAAAGCTTTCCTCAATGCCAACC 637 |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||| Sbjct 539 TCTCATCGACGATGCTTTTTCAATTCTTGATACAATGAAAAGCTTGCCTCAATGCCAACC 598 Query 638 TGATGTTTTCACGTACAGCACTCTGCTCAAGGCTTGTGTGGATGCTTCTCAGTTTGACTT 697 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 599 TGATGTTTTCACGTACAGCACTCTGCTCAAGGCTTGTGTGGATGCTTCTCAGTTTGACTT 658 Query 698 GGTGGATTCGTTATACAAGGAAATGGACGAGCGTTTGATAACTCCAAACACTGTGACCCA 757 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 659 GGTGGATTCGTTATACAAGGAAATGGACGAGCGTTTGATAACTCCAAACACTGTGACCCA 718 Query 758 GAACATAGTTTTAAGTGGGTACGGTAGGGTCGGAAGGTTTGATCAGATGGAGAAAGTTTT 817 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || Sbjct 719 GAACATAGTTTTAAGTGGGTACGGTAGGGTCGGAAGGTTTGATCAAATGGAGAAAGTGTT 778 Query 818 GTCTGATATGTTGGTGAGTACTGCTTGCAAACCCGATGTGTGGACTATGAATATCATCCT 877 |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 779 GTCTGATATGCTGGTGAGTACTGCTTGCAAACCCGATGTGTGGACTATGAATATCATCCT 838 Query 878 TAGTGTGTTTGGAAACATGGGTAAGATAGACATGATGGAGAGCTGGTACGAAAAGTTCAG 937 |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 839 TAGTGTGTTTGGGAACATGGGTAAGATAGACATGATGGAGAGCTGGTACGAAAAGTTCAG 898 Query 938 GAACTTTGGGATTGAGCCAGAGACTCGGACTTTCAATATTTTGATTGGTTCTTATGGGAA 997 |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 899 GAACTTCGGGATTGAGCCAGAGACTCGGACTTTCAATATTTTGATTGGTTCTTATGGGAA 958 Query 998 GAAGAGAATGTATGATAAGATGTCGTCTGTCATGGAATACATGCGAAAGCTAGAGTTTCC 1057 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| Sbjct 959 GAAGAGAATGTATGATAAGATGTCGTCTGTCATGGAATACATGCGAAAGCTTGAGTTTCC 1018 Query 1058 GTGGACAACATCAACCTACAACAATATCATCGAGGCGTTTGCGGATGTTGGTGATGCAAA 1117 ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || Sbjct 1019 ATGGACAACATCGACCTACAACAATATCATCGAGGCGTTTGCAGATGTTGGTGATGCGAA 1078 Query 1118 GAACATGGAGTTGACATTTGATCAGATGCGTAGCGAAGGTATGAAAGCAGACACAAAGAC 1177 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1079 GAACATGGAGTTGACATTTGATCAGATGCGTAGCGAAGGTATGAAAGCAGACACAAAGAC 1138 Query 1178 CTTTTGCTGTCTCATAAACGGATATGCCAATGCCGGTCTTTTCCACAAGGTGATAAGTAG 1237 |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| Sbjct 1139 CTTTTGCTGTCTCATAAATGGATATGCCAATGCCGGTCTTTTCCACAAGGTCATAAGTAG 1198 Query 1238 TGTTCAGTTGGCTGCTAAGTTTGAGATACCCGAGAATACTGCCTTTTACAACGCGGTGAT 1297 ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || Sbjct 1199 TGTCCAGTTGGCTGCTAAGTTTGAGATACCCGAGAATACTGCCTTTTACAACGCAGTTAT 1258 Query 1298 ATCAGCGTGTGCTAAAGCAGATGATCTGATAGAGATGGAAAGAGTGTACATAAGAATGAA 1357 | ||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| Sbjct 1259 AGCAGCGTGCGCTAAAGCCGATGATCTGATAGAGATGGAAAGAGTGTACACAAGAATGAA 1318 Query 1358 GGAGAGACAATGCGTATGCGATTCAAGAACGTTTGAGATCATGGTCGAGGCGTATGAAAA 1417 ||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| Sbjct 1319 GGAGAGACAGTGCGTATGTGATTCAAGAACGTTTGAGATCATGGTCGAGGCATATGAAAA 1378 Query 1418 AGAAGGTATGAATGATAAGATCTATTACTTGGAACAAGAGAGGCAAAAGCTTATGGATCG 1477 |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1379 GGAAGGTATGAATGATAAGATATATTACTTGGAACAAGAGAGGCAAAAGCTTATGGATCG 1438 Query 1478 CACTGTTGCTACAAAAGAGATGGAGAATCTTCCGGCAGGATGATTGCGGTTTGTG 1532 | |||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||| Sbjct 1439 CGCTGTAGCTACAAAAGAGATGGAGAATCTTCCAGCAGGATGATTGCCGTTTGTG 1493 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 66391297035 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5