BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G06650.1
Length=2203
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg477973 jgi|Araly1|477973|fgenesh2_kg.3__674__AT3G06650.1 3358 0.0
Ahg949437 jgi|Araly1|949437|scaffold_801324.1 2222 0.0
> Ahg477973 jgi|Araly1|477973|fgenesh2_kg.3__674__AT3G06650.1
Length=2134
Score = 3358 bits (1818), Expect = 0.0
Identities = 1984/2061 (96%), Gaps = 23/2061 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 129 GCTAAGTGACCACAGTTCCTTTCGAGCCAATAAAATGGCTACGGGACAGCTATTTTCACG 188
||| |||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 95 GCTCAGTGACCACAGTTCTTTTCGAGCCCATAAAATGGCTACGGGACAGCTATTTTCACG 154
Query 189 CAACACACAAGCGTTGTTCTACAATTATAAGCAGCTTCCCATTCAGCGTATGCTTGATTT 248
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 155 CAACACACAGGCGTTGTTCTACAATTATAAGCAGCTTCCCATTCAGCGGATGCTTGATTT 214
Query 249 TGATTTCCTCTGTGGGCGAGAAACTCCTTCTGTTGCTGGTATCATAAACCCAGGTTCCGA 308
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 215 TGATTTCCTATGTGGGCGAGAAACTCCTTCTGTTGCTGGTATCATTAACCCAGGTTCCGA 274
Query 309 GGGATTCCAAAAGCTATTTTTTGGTCAGGAGGAGATCGCCATCCCTGTCCACGCAGCCAT 368
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 275 GGGATTCCAAAAGCTATTTTTTGGTCAGGAGGAGATCGCCATCCCTGTCCATGCAGCCAT 334
Query 369 TGAGGCAGCATGCGCTGCGCATCCCACAGCAGATGTATTCATCAACTTCGCATCGTTTAG 428
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 335 TGAGGCAGCATGCGCTGCGCATCCCACAGCTGATGTATTCATCAACTTCGCATCGTTTAG 394
Query 429 AAGTGCTGCTGCTTCATCCATGGCTGCTTTGAAGCAGCCAACTATTAAAGTAGTGGCCAT 488
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 395 AAGTGCTGCTGCTTCATCCATGGCTGCTTTGAAGCTGCCAACTATTAAAGTAGTGGCCAT 454
Query 489 TATAGCAGAAGGTGTTCCGGAGTCAGACACTAAGCAGTTGATTGCTTATGCTCGTGCTAA 548
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 455 AATAGCAGAAGGTGTTCCGGAGTCAGACACTAAGCAGTTGATTGCTTATGCTCGGGCTAA 514
Query 549 TAATAAGGTTATTATTGGACCAGCTACTGTTGGAGGCGTTCAAGCTGGAGCCTTTAAAAT 608
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 515 CAATAAGGTTATTATTGGACCAGCTACTGTTGGAGGCGTTCAAGCTGGAGCCTTTAAAAT 574
Query 609 TGGTGACACAGCTGGAACTATTGACAATATCATCCAATGCAAGTTGTACAGGCCTGGATC 668
|||||| || || ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||
Sbjct 575 TGGTGATACTGCCGGAACAATTGACAATATCATCCAGTGCAAGTTGTACAGACCTGGATC 634
Query 669 TGTTGGCTTTGTCTCAAAATCTGGTGGCATGTCTAATGAAATGTACAATACCATTGCCCG 728
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 635 TGTTGGCTTTGTCTCAAAATCTGGTGGCATGTCTAATGAAATGTACAATACCATTGCCCG 694
Query 729 TGTGACAGATGGGATCTATGAAGGCATTGCTATTGGTGGGGATGTGTTCCCGGGCTCAAC 788
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 695 TGTGACAGATGGGATCTATGAAGGCATTGCTATTGGTGGGGATGTGTTCCCGGGCTCAAC 754
Query 789 TTTATCTGACCATATCCTGCGGTTTAACAACATCCCACAGATTAAGATGGTGGTTGTACT 848
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 755 TTTATCTGACCATATCCTGCGGTTTAACAACATCCCACAGATTAAGATGGTGGTTGTACT 814
Query 849 TGGAGAGCTTGGAGGAAGAGATGAATATTCTCTAGTTGAAGCCATGAAACAGGGAAAAGT 908
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 815 TGGAGAGCTTGGAGGAAGAGATGAGTATTCTCTAGTTGAAGCCATGAAACAGGGAAAAGT 874
Query 909 GACCAAACCAGTGGTTGCTTGGGTCAGCGGGACTTGTGCACGTCTATTCAAGTCCGAAGT 968
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 875 GACCAAACCAGTGGTTGCTTGGGTCAGCGGGACTTGTGCACGTCTCTTCAAGTCCGAAGT 934
Query 969 ACAATTTGGTCATGCAGGGGCCAAAAGTGGTGGAGAGATGGAGTCTGCACAAGCCAAGAA 1028
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 935 GCAATTTGGTCATGCAGGGGCCAAAAGTGGTGGAGAGATGGAGTCTGCACAAGCCAAGAA 994
Query 1029 TCAAGCGCTACAAGATGCTGGAGCTACTGTACCCACTTCATTCGAAGCCCTAGAAGT-TG 1087
|||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| | ||
Sbjct 995 TCAAGCGCTAAAAGACGCTGGAGCTACTGTACCCACTTCATTTGAAGCCCTAGAA-TCTG 1053
Query 1088 CAATCAAGGAAACTTTTGACAAATTGGTTGAAGAGGGAAAGGTCTCTCCTATTAAGGAAG 1147
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1054 CAATCAAGGAAACTTTTGACAAATTGGTTGAAGAGGGAAAGGTCTCTCCTATTAAGGAGG 1113
Query 1148 TCACTCCTCCACAAATCCCTGAAGATCTCAGCTCTGCAATTAAGAGTGGGAAAGTCCGGG 1207
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1114 TCACTCCTCCACAAATCCCTGAAGATCTCAGCTCTGCAATTAAGAGTGGGAAAGTCCGGG 1173
Query 1208 CTCCTACTCACATCATCTCCACCATTTCTGATGACAGAGGGGAGGAACCATGCTATGCTG 1267
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1174 CTCCTACCCACATCATCTCCACCATTTCTGATGACAGAGGGGAGGAACCATGCTATGCTG 1233
Query 1268 GTGTGCCAATGTCATCCATCATTGAACAGGGTTATGGCGTGGGAGATGTCATTTCCCTCC 1327
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1234 GTGTGCCAATGTCATCCATCATTGAACAGGGTTATGGCGTGGGAGATGTCATTTCTCTCC 1293
Query 1328 TATGGTTCAAACGTAGTCTTCCTCGATATTGTACCAAATTCATCGAGATATGCATAATGT 1387
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1294 TATGGTTCAAACGTAGTCTTCCTCGTTATTGTACCAAATTCATTGAGATATGCATAATGT 1353
Query 1388 TGTGCGCTGACCACGGTCCATGCGTCTCTGGCGCTCACAACACCATCGTAACAGCAAGAG 1447
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1354 TGTGCGCTGACCACGGTCCATGCGTCTCTGGTGCTCACAACACCATCGTAACAGCAAGAG 1413
Query 1448 CAGGAAAAGACCTTGTCTCAAGTCTTGTCTCAGGTCTATTAACAATCGGTCCTAGATTTG 1507
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1414 CAGGAAAAGACCTTGTCTCAAGTCTTGTCTCAGGTCTATTAACAATTGGTCCTAGATTTG 1473
Query 1508 GTGGTGCCATTGATGATGCAGCACGATACTTCAAGGACGCTTGTGACAGGAATCTCACAC 1567
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1474 GTGGTGCCATTGATGATGCAGCACGATACTTCAAGGACGCTTGTGACAGGAATCTCACAC 1533
Query 1568 CTTATGAATTCGTGGAAGGCATGAAGAAGAAAGGAATCCGTGTCCCTGGCATTGGTCACA 1627
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1534 CTTATGAATTCGTGGAAGGCATGAAGAAGAAGGGAATCCGTGTCCCTGGCATTGGTCACA 1593
Query 1628 GGATAAAGAGCAGAGACAACAGAGACAAAAGAGTGGAGCTGCTTCAGAAATTTGCACGGT 1687
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1594 GGATAAAGAGCAGAGACAACAGAGACAAAAGAGTGGAGCTGCTTCAGAAATTTGCACGGT 1653
Query 1688 CTAACTTCCCTGCAGTGAAGTACATGGAATACGCAGTCCAAGTAGAGACATACACACTGT 1747
|||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1654 CTAACTTCCCTGCAGTTAAGTACATGGAATACGCGGTCCAAGTAGAGACATACACACTGT 1713
Query 1748 CTAAAGCCAACAACCTGGTACTCAACGTCGATGGAGCCATTGGATCTCTCTTCTTAGACC 1807
|||||||||||||||| ||| | || ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1714 CTAAAGCCAACAACCTCGTAATGAATGTCGATGGAGCCATTGGATCTCTCTTCTTAGACC 1773
Query 1808 TTCTCGCTGGAAGTGGGATGTTCACAAAACAAGAGATAGACGAAATAGTTCAGATCGGTT 1867
||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1774 TTCTCGCTGGAAGTGGGATGTTCACTAAGCAAGAGATAGACGAAATCGTTCAGATCGGTT 1833
Query 1868 ATCTCAACGGCCTCTTCGTCCTCGCTCGATCCATCGGTTTAATCGGGCACACATTCGATC 1927
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1834 ATCTCAACGGCCTCTTTGTCCTCGCTCGATCCATCGGTTTAATCGGGCACACATTCGATC 1893
Query 1928 AGAAGAGACTGAAGCAGCCACTGTACCGACACCCGTGGGAAGATGTCTTGTACACCAAGT 1987
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1894 AGAAGAGATTGAAGCAGCCACTGTACCGACACCCGTGGGAAGATGTCTTGTACACCAAGT 1953
Query 1988 AATCATATCATTATTCACTTCTTCTGGTCGTTCCTTATTCCTGTTATCATTCTCTCCCAT 2047
||||||||||||||||||||||||| | | ||| || | |||||||||
Sbjct 1954 AATCATATCATTATTCACTTCTTCT--T--T-----ATT------AT--T-CTCTCCCAT 1995
Query 2048 TCAGTTAGGCTATGTTTGATTATATATTTGTTCTGACACTCTATCTGTTGTGATCTCTTA 2107
| ||||||| | ||||| |||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||| |
Sbjct 1996 TAAGTTAGGATTTGTTTAATTATATATTTGTTCTGACAAT-TATCTGTTGTGATCTCTCA 2054
Query 2108 ATGCTTGA-AAAAATAAAAGAAAGTTCAATTTTAGAAGAATTATAATGTTTTGATTAAAT 2166
|| ||| | ||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||
Sbjct 2055 ATACTT-ATAAAAATAAAAGAAGGTTCAATTTTAGAAGAATCATAATGTTTTGTTTAAAT 2113
Query 2167 TCTTTTAAAAAGTTCAATATA 2187
|||||||||||||||||||||
Sbjct 2114 TCTTTTAAAAAGTTCAATATA 2134
Score = 78.7 bits (42), Expect = 2e-13
Identities = 87/107 (81%), Gaps = 9/107 (8%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 AGCTGAGCTCATCTTATTTGTTTCTTCCCTCCCATTTAATGGTTTCCTCTTAAACCATTC 60
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| | |||| ||| || |||
Sbjct 1 AGCTGAGCTGATCTTATTTGTTTCTTCCCTCCCATTTATTCCATTCC-CTTC--CC-TTC 56
Query 61 CCTTCCCTTCCTCCTAACTGCAATCTACTCTCCACCTAACATTGCTC 107
| | || | || | || |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 57 C-T-CC-TAACTACAAAA--CAATCTACTCTCCACCTAACATTGCTC 98
> Ahg949437 jgi|Araly1|949437|scaffold_801324.1
Length=1870
Score = 2222 bits (1203), Expect = 0.0
Identities = 1626/1834 (89%), Gaps = 14/1834 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 163 ATGGCTACGGGACAGCTATTTTCACGCAAC-ACACAAGCGTTGTTCTACAATTATAAGCA 221
||||| ||||||||||| ||||| || || |||||||| |||||||| || ||||||||
Sbjct 22 ATGGCAACGGGACAGCTTTTTTCTCG-GACTACACAAGCTTTGTTCTATAACTATAAGCA 80
Query 222 GCTTCCCATTCAGCGTATGCTTGATTTTGA-TTTCCTCTGTGGGCGAGAAACTCCTTCTG 280
|||||| |||| || ||||| ||||| || ||| || ||||| || ||||| |||||||
Sbjct 81 GCTTCCTGTTCAACGAATGCTCGATTTCGACTTT-CTTTGTGGACGTGAAACGCCTTCTG 139
Query 281 TTGCTGGTATCATAAACCCAGGTTCCGAGGGATTCCAAAAGCTATTTTTTGGTCAGGAGG 340
||||||| |||||||| || ||||| || || || |||||||| ||||| || |||||||
Sbjct 140 TTGCTGGAATCATAAATCCTGGTTCTGAAGGTTTTCAAAAGCTCTTTTTCGGGCAGGAGG 199
Query 341 AGATCGCCATCCCTGTCCACGCAGCCATTGAGGCAGCATGCGCTGCGCATCCCACAGCAG 400
| ||||| |||||||| || || |||||||||||||| || ||||||||||| || || |
Sbjct 200 AAATCGCTATCCCTGTTCATGCCGCCATTGAGGCAGCTTGTGCTGCGCATCCAACCGCGG 259
Query 401 ATGTATTCATCAACTTCGCATCGTTT-AGAAGTGCTGCTGCTTCATCCATGGCTGCTTTG 459
|||||||||||||||| ||||| ||| || |||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 260 ATGTATTCATCAACTTTGCATC-TTTCAGGAGTGCTGCTGCTTCGTCCATGGCTGCTTTG 318
Query 460 AAGCAGCCAACTATTAAAGTAGTGGCCATTATAGCAGAAGGTGTTCCGGAGTCAGACACT 519
|||||||| ||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||| || |||||||||
Sbjct 319 AAGCAGCCGACTATTAAAGTTGTGGCAATTATAGCTGAAGGTGTTCCAGAATCAGACACT 378
Query 520 AAGCAGTTGATTGCTTATGCTCGTGCTAATAATAAGGTTATTATTGGACCAGCTACTGTT 579
|||||| ||||||||||||||||||| || ||||||||| |||||||||| |||||||||
Sbjct 379 AAGCAGCTGATTGCTTATGCTCGTGCAAACAATAAGGTTGTTATTGGACCGGCTACTGTT 438
Query 580 GGAGGCGTTCAAGCTGGAGCCTTTAAAATTGGTGACACAGCTGGAACTATTGACAATATC 639
||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||| ||||| || ||
Sbjct 439 GGAGGTATTCAAGCTGGAGCCTTTAAGATTGGTGACACTGCAGGAACAATTGATAACATT 498
Query 640 ATCCAATGCAAGTTGTACAGGCCTGGATCTGTTGGCTTTGTCTCAAAATCTGGTGGCATG 699
||||| |||||| | ||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||
Sbjct 499 ATCCAGTGCAAGCTATACAGACCTGGATCTGTTGGTTTTGTCTCCAAATCTGGTGGAATG 558
Query 700 TCTAATGAAATGTACAATACCATTGCCCGTGTGACAGATGGGATCTATGAAGGCATTGCT 759
|||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 559 TCTAATGAAATGTACAATACTGTTGCCCGTGTGACTGATGGGATCTATGAAGGCATTGCC 618
Query 760 ATTGGTGGGGATGTGTTCCCGGGCTCAACTTTATCTGACCATATCCTGCGGTTTAACAAC 819
|||||||| || |||||||| || || |||||||||||||| ||||| ||||||||||||
Sbjct 619 ATTGGTGGAGACGTGTTCCCAGGATCCACTTTATCTGACCACATCCTTCGGTTTAACAAC 678
Query 820 ATCCCACAGATTAAGATGGTGGTTGTACTTGGAGAGCTTGGAGGAAGAGATGAATATTCT 879
||||||||||| || ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 679 ATCCCACAGATAAAAATGATGGTTGTACTTGGAGAGCTTGGAGGAAGAGATGAATACTCT 738
Query 880 CTAGTTGAAGCCATGAAACAGGGAAAAGTGACCAAACCAGTGGTTGCTTGGGTCAGCGGG 939
|| |||||||| ||||| |||||||||| | ||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 739 CTTGTTGAAGCTTTGAAAGAGGGAAAAGTCAATAAACCTGTGGTTGCTTGGGTCAGCGGA 798
Query 940 ACTTGTGCACGTCTATTCAAGTCCGAAGTACAATTTGGTCATGCAGGGGCCAAAAGTGGT 999
||||||||||| || |||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 799 ACTTGTGCACGGCTCTTCAAGTCTGAAGTACAGTTTGGTCATGCAGGTGCCAAAAGTGGC 858
Query 1000 GGAGAGATGGAGTCTGCACAAGCCAAGAATCAAGCGCTACA-AGATGCTGGAGCTACTGT 1058
|| |||||||||||||||||||||||||||||||| || || ||||||||||||| |||
Sbjct 859 GGCGAGATGGAGTCTGCACAAGCCAAGAATCAAGCTCT-CATGGATGCTGGAGCTATTGT 917
Query 1059 ACCCACTTCATTCGAAGCCCTAGAAGTTGCAATCAAGGAAACTTTTGACAAATTGGTTGA 1118
||||||||||| |||||||| |||| ||||||||| || |||||||| ||| |||||||
Sbjct 918 TCCCACTTCATTTGAAGCCCTTGAAGCTGCAATCAAAGAGACTTTTGAGAAACTGGTTGA 977
Query 1119 AGAGGGAAAGGTCTCTCCTATTAAGGAAGTCACTCCTCCACAAATCCCTGAAGATCTCAG 1178
||| ||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| || |||||||
Sbjct 978 AGAAGGAAAGGTCTCTCCTATCAAGGAAGTCATTCCTCCACAAATCCCCGAGGATCTCAA 1037
Query 1179 CTCTGCAATTAAGAGTGGGAAAGTCCGGGCTCCTACTCACATCATCTCCACCATTTCTGA 1238
|| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||
Sbjct 1038 TTCCGCAATTAAGAGCGGGAAAGTTCGGGCTCCTACTCACATAATCTCCACCATCTCTGA 1097
Query 1239 TGACAGAGGGGAGGAACCATGCTATGCTGGTGTGCCAATGTCATCCATCATTGAACAGGG 1298
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||| ||
Sbjct 1098 TGACAGAGGGGAGGAACCATGCTATGCTGGTGTTCCAATGTCTTCCATCATCGAACAAGG 1157
Query 1299 TTATGGCGTGGGAGATGTCATTTCCCTCCTATGGTTCAAACGTAGTCTTCCTCGATATTG 1358
||||| ||||| ||||| ||||| || |||||||||||||||||||| ||||| || ||
Sbjct 1158 CTATGGAGTGGGTGATGTTATTTCTCTTCTATGGTTCAAACGTAGTCTACCTCGTTACTG 1217
Query 1359 TACCAAATTCATCGAGATATGCATAATGTTGTGCGCTGACCACGGTCCATGCGTCTCTGG 1418
||| |||||||| ||||||||||||||| |||| ||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1218 TACAAAATTCATTGAGATATGCATAATGCTGTGTGCTGATCACGGTCCATGCGTCTCTGG 1277
Query 1419 CGCTCACAACACCATCGTAACAGCAAGAGCAGGAAAAGACCTTGTCTCAAGTCTTGTCTC 1478
|||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1278 TGCTCACAACACCATTGTAACAGCAAGAGCAGGCAAAGACCTTGTCTCAAGTCTTGTCTC 1337
Query 1479 AGGTCTA-TTAACAATCGGTCCTAGATTTGGTGGTGCCATTGATGATGCAGCACGATACT 1537
|||| || || || || ||||| |||||||||||||||||||||| || || ||||| |
Sbjct 1338 AGGTTTACTT-ACCATTGGTCCCCGATTTGGTGGTGCCATTGATGACGCTGCTCGATATT 1396
Query 1538 TCAAGGACGCTTGTGACAGGAATCTCACACCTTATGAATTCGTGGAAGGCATGAAGAAGA 1597
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || |||||||| |
Sbjct 1397 TCAAGGACGCTTGTGACAGGAATCTCACACCTTATGAATTCGTCGAGGGAATGAAGAAAA 1456
Query 1598 AAGGAATCCGTGTCCCTGGCATTGGTCACAGGATAAAGAGCAGAGACAACAGAGACAAAA 1657
|||||||||| ||||| || ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1457 AAGGAATCCGAGTCCCCGGGATTGGACACAGGATCAAGAGCAGAGACAACAGAGACAAAA 1516
Query 1658 GAGTGGAGCTGCTTCAGAAATTTGCACGGTCTAACTTCCC-TGCAGTGAAGTACATGGAA 1716
||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||| | ||||||||||||||||
Sbjct 1517 GAGTGGAGCTGCTACAGAAATTTGCTCGGTCCAACTTCCCAT-CAGTGAAGTACATGGAG 1575
Query 1717 TACGCAGTC-CAAGTAGAGACATACACACTGTCTAAAGCCAACAACCTGGTACTCAACGT 1775
|||||||| || || ||||| ||||| || || ||||| |||||||| |||||||||||
Sbjct 1576 TACGCAGTGACA-GTGGAGACTTACACGCTCTCAAAAGCAAACAACCTCGTACTCAACGT 1634
Query 1776 CGATGGAGCCATTGGATCTCTCTTCTTAGACCTTCTCGCTGGAAGTGGGATGTTCACAAA 1835
||||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1635 TGATGGAGCCATAGGATCTCTCTTCTTGGACCTTCTAGCTGGAAGTGGGATGTTCACTAA 1694
Query 1836 ACAAGAGATAGACGAAATAGTTCAGATCGGTTATCTCAACGGCCTCTTCGTCCTCGCTCG 1895
||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| || || |||||
Sbjct 1695 ACAAGAGATCGACGAGATAGTTCAGATCGGTTATCTCAACGGTCTCTTTGTTCTTGCTCG 1754
Query 1896 ATCCATCGGTTTAATCGGGCACACATTCGATCAGAAGAGACTGAAGCAGCCACTGTACCG 1955
||||||||||| ||||||||||| || |||||||||||| |||||||||| ||||| ||
Sbjct 1755 CTCCATCGGTTTGATCGGGCACACGTTTGATCAGAAGAGATTGAAGCAGCCTCTGTATCG 1814
Query 1956 ACACCCGTGGGAAGATGTCTTGTACACCAAGTAA 1989
||||| ||||||||||| || ||||||||||||
Sbjct 1815 TCACCCATGGGAAGATGTGTTATACACCAAGTAA 1848
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 82922463365
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5