BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= AT3G06810.1 Length=2851 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg477999 jgi|Araly1|477999|fgenesh2_kg.3__700__AT3G06810.1 4447 0.0 > Ahg477999 jgi|Araly1|477999|fgenesh2_kg.3__700__AT3G06810.1 Length=2741 Score = 4447 bits (2408), Expect = 0.0 Identities = 2581/2665 (97%), Gaps = 9/2665 (0%) Strand=Plus/Plus Query 55 aaagaaaaTTATCCAAAAGAAAGGTTATGCGACTTTCCGTAAATGGAATTGTTGGTATGA 114 ||| |||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| || |||||| Sbjct 1 AAATAAAAGTATCCAAAGGAAAGGTTATGCGACTTACCGTAAATGGAATTATTTGTATGA 60 Query 115 ATGCGTGTATTTG--TGTTTTAGAGAGCTATTCTTGTTGATGAATCTCTGAGGA-GCAGA 171 ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| | | || Sbjct 61 ATGCGTGTATTTGTTTGTGTTAGAGAGCTATTCTTGTTGATGAATCTCTG-CAACTCTGA 119 Query 172 GCGAGATAGAGGAGAGTGAAGGAACATCATGGGAAGCAGCACGGGCGATCTTGTGACACG 231 |||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| Sbjct 120 GCGAGATAGA-GAGTGTGAAGGAACATCATGGGAAGCAGCACGGGCGATCTGGTGACACG 178 Query 232 TATCCAATCAGCTCACCGTTTCGATCACGATGCCTTGTTTCGTTTTGCCGCCGACAACGT 291 | | |||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 179 TGTTCAATCAACTCACCGGTTCGATCACGATGCCTTGTTTCGTTTTGCCGCCGACAACGT 238 Query 292 CTCTGGCTTTCCGACCAACCCTTCCCAATTCAAAGTCTCACAGTTCGGACATGGGCAGTC 351 ||| || |||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 239 CTCCGGTTTTCCGACCAACCCAACCCAATTTAAAGTCTCACAGTTCGGACATGGGCAGTC 298 Query 352 GAATCCAACGTTTCTGATAGAGGTTGGCTCAGGGAGTTCCTTGAAACGATACGTTTTGAG 411 |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 299 GAATCCGACGTTTCTGATTGAGGTTGGCTCAGGGAGTTCCTTGAAACGATACGTTTTGAG 358 Query 412 GAAGAAGCCTCCTGGCAAGCTTCTTCAATCTGCTCATGCTGTTGATCGAGAGTTTCAGGT 471 ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| Sbjct 359 GAAGAAGCCTCCTGGGAAGCTCCTTCAATCTGCTCATGCTGTTGATAGAGAGTTTCAGGT 418 Query 472 GCTTCGGGCTTTAGGTGAACATACACAGGTTCCTGTTCCTAAAGTCTTCTGCTTATGCAC 531 |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 419 ACTTCGGGCTTTAGGTGAACATACAGAGGTTCCTGTTCCTAAAGTCTTCTGCTTATGCAC 478 Query 532 TGACCCTGCTGTCATTGGGACTGCTTTTTACATTATGGAGTTTATGGAAGGACGTATTTT 591 ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| Sbjct 479 TGACCCTACTGTCATTGGGACTGCTTTTTACATTATGGAGTTCATGGAAGGACGTATTTT 538 Query 592 CATTGATCCAAAGTTGCCGAATGTAGCACCTGAAAGGAGAAATGCGATCTATCGTGCAAC 651 |||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| Sbjct 539 CATTGACCCAAAGTTGCCGAATGTAGCACCTGAAAAGAGAAATGCGATCTATCGTGCAAC 598 Query 652 CGCCAAAGCCTTGGCATCTCTTCACTCTGCTGATGTGGATGCCATTGGTCTTGAGAAATA 711 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 599 CGCCAAAGCCTTGGCATCTCTTCACTCTGCTGATGTGGATGCCATTGGTCTTGAGAAATA 658 Query 712 TGGTCGGCGAGGCAATTACTGCAAAAGACAGATAGATAGGTGGTTCAAACAATATTTGGC 771 |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 659 TGGTCGGCGAGGCAATTACTGCCAAAGACAGATAGATAGGTGGTTCAAACAATATTTGGC 718 Query 772 TTCAACAAGTGAAGGTAAACCTGAAAGGAATCCAAAGATGTTTGAGCTTGTTGATTGGTT 831 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 719 TTCAACAAGTGAAGGTAAACCTGAAAGGAATCCAAAGATGTTTGAGCTTGTTGATTGGTT 778 Query 832 ACGCAAAAACATCCCCGCGGAAGATTCAACTGGAGCAACATCAGGCCTTGTCCATGGAGA 891 ||||||||||||||||| ||||||||| || |||||||| |||||||||||||||||||| Sbjct 779 ACGCAAAAACATCCCCGGGGAAGATTCTACAGGAGCAACTTCAGGCCTTGTCCATGGAGA 838 Query 892 CTTTCGCATTGACAATCTCGTTTTTCATCCTTCTGAGGATCGAGTTATTGGAATAATTGA 951 ||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 839 CTTCCGCATTGACAATCTCGTGTTTCATCCTTCTGAGGATCGAGTTATTGGAATAATTGA 898 Query 952 CTGGGAATTGTCCACGCTTGGGAACCAAATGTGTGATGTTGCATACAGCTGCATGCATTA 1011 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| Sbjct 899 CTGGGAATTGTCCACGCTTGGGAACCAAATGTGTGATGTTGCATACAGCTGTATGCATTA 958 Query 1012 CATTGTGAATGTTCAGCTCGATAAGGAGCATGTTAGTGAAGGTTTTGAAACTACTGGGCT 1071 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| Sbjct 959 CATTGTGAATGTTCAGCTCGATAAGGAGCATGTTAGTGAAGGTCTTGAAACTACTGGGCT 1018 Query 1072 TCCAGAAGGAATGCTTTCGATGCCAGAATTTCTCTTAGAATACTGTTCTGCATCGGGAAA 1131 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1019 TCCAGAAGGAATGCTTTCGATGCCAGAATTTCTCTTAGAATACTGTTCTGCATCGGGAAA 1078 Query 1132 ACCATGGCCTGCTGCAAACTGGAAGTTCTACGTAGCGTTCTCCTTATTTCGGGCTGCTTC 1191 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| Sbjct 1079 ACCATGGCCTGCTGCAAACTGGAAGTTCTACGTAGCGTTCTCTTTATTTCGGGCTGCTTC 1138 Query 1192 AATCTACACAGGGGTGTACAGTAGATGGTTAATGGGGAATGCTTCTGCCGGTGAAAGAGC 1251 |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| Sbjct 1139 AATCTACACAGGGGTGTACAACAGATGGTTAATGGGGAATGCTTCTGCCGGTGAACGAGC 1198 Query 1252 GCGAAATACAGGGGTTCAAGCTAATGAGCTTGTAGAGTCTGCCTTGGGTTATATTGCACG 1311 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1199 TCGAAATACAGGGGTTCAAGCTAATGAGCTTGTAGAGTCTGCCTTGGGTTATATTGCACG 1258 Query 1312 TGAAAATGTTCTTCCAGAACACCCTCCATCTGTTCAAAGAGACGTGT-CTCCGTCGTATG 1370 ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| || ||||||||| Sbjct 1259 TGAAAATGTTCTTCCAGGACACCCTCCATCTGTTCAAAGAGACATGTCCT-CGTCGTATG 1317 Query 1371 AAAGCCTTGTGGATGGAAGCGGGAGATTCATCCCCAACAGAAAAGTATTGGAGTTAAGGC 1430 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1318 AAAGCCTTGTGGATGGAAGCGGGAGATTCATCCCCAACAGAAAAGTATTGGAGTTAAGGC 1377 Query 1431 AGAAGTTGATCAAGTTTATGGAAACTCATATCTACCCAATGGAAAACGAGTTCTCCAAAC 1490 |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| Sbjct 1378 AGAAGTTGATCAAGTTTATGGAAACTCACATCTACCCAATGGAAAAGGAGTTCTCCAAAC 1437 Query 1491 TTGCTCAATCAGATATGCGATGGACCGTTCACCCTC-AGGAGGAAAAGTTAAAGGAAATG 1549 |||| ||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||| Sbjct 1438 TTGCCCAATCAGATATGCGATGGACCGTTCACCC-CGAGGAGGAAAAGTTAAAGGAAATG 1496 Query 1550 GCAAAGAGAGAAGGCCTATGGAACTTATTTGTTCCTGTAGATAGTGCTGCTAGAGCTAGA 1609 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| Sbjct 1497 GCAAAGAGAGAAGGCCTATGGAACTTATTTGTTCCTGTAGATAGTGCTGCTAGAGCCAGA 1556 Query 1610 AGAGAACTGGCGGCTACCGAGAATAAACATAACCTCTCGGGCAAGTCTTTTGATCAATTG 1669 |||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| ||| |||||||||||||||| Sbjct 1557 AGAGAACTGGCGGCTACCGATAATAAACATAATCTCTCGAGCAGGTCTTTTGATCAATTG 1616 Query 1670 TTTGGTGAGGGCCTCACGAACCTGGAGTATGGTTACCTTTGTGAGATCATGGGTCGTTCT 1729 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1617 TTTGGTGAGGGCCTCACGAACCTGGAGTATGGTTACCTTTGTGAGATCATGGGTCGTTCT 1676 Query 1730 GTTTGGGCTCCACAGGTGTTTAACTGTGGTGCACCAGATACTGGAAACATGGAGGTGATA 1789 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1677 GTTTGGGCTCCACAGGTGTTTAACTGTGGTGCACCAGATACTGGAAACATGGAGGTGATA 1736 Query 1790 CTGCGGTATGGTAACAAAGAACAAATTTCTGAATGGCTTATTCCGTTGCTCGAGGGAAGA 1849 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1737 CTGCGGTATGGTAACAAAGAACAAATTTCTGAATGGCTTATTCCGTTGCTCGAGGGAAGA 1796 Query 1850 ATTCGTTCTGGATTTGCTATGACTGAGCCACAAGTTGCATCGTCTGATGCAACCAATATT 1909 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1797 ATTCGTTCTGGATTTGCTATGACTGAGCCACAAGTTGCATCGTCTGATGCAACCAATATT 1856 Query 1910 GAATGCTCTATCCGAAGACAAGGTGATTCATACGTCATTAATGGCACAAAATGGTGGACA 1969 || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1857 GAGTGCTCTATCCGAAGACAAGGTGATTCATACGTCATTAATGGCACAAAATGGTGGACA 1916 Query 1970 AGTGGAGCTATGGATCCCAGGTGCAGAGTCCTTATTCTCATGGGAAAAACTGATTTCAAC 2029 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| Sbjct 1917 AGTGGAGCTATGGATCCCAGGTGCAGAGTCCTTATTCTCATGGGCAAAACTGATTTCAAC 1976 Query 2030 GCCCCAAAACATAAGCAGCAGTCTATGATATTAGTGGACATGCGGACTCCAGGTATAAGT 2089 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| || Sbjct 1977 GCCCCAAAACATAAGCAGCAGTCTATGATATTAGTGGACATGCAGACTCCAGGTATACGT 2036 Query 2090 GTGAAGAGGCCTCTCACAGTGTTTGGTTTTGATGACGCACCTCATGGACATGCTGAAATT 2149 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2037 GTGAAGAGGCCTCTCACAGTGTTTGGTTTTGATGACGCACCTCATGGACATGCTGAAATT 2096 Query 2150 TCTTTTGAAAATGTGGTTGTCCCGGCGAAGAACATTCTCCTTGGAGAAGGCCGAGGATTC 2209 |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||| Sbjct 2097 TCTTTTGAAAATGTGGTTGTCCCGGCAAAGAACATTCTTCTTGGAGAAGGCCGAGGATTC 2156 Query 2210 GAGATTGCTCAGGGTAGGTTAGGCCCTGGAAGACTGCACCATTGCATGAGACTAATAGGT 2269 || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2157 GAAATTGCTCAGGGTAGGTTAGGCCCTGGAAGACTGCACCATTGCATGAGACTAATAGGT 2216 Query 2270 GCAGCAGAGCGTGGAATGGAGCTAATGGCTCAAAGAGCTCTGAGTAGAAAAACTTTTGGG 2329 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||| Sbjct 2217 GCAGCAGAGCGTGGAATGGAGCTAATGGCTCAAAGAGCTCTTAGTAGGAAAACTTTTGGG 2276 Query 2330 AAGTTCATTGCGCAGCACGGTTCTTTCGTCTCTGATCTTGCAAAGTTACGGGTAGAGCTA 2389 |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2277 AAGTTCATTGCGCAGCACGGTTCTTTTGTCTCTGATCTTGCAAAGTTACGGGTAGAGCTA 2336 Query 2390 GAAGGAACCCGATTGTTGGTTCTAGAAGCTGCTGATCATCTTGATAAATTTGGAAACAAA 2449 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2337 GAAGGAACCCGATTGTTGGTTCTAGAAGCTGCTGATCATCTTGATAAATTTGGAAACAAA 2396 Query 2450 AAAGCTCGAGGAATTCTCGCAATGGCCAAGGTTGCAGCTCCAAACATGGCATTGAAGGTA 2509 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2397 AAAGCTCGAGGAATTCTCGCAATGGCCAAGGTTGCAGCTCCAAACATGGCATTGAAGGTA 2456 Query 2510 CTAGACACGGCAATACAAGTTCATGGAGCAGCCGGTGTATCCTCGGACACAGTTTTAGCG 2569 || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2457 CTGGACACAGCAATACAAGTTCATGGAGCAGCCGGTGTATCCTCGGACACAGTTTTAGCA 2516 Query 2570 CATTTGTGGGCTACAGCTAGAACACTGAGGATTGCTGATGGACCTGATGAGGTTCATCTT 2629 ||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2517 CATCTGTGGGCTACAGCTAGAACATTGAGGATTGCTGATGGACCTGATGAGGTTCATCTT 2576 Query 2630 GGGACCATTGGCAAGTTAGAACTGCAAAGAGCTTCAAAGCTTTAAAGCGTTTTGGGATAT 2689 |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||| | Sbjct 2577 GGGACCATTGGCAAGTTAGAACTGCAAAAAGCTTCAAAGCTTTAAAGCGTTTTCGGATCT 2636 Query 2690 GCGAATTCGATTCTCAGAATAAGAT 2714 ||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2637 GCGAATTCGATTCTCAGAATAAGAT 2661 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 107604942125 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5