BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= AT3G07660.1 Length=3212 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg928450 jgi|Araly1|928450|scaffold_300907.1 4132 0.0 > Ahg928450 jgi|Araly1|928450|scaffold_300907.1 Length=2593 Score = 4132 bits (2237), Expect = 0.0 Identities = 2482/2601 (95%), Gaps = 13/2601 (0%) Strand=Plus/Plus Query 170 TACGTTTGATAGAAGAGAGGATGGTCGGCAGTGGCGCTAGGGTTTCGATTTCGGCTACTA 229 ||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| | || Sbjct 1 TACCTTTGATATAAGAGAGGATGGTCGGCAGTGGCGCTAGGGTTTCGATTCCGGCCAGTA 60 Query 230 CTCGGAAGATGATTCAGAACATTAAGGAGACCACTGCTGGGAACTATAGCGAGGATGAGA 289 ||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 61 CTCGGAAGACGATTCAGAACATCAAGGAGACCACTGCTGGGAACTATAGCGAGGATGAGA 120 Query 290 TTATCGCAATGCTTCATGAATGTAACATGGATCCTGATGAGACCGCTCAACGCTTACTTC 349 || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 121 TTCTCGCAATGCTTCATGAATGTAACATGGATCCTGATGAGACCGCTCAACGCTTACTTC 180 Query 350 TTCAGGATCCATTCCATGAGGTTaaaaaaaaGCGTGATAAGAGGAAAGAGAACATCAACA 409 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| Sbjct 181 TTCAGGATCCATTCCATGAGGTTAAAAAAAAGCGTGATAAGAGGAAAGAGAACATCCACA 240 Query 410 ACAAGGATTCTGCTGAATCACAATGGAGATCTGGTGGAGGGGGCCGTGGTAGCAGGGGTG 469 ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| Sbjct 241 ACAAGGATTCTGCTGAATCACCATGGAGATCTGGTGGAGGGGGGCGTGGTAGCAGGGGTG 300 Query 470 GTCGGATGAATTTCTCTTCTCGTCATGCATCAAATGATGTTGCTGGTGCAAAGAATTCTT 529 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 301 GTCGGATGAATTTCTCTTCTCGTCATGCATCAAATGATGTTGCTGGTGCAAAGAATTCTT 360 Query 530 TCAAAAAAGAAAACGGTCCAAAGCAGGTTATTGATCCATCAACTTCAACCTCTCAAGAGA 589 ||| |||||||||||||||||| ||||| | |||||||||||||||||||||||||| || Sbjct 361 TCAGAAAAGAAAACGGTCCAAAACAGGTCACTGATCCATCAACTTCAACCTCTCAAGGGA 420 Query 590 TAAAAACGAAAGATATAGCTCTGGTCTCAAGCCATTCTGCTGTGATGGATAAAAGTACTG 649 |||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| Sbjct 421 TAAAAACGAAAGATATGGCTTTGGTCTCAAGCCATTCAGCTGTGATGGATAAAAGTACTG 480 Query 650 TTGGTCCGAAATCAGGAAGCTCTGATGTTCGCCAGTCTTCCAACCTACCAGCTGGTTCAG 709 |||||| || |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||| Sbjct 481 TTGGTCTGACATCAGGAAGCTCTGATGTTCGCCATTCTTCCAACCTACCAGCTAGTTCAG 540 Query 710 GTCAACTTAAAGCTGGC-CGATCTTCAGTGCCCTCAAACAACATTGATGGTGCACCGTCT 768 ||||||| |||||| | |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 541 GTCAACTGAAAGCT-ACTGGATCTTCAGTGCTCTCAAACAACATTGATGGTGCACCGTCT 599 Query 769 TCTGTGGAATTAAGCAAAAATCGTGTAGCAGTTGGCTCTAGGGTTGTGCATACTGAGCAG 828 |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||| |||| ||||||||||| Sbjct 600 TCTGTGGAATTAAGCAAAAATCGTTTAGCAGTTGGCTCAAGGGATGTGTATACTGAGCAG 659 Query 829 AAGGCAGTTGATTCTCTGCCACTCCCTCGTCCATCCTCTTCTGAAGTTCGATTCACATCT 888 ||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 660 AAGTCAGCTGATTCTCTGCCACTCCCTCGTCCATCCTCTTCTGAAGTTCGATTCACATCT 719 Query 889 TCAAATCCCAAATCAGAGCAAACAGCACCTGAACAGCACATTGGAGAAAGCAAGTCCCAT 948 |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 720 TCAAATCCCAAATCAGAGCAAACAGCACATGAACAGCACATTGGAGAAAGCAAGTCCCAT 779 Query 949 ACCAGATCCCGTGGGGTTGGGAAGACTGCCGTGAATGATACTTATGGTT-CAAGGCCTGC 1007 |||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||| ||| | |||||||| Sbjct 780 GCCAGATCCCGTGGGGTTGGGAAGACTGCCGTGAATG--A-TTAT-GTTCCGAGGCCTGC 835 Query 1008 TTCATCTCATAGCAACAGCACGGGTAGTCGGCCTTCTTCTAACTACAGTAATCGGTCACA 1067 ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 836 TTCGTCTCATAGCAACAGCACGGGTAGTCGGCCTTCTTCTAACTACAGTAATCGGTCACA 895 Query 1068 TCAGACTGTCGGTCCTCAAAGAGGTGCTGGTTCCATTAAGGAATGGAAACCGAAGCCAGT 1127 ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 896 TCAGACTGTTGGTCCTCAAAGAGGTGCTGGTTCCATTAAGGAATGGAAACCGAAGCC--- 952 Query 1128 AGTGAACCATAACACTACCCAGGGCTCTGGTGCATCATCTACAGGTGAAACTCTTGCAGT 1187 ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||| Sbjct 953 AGTGAACCATAACACTACCCAGGGCCCTGGTGCATCATCTACAGGTGAAACCCTTGCAGT 1012 Query 1188 TCCTACTGAAGCCAGTGACAAATCAGTTGAAGATGCTACCCCTTCGGCAGAAGCCACATC 1247 |||||||||| ||||||| ||||| ||||| |||| || |||||| ||||| |||||||| Sbjct 1013 TCCTACTGAATCCAGTGAAAAATCTGTTGAGGATGTTATCCCTTCAGCAGAGGCCACATC 1072 Query 1248 CAGATTGCAGAGACAGCTTGAAGACTTGCAGATTCAACGTCAGCATGTTATTATTCCAAA 1307 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1073 CAGATTGCAGAGACAGCTTGAAGACTTGCAGATTCAACGTCAGCATGTTATTATTCCAAA 1132 Query 1308 CCATATTCTTGTTCCAGAGGCTGAACGAACCAAGTTAAGCTTTGGAAGCTTTGATGCTGA 1367 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1133 CCATATTCTTGTTCCAGAGGCTGAACGAACCAAGTTAAGCTTTGGAAGCTTTGATGCTGG 1192 Query 1368 CTTTTCTATTACGTCTAGCACAGTAGCCTTTCCTCAGAGTGAAAAGAGATCTGCACCTCT 1427 ||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1193 CTTTTCTATTACGTCTAGCTCAGTAGCCTGTCCTCAGAGTGAAAAGAGATCTGCACCTCT 1252 Query 1428 TTCTCATAATTCGCAGGAAGTTGAAGAAAGTTTTGCAGAGGAGGAATTTAGGCACCCAAC 1487 |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| Sbjct 1253 CTCTCATAATTCGCAGGAAGTTGAAGAAAGTTTTGAAGAGGAGGAATTTAGGCACCCAAC 1312 Query 1488 TGTCCATTCGATTGAAAAAGAAGAGGACGGTAATGTTTACTCCGAGTCACCTTCACAAGT 1547 ||||||||||| |||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1313 TGTCCATTCGACTGAAAAGGAAGAGGACAATAATGTTTACTCCGAGTCACCTTCACAAGT 1372 Query 1548 TCCAGATAATATGGCTGGTGAAGGTAATACTGCAACAAATACAGCTCCAGAGTATGATGT 1607 |||||| ||||||||||||||||||| || |||||||||| ||||||||||||||||||| Sbjct 1373 TCCAGAAAATATGGCTGGTGAAGGTATTAGTGCAACAAATGCAGCTCCAGAGTATGATGT 1432 Query 1608 CACCAAGCAGGAGAATATGTTGGAGTCCGAAAGCAATCAAAACTCGTTTGACCAGGTTCC 1667 ||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| Sbjct 1433 CACCAAGCAAGAGAATCTGTTGGAGTCCGAAAGCAATCAAAACTCTTTTGACCATGTTCC 1492 Query 1668 AAGTAATATTATTGGGATTGTTCCTCCAGCTCCTGGGAACCAGCATCCACAATTTGAGAC 1727 ||||| |||||| ||| ||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| Sbjct 1493 AAGTAGTATTATCGGGCTTGCTCCTCCAGCTCCTGGGAGCCAGCATCCACAATTTGAGAC 1552 Query 1728 TTCTGACCCTCAAGCACGTGATGCCCTTCGTCTTCCCAGTTTTATGGGCCAACAACCTTT 1787 | |||||||||||||||||||||| |||||| |||||| |||| ||| ||||| |||||| Sbjct 1553 TGCTGACCCTCAAGCACGTGATGCTCTTCGTATTCCCAATTTTGTGGTCCAACCACCTTT 1612 Query 1788 TGATACGGCGAGCTACTATGCTCAGTTCTACCGCTCAGGTCCTGACAGTGATGGCCGTGT 1847 |||||||||||| ||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1613 TGATACGGCGAGTTACTATGCTCAATTCTACCGCCCAGGTCCTGACAGTGATGGCCGTGT 1672 Query 1848 TTCTCCCTTCGTTTCCCCAGGGGTTGCCTCCAAATTTAATGGG-A--TTACAGTATTGCC 1904 ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||| |||| Sbjct 1673 TTCTCCCTTTGTTTCCCCAGGGGTTGCCTCCAAATTTAATGGGAATGTTACAGTAATGCC 1732 Query 1905 TCCGCATTCATCTCAAACCATGCAAGAGGGTGGAAATAACTTGGTCCTGTCTACTGCTAG 1964 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| Sbjct 1733 TCCGCATTCATCTCAAACCATGCAAGAGGGTGGAAATAACTTAGTTCTGTCTACTGCTAG 1792 Query 1965 TCCACCACCACTGGTAACTCAAGCTGCTGGACTAATGCAGAGCTCTATACCTGTCACGCA 2024 ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1793 TCCACCACCACTGGTAACTCAGGCTGCTGGACTAATGCAGAGCTCTATACCTGTCACGCA 1852 Query 2025 GCAGCCTGTTCCTGTTTTCCGCCCTCCGGGCTTACATATGTCGCATTATCCACCAAACTA 2084 |||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| || Sbjct 1853 GCAGCCTGTTCCTGTTTTCCGCCCCCCGGGTTTACATATGTCGCATTATCCACCAAATTA 1912 Query 2085 CGTGCCATATGGATACTTCTCCCCATTCTATTTACCTCCCCCTACAATGCACCAATACTT 2144 ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1913 CGTGCCATATGGATACTTCTCCCCATTCTATCTACCTCCCCCTACAATGCACCAATACTT 1972 Query 2145 AAGCAATGGTGCATATGCTCAGCAACCTCAGGCAAGCGGTGTATATCCTCCACCTCCTGG 2204 |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| Sbjct 1973 AAGCAATGGTGCATTTGCTCAGCAACCTCAGGCAAGCGGTGTATATCCTCCACCCCCTGG 2032 Query 2205 AACTGCAACAGGAGGCAAATACACACTCCCTCATTACAAGCCTGGGACTAATACAGGAAA 2264 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2033 AGCTGCAACAGGAGGCAAATACACACTCCCTCATTACAAGCCTGGGACTAATACAGGAAA 2092 Query 2265 CATGACTCATGTCGGTATTACTGGTGGGTATGGACCAACATATGGGTCTTTCCCAGCAGG 2324 |||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| Sbjct 2093 CATGACTCATGTCGGTATGCCTGGTGGTTATGGACCAACATATGGGTCCTTCCCAGCAGG 2152 Query 2325 ATATAATCCCACCTCTGCTGCATCGGCCGGGAATTCGACTTCCAATGAGGATCTCAACTC 2384 |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2153 ATATAATCCCACCTCTGCTGCATCAGCCGGGAATTCGACTTCCAATGAGGATCTCAACTC 2212 Query 2385 ATTGCAGTTGAAAGAAAACAACGGCTACAGTACAACAGGGCAACAGAGTGAAGCATTACC 2444 |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2213 ATTGCAGTTGAAAGAAAACAACGGCTACAGCGCAACAGGGCAACAGAGTGAAGCATTACC 2272 Query 2445 TGTATGGATTACTGGACCAGGACGAGATGTGCCAAGCTCTTTCTATGGTTTACAGCACCA 2504 ||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2273 TGTATGGATTACTGGGCCAGGACGAGATGTGTCAAGCTCTTTCTATGGTTTACAGCACCA 2332 Query 2505 TGGGCAACACGTGACTTATGCTCCAGCACAAGCTGGTCACGTCGCATTCCCAGGTATGTA 2564 |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| || Sbjct 2333 TGGGCAACACGTGACTTACGCTCCAGCACAAGCTGGTCACGTCGCGTACCCAGGTATTTA 2392 Query 2565 CCATCCGGGACAAGCAGTAACAGCAACAGGAGTCCATCATCCGCTTTTACAACAGTCTCA 2624 ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2393 CCATCCGGGACAAGCAGTAACAGCAACAGGAGTTCATCATCCGCTTTTACAACAGTCTCA 2452 Query 2625 AGGTGTGGCTGGAGCTGAAATGGTTGCACCTGCGCCTAACGTTTTCCAACAGCCTCAGCA 2684 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2453 AGGTGTGGCTGGAGCTGAAATGGTTGCACCTGCGCCTAACGTTTTCCAACAGCCTCAGCA 2512 Query 2685 AACACAGATGAATTGGCCAAGTAATTACTGAAACAGGAAGTATAAAGGAGAAAAAGATTT 2744 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2513 AACACAGATGAATTGGCCAAGTAATTACTGAAACAGGAAGTATAAAGGAGAAAAAGATTT 2572 Query 2745 TGAAGATTCAACAAGTTTCAA 2765 ||||||||||||||||||||| Sbjct 2573 TGAAGATTCAACAAGTTTCAA 2593 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 121355520570 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5