BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= AT3G08650.2 Length=2155 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg928515 jgi|Araly1|928515|scaffold_300972.1 2976 0.0 > Ahg928515 jgi|Araly1|928515|scaffold_300972.1 Length=1835 Score = 2976 bits (1611), Expect = 0.0 Identities = 1749/1817 (96%), Gaps = 4/1817 (0%) Strand=Plus/Plus Query 129 ATCAAAATGATGCATTCAAGCTGCAAAGGACTTGTGCTGCTTCTATTCTTATTTGTCGTT 188 ||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| Sbjct 21 ATCAAAATGATGCATTCAAGCTGCAAACGACTTCTGCTGCTTCTATTCTTATTTGTCGTT 80 Query 189 GTATTCATT-GGAAACACCGATGCGAATGCTCAGTGGGAGGTTTCACATAAAGTAAGAGC 247 ||||||||| || |||||||| || ||| ||||||||||| ||||||||||||| ||||| Sbjct 81 GTATTCATTCGG-AACACCGACGCAAATTCTCAGTGGGAGATTTCACATAAAGTTAGAGC 139 Query 248 TTCTCCCCATGAAAACATGGGACGTAATGTTATTGACGGAAGTGGTGTAGAGAAAACATT 307 |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| || || Sbjct 140 TTCTCCCCATGAAAACATGGGACGAAATGTTATTGATGGAAGTGGTGTAGAGAAGACGTT 199 Query 308 ACATGACATTGGAATGGGTGAAAAGAGAGGCACTCACAACAAAGTTTCAGTCTCAACAGT 367 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || Sbjct 200 GCATGACATTGGAATGGGTGAAAAGAGAGGCACTCACAACAAAGTCTCAGTCTCAACGGT 259 Query 368 TGCGTTGTTCACCTTGGCTATGGCTGCTGCCACTGGGTTAGGTGCTGTGCCCTTCTTCTT 427 ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 260 TGCATTGTTCACCTTGGCTATGGCTGCTGCCACTGGGTTAGGTGCTGTGCCCTTCTTCTT 319 Query 428 TGTTGAGCTTGATCCTCAATGGGCTGGAATTTGCAATGGCATGGCTGCTGGTGTGATGTT 487 |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||| Sbjct 320 TGTTGAGCTTGATCCTCAATGGGCTGGAATATGCAATGGTATGGCGGCTGGTGTGATGTT 379 Query 488 GGCCGCTAGCTTTGATCTTGTTAAGGAAGGGCAGGAACATGGCTCTGGAAACTGGGTTGT 547 |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| Sbjct 380 GGCCGCTAGCTTTGATCTTGTTAAGGAAGGGCAGGAGCATGGCTCTGGAAACTGGGTTGT 439 Query 548 TACTGGGATCCTAGCCGGTGCTTTGTTCATTTGGCTCTGTAAGCAGATTCTTGAACAATA 607 |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| Sbjct 440 TACTGGGATCCTAGCCGGTGCTTTGTTCATATGGCTATGTAAGCAGATTCTTGAACAATA 499 Query 608 TGGTGAAGTTAGTATGCTGGATATTAAAGGCGCAGATGCAACTAAAGTTGTTCTCGTCAT 667 |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 500 TGGTGAAGTTAGTATGCTGGATATTAAAGGTGCAGATGCAACTAAAGTTGTTCTCGTCAT 559 Query 668 AGGAATTATGACACTTCATTCTTTCGGGGAAGGATCAGGGGTTGGTGTATCATTCGCTGG 727 |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| Sbjct 560 AGGAATTATGACACTTCATTCTTTTGGGGAAGGATCAGGGGTTGGTGTATCGTTCGCTGG 619 Query 728 CTCAAAAGGTTTTAGCCAAGGGCTTCTGGTCACTTTGGCCATAGCTGTTCATAACATTCC 787 ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 620 TTCAAAGGGTTTTAGTCAAGGGCTTCTGGTCACTTTGGCCATAGCTGTTCATAACATTCC 679 Query 788 AGAAGGGTTGGCTGTTAGCATGGTGTTGGCATCAAGGGGTGTCTCTCCACAAAATGCCAT 847 ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 680 AGAAGGGTTGGCTGTTAGCATGGTGCTGGCATCAAGGGGTGTCTCTCCACAAAATGCCAT 739 Query 848 GCTCTGGAGTATAATAACATCCTTACCTCAGCCTCTCGTCGCCGTGCCAGCTTTTTTATG 907 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| Sbjct 740 GCTCTGGAGTATAATAACATCCTTACCTCAGCCTCTCGTCGCTGTGCCAGCTTTTTTATG 799 Query 908 CGCTGATGCGTTCAGCAAGTTTTTGCCTTTTTGCACTGGATTTGCTGCCGGATGCATGAT 967 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| Sbjct 800 CGCTGATGCGTTCAGCAAGTTTTTGCCTTTTTGCACTGGATTCGCTGCCGGATGCATGAT 859 Query 968 TTGGATGGTTATTGCTGAAGTGCTTCCTGATGCTTTTAAGGAAGCGTCTCCTTCGCAAGT 1027 ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| Sbjct 860 TTGGATGGTTATTGCTGAAGTGCTTCCTGATGCATTTAAGGAAGCGTCTCCGTCGCAAGT 919 Query 1028 GGCATCTGCAGCCACCATATCAGTAGCATCCATGGAAGCTCTTAGCACTCTTTTCGAGAG 1087 ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 920 GGCATCTGCAGCCACAATATCAGTAGCATCCATGGAAGCTCTTAGCACTCTTTTCGAGAG 979 Query 1088 TTTCACACATGATTACAACTCAGAGGATGCTTCTGGCTTCTTCGTTTCACTCCTCTTTGG 1147 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 980 TTTCACACATGATTACAACTCAGAGGATGCTTCTGGCTTCTTCGTTTCACTCCTCTTTGG 1039 Query 1148 TCTGGGTCCATTGCTTGGGGGAGTATTTCTGGTTGCATCGGCAGTCACCTTCCGTCTCCA 1207 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| Sbjct 1040 TCTGGGTCCATTGCTTGGGGGAGTATTTCTGGTTGCATCAGCAGTGACCTTCCGTCTCCA 1099 Query 1208 GCACGCCCTTCTCATGGGAGTTGCCTCAGGCATTGCTTTTGTCCTTGGTCTCTGGCGCCC 1267 ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| Sbjct 1100 GCACGCCCTTCTCATGGGAGTAGCCTCAGGCATTGCTTTTGTCCTTAGTCTCTGGCGCCC 1159 Query 1268 ACTTCAACTGCTGCTATCCGCAAAAATGGGATTAATCCCTCTGGTTAGTCTACTTGCAAT 1327 |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| | Sbjct 1160 GCTTCAACTGCTGCTATCCGCAAAAATGGGATTTATCCCTCTGGTTAGTCTACTTGCAGT 1219 Query 1328 TGGAGCTGGACTGAGCCATTTCACTAGCTCAACCATCCTGAATGTAACTGGTCGGAAAAA 1387 |||||| || |||||| ||||||||||||| || ||||||||||||||| |||||||||| Sbjct 1220 TGGAGCCGGGCTGAGCTATTTCACTAGCTCGACAATCCTGAATGTAACTTGTCGGAAAAA 1279 Query 1388 GTCCCGGGCTGGCAGTTTAATAAACCCAGTAACCAATTTTCCAACCAGTGTGATAACACT 1447 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1280 GTCCCGGGCTGGCAGTTTAATAAACCCAGTAACCAATTTTCCAACCAGTGTGATAACACT 1339 Query 1448 CCAATCATTATTAGCGTGTGGAGCGGTTGGGTTCCATGCATTAGCCGAGGGGCTTGCTCT 1507 |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||| |||||||||||||| Sbjct 1340 CCAATCATTATTAGCGTGTGGAACGGTTGGGTTCCATGCACTAGCAGAGGGGCTTGCTCT 1399 Query 1508 CGGGGTGGCTGCTCCAAATGCTTATGGCCTTGGCCGACATATGGTTCTCCCGGTTTCCCT 1567 |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||| Sbjct 1400 TGGGGTGGCTGCTCCAAATGCTTATGGACTTGGCCGACACATGGTACTCCCGGTTTCCCT 1459 Query 1568 ACACGGGCTCCCAAGAGGGACAGCGGTTGCAAGCTGTGTCTTTGGGG-CTACAGACAGTT 1626 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| | || ||||||| Sbjct 1460 ACACGGGCTCCCAAGAGGGACAGCGGTTGCAAGCTGTGTCTTCGGGGTC-ACTGACAGTT 1518 Query 1627 GGCACGCAGCTCTTGCAGCAGCAGCTTTGATAGGATTTGTGGGACCCATATCGGCCATAG 1686 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| Sbjct 1519 GGCACGCAGCTCTTGCAGCAGCAGCTTTGATAGGATTTGTGGGACCCATATCGGCGATAG 1578 Query 1687 GATCCATATTAGCAGGGATAGATTACAGCGGACTGGACCACGTGATGGTGGTGGCGTGCG 1746 ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| Sbjct 1579 GATCCATATTAGCCGGGATAGATTACAGCGGACTGGACCACGTGATGGTTGTGGCGTGCG 1638 Query 1747 GTGGATTACTACCCAGCTTCTGGCAGGTGATTAAGAGAGCAGTGAGGTTAGAGAGAAGGA 1806 |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| Sbjct 1639 GTGGATTACTACCCAGCTTCTGGCAGGTAATTAAGAGAGCGGTGAGGTTAGAGAGAAGGA 1698 Query 1807 AAGGCAGTGTGGGGATGGTGCTGGGACTAGCGTGTGCGGTTGTGTGTCTGACTTTCACGA 1866 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| Sbjct 1699 AAGGCAGTGTGGGGATGGTGCTGGGACTAGCGTGTGCCGTTGTGTGTCTGACTTTCACGA 1758 Query 1867 GACTTGTGTGCTTGCACACACCCTACTGCAATTCTGCACCTGAGGCTGTTAGGTGATGAC 1926 |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| Sbjct 1759 GACTCGTGTGCTTGCACACACCCTACTGCAATTCTGCACCTGAGGCTGTTAGATGATGAC 1818 Query 1927 TCCTTGTGAacacacac 1943 ||||||||||| ||||| Sbjct 1819 TCCTTGTGAACTCACAC 1835 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 81094131605 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5