BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= AT3G09090.1 Length=3157 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg928570 jgi|Araly1|928570|scaffold_301027.1 4527 0.0 > Ahg928570 jgi|Araly1|928570|scaffold_301027.1 Length=2735 Score = 4527 bits (2451), Expect = 0.0 Identities = 2644/2738 (97%), Gaps = 9/2738 (0%) Strand=Plus/Plus Query 232 GTATTCGCAGAGTGTGATCATATGAAATCTCGAGCGAGGCAGTGTCTGCTGGTTTGTTTG 291 |||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||| |||||||| Sbjct 1 GTATTCGCAGAGTGTGATCATATGAAATCTCGAGCGCCGCTGTGTCTGCTGATTTGTTTG 60 Query 292 CTCTGTCTTTCCTTAACGAATCTCTCCTATGGAGAAAATAAGTTCAGAGAGCGTAAAGCC 351 ||||||||| ||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 61 CTCTGTCTTACCTTAACAAAACTCTCCTATGGGGAAAATAAGTTCAGAGAGCGTAAAGCC 120 Query 352 ACCGATGACGAGCTGGGCTACCCCGATATTGATGAAGATGCTTTATTGAATACTCAGTGC 411 ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 121 ACCGATGACGAGCTGGGCTACCCTGAAATTGATGAAGATGCTTTATTGAATACTCAGTGC 180 Query 412 CCGAAAAAATTGGAGCTGCGATGGCAAACTGAAGTCACTTCTAGCGTTTATGCTACACCC 471 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 181 CCGAAAAAATTGGAGCTGCGATGGCAAACTGAAGTCACTTCTAGCGTTTATGCTACACCC 240 Query 472 TTGATTGCTGATATTAACAGTGATGGAAAGCTTGACATTGTTGTTCCATCTTTTGTTCAT 531 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||| Sbjct 241 TTGATTGCTGATATTAACAGTGATGGAAAGCTTGACATCGTCGTTCCATCTTTTGTTCAT 300 Query 532 TACCTCGAAGTTCTTGAAGGAGCTGATGGAGACAAGATGCCAGGTTGGCCTGCTTTTCAC 591 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 301 TACCTCGAAGTTCTTGAAGGAGCTGATGGAGACAAGATGCCAGGTTGGCCTGCTTTTCAC 360 Query 592 CAGTCAAATGTGCACTCGAGTCCTCTTCTATTTGATATCGACAAAGATGGTGTTAGAGAA 651 |||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 361 CAGTCAAATGTGCATTCCAGTCCTCTTCTATTTGATATCGACAAAGATGGTGTTAGAGAA 420 Query 652 ATTGCTCTGGCTACCTACAATGCCGAAGTGCTCTTTTTCAGGGTATCAGGCTTTTTGATG 711 |||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 421 ATTGCTCTGGCTACCTACAATGGCGAAGTTCTCTTTTTCAGGGTATCAGGCTTTTTGATG 480 Query 712 TCAGATAAGCTAGAAGTGCCACGTAGAAAAGTGCACAAGAACTGGCATGTGGGACTTAAT 771 ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 481 TCAGATAAGCTAGAAGTGCCACGCAGAAAAGTGCACAAGAACTGGCATGTGGGACTTAAT 540 Query 772 CCTGATCCTGTTGACCGTTCACATCCTGATGTTCATGATGATGTGCTTGAGGAGGAAGCT 831 ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 541 CCTGACCCTGTTGACCGTTCACATCCTGATGTCCATGATGATGTGCTTGAGGAGGAAGCT 600 Query 832 ATGGCAATGAAGTCATCGACCACTC---AAA-CGAATGCAACTACCACAACACCAAATGT 887 |||||||||||||||||| |||||| ||| |||||||| | ||||||||||||||||| Sbjct 601 ATGGCAATGAAGTCATCGGCCACTCGTAAAAGCGAATGCAGCAACCACAACACCAAATGT 660 Query 888 TACAGTCTCGATGACCAAAGAAGTTCATGGCGCTAATTCATATGTGTCAACTCAAGAGGA 947 ||||||||||||| |||||| ||| ||||||| | ||||| | |||||| |||||||| | Sbjct 661 TACAGTCTCGATGTCCAAAG-AGTCCATGGCGGTGATTCAAACGTGTCATCTCAAGAGAA 719 Query 948 TCAAAAGAGAC-CAGAGAATAATCAAACAGAAGCTATTGTAAAGCCTACTCCAGAGCTAC 1006 ||||||||||| | ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||||| Sbjct 720 TCAAAAGAGACTC-GAGAATAATCAAACAGAAGCTATCGTAAAGCCTACACCCGAGCTAC 778 Query 1007 ATAATTCCTCCATGGATGCTGGAGCAAATAATTTGGCAGCAAATGCTACTACAGCTGGCT 1066 ||||||||||||||| ||||||||||||||||| | ||||||||| |||||||||||||| Sbjct 779 ATAATTCCTCCATGGGTGCTGGAGCAAATAATTCGTCAGCAAATGTTACTACAGCTGGCT 838 Query 1067 CAAGAGAAAACCTCAATAGAAATGTAACCACCAATGAGGTGGATCAAAGCAAAATTAGTG 1126 ||| |||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 839 CAACAGAAAAGTTCAATGGAAATGTAACCACCAATGAGGTGGATCAAAGCAAAATTAGTG 898 Query 1127 GAGATAAGAATGAAACTGTTATTAAATTAAATACTAGTACGGGTAATTCCTCAGAAACTC 1186 ||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||| ||| Sbjct 899 AAGATAAGAATGAAACTGTTATTAAACTAAACACTAGTACGGGTAATTCCTCAGAATCTC 958 Query 1187 TGGGGACATCTGGAAACAGTAGTACGGCAGAGACAGTAACCAAAAGTGGGAGGCGACTTC 1246 |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||| Sbjct 959 TGGGGACAACTGGAAACAGTAGTACGACAGAGACAGTAACCAAGAGTGGGAGGCGACTTC 1018 Query 1247 TGGAAGAGGATGGTTCGAAAGAATCTGTGGACAGCCATTCGGACAGTAAAGACAACAGTG 1306 |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||| | Sbjct 1019 TGGAAGAGGATGGTTCGAAAGAATCTGTGGACGGCCATTCGGACAATAAAGACAACAAAG 1078 Query 1307 AGGGTGTCCGCATGGCGA-CAGTAGAAAATGATGGAGGCTTAGAAGCTGACGCAGATTCA 1365 ||||||| |||||||||| | || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1079 AGGGTGTTCGCATGGCGATC-GTTGAAAACGATGGAGGCTTAGAAGCTGACGCAGATTCA 1137 Query 1366 TCGTTTGAGTTGTTGCGTGAGAATGATGAGTTAGCTGATGAATACAGTTATGATTATGAC 1425 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1138 TCGTTTGAGTTGTTGCGTGAGAATGATGAGTTAGCTGATGAATACAGTTATGATTATGAC 1197 Query 1426 GATTATGTTGATGAGAAAATGTGGGGTGATGAGGAATGGGTTGAGGGGCAGCACGAGAAC 1485 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| Sbjct 1198 GATTATGTTGATGAGAAAATGTGGGGTGATGAGGAATGGGTCGAGGGGCAGCACGAGAAC 1257 Query 1486 TCAGAAGATTATGTGAATATTGACGCCCATATACTATGCACTCCTGTAATTGCTGACATA 1545 ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1258 TCAGAGGATTATGTGAATATTGACGCCCATATACTATGCACTCCTGTAATTGCTGACATA 1317 Query 1546 GACAAAGATGGAGTACAGGAGATGATTGTTGCTGTTTCCTATTTCTTCGACCCCGAGTAC 1605 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1318 GACAAAGATGGAGTACAGGAGATGATTGTTGCTGTTTCCTATTTCTTCGACCCCGAGTAC 1377 Query 1606 TATGATAATCCAGAACATCTGAAAGAGCTTGGTGGTATCGACATTAAAAATTATATTGCT 1665 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| Sbjct 1378 TATGATAATCCAGAACATCTGAAAGAGCTTGGTGGTATCGACATAAAAAATTATATTGCT 1437 Query 1666 AGTTCAATTGTGGTTTTCAATCTTGATACTAAACAAGTCAAGTGGATCAAAGAGCTAGAT 1725 |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1438 AGTTCAATTGTGGTTTTCAATCTTGAAACTAAACAAGTCAAGTGGATCAAAGAGCTAGAT 1497 Query 1726 TTGAGTACGGATAAAGCAAACTTCCGTGCTTATATTTATTCTTCACCAACGGTTGTTGAT 1785 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| Sbjct 1498 TTGAGTACGGATAAAGCAAACTTCCGTGCTTATATTTATTCTTCCCCAACGGTTGTTGAT 1557 Query 1786 TTGGATGGCGATGGTTATTTGGATATCCTTGTCGGAACTTCCTTTGGCTTATTCTACGCC 1845 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1558 TTGGATGGCGATGGTTATTTGGATATCCTTGTCGGAACTTCCTTTGGCTTATTCTACGCC 1617 Query 1846 ATGGATCATCGTGGAAACATCAGAGAAAAATTCCCACTGGAAATGGCTGAAATTCAAGGA 1905 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1618 ATGGATCATCGTGGAAACATCAGAGAAAAATTCCCACTGGAAATGGCTGAAATTCAAGGG 1677 Query 1906 GCAGTGGTTGCGGCCGACATAAATGATGATGGAAAGATTGAACTTGTAACTACTGATTCA 1965 ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1678 GCAGTGGTTGCAGCCGACATAAATGATGATGGAAAGATTGAACTTGTAACTACTGATTCA 1737 Query 1966 CACGGAAATATAGCAGCATGGACCACCCAAGGAGTGGAAATTTGGGAAGCACATCTTAAG 2025 ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1738 CACGGAAATATAGCAGCATGGACTACCCAAGGAGTGGAAATTTGGGAAGCACATCTTAAG 1797 Query 2026 AGCCTTGTTCCCCAGGGTCCTTCTATAGGCGATGTTGATGGTGACGGACACACGGAGGTT 2085 || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| Sbjct 1798 AGTCTTGTTCCCCAGGGTCCTTCTATAGGCGATGTTGATGGTGACGGACACACGGATGTT 1857 Query 2086 GTGGTTCCTACATCATCAGGAAACATATACGTTCTTAGTGGCAAGGATGGTTCTATTGTC 2145 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1858 GTGGTTCCTACATCATCAGGAAACATATACGTTCTTAGTGGCAAGGATGGTTCTATTGTC 1917 Query 2146 CGTCCTTACCCATACAGGACTCATGGAAGAGTGATGAACCAACTTCTTCTTGTTGATCTG 2205 |||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1918 CGTCCTTACCCATATAGAACTCATGGAAGAGTGATGAACCAACTTCTTCTTGTTGATCTG 1977 Query 2206 AACAAGCGAGGTGAGAAAAAGAAGGGTCTCACCATCGTTACTACATCCTTTGACGGTTAC 2265 |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||| Sbjct 1978 AACAAGCGAGGTGAGAAAAAGAAGGGTCTCACTATCGTTACTACATCTTTTGACGGTTAC 2037 Query 2266 CTGTATCTCATAGATGGACCCACCTCGTGCACTGACGTTGTTGACATTGGCGAAACTTCA 2325 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| Sbjct 2038 CTGTATCTCATAGATGGACCCACCTCGTGCACTGACGTTGTTGATATTGGTGAAACTTCA 2097 Query 2326 TACAGCATGGTCTTGGCTGATAATGTTGACGGTGGAGATGATCTCGATCTTATTGTCTCA 2385 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2098 TACAGCATGGTCTTGGCTGATAATGTTGACGGTGGAGATGATCTCGATCTTATTGTCTCA 2157 Query 2386 ACTATGAATGGAAACGTCTTTTGCTTCTCAACGCCTTCTCCTCACCATCCCCTTAAGGCT 2445 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2158 ACTATGAATGGAAACGTCTTTTGCTTCTCAACGCCTTCTCCTCACCATCCCCTTAAGGCT 2217 Query 2446 TGGAGATCTAGTGATCAAGGCAGGAACAATAAGGCCAATCGTTATGATCGTGAAGGCGTT 2505 |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2218 TGGAGATCTACTGATCAAGGCAGGAACAATAAGGCCAATCGTTATGATCGTGAAGGCGTT 2277 Query 2506 TTTGTCACGCATTCGACCAGAGGTTTCCGTGATGAGGAAGGCAAAAACTTCTGGGCTGAG 2565 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2278 TTTGTCACGCATTCGACCAGAGGTTTCCGTGATGAGGAAGGCAAAAACTTCTGGGCTGAG 2337 Query 2566 ATCGAGATCGTTGATAAATATAGATATCCATCTGGTTCACAAGCACCCTACAACGTTACT 2625 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2338 ATCGAGATCGTTGATAAATATAGATATCCATCTGGTTCACAAGCACCCTACAACGTTACT 2397 Query 2626 ACGACGCTGTTGGTTCCAGGCAATTACCAGGGAGAGAGGAGGATAACGCAGAGCCAGATC 2685 ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||| Sbjct 2398 ACGACGCTGTTGGTTCCAGGCAATTACCAGGGAGATAGAAGGATAACGCAGAGCCAGATC 2457 Query 2686 TATGACCGCCCTGGAAAATACCGGATAAAACTACCAACTGTGGGAGTGAGAACAACAGGA 2745 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| Sbjct 2458 TATGACCGCCCTGGAAAATACCGGATAAAACTACCAACTGTCGGAGTGAGAACAACAGGA 2517 Query 2746 ACTGTAATGGTGGAGATGGCAGATAAGAATGGACTCCATTTCTCAGACGAATTCTCACTA 2805 ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2518 ACTGTAATGGTGGAGATGGTAGATAAGAATGGACTCCATTTCTCAGACGAATTCTCACTA 2577 Query 2806 ACTTTCCATATGTATTACTACAAGCTTCTGAAATGGCTTCTTGTTCTCCCGATGCTCGGG 2865 ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| Sbjct 2578 ACTTTCCATATGTATTACTACAAGCTTTTGAAATGGCTTCTTGTCCTCCCGATGCTCGGG 2637 Query 2866 ATGTTCGGTCTGCTCGTGATACTACGGCCTCAAGAAGCCGTGCCTCTCCCGTCTTTTTCC 2925 |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || || || |||||| Sbjct 2638 ATGTTCGGTCTGCTCGTGATTCTACGGCCTCAAGAAGCCGTGCCCCTACCATCCTTTTCC 2697 Query 2926 CGCAACACAGATTTATGATACTAGGTACCATCTGTAAA 2963 ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| Sbjct 2698 CGCAACACAGACTTATGATATTAGGTACCATCTGTAAA 2735 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 119260557095 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5