BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= AT3G10380.1 Length=3814 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg928727 jgi|Araly1|928727|scaffold_301184.1 5698 0.0 Ahg918703 jgi|Araly1|918703|Al_scaffold_0491_1 532 5e-150 > Ahg928727 jgi|Araly1|928727|scaffold_301184.1 Length=3330 Score = 5698 bits (3085), Expect = 0.0 Identities = 3242/3319 (98%), Gaps = 5/3319 (0%) Strand=Plus/Plus Query 105 tcgagatttagcttttctcttcGTGATCGGGAACGTGTTGATCAGATTCTAGCGTGGATT 164 |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||| Sbjct 1 TCGAGATTTAGCTTTTCTCTTCGTGATCGGCAACGTATTGATCAGATTCTAGCGAGGATT 60 Query 165 CGTAT-CCCAGCTACAGAGAGCTTTGATTGGAATGTGCTGAGGAACATTCATTTCGGCTC 223 ||| | |||| ||||||| ||| |||||||||||||||||||||||| |||||| ||||| Sbjct 61 CGT-TCCCCATCTACAGACAGC-TTGATTGGAATGTGCTGAGGAACACTCATTTGGGCTC 118 Query 224 TAATAAGCCAATCGGAGTGAGTTCGCCAGCATGGGGATTTTCAATGGTTTGCCTGTACCC 283 ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 119 TAATAAGCCAAGCGGAGTGAGTTCGCCAGCATGGGGATTTTCAATGGTTTGCCTGTACCC 178 Query 284 TCGGATAAAACTTACCTTAGGGAGGAGCTGGCAAGAATAGATGAGAGCTGGGCTGCTGCA 343 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 179 TCGGATAAAACTTACCTTAGGGAGGAGCTGGCAAGAATAGATGAGAGCTGGGCTGCTGCA 238 Query 344 CGATTTGACTCTTTACCACATGTTGTTCATATTTTGACATCAAAAGACCGTGAAGCTGAC 403 |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 239 CGATTTGACTCTTTGCCACATGTTGTGCATATTTTGACATCAAAAGACCGTGAAGCTGAC 298 Query 404 ATTCATATATTAAAGGAACAAAGTGATGTTGTCGAGGAGGTTGTTGATGAAGTTGTCCAT 463 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| Sbjct 299 ATTCATATATTAAAGGAACAAAGTGATGTTGTCGAGGAGGTTGTGGATGAAGTTGTCCAC 358 Query 464 GCTTATCATGGTGGTTTCAACAAGGCCATTCAAAACTATTCACAGATCTTGCGATTATTC 523 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| Sbjct 359 GCTTATCATGGTGGTTTCAACAAGGCCATTCAAAACTATTCCCAGATCTTGCGATTATTC 418 Query 524 AGTGAGTCCACTGAAAAGATAGGCGACTTGAAGCACGATTTAGCAGAAGCGAAACAGAGC 583 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| Sbjct 419 AGTGAGTCCACTGAAAAGATAGGCGACTTGAAGCACGATTTAGCAGAAGCGAAGCAGAGC 478 Query 584 TTGGGTGCACGCAATAAACAATTACATCAGTTGTGGTACCGTTCTGTTACATTGCGGCAC 643 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 479 TTGGGTGCACGCAATAAACAATTACATCAGTTGTGGTACCGTTCTGTTACATTGCGGCAC 538 Query 644 ATCATCTCACTTTTGGATCAAATCGAGGGCATTGCCAAGGTTCCATCTCGTATTGAGAAG 703 ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| Sbjct 539 ATCATCTCACTTTTGGATCAAATCGAGGGCATTGCTAAGGTTCCATCTCGTATTGAGAAG 598 Query 704 CTCATTGCTGATAAGCAGTTTTACGCTGCTATTCAAGTGTATCTCCAGTCGTCTCTAATG 763 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| Sbjct 599 CTCATTGCTGATAAGCAGTTTTACGCTGCTATTCAAGTGTATCTCCAGTCGTCTCTGATG 658 Query 764 CTGGAGCGTGAGGGGCTTCAAACGGTTGGTGCTCTTCAAGATGTCAGATCTGAGCTAACT 823 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 659 CTGGAGCGTGAGGGGCTTCAAACGGTTGGTGCTCTTCAAGATGTCAGATCTGAGCTAACT 718 Query 824 AAGTTGCGGGGAGCCCTTTTCTTCAAAATTCTAGATGATTTGCATGCACACCTATACAAT 883 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 719 AAGTTGCGGGGAGCCCTTTTCTTCAAAATTCTAGATGATTTGCATGCACACCTATACAAT 778 Query 884 AGAGGTGAATACAGTTCAGTTGCGTCAAGCATATATGAAAGAGATGATGAAGTACCAACG 943 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 779 AGAGGTGAATACAGTTCAGTTGCGTCAAGCATATATGAAAGAGATGATGAAGTACCAACG 838 Query 944 ACAACAGCTGTTGCAGCTAGTCGAATGAGCTCACAACCACTGTCACGTAGAACACGGACA 1003 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| Sbjct 839 ACAACAGCTGTTGCAGCTAGTCGAATGAGCTCACAACCACTGTCTCGTAGAACACGGACG 898 Query 1004 CTGAAAGGTGATAGTCAGTTTGGTGTTAGAGGGCTCACAAATGGTTCATATAGAACCGCT 1063 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | Sbjct 899 CTGAAAGGTGATAGTCAGTTTGGTGTTAGAGGGCTCACAAATGGTTCATATAGAACCGGT 958 Query 1064 TCTAATGATGAAAGTTCATCATTTGATGGACATGATGAAGAAGACTCCGTAGAACATGAT 1123 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| Sbjct 959 TCTAATGATGAAAGTTCATCATTTGATGGACATGATGAAGAGGACTCCGTAGAACATGAT 1018 Query 1124 GAATCCACCGCAGATACTGCCAGGAATGGCACTGATAGTAAATTGCTTTCTCACCAACTT 1183 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| Sbjct 1019 GAATCCACCGCAGATACTGCCAGGAATGGCACTGATAGTAAATTGCTTTCTTACCAACTT 1078 Query 1184 CCTCCATGGCTTTCTGATTCCACTCCTGATGAGTTTATTGAAGCAGTAAGAAAGAGTGAT 1243 || |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| Sbjct 1079 CCGCCATGGCTTTCTGATTCCACTCCTGACGAGTTTATTGAAGCAATAAGAAAGAGTGAT 1138 Query 1244 GATCCACTGCATGTGAAGTATCTACAGACCCTTGTTCAGTGTCTCTGCATGCTTGGCAAA 1303 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1139 GATCCACTGCATGTGAAGTATCTACAGACCCTTGTTCAGTGTCTCTGCATGCTTGGCAAA 1198 Query 1304 GTTGCAGCTGCTGGTGCTATCATATGCCAAAAACTTCGACCCACAATTCATGAAATCATA 1363 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||| Sbjct 1199 GTTGCAGCTGCTGGTGCTATCATATGCCAAAAACTTCGACCCACTATTCATGAGATCATA 1258 Query 1364 ATATCCAAGATTAAAGCCCATCTGGAGACTACAAATTTGTCAAAGTCCGCGTGTAGTCAG 1423 ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||| | ||||||||| Sbjct 1259 ATATCCAAGATTAAAGCCCATATGGAGACTACAAATTTTTCAAAGTCCTCTTGTAGTCAG 1318 Query 1424 GGTGATCGAAGTGTAGCTGCTGGATTGCATTTAATCAAAGGACAGTCAGAGGCCTACCGG 1483 |||||||||| ||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| || Sbjct 1319 GGTGATCGAAATGTAGCTGCCGGATTGCATTTTATCAAAGGACAGTCGGAGGCCTACAGG 1378 Query 1484 TTATCAAAAGAGAAACCTCAAAATGGGATATCAAATTCAGGAACTCACCTAGCTGTGAGC 1543 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| Sbjct 1379 TTATCAAAAGAGAAACCTCAAAATGGGATATCAAATTCAGGAACTCACTTGGCTGTGAGC 1438 Query 1544 CCTGTTTCGCCTCTTATGGCTCCTGGAGGCAAAGCGCAGGCTGCAGCGAAGGAACTTCTT 1603 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| || ||||||||| Sbjct 1439 CCTGTTTCGCCTCTTATGGCTCCTGGAGGCAAAGCGCAGACTGCAGCAAAAGAACTTCTT 1498 Query 1604 GACTCAATTTTAGATACTATTGTCAAGATATTTGAAAATCATGTTGTTATTGGAGAGCTT 1663 ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1499 GACTCGATTTTAGATACTATTGTCAAGATATTTGAAAATCATGTTGTTATTGGAGAGCTT 1558 Query 1664 TTGGAGATGAAGGCTTCACAACATGACATTAACACACCAAGGTCATTGCCTACTGATGTG 1723 |||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| Sbjct 1559 TTGGAGTTGAAGGCTTTGCAACATGACATTAACACACCAAGGTCATTACCTACTGATGTG 1618 Query 1724 AATTGGAACACCGAGTCTGAAGCATCCCAAGCTACTGGAGGCTACACTATCAGTTTTCCC 1783 || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1619 AACTGGAACACCGAGTCTGAAGCATCCCAAGCTACTGGAGGCTACACTATCAGTTTTCCC 1678 Query 1784 TTGACAGTCTTACAGAGTGAATGCCAACAACTCATATGTGAGATTCTACGAGCAACTCCA 1843 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1679 TTGACAGTCTTACAGAGTGAATGCCAACAACTCATATGTGAGATTCTACGAGCAACTCCA 1738 Query 1844 GAAGCTGCTTCAGCAGATGCTGCTGCACAAACTGCTAAGCTTGCAAAGAAGGCTCCGAAG 1903 ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1739 GAAGCTGCTTCAGCAGATGCTGCCGCACAAACTGCTAAGCTTGCAAAGAAGGCTCCGAAG 1798 Query 1904 AAAGACAAAAGGGATGCACCTGAGGATGGCCTAACATTCACCTTTCGGTTTACAGATGCA 1963 |||||||||| |||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1799 AAAGACAAAACGGATGCACCTGAAGATGGGCTAACATTCACCTTTCGGTTTACAGATGCA 1858 Query 1964 ACTGTATCAATATCTAATCAGGGAGCCGATCTCATTCGTCAAGGCTGGGGAAAGAGGGCT 2023 |||||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1859 ACTGTATCGATTTCTAATCAGGGAGCTGATCTCATTCGTCAAGGCTGGGGAAAGAGGGCT 1918 Query 2024 CCAAATGCATCACTGGAAGGTTATGGATCTGCAGCTGTTTTGCCTGAACAAGGAATATAT 2083 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1919 CCAAATGCATCACTGGAAGGTTATGGATCTGCAGCTGTTTTGCCTGAACAAGGAATATAT 1978 Query 2084 CTAGCTGCATCTATTTACCGGCCTGTTCTTCAGTTTACAGATAAAATCACTTCAATGTTG 2143 |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1979 CTAGCTGCATCTATTTACCGGCCTGTCCTTCAGTTTACAGATAAAATCACTTCAATGTTG 2038 Query 2144 CCCAAAAAGCATTCCCAGCTTGTGAATGATGGATTGCTTACATTCACTGAAAACTTTGTG 2203 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| Sbjct 2039 CCCAAAAAGCATTCCCAGCTTGTGAATGATGGATTGCTTACATTCACTGAGAACTTTGTG 2098 Query 2204 AAGGACCATCTGTTACCGACAATGTTTGTGGACTATAGGAAAGGCGTACAGCAAGCTATA 2263 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2099 AAGGACCATCTGTTACCGACAATGTTTGTGGACTATAGGAAAGGCGTACAGCAAGCTATA 2158 Query 2264 TCAAGCGCTGCTGCATTTCGGCCGCGTGCACATACAACTACTTACACCGCAACCGTAGAA 2323 ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2159 TCAAGCGCTGCCGCATTTCGGCCCCGTGCACATACAACTACTTACACCGCAACCGTAGAA 2218 Query 2324 AAGGGACGACCTATCTTACAAGGTCTTCTAGCAATAGATCTCCTTGCAAAAGAGGTTCTT 2383 ||||| ||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2219 AAGGGTCGACCTATCTTACAAGGTCTTTTGGCAATAGATCTCCTTGCAAAAGAGGTTCTT 2278 Query 2384 GGCTGGGCTCAAGCCATGCCTAAATTTGCTACTGATCTTGTGAAGTATGTTCAGACATTT 2443 ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| Sbjct 2279 GGCTGGGCTCAAGCCATGCCTAAATTTGCTACTGACCTTGTGAAGTATGTTCAGACATTT 2338 Query 2444 CTTGAGAGGACATTTGAGAGATGTCGAACATCATACATGGAGGCTGTTCTAGAGAAGCTC 2503 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2339 CTTGAGAGGACATTTGAGAGATGTCGAACATCATACATGGAGGCTGTTCTAGAGAAGCTC 2398 Query 2504 AGTTACATGCTCATTGGGAGGCATGATATTGAGAAATTGATGCGGCTTGATGCGGCGAGT 2563 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2399 AGTTACATGCTCATTGGGAGGCATGATATTGAGAAATTGATGCGGCTTGATGCGGCGAGT 2458 Query 2564 GCTTGTTTACCATCTACGCTTGGCCATGCCGTTTCTCACTCTGAGGCTGTTGGCACTGAA 2623 |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2459 GCTTGTTTGCCATCTACGCTTGGCCATGCCGTTTCTCACTCTGAGGCTGTTGGCACTGAA 2518 Query 2624 GTAGAACTCAGTGACCTATTCTTGAGTTTGCGACCTATCAAGCAGGATAATCTAATTCGT 2683 |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2519 GTAGAACTCAGTGAACTATTCTTGAGTTTGCGACCTATCAAGCAGGATAATCTAATTCGT 2578 Query 2684 GATGACAACAAACTGATTTTGTTAGCTTCTCTCAGTGACTCGCTTGAATACGTGGCAGAC 2743 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2579 GATGACAACAAACTGATTTTGTTAGCTTCTCTCAGTGACTCGCTTGAATACGTGGCAGAC 2638 Query 2744 TCTATTGAGAGGCTTGGACAAGCAGTTCCTCGTGTGGCGAGTCAAGCTGAAGGTAATAGC 2803 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| Sbjct 2639 TCTATTGAGAGGCTTGGACAAGCAGTTCCTCGTGTGGCAAGTCAAGCTGAAGGTAATAGC 2698 Query 2804 AGAAATCAAGCAGCTTCTCCTAGGAATCTGGCATCATTTGCAGATGAGTACAGAAAACTT 2863 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| Sbjct 2699 AGAAATCAAGCAGCTTCTCCTAGGAATCTGGCATCATTTGCTGATGAGTACAGAAAACTT 2758 Query 2864 GCGACTGATTGCCTAAAGGTTCTTCGTGTTGAGATGCAATTGGAAACAGTCTTTCATCTT 2923 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2759 GCGACTGATTGCCTAAAGGTTCTTCGTGTTGAGATGCAATTGGAAACAGTCTTTCATCTT 2818 Query 2924 CAGGAAATGACGAATAGGGAATATTTGGAGGATGAGGATGCTGAAGAGCCGGACGACTTT 2983 ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2819 CAGGAAATGACGAATAGGGAATACTTGGAGGATGAGGATGCTGAAGAGCCGGACGACTTT 2878 Query 2984 GTGATATCTCTTACTTCACAGATAACACGTAGGGAGGAGGGAATGGCGCCTTTCATCTCT 3043 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2879 GTGATATCTCTTACTTCACAGATAACACGTAGGGAGGAGGGAATGGCGCCTTTCATCTCT 2938 Query 3044 GGTGAGAAGCGGAATTACGTTTTTGGTGGCAT-TAGTGGAATTGCAGCAAATGCGTCCAT 3102 |||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2939 GGTGAGAAGCGGAATTACGTTTTTGGTGGCATAT-GTGGAATTGCAGCAAATGCGTCCAT 2997 Query 3103 TAAGGCTTTGGCTGACATGAGATCAATCAACCTTTTCGGGGTTCAACAAATATGTCGGAA 3162 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2998 TAAGGCTTTGGCTGACATGAGATCAATCAACCTTTTCGGGGTTCAACAAATATGTCGGAA 3057 Query 3163 CACTATTGCAGTGGAACAGGCCATGGCAGCTATTCCATATATCGATGGTGAAACCGTACA 3222 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 3058 CACTATTGCAGTGGAACAGGCCATGGCAGCTATTCCATATATCGATGGTGAAACCGTACA 3117 Query 3223 ACAGAACCTAGATCGTGTCCGTACTTACTTTGAGCTATTAAACATGCCATTCGAAGCATT 3282 ||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| Sbjct 3118 ACAGAACCTAGATCGTGTCCGTACTTACTTTGAACTGTTAAACATGCCATTCGAAGCATT 3177 Query 3283 GCTCGCTTTCATAGCAGAACACGACCAAATGTTTACACCCACAGAGTATTCCAATCTTCT 3342 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 3178 GCTCGCTTTCATAGCAGAACACGACCAAATGTTTACACCCACAGAGTATTCCAATCTTCT 3237 Query 3343 GAAGGTCAATGTTCCTGGAAGAGATACTCCTTCAGATGCTCAATCCCGCCTTTTGGAAAT 3402 ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||| Sbjct 3238 GAAGGTCAATGTTCCTGGAAGAGATACCCCTTCAGATGCTCAGTCACGCCTTTTGGAAAT 3297 Query 3403 TCTTTCTCATTAATGTCAA 3421 ||||||||| ||||||||| Sbjct 3298 TCTTTCTCACTAATGTCAA 3316 > Ahg918703 jgi|Araly1|918703|Al_scaffold_0491_1 Length=309 Score = 532 bits (288), Expect = 5e-150 Identities = 302/309 (98%), Gaps = 0/309 (0%) Strand=Plus/Plus Query 3107 GCTTTGGCTGACATGAGATCAATCAACCTTTTCGGGGTTCAACAAATATGTCGGAACACT 3166 |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1 GCTTTGGCTGACATGAGATCTATCAACCTTTTCGGGGTTCAACAAATATGTCGGAACACT 60 Query 3167 ATTGCAGTGGAACAGGCCATGGCAGCTATTCCATATATCGATGGTGAAACCGTACAACAG 3226 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| Sbjct 61 ATTGCAGTGGAACAGGCCATGGCAGCTATTCCATATATCGATAGTGAAACCGTACAACAG 120 Query 3227 AACCTAGATCGTGTCCGTACTTACTTTGAGCTATTAAACATGCCATTCGAAGCATTGCTC 3286 ||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 121 AACCTAGATCGTGTCCGTACTTACTTTGAACTGTTAAACATGCCATTCGAAGCATTGCTC 180 Query 3287 GCTTTCATAGCAGAACACGACCAAATGTTTACACCCACAGAGTATTCCAATCTTCTGAAG 3346 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 181 GCTTTCATAGCAGAACACGACCAAATGTTTACACCCACAGAGTATTCCAATCTTCTGAAG 240 Query 3347 GTCAATGTTCCTGGAAGAGATACTCCTTCAGATGCTCAATCCCGCCTTTTGGAAATTCTT 3406 ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| Sbjct 241 GTCAATGTTCCTGGAAGAGATACCCCTTCAGATGCTCAATCACGCCTTTTGGAAATTCTT 300 Query 3407 TCTCATTAA 3415 ||||| ||| Sbjct 301 TCTCACTAA 309 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 144124028951 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5