BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= AT3G10740.1 Length=2478 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg478409 jgi|Araly1|478409|fgenesh2_kg.3__1110__AT3G10740.1 3679 0.0 Ahg887324 jgi|Araly1|887324|Al_scaffold_0532_1 1136 0.0 > Ahg478409 jgi|Araly1|478409|fgenesh2_kg.3__1110__AT3G10740.1 Length=2317 Score = 3679 bits (1992), Expect = 0.0 Identities = 2236/2349 (95%), Gaps = 36/2349 (2%) Strand=Plus/Plus Query 62 TCAGTAGTCGTCGCTTCTAATCAACTTCCACTTCTTCCACGGAAACAAGCAATTCGATCA 121 ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||| Sbjct 1 TCAGTAGTCGTCGCTTCTAATCAACATCCACTTCTTCCACGAAAACAAGCAATTCGATCT 60 Query 122 AACGTGAAAGCAAT-ATT-TAAGATTTTTGTCTCATACTCTAAGCAAGCAATATCCAAAT 179 |||||||||||||| ||| |||| | |||| |||||||||||||||||||||||| Sbjct 61 AACGTGAAAGCAATCATTCCAAGA----T-TCTCTTACTCTAAGCAAGCAATATCCAAAC 115 Query 180 AAACATTCTTATACCTCCACTCCTCCTCTGTCTGATTCCTTCACCCAATTCTTGTCTCGT 239 ||||||||||||||||||| |||| || || | ||||||| |||||||||||| Sbjct 116 AAACATTCTTATACCTCCA------CTCT-TC---TT-C-TCACCCATTTCTTGTCTCGT 163 Query 240 TTCCATCAATCCATTGTCTTTGATTCCAGAGGTTCTTGGTTTATTTGGATGTGGTGATTA 299 |||||||||||| |||||||| |||||| || |||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 164 TTCCATCAATCCTTTGTCTTTCATTCCACAGATTCTTGGTTTATTTGGATGTGGTGATTA 223 Query 300 TGGATATGGAGTCTTGGAAGTTGCTCAGAAGTGTTTGTGTGCTTTCTTTTCTCCTTGGCT 359 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||| Sbjct 224 TGGATATGGAGTCTTGGAAGTTGCTCAGAAGTGTTTGCCTACTTTCTTTTCTCCTTGGCT 283 Query 360 CTTGTTTTGTGTATCAAAGCCTTCGTGTTGTTGATGCTCAAGAAGATCCAAAACCAGCCG 419 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 284 CTTGTTTTGTGTATCAAAGCCTTCGTGTTGTTGATGCTCAAGAAGATCCAAAACCAGCCG 343 Query 420 TGACTTTGCAAGTAGATGCTTCTAATGGAGGTGGACGACCCATTCCTGAAACGCTATTTG 479 |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 344 TGACTTTGCAAGTAGATGCTTCTAATGGAGCTGGACGACCCATTCCTGAAACGCTATTTG 403 Query 480 GGATTTTCTTCGAGGAGATCAACCATGCTGGTGCCGGTGGATTATGGGCCGAACTTGTTA 539 |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 404 GGATATTCTTCGAGGAGATCAACCATGCTGGTGCCGGTGGATTATGGGCCGAACTTGTTA 463 Query 540 GCAACAGAGGGTTTGAAGCTGGTGGGCAAAACACACCCTCTAATATTTGGCCATGGTCCA 599 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 464 GCAACAGAGGGTTTGAAGCTGGTGGGCAAAACACACCCTCTAATATTTGGCCATGGTCCA 523 Query 600 TTGTTGGTGATCATTCATCCATATATGTAGCTACAGACCGTTCATCATGTTTTGAACGGA 659 ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| Sbjct 524 TTGTTGGTGATCATTCATCAATATATGTAGCTACAGACCGTTCATCATGCTTTGAACGGA 583 Query 660 ATAAAATCGCACTGAGAATGGATGTGCTTTGTGATAGCAAAGGTTGTCCATCGGGAGGTG 719 ||||||||||| ||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 584 ATAAAATCGCATTGAGAATAGATGTACTTTGTGATAGCAAAGGTTGTCCATCGGGAGGTG 643 Query 720 TCGGAGTTTATAACCCTGGTTACTGGGGCATGAATATTGAAGAAGGAAAGAAGTACAAGG 779 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 644 TCGGAGTTTATAACCCTGGTTACTGGGGCATGAATATTGAAGAAGGAAAGAAGTACAAGG 703 Query 780 TGGCTCTTTATGTGCGTTCGACTGGTGATATCGATTTGTCTGTGTCGTTGACGAGCTCGA 839 ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| Sbjct 704 TGGCTCTTTATGTGCGTTCAACTGGTGATATCGATGTGTCTGTGTCGTTGACGAGCTCGA 763 Query 840 ATGGATCACGGACTCTTGCTTCTGAAAAGATCATAGCTTCTGCTTCTGATGTTTCGAAAT 899 ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 764 ATGGATCACTGACTCTTGCTTCTGAAAAGATCATAGCTTCTGCTTCTGATGTTTCGAAAT 823 Query 900 GGATTAAAAAAGAGGTTCTTTTGGAGGCAAAA-GCGACCGATCCTAGTGCAAGACTTCAG 958 |||||||||||||||||||||||||||||||| | || ||||||||||||||||| ||| Sbjct 824 GGATTAAAAAAGAGGTTCTTTTGGAGGCAAAAAGT-ACAGATCCTAGTGCAAGACTCCAG 882 Query 959 TTAACAACAACCAAGAAAGGGTCAATATGGATTGACCAAGTCTCGGCCATGCCAGTGGAT 1018 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| Sbjct 883 TTAACAACAACCAAGAAAGGGTCAATATGGATTGACCAAGTCTCCGCCATGCCAGTGGAT 942 Query 1019 ACTCACAAGGGACATGGTTTTAGAAACGATCTTTTCCAAATGATGGCCGATATAAAACCC 1078 ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| Sbjct 943 ACTTACAAGGGACATGGTTTTAGAAACGATCTTTTCCAAATGATGGTCGATATAAAACCC 1002 Query 1079 CGTTTCATCCGGTTCCCAGGTGGTTGTTTTGTCGAGGGTGAATGGTTAAGTAATGCCTTC 1138 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1003 CGTTTCATCCGGTTCCCAGGTGGTTGTTTTGTCGAGGGTGAATGGTTAAGTAATGCCTTC 1062 Query 1139 CGCTGGAAAGAAACCGTAGGACCTTGGGAAGAGAGACCGGGCCATTTTGGTGATGTTTGG 1198 || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1063 CGATGGAAAGAAACTGTAGGACCTTGGGAAGAGAGACCGGGCCATTTTGGTGATGTTTGG 1122 Query 1199 AAGTATTGGACCGATGATGGCCTTGGCCACTTTGAGTTCTTTCAAATGGCAGAAGACATC 1258 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1123 AAGTATTGGACCGATGATGGCCTTGGCCACTTTGAGTTCTTTCAAATGGCAGAAGACATT 1182 Query 1259 GGTGCAGCCCCGATATGGGTGTTTAACAACGGGATAAGTCACAATGATGAAGTTGAAACT 1318 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1183 GGTGCAGCCCCGATATGGGTGTTTAACAACGGGATAAGTCACAATGATGAAGTTGAAACT 1242 Query 1319 GCCAGTATCATGCCCTTTGTTCAAGAAGCACTCGACGGTATCGAGTTTGCCCGAGGAGAT 1378 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1243 GCCAGTATCATGCCCTTTGTTCAAGAAGCACTCGACGGTATCGAGTTTGCCCGAGGAGAT 1302 Query 1379 GCCAATTCTACTTGGGGATCTGTTCGAGCTAAAATGGGACGCCAAGAACCTTTTGAACTT 1438 || |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| Sbjct 1303 GCTAATTCTACATGGGGATCAGTTCGAGCTAAAATGGGACGCCAAGAACCGTTTGAACTG 1362 Query 1439 AAATACGTTGCTATTGGAAATGAAGATTGTGGGAAAACTTACTACAGAGGAAACTACATT 1498 ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||| Sbjct 1363 AAATACGTTGCTATTGGGAATGAAGATTGTGGAAAAACTTACTATAGAGGAAACTATATT 1422 Query 1499 GTGTTCTATGATGCTATCAAGAAAGCCTATCCAGATATCAAAATCATCTCCAACTGCGAT 1558 |||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1423 ATGTTCTATAATGCTATCAAAAAAGCCTATCCAGATATCAAAATCATCTCCAACTGCGAT 1482 Query 1559 GGATCCTCTCATCCACTCGACCACCCAGCTGATTACTATGACTATCACATTTACACTTCT 1618 |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1483 GGATCCTCTCATCCGCTCGACCACCCAGCTGATTACTATGACTATCACATTTACACTTCT 1542 Query 1619 GCTAGCAATTTGTTTTCCATGTATCATCAATTTGATCGCACTTCACGCAAAGGTCCAAAG 1678 ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| Sbjct 1543 GCTAGCAATTTGTTTTCTATGTATCATCAATTTGACCGCACTTCACGCAGTGGTCCAAAG 1602 Query 1679 GCTTTTGTCAGTGAATATGCTGTTACTGGAAAAGATGCTGGTACAGGAAGCCTTCTTGCC 1738 ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| Sbjct 1603 GCTTTTGTCAGTGAATATGCTGTGACTGGAAAAGATGCTGGTACGGGAAGCCTTCTCGCC 1662 Query 1739 TCTCTTGCAGAAGCTGCGTTTCTCATTGGTCTTGAAAAGAATAGTGACATTGTTGAAATG 1798 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| Sbjct 1663 TCTCTTGCAGAAGCTGCGTTTCTCATTGGTCTTGAAAAGAATAGTGACATTGTGGAAATG 1722 Query 1799 GCAAGTTATGCTCCACTCTTTGTGAACACAAATGATAGACGGTGGAACCCTGATGCAATA 1858 ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1723 GCAAGTTATGCACCACTCTTTGTGAACACAAATGATAGACGGTGGAACCCTGATGCAATA 1782 Query 1859 GTCTTCAACTCCTCTCATCTATATGGAACACCTAGCTATTGGGTTCAACGGTTTTTTGCA 1918 |||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||| |||||||| || ||| Sbjct 1783 GTCTTCAATTCCTCTCATCTATATGGAACTCCAAGCTATTGGGTGCAACGGTTCTTCGCA 1842 Query 1919 GAGTCAAGCGGAGCAACTCTTCTCACTTCAACACTCAAGGGAAACTCTACTTCTCTTGTT 1978 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| Sbjct 1843 GAGTCAAGCGGAGCAACTCTTCTCACTTCAACACTCAAGGGAAACTCAACTTCTCTTGTC 1902 Query 1979 GCATCTGCTATCTCTTGGAAAAACAATGGCAAAGATTACATACGCATAAAGGCTGTAAAC 2038 |||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| Sbjct 1903 GCATCTGCAATCTCTTGGGAAAACAATGGCAAAGATTACATACGCATTAAGGCTGTAAAC 1962 Query 2039 TTCGGAGCTAACTCAGAAAATATGCAAGTGTTGGTAACTGGATTGGACCCGAACGTGATG 2098 |||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| Sbjct 1963 TTCGGAGCTAACTCAGTAAATATGAAAGTGTTGGTAACTGGATTAGACCCGAACGTGATG 2022 Query 2099 AGAGTTTCGGGATCAAAGAAGACAGTACTTACCTCTACCAATGTGATGGATGAAAATTCC 2158 |||||| | ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2023 AGAGTTACAGGATCAAAGAAGACAGTACTTACATCTACCAATGTGATGGATGAAAATTCC 2082 Query 2159 TTCTCACAGCCAGAGAAGGTTGTACCACATGAAAGCTTGCTAGAGTTGGCAGAGGAGGAT 2218 ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| Sbjct 2083 TTCTCACAGCCAGAGAAGGTTGTGCCACATGAAAGCTTGCTAGAGATGGCAGAGGAGGAT 2142 Query 2219 ATGACCGTTGTTCTCCCGCCACATTCCTTTTCTTCATTCGATTTGTTGAAGGAATCTGCA 2278 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| Sbjct 2143 ATGACCGTTGTTCTCCCGCCACATTCCTTTTCTTCATTCGATTTGCTGAAGGAATCTGCA 2202 Query 2279 AAGAT-AAGAATGCCAATCTCTGATTCTTCTTCCCATCAGAAAACTACCACTGTGTGAAG 2337 ||||| || ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2203 AAGATTAA-AATGCCAATTTCTGATTCTTCTTCCCATCAGAAAACTACCACTGTGTGAAG 2261 Query 2338 AGAAACAATGACAAGGAAGTATCAACTTTCATGTCAAAAGTCTCTTTGTGGTTCAAATCT 2397 |||||||||||||| | ||| | ||||||||||||||||||||| |||||| Sbjct 2262 AGAAACAATGACAA-----T-TCA--T-----GTCAAAAGTCTCTTTGTGGTTAAAATCT 2308 Query 2398 AATTACATT 2406 ||||||||| Sbjct 2309 AATTACATT 2317 > Ahg887324 jgi|Araly1|887324|Al_scaffold_0532_1 Length=729 Score = 1136 bits (615), Expect = 0.0 Identities = 693/730 (95%), Gaps = 8/730 (1%) Strand=Plus/Plus Query 1613 ACTTCTGCTAGCAATTTGTTTTCCATGTATCATCAATTTGATCGCACTTCACGCAAAGGT 1672 ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| Sbjct 1 ACTTCTGCTAGCAATTTGTTTTCTATGTATCATCAATTTGACCGCACTTCACGCAGTGGT 60 Query 1673 CCAAAGGCTTTTGTCAGTGAATATGCTGTTACTGGAAAAGATGCTGGTACAGGAAGCCTT 1732 ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||| Sbjct 61 CCAAAGGCTTTTGTCAGTGAATATGCTGTGACTGGAAAAGATGCTGGTACGGGAAGCCTT 120 Query 1733 CTTGCCTCTCTTGCAGAAGCTGCGTTTCTCATTGGTCTTGAAAAGAATAGTGACATTGTT 1792 || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 121 CTCGCCTCTCTTGCAGAAGCTGCGTTTCTCATTGGTCTTGAAAAGAATAGTGACATTGTG 180 Query 1793 GAAATGGCAAGTTATGCTCCACTCTTTGTGAACACAAATGATAGACGGTGGAACCCTGAT 1852 ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 181 GAAATGGCAAGTTATGCACCACTCTTTGTGAACACAAATGATAGACGGTGGAACCCTGAT 240 Query 1853 GCAATAGTCTTCAACTCCTCTCATCTATATGGAACACCTAGCTATTGGGTTCAACGGTTT 1912 |||||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||| |||||||| Sbjct 241 GCAATAGTCTTCAATTCCTCTCATCTATATGGAACTCCAAGCTATTGGGTGCAACGGTTC 300 Query 1913 TTTGCAGAGTCAAGCGGAGCAACTCTTCTCACTTCAACACTCAAGGGAAACTCTACTTCT 1972 || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| Sbjct 301 TTCGCAGAGTCAAGCGGAGCAACTCTTCTCACTTCAACACTCAAGGGAAACTCAACTTCT 360 Query 1973 CTTGTTGCATCTGCTATCTCTTGGAAAAACAATGGCAAAGATTACATACGCAT-AA---- 2027 ||||| |||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| || Sbjct 361 CTTGTCGCATCTGCAATCTCTTGGGAAAACAATGGCAAAGATTACATACGCATCAAGTTG 420 Query 2028 -AGGCTGTAAACTTCGGAGCTAACTCAGAAAATATGCAAGTGTTGGTAACTGGATTGGAC 2086 ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||| ||| Sbjct 421 CAGGCTGTAAACTTCGGAGCTAACTCAGTAAATATGAAAGTGTTGGTAACTGGATTAGAC 480 Query 2087 CCGAACGTGATGAGAGTTTCGGGATCAAAGAAGACAGTACTTACCTCTACCAATGTGATG 2146 |||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| Sbjct 481 CCGAACGTGATGAGAGTTACAGGATCAAAGAAGACAGTACTTACATCTACCAATGTGATG 540 Query 2147 GATGAAAATTCCTTCTCACAGCCAGAGAAGGTTGTACCACATGAAAGCTTGCTAGAGTTG 2206 ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| || Sbjct 541 GATGAAAATTCCTTCTCACAGCCAGAGAAGGTTGTGCCACATGAAAGCTTGCTAGAGATG 600 Query 2207 GCAGAGGAGGATATGACCGTTGTTCTCCCGCCACATTCCTTTTCTTCATTCGATTTGTTG 2266 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || Sbjct 601 GCAGAGGAGGATATGACCGTTGTTCTCCCGCCACATTCCTTTTCTTCATTCGATTTGCTG 660 Query 2267 AAGGAATCTGCAAAGAT-AAGAATGCCAATCTCTGATTCTTCTTCCCATCAGAAAACTAC 2325 ||||||||||||||||| || ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 661 AAGGAATCTGCAAAGATTAA-AATGCCAATTTCTGATTCTTCTTCCCATCAGAAAACTAC 719 Query 2326 CACTGTGTGA 2335 |||||||||| Sbjct 720 CACTGTGTGA 729 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 93397280740 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5