BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G12012.1
Length=2699
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg928923 jgi|Araly1|928923|scaffold_301380.1 3358 0.0
> Ahg928923 jgi|Araly1|928923|scaffold_301380.1
Length=2245
Score = 3358 bits (1818), Expect = 0.0
Identities = 1972/2047 (96%), Gaps = 8/2047 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 440 GGCAGGTGTTGGTTCTGGTGCTTTATCACATGTCTATATACATCATCCATCCCTACGTTG 499
|||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 188 GGCAAGTGTTGGTTCTGGTGCTTTATCACATGTGTATATACATCATCCAGCCCTACGTTG 247
Query 500 CAATATTCCTGAATCCAATGGGTTATTCTATGATGATGCCAACAGATTGCTAATATGTAC 559
||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 248 CAATATTCCTGAATCCAGGGGGTTGTTCTATGATGATGCCAACAGATTGCTGATATGTAC 307
Query 560 CACATCTAGTCAGGTCTTTTCATGGGAAACATCCCCCTTTAATCCAGACGTACCTCCTTC 619
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 308 CACATCTAGTCAGGTCTTTTCATGGGAAACATCCCCCTTTAATCCAGACGTACCTCCCTC 367
Query 620 AGTTGATTCTATAAGTGAAGGGCCTATTCTATCAATCAGATTTTCTCTTGATAAAAAAGC 679
|||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 368 AGTTGATTCTATAAATGAAGGGCCTATTCTGTCAATCAGATTTTCTCTTGATAAAAAAGC 427
Query 680 GATAGCTGTCCAAAGATCTGACTGTGAAATACAGTTGTTTAATCGAGAGACCAAGCAGAT 739
||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 428 GATAGCTGTCCAAAGATCTGATTGTGAAGTACAGTTGTTTAATCGAGAGACCAAGAAGAT 487
Query 740 ACTTAACCACAAATGCAAGGCAGGATCAGAGAGCATTCTCGGATTCTTTTGGAGTGACTC 799
||| ||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 488 ACTAAACCACAGATGTAAGGCAGGATCAGAGAGCATTCTCGGATTCTTTTGGAGTGACTC 547
Query 800 TCCATTATGTGATCTTGCAATTGTAAAGACCAGTGGTATGGACTTGTTCGCTTGTGATTC 859
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 548 TCCATTATGTGATCTTGCAATTGTAAAGACCAGTGGCATGGACTTGTTCGCTTGTGATTC 607
Query 860 TATGTTGAATTCACTACGTTTGGTGGAAACCAAAAAGGCGAATGTGAATTGGTACATCTA 919
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||
Sbjct 608 TATGTTGAATTCACTACGTTTGGTGGAAACCAAAAAGGCGAATGTTAATTGGTACACCTA 667
Query 920 TACACATGAAACTCGATTGGTTCTTCTTGCATCAGGACTGCAATGCAAGACATTTAATGG 979
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 668 TACACATGAAACTCGATTGGTTCTTCTTGCATCAGGATTGCAATGCAAGACATTTAATGG 727
Query 980 ATTTCAGCTTTCCACTGCAGGAGTTGTTCGTTTACCGAGATTTGAGATGACAATGGCTAG 1039
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 728 ATTTCAGCTTTCCACTGCAGGAGTTGTTCGTTTACCGAGATTTGAGATGACCATGGCTAG 787
Query 1040 ATCTGAATCAAACAGTAAACCTATTCTCTCTGCTGGAGATCTCCACTTAGTCACTGTCTA 1099
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 788 ATCTGAATCAAACAGTAAACCTATTCTCTCTGCTGGAGATCTCCACTTAGTCACTGTCTA 847
Query 1100 TGGCCGAATATATTGCTTACAAGTGGACAGGGAGGCAATGCTACTGCATCTATACAGGTT 1159
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 848 TGGCCGAATATATTGCTTACAAGTGGACAGGGAGGCAATGCTACTGCATCTATACAGGTT 907
Query 1160 CTACCGTGATGCAGTCGTCCAACAAGGTTCTTTACCAATATACTCAAGCAAGTTGTCGGT 1219
||||| |||||||| || || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 908 TTACCGAGATGCAGTTGTTCATCAAGGTTCTTTACCAATATACTCAAGCAAATTGTCGGT 967
Query 1220 GAATGTGGTCGACAATTTATTGCTTGTGCACCAAATCGATGCAAAGGTTGTCATCATCTA 1279
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 968 GAATGTGGTCGATAATTTATTGCTTGTGCACCAAATCGATGCAAAGGTTGTCATCATCTA 1027
Query 1280 CGACTTATTTGTGGATTCTCGAGCTCCTGTATCTGCGCCTCTTCCTTTACTGTGGAGGGG 1339
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1028 CGACTTATTTGTGGATTCTCGAGCTCCTGTATCTGCGCCTCTTCCTTTGCTGTGGAGGGG 1087
Query 1340 TTACCAAGTCTCTGAGACATCGTCTCAAGCTGTTAACAAAGAAATTGAGAGCTCAGAATC 1399
|||||||| |||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1088 TTACCAAGGCTCTGACACATCGTCTCAAGCTGCTAACAAAGAAATTGAGAGCTCAGAATC 1147
Query 1400 ATCTACAAGCAATGAAAACATAGTCATGTATGAAGATGGCTGGACCTTTCTGGTTCCAGA 1459
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1148 ATCTACAAGCAATGAAAACATAGTCATGTATGAAGATGGCTGGACCTTTCTTGTTCCAGA 1207
Query 1460 CCTTATTCTGGATCAGACAAACAAGGTTTTATGGAAGATACATTTGGATCTTGAGGCAAT 1519
|||||||||||| |||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1208 TCTTATTCTGGATGAGACTAACAAAGTTTTATGGAAGATACATTTGGATCTTGAGGCAAT 1267
Query 1520 TTCCGCTAGCAGCTCAGACAGGACGTCTCTTCTAGAATTCCTGCAGCGAAGGAAGTTGGA 1579
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1268 TTCCGCTAGCAGCTCAGACAGGACGTCTCTTCTAGAATTCCTGCAGCGAAGGAAGTTGGA 1327
Query 1580 AGCAAATAAGGCCAAACAATTGTGCTTGGGGATAGCAAGGGCTATTATTTTGGAACGTCG 1639
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1328 AGCAAATAAGGCCAAACAATTGTGCTTGGGGATAGCAAGGGCTACTATTTTGGAACGTCG 1387
Query 1640 ACCAGCAACCCAGGTAACTCAGGCAATCGATGTACTAGTCACAGCATATTCCTACTCGGT 1699
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1388 ACCAGCAACCCAGGTAACTCAGGCAATCGATGTACTAGTCACAGCATATTCCTACTCGGT 1447
Query 1700 TAAAGCCGGTACATACAAGGAAATAAAGAACGAAAACGCCACTGCATCTACTCCAACCCC 1759
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1448 TAAAGCCGGTACATACAAGGAAATAAAGAACGAAAAGGCCACTGCATCTACTCCAACCGC 1507
Query 1760 TGGTGCATCTCCTGATAGCGAAAGACATAGGCAGTCTGGAAGCAATATTGATGAAGAAGT 1819
||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1508 TGGTGCATCTCCTGATAACGAAAGACATAGGCCGTCTGGAAGCAATATTGATGAAGATGT 1567
Query 1820 TGAGATGAACCTATCATCTGGTTCTCAGGAGAACATGTTTTGTGCTGATGAACAGCAAGA 1879
||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1568 TGAAATGAACCTATCATCTGGTTCAAAGGAGAACATGTTTTGTGCTGATGAGCAGCAAGA 1627
Query 1880 ATCTCAACTCTCTTCACCGGCAATTTCACCCGATGAGCTCTACAAGTTTGTATTTACTTC 1939
||||||||| || ||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1628 ATCTCAACTTTCGTCACCGGCAGTTTCACCGGATGAGCTCTACAAGTTTGTATTTGCTTC 1687
Query 1940 TGTGGAGGAAATGATGGTTGAGGAATCAGAGTACCTAGTTGCTATCATCACCGAGTTCCT 1999
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1688 TGTGGAGGAAATGATGGTTGAGGAATCAGAGTACCTAGTTGCTATCATCACCGAGTTCCT 1747
Query 2000 TCGCAGTATAAGTGCAGAAAAACTCAAAGTGGATTTGAACATCTATGTGATGACCATCAA 2059
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1748 TCGCAGTATAAGTGCAGAAAAACTCAAAGTGGATCTGAACATCTATGTGATGACCATCAG 1807
Query 2060 ACTTTTAGCTTACAGTAAGCGATTTGCAGAACTGTCGCTATTCACCACAAACAAGATAAT 2119
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1808 ACTTTTAGCTTACAGTAAGCGATTTGCAGAACTGTCGCTATTCACCACAAACAAGATAAT 1867
Query 2120 CGAACCATCAAAGGAAGTCGCGTTCCAACTTCTGGATAGTGGTCGTCAAAA------TAT 2173
|||||| ||||||||||| |||||||||||||| || |||||||| ||||| |||
Sbjct 1868 CGAACCCTCAAAGGAAGTTGCGTTCCAACTTCTCGAGAGTGGTCGCCAAAACCAAAATAT 1927
Query 2174 CCGGGTAAGAAAACTTGGGCTTGATATGTTGAGACAGCTCTCCTTGCACCATGATTACAT 2233
| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1928 CAGGGTAAGGAAACTTGGGCTTGATATGTTGAGACAACTCTCCTTGCACCATGATTACAT 1987
Query 2234 CTCCTCCCTTGTGCAAGATGGATACTATCTTGAAGCTCTGCGATATGCTCAGAAGCATAA 2293
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1988 CTCCTCCCTTGTGCAAGATGGATACTACCTTGAAGCTCTGCGATATGCTCAGAAGCATAA 2047
Query 2294 GGTGACGAGTGTGCGATCGTCGATGTTCCTAGAAGCAGCATTCGCGTCGAATGATATGCA 2353
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2048 GGTGACGAGTGTGCGATCGTCGCTGTTCCTAGAAGCAGCATTCGCGTCGAATGATCTGCA 2107
Query 2354 GCATTTGGCTGCAATTTTGAGGGTCTTGTCGGAATTGATTCCCGGGTTTAAAGAAACTTC 2413
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2108 GCATTTGGCTGCAATTTTGAGGGTCTTGTCGGAATTGATTCCTGGGTTTAAAGAAACTTC 2167
Query 2414 TGAATATTACACCTTT-TATGGTCTTCTCAATGACACCAGTTCCTCAGTTGCTGTCTGAA 2472
|||||||||||| ||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2168 TGAATATTACAC-TTTCTATGGCCTTCTCAATGACACCAGTTCCTCAGTTGCTGTCTGAA 2226
Query 2473 GAGAATC 2479
|||||||
Sbjct 2227 GAGAATC 2233
Score = 316 bits (171), Expect = 4e-85
Identities = 181/186 (97%), Gaps = 0/186 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 159 AGCTTTAGCAATGCAGGCATGAAAGAAAAGAATTCCACTACCGCCTCTACACTTGGACGG 218
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 3 AGCTTCAGCAATGCAGGCATGAAAGAAAAGAATTCCACCACCGCCTCTACACTTGGACGG 62
Query 219 ATTTTAGCTACTTGTTCTAAACAGGCCAAAGACTACGGGAGCTGTGTTGCATCTAAAGTT 278
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 63 ATTTTAGCTACTTGTTCTAAACAGGCCAAAGACTACGGGAGCTGTGTTGCATCTAAAGTC 122
Query 279 CATGAGGTTGAAAGAGATATATGTTTGAAAGAGTTTCTTGCGCTGAAGAGTTGTATGCAG 338
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 123 CATGAGGTTGAAAGAGACATATGTTTGAAAGAGTTTCTTGCACTGAAGAGTTGTATGCAG 182
Query 339 CATACG 344
||||||
Sbjct 183 CATACG 188
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 101815224885
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5