BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= AT3G13330.1 Length=5608 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg478716 jgi|Araly1|478716|fgenesh2_kg.3__1417__AT3G13330.1 4139 0.0 > Ahg478716 jgi|Araly1|478716|fgenesh2_kg.3__1417__AT3G13330.1 Length=5256 Score = 4139 bits (2241), Expect = 0.0 Identities = 2394/2469 (97%), Gaps = 6/2469 (0%) Strand=Plus/Plus Query 708 CTTTATCGACTGGGAGTCTTACTTGCCCATGCTTTTCAGTAGATTTTTGAATATGTTTGA 767 |||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| Sbjct 480 CTTTATCGACTGGGAGTCGTACTTTCCCATGCTTTTCAGTAGATTCTTGAATATGTTTGA 539 Query 768 GGTTCCTGTTGCAAATGGGAGTGGATCATATCCTTTCTCCGTTGATGTTCCCAGAAACAC 827 |||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| Sbjct 540 GGTTCCTGTTGCAAATGGGAGTGGATCATATCCTTTTTCAGTTGATGTTCCCAGAAACAC 599 Query 828 AAGATTCTTGTTCTCCAACAGGACTACTACTCCATCTAAATCAATTGCACAATCTATTGT 887 ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| Sbjct 600 AAGATTCTTGTTCTCTAACAGGACTACTACTCCATCAAAATCAATTGCACAATCTATTGT 659 Query 888 ATACTTTCTGAAACCTGGAAGTTCGGCACATGAGCAGTTAGAGAAATTGGTCAATCTCTT 947 ||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||| Sbjct 660 ATACTTTCTAAAACCTGGAAGTACGGCACATGAGCAGTTCGAGAAGTTGGTCAACCTCTT 719 Query 948 AGAACAGTATTATCATCCTTCTAATGGTGGCCGTTGGACTTATTCCTTGGAACGGTTTTT 1007 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 720 AGAACAGTATTATCATCCTTCTAATGGTGGCCGTTGGACTTATTCCTTGGAACGGTTTTT 779 Query 1008 GCTTCACCTGGTGATAGCTTTCCAAAAGCGTTTACAGCGTGAGCAGCAATCCTATTGCTA 1067 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| Sbjct 780 GCTTCACCTGGTGATAGCTTTCCAAAAGCGTTTACAGCGTGAGCAGCAATCCTATTCCTA 839 Query 1068 CAGAGATCCAGATAGTCTGCCAGCAACCTGTTTAGGAAAGCCGGAAAGGGTAGCTTTTGT 1127 ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||| Sbjct 840 CAGAGATCCAGATAGTCTGCCAGCAGTCTGTTTAGGAAAGCCGGAAAGGATAGCTTTTGT 899 Query 1128 TGGCGTGGTGTTGAAGTTGATTGATCGTGGTCAATATAGCAAGAACGAACATCTTTCCGA 1187 |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| Sbjct 900 TGGCGTGGTGTTGAAGTTGATTGATCGTGGCCAATATAGCAAGAATGAACATCTTTCCGA 959 Query 1188 AACAGTTGCTGCAGCGACATCCATGTTGTCTTATGTGGAGCCTTCTTTGGTCCTTCCTTT 1247 |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 960 GACAGTTGCTGCAGCGACATCCATGTTATCTTATGTGGAGCCTTCTTTGGTCCTTCCTTT 1019 Query 1248 TGTGGCTTCTCGGTTCCATTTGGCTTTGGAAACGACAACTGCCACCCACCAGTTGAAAAC 1307 |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| Sbjct 1020 TGTGGCGTCTCGGTTCCATTTGGCTTTGGAAACGACAACTGCCACCCACCAGCTGAAAAC 1079 Query 1308 TGCTATGATGTCCGTAGCATTTGCTGGCCGGTCAATCCTGCAGTCTTCCATGTCAACTGC 1367 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1080 TGCTATGATGTCCGTAGCATTTGCTGGCCGGTCAATCCTGCAGTCTTCCATGTCAACTGC 1139 Query 1368 TAAATCACAAGATCTTGGTGGTGATGTGGACGATAGGATGTTTCTTGATCTTATTGGGAT 1427 |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1140 TAAAGCACAAGATCTTGGTGGTGATGTGGACGATAGGATGTTTCTTGATCTTATTGGGAT 1199 Query 1428 TTCTCTATCAAATGCATTGCTTGGTATGGATGCCAATGACCCCCCTAAAACCTTGGCCAC 1487 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || Sbjct 1200 TTCTCTATCAAATGCATTGCTTGGTATGGATGCCAATGACCCCCCTAAAACCTTGGCAAC 1259 Query 1488 TATGCAACTAATTGGCTCCATATTTTCCAATATGGCTGTTTTGGACGATAGTTCTGATGA 1547 ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1260 TATGCAACTGATTGGCTCCATATTTTCCAATATGGCTGTTTTGGACGATAGTTCTGATGA 1319 Query 1548 CTTATCATTCATGACAATGGCTTCCTTCTCGGAGTGGCTGGATGAATTTTTGTGTCGTTT 1607 ||||||||||||| |||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1320 CTTATCATTCATGCCAATGGATTCCTTCTCTGAGTGGCTGGATGAATTTTTGTGTCGTTT 1379 Query 1608 GATTGCTTTGTTACAGCATTTGGAACCCAACAGTGTTATAAATGAAGGCCTAAGTTCATC 1667 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1380 GATTGCTTTGTTACAGCATTTGGAACCCAACAGTGTTATAAATGAAGGCCTAAGTTCATC 1439 Query 1668 TGCAACATCAGGAACGTTTTTGGTTGAGGATGGTCCATATTACTATTGCATGCTTGAAAT 1727 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1440 TGCAACATCAGGAACGTTTTTGGTTGAGGATGGTCCATATTACTATTGCATGCTTGAAAT 1499 Query 1728 CCTACTTGGAAGGCTATCTGGATCTCTATATAACCAGGCCTTGAAAAAGATATCAAAGTT 1787 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| || Sbjct 1500 CCTACTTGGAAGGCTATCTGGATCTCTATATAACCAGGCCTTGAGAAAGATATCAAAATT 1559 Query 1788 TGTTCAGACAAATATCCTTCCTGGTGCAATTGCCGAGGTTGGGTTGCTTTGTTGTGCATG 1847 ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || Sbjct 1560 TGTTCAGACAAATATCCTTCCTGGTGCAATTGCTGAGGTTGGGTTGCTTTGTTGTGCCTG 1619 Query 1848 TGTTCATTC-AACCCCCGAAGAAGCAGTTGCTCAAATTGTTGAACCAATGCTCCTTGCTG 1906 ||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1620 TGTTCATTCCAACCCC-GAAGAAGCAGTTGCTCAAATTGTTGAACCAATGCTCCTTGCTG 1678 Query 1907 TTATATCTTCTCTGAAAGAAATCCCTGTCAATGGGTATGGAGGAAAAGGAAGTGCAGAGA 1966 |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1679 TTATATCTTCTCTGAAAGAAATCCCTGTCACTGGGTATGGAGGAAAAGGAAGTGCAGAGA 1738 Query 1967 CCCTTGTTTCCAATAAGCAAGACAAACAAACACTTTCTCCAGCGCTTGAGGCAGCTATAG 2026 ||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1739 CCCGTGTTTCCAATAAGCAAGACAAACACTCACTTTCTCCAGCGCTTGAGGCAGCTATAG 1798 Query 2027 ATTATCAGCTGAAAGTATTGTCAGTTGCCATCACTTATGGAGGCAGCTCACTTCTTCCGT 2086 |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||| || Sbjct 1799 ATTATCAGCTGAAAGTATTGTCAGTTGCGATCACTTATGGAGGCATCTCACTTCTTCGGT 1858 Query 2087 ACAAAGGTCTTTTGATCGAAGCTATATCTTCCGCATTTAATTCCTCATCTTGGAAGGTTA 2146 ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1859 ACAAAGGTCATTTGATCGAAGCTATATCTTCCGCATTTAATTCCTCATCTTGGAAGGTTA 1918 Query 2147 ATGGAGCTGGGGATCATCTTCTTCGATCTCTCCTCGGAAGTCTGATTCTTTACTATCCTA 2206 | |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1919 ACGGAGCTGGGGATCATCTTCTTCGATCTCTCCTTGGAAGTCTGATTCTTTACTATCCTA 1978 Query 2207 TTGATCAATACAAATGTTTGTCTCGTCACCCTGCTGCTCCTGCTTTGGAGGAATGGATAA 2266 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | Sbjct 1979 TTGATCAATACAAATGTTTGTCTCGTCACCCTGCTGCTCCTGCTTTGGAGGAATGGATCA 2038 Query 2267 GCACCAAAGCTTCTTCTAAGGATGAGCAGGTGGCGCATTCCAGGTGGCATGTTCCCACCC 2326 ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2039 GCACCAAAGCTTCTTATAAGGATGAGCAGGTGGCGCATTCCAGGTGGCATGTTCCCACCA 2098 Query 2327 AAGAGGAAACTCAGTTTGCCAATGAGCTCTTAGATCTCCATCTTCAGTCAGCACTAGATG 2386 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| Sbjct 2099 AAGAGGAAACTCAGTTTGCCAATGAGCTCTTAGATCTCCATCTTCAGTCAGCGTTAGATG 2158 Query 2387 ATCTTTTGAGTATTTGCCAATCGAACATCCACTCTGATGCAGGAGATGAGAAAACACACC 2446 |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2159 ATCTTTTGAGTATTTGCCAATCAAACATCCACTCTGATGCAGGAGATGAGAAAACACACC 2218 Query 2447 TTAAAGTGACTCTATTGCGTATAGATTCTACATTGCAAGGTGTTTTGTCCTGCCTACCTG 2506 ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2219 TTAAAGTGACTCTTTTGCGTATAGATTCTACATTGCAAGGTGTTTTGTCCTGCCTACCTG 2278 Query 2507 ATTTCAGGCCATCACCTAGACATGATATGGTTGAAGATCTACAGTTCTTTATAGCTGGAG 2566 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||| Sbjct 2279 ATTTCAGGCCATCACCTAGACATGATATGGTTGAAGATCTGCCGTTCTTTATAGCTGGAG 2338 Query 2567 CATCGGGTTCATGTGTTGGCAGCGCTGAGATACGAGAAAAAACTGCTATAACTATTCATG 2626 |||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| ||| ||||||| Sbjct 2339 CATCGGGTTCATGTGTTGGCAGTGCTGAAATACGAGAAAAAACTGCTAAAACAATTCATG 2398 Query 2627 CAGCCTGCAAATACTTGTTAGAGAAAAAGTCAGATGACAGCATCTTGTTGATATTAATAA 2686 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2399 CAGCCTGCAAATACTTGTTAGAGAAAAAGTCAGATGACAGCATCTTGTTGATATTAATAA 2458 Query 2687 TCCGCATAATGGATGCCCTGGGAAACTATGGCAGTTTGGAGTATGATGAATGGTCAAATC 2746 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2459 TCCGCATAATGGATGCCCTGGGAAACTATGGCAGTTTGGAGTATGATGAATGGTCAAATC 2518 Query 2747 ACAGGCAGGCTTGGAAACTGGAATCCGCTGCGATTGTAGAGCCCCCAGCAAACTTTATTA 2806 ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||| Sbjct 2519 ACAGGCAGGCTTGGAAACTGGAATCTGCTGCGATTGTAGAGCCTCCAGCAAACTTTATTA 2578 Query 2807 CTGAGTTTAATTCTAAGGGCAAGAGAAGGCCTAGATGGGCACTCATTGATAAAGCGTACA 2866 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2579 CTGAGTTTAATTCTAAGGGCAAGAGAAGGCCTAGATGGGCACTCATTGATAAAGCGTACA 2638 Query 2867 TGCACAACACATGGAGATCATCACAATCGTCCTATCATCTGTTTCGTACAGATGGGAACT 2926 |||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2639 TGCACAACACTTGGAGATCATCACAATCGTCATATCATCTGTTTCGTACAGATGGGAACT 2698 Query 2927 TCTCTCCACCAGAACCCTTAACATTTTTGGTTGATGATCTTTTGACCCTCTGTCTGCACA 2986 |||||||||||||| |||| ||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||| Sbjct 2699 TCTCTCCACCAGAAGCCTTGACACTTTTGGTTGATGACCTTTTGACCCTCTGTCTGCACA 2758 Query 2987 ACTATGAAACTGTTCGAGTGCTTGCTGGAAAATCTTTGATAAAACTGTTAAAGAGATGGC 3046 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||| ||||||| Sbjct 2759 ACTATGAAACTGTTCGAGTGCTTGCTGGAAAATCTTTGCTGAAACTGTTAAAAAGATGGC 2818 Query 3047 CG-CAGTTGCTTTCAAAGTGTGTTCTGTCCCTTACTGAGAACTTGCGAAAGCCGGATGTA 3105 || || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2819 CGACA-TTGCTTTCAAAGTGTGTTCTGTCCCTTACTGAGAACTTGCGAAAGCCGGATGTA 2877 Query 3106 CAAGA-ATATGTAGTCCTTGGTTCTTGTGCCATTCTCTCTTCACACAGTGTTCTCAAGCA 3164 |||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| Sbjct 2878 GAAGAGA-ATGTAGTCCTTGGTTCTTGTGCCATTCTCTCTTCACAGAGTGTTCTCAAGCA 2936 Query 3165 TTTAACTAC 3173 ||| ||||| Sbjct 2937 TTTGACTAC 2945 Score = 3725 bits (2017), Expect = 0.0 Identities = 2209/2302 (96%), Gaps = 11/2302 (0%) Strand=Plus/Plus Query 3262 CTTTTTGTCAAATATAATATTCACTTTGCGGGACTGTCGAGAAACATACTTCGCTCATTG 3321 ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2947 CTTTTTGTCAAATATAACATTCACTTTGCGGGGCTGTCGAGAAACATACTTCGCTCATTG 3006 Query 3322 GAAAGCCATGTTGAGGGCTCTACTTCTGGAGATCTTGTTTCTCAGATTGGCTCCATGAGT 3381 ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 3007 GAAAGCCATGTTGAGGGGTCTACTTCTGGAGATCTTGTTTCTCAGATTGGCTCCATGAGT 3066 Query 3382 TTTGATTCTTCCAGCTTGCATTGGCGGTACAACTTGATGGCTAACAGAGTGCTCCTTCTG 3441 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 3067 TTTGATTCTTCCAGCTTGCATTGGCGGTACAACTTGATGGCTAACAGAGTGCTCCTTCTG 3126 Query 3442 TTAGTTATGTCCTCTAGGATTGACCCAAGCTTCTCTCTCAAAATCCTTGATGAAACCGCT 3501 |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| Sbjct 3127 TTAGTTATGTCCTCTAGGATTGACCCAAGCTTCTCTTTCAAAATCCTTGATGAAACTGCT 3186 Query 3502 GGCCACTTCTTGAAAAACTTGAAAAGTCAACTTCCTCAGACCAGAATACTTGCCATTTCA 3561 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || |||||| Sbjct 3187 GGCCACTTCTTGAAAAACTTGAAAAGTCAACTTCCTCAGACGAGAATACTGGCGATTTCA 3246 Query 3562 GC-TCTAAACATTCTACTTAAAGAGTCGCCTCATAAGATGCAAGGCAAGGATCAGCCTTC 3620 || | |||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 3247 GCGT-TAAACACCCTACTTAAAGAGTCACCTCATAAGATGCAAGGCAAGGATCAGCCTTC 3305 Query 3621 TGTGTCTTCACAAGAAACTGAAAATGCCAACTCATCCCTTGATTTAGCATTGAGCCAAAT 3680 ||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| Sbjct 3306 TGTGTCTTCACAAGAAATTGAAAATGCGAACTCATCCCTTGATTTAGCATTAAGCCAAAT 3365 Query 3681 TTTTAGAGAAGAAGGATTCTTCAAGGAGACTTTTGAAAGTCTTTCTCATATTCATATCAC 3740 ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| Sbjct 3366 TTTTAGAGAGGAAGGATTCTTCAAGGAGACTTTTGAAAGTCTTTCTCATATTCATGTCAC 3425 Query 3741 TGACACAGATAGTTCCTCTAGAGGGAATCACGGAAGTTCATCTTTCCAGAGCATGGCGGA 3800 |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| Sbjct 3426 TGACACAGATAGTTCCTCTAGAGGTAATCACGGAAGTTCATCCTTCCAGAGCATGGCGGA 3485 Query 3801 CAAGTCAATCACTCGTTTCTATTTTGAATTTTCGGCTTCATGGCCTAGAACTCCTAGTTG 3860 |||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| Sbjct 3486 CAAGTCGATCACTCGTTTCTATTTTGAATTCTCGGCTTCATGGCCAAGAACTCCTAGTTG 3545 Query 3861 GATATCTTTGTTAGGCAGTGATATATTTTACCCAAGTTTTGCTCGCATCTTCAAGCGATT 3920 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 3546 GATATCTTTGTTAGGCAGTGATATATTTTACCCAAGTTTTGCTCGCATCTTCAAGCGATT 3605 Query 3921 AGCACAAGAATGTGGAGTGCCTGTGTTACTGGCACTAAAAAGCCCCTTAGAGGAGTTTTG 3980 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 3606 AGCACAAGAATGTGGAGTGCCTGTGTTACTGGCACTAAAAAGCCCCTTAGAGGAGTTTTG 3665 Query 3981 TAACGCCAAGGAGAGACCAAAACAGTGTGTTGCTGCTGAAGCATTAGCAGGTGTACTGCA 4040 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 3666 TAACGCCAAGGAGAGACCAAAACAGTGTGTTGCTGCTGAAGCATTAGCAGGTGTACTGCA 3725 Query 4041 CTCTGATGTTAATGGTCTTTTTAATGAGTGGGATAGCTGGATAATGGTTCAGTTGCAGAA 4100 ||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 3726 CTCTGATGTTAATGGTCTTCTTGGTGAGTGGGATAGCTGGATAATGGTTCAGTTGCAGAA 3785 Query 4101 TGTTATTCTTGGCCAATCAGTAGAATCCATACCGGAGTGGGCTGCTTGCATACGTTATGC 4160 |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| Sbjct 3786 TGTTATTCTTGGCCAATCAGTAGAATCCATACCGGAATGGGCTGCTTGCATACGTTATGC 3845 Query 4161 TGTCACAGGGAAAGGGAAGCAAGGAACCAAAATTCCTGTCATGAGACAACAAATTTTGGA 4220 |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| Sbjct 3846 TGTCACGGGGAAAGGGAAGCAAGGAACCAAAATTCCTGTCATTAGACAACAAATTTTGGA 3905 Query 4221 CTGTATAGTGGCACCATTACCACCAACTGCGACCACAACTGTTGTTGCAAAGCGGTATGC 4280 |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| Sbjct 3906 CTGTATAGTGGCACCATTACCACCAACTGCGACCACCACTGTTGTTGCAAAGCGGTATGC 3965 Query 4281 TTTTCTTTCGGCTGCTCTAATAGAACTATCTCCACCAAAGATGCCCGTAACAGAAGTGAA 4340 |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||| Sbjct 3966 TTTTCTTTCGGCTGCTCTGATAGAACTATCTCCACCAAAGATGCCTGTATCAGAAGTGAA 4025 Query 4341 GCTGCATATCGTGCTTCTTGATGAGTTGATCTGTAATATGTCCCACTCCTCGGCACAAAT 4400 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| Sbjct 4026 GCTGCATATCGTGCTTCTTGATGAGTTGATCTGTAATATGTCCCATTCCTCGGCACAAAT 4085 Query 4401 AAGGGAAGCTATCGGTGTAATTCTTTCAGTATTATGTTCTAACATTCGGCTGCGGATGTC 4460 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 4086 AAGGGAAGCTATCGGTGTAATTCTTTCAGTATTATGTTCTAACATTCGGCTGCGGATGTC 4145 Query 4461 ATATCAACAAGAATATCCAACTGAAGAAGGGAAAACGGATGTTGATAGCCAACTTAAGGA 4520 ||||||||||||| ||||| |||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| Sbjct 4146 ATATCAACAAGAACATCCATCTGAAGAAGGGAGAACAGATGTTGATAGCCAACTTAAGGA 4205 Query 4521 GGAAAATTGGTTCAAATTGATTAGTGCAAAAGCATCTGAAGCTGTAAAAAACATTCAACA 4580 ||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 4206 GGAAAATTGGTTCAAGTTGATTGGTGCAAAAGCATCTGAAGCTGTAAAAAACATTCAACA 4265 Query 4581 AGCTAGCATATCAGATAGCTTGGACACTTCAACAGATGTAGATATGGGAAATGCTCAATC 4640 ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||| |||||||||||| Sbjct 4266 AGCTAGCATATCAGATAGCTTGGACACTTCAGCAGATGTGGATATGGAAAATGCTCAATC 4325 Query 4641 AAATGGCGATTCTCTTGATGATGTTAAATGGATGGAGACGCTCTTCCATTTCATTATCTC 4700 ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 4326 AAATGGCGACTCTCTTGATGATGTTAAATGGATGGAGACGCTCTTCCATTTCATTATCTC 4385 Query 4701 CTCTTTCAAATCTGGAAGAGCTTCGTATCTGCTAGACGTAATTGCTGGATTCCTCTATCC 4760 ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| Sbjct 4386 ATCTTTCAAATCTGGAAGGGCTTCGTATCTGCTAGACGTAATTGCGGGATTCCTCTATCC 4445 Query 4761 AGTGATGTCCTTACAGGAAACATCACATAAAGATCTGTCAATATTGGCCAAGGCAGCCTT 4820 |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| Sbjct 4446 AGTGATATCCTTACAGGAAACATCACATAAAGATCTATCAATATTGGCTAAGGCAGCCTT 4505 Query 4821 TGAGCTGCTGAAGTGGCGAGTTTTCCCAGAGTCTCATCTACAGAAAGTTATTGGAGTCAT 4880 |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 4506 TGAGCTGCTGAAATGGCGAGTTTTCCCAGAATCTCATCTACAGAAAGTTATTGGAGTCAT 4565 Query 4881 TCTTTCTTCTGCTGATGACTCTAACTGGCGGATAAGATCTTCAACCCTGACATATCTGCG 4940 |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 4566 TCTTTCTTCTGCTGATGACTGTAACTGGCGGATAAGATCTTCAACCCTGACATATCTGCG 4625 Query 4941 AACTTTTATGTATAGGCATACTTTCATCCTCACTCATGAAGATAAACAAAAAATCTGGAA 5000 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| Sbjct 4626 AACTTTTATGTATAGGCATACTTTCATCCTCACTCATGAAGATAAACAGAAAATCTGGAA 4685 Query 5001 AACAGTGGAAAAGCTCCTTGTTGACAGCCAAGTAGAGGTACGAGAGCATGCAGCAGCAGT 5060 ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| Sbjct 4686 AACGGTGGAAAAGCTCCTTGTTGACAGCCAAGTAGAGGTACGAGAACATGCAGCAGCAGT 4745 Query 5061 TCTAGCAGGCCTAATGAAAGGAGGAGATGAAGATTTTGCTGCAGATTTTCGTGATAGATC 5120 ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| Sbjct 4746 TCTAGCAGGCCTAATGAAAGGAGGAGATGAAGAATTTGCTGCAGATTTTCGTGATAGATC 4805 Query 5121 CTATGCAGAGGCAAACTCAATCCAAAAGAGAAGAAATCGGAGGAAATCAAGTTCAACTCA 5180 ||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| Sbjct 4806 CTACACAGAGGCAAACTCAATCCAGAAGAGAAGAAATCGGAGGAAAGCAAGTTCAACTCA 4865 Query 5181 GTCCATTGCGGGGGTGCATGGAGCCGTTCTTGGTTTGGTAGCTTCAGTTTTGTCTGTTCC 5240 ||||||||| | |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| Sbjct 4866 GTCCATTGCAGAGGTGCATGGAGCCGTTCTTGGTTTAGTAGCTTCAGTTTTGTCTGTTCC 4925 Query 5241 TTATGACATGCCCAGCTGGCTGCCGGAGCATGTGACCTTACTGGCTCGGTTCGCGGGTGA 5300 ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| Sbjct 4926 TTATGACATGCCCAGCTGGCTGCCGGATCATGTGACCTTACTGGCTCGTTTCGCGGGTGA 4985 Query 5301 ACCTACACCTATAAAATCGACTGTGACTAAAGCAGTGGCTGAGTTCCGGCGAACCCATGC 5360 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 4986 ACCTACACCTATAAAATCGACTGTGACTAAAGCAGTGGCTGAGTTCCGGCGAACCCATGC 5045 Query 5361 GGATACATGGAACATCCAGAAAGACTCATTCACCGAAGATCAGCTTGAGATCTTGGCCGA 5420 |||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||| ||||||||| | || Sbjct 5046 GGATACATGGAACATCCAGAAAGATTCGTTCACTGAAGATCAGCTCGAGATCTTGACGGA 5105 Query 5421 TACATCTTCCTCTTCCTCGTACTTTGCTTGATTAATGTCGAGGAACTGAGTCTCGTCAAA 5480 |||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||| |||| ||||| |||| ||| Sbjct 5106 TACATCTTCCTCTTCCTCATACTTTGCTTGATTTATGTCGGGGAATTGAGTTTCGTGAAA 5165 Query 5481 A--GA-CGATAATACTAAAGTAACTCCACCTTTTATTGATTTTTAATTTTGTGCCAAAAT 5537 | || | | | | || |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| || Sbjct 5166 AAAGAACCACA-T-CTTT-GTAACTCCACCTTTTATTGATTTTTAATTTTGC-CCAATAT 5221 Query 5538 AGATGTAATAATAATAAC-ATG 5558 |||||||||||||| ||| ||| Sbjct 5222 AGATGTAATAATAA-AACCATG 5242 Score = 649 bits (351), Expect = 0.0 Identities = 369/378 (98%), Gaps = 0/378 (0%) Strand=Plus/Plus Query 1 ATGCATCTGTACAATGAATGGTTACCGCCGCCTGTAGCGGAGGAGACGAAGAAGGAGAAA 60 ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1 ATGCATCTGTACAATGAATGGCTACCGCCGCCTGTAGCGGAGGAGACGAAGAAGGAGAAA 60 Query 61 GAGTCCTTCGCGCGTGTCGTGAGATGCGTCAAAGAGTTGCACCGACCCGATGATCCAGAG 120 ||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| Sbjct 61 GAGTCCTTCGCTCGTGTCGTGCGATGCGTCAAAGAGTTACACCGACCCGATGATCCAGAG 120 Query 121 TCTGTTTACGCCACTCTTAAATGGATCTCCGTTATCGAACTCTTTGTTAGAGCGAAAAGT 180 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 121 TCTGTTTACGCCACTCTTAAATGGATCTCCGTTATCGAACTCTTTGTTAGAGCGAAAAGT 180 Query 181 GAATTGTCCGTGGAAGATGTTAGTGAACTCGTGGAAATTGGCTTACAAATTTTTCATTCA 240 |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 181 GAATTGTCTGTGGAAGATGTTAGTGAACTCGTGGAAATTGGCTTACAAATTTTTCATTCA 240 Query 241 TCTGAGAATAAGTTGTATGCACAGGTTAGATGGGGTAATGTTTTAGTCAGACTGATCAAC 300 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 241 TCTGAGAATAAGTTGTATGCACAGGTTAGATGGGGTAATGTTTTAGTCAGACTGATCAAC 300 Query 301 AAGTTTCGTAAGAAGCTGTCTTTGAAAGTTCAGTGGAGGCCCTTGTATGATACCTTGATT 360 |||| |||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| Sbjct 301 AAGTATCGTAAGAAGCTTTCTTTGAAAGTTCAGTGGAGACCCTTGTATGATACCTTGATT 360 Query 361 CATGCTCATTTCAGCAGG 378 ||||| |||||||||||| Sbjct 361 CATGCACATTTCAGCAGG 378 Score = 172 bits (93), Expect = 2e-41 Identities = 99/102 (97%), Gaps = 0/102 (0%) Strand=Plus/Plus Query 501 GTCTCTTTTGGAGAATCCTTGGCATAATTCCTCGTTTGAGGGCTCTGGCTTTGTGAGATT 560 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| Sbjct 378 GTCTCTTTTGGAGAATCCTTGGCATAATTCCTCGTTTGAGGGCTCTGGTTTTGTGAGATT 437 Query 561 GTTCCTTCCTACGAACCCCGAAAATCAGGATTTCTTCTCCGA 602 |||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| Sbjct 438 GTTCCTTCCTACGAACCCTGGAAATCAGGATTTCTTCTCCGA 479 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 212399314913 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5