BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= AT3G13750.1 Length=3313 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg929130 jgi|Araly1|929130|scaffold_301587.1 4761 0.0 > Ahg929130 jgi|Araly1|929130|scaffold_301587.1 Length=2777 Score = 4761 bits (2578), Expect = 0.0 Identities = 2712/2778 (98%), Gaps = 3/2778 (0%) Strand=Plus/Plus Query 19 aaaCAAGTTTTCTTCTTTTTACACTCAAGAATATAAATTCCCTGTTCTCCAGATCTTTT- 77 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||| Sbjct 1 AAACAAGTTTTCTTCTTTTTACACTCAAGAATATAAATTTCCTCTTCTCCAGATCTTTTA 60 Query 78 CTCAAGAAAATTTAAAGCTTTAA-CTTAAGAAAGCTTGAACCTTTCTCTTCCAACCACAT 136 |||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 61 TTCAAGAAAATTTAAAGCTTTAAGC-TAAGAAAGCTTGAACCTTTCTCTTCCAACCACAT 119 Query 137 CTTCCTTCTTTTTATCCTCTAGCTCAACTTAGAAAGAATAGAATAAAGTGGCAAAACCGA 196 |||||||||||||||||| |||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 120 CTTCCTTCTTTTTATCCTTTAGCTCAAATTAGGAAGAATAGAATAAAGTGGCAAAACCGA 179 Query 197 AAGTGAACCAACTTGTAGTAAATTAATAGTTATGGGTTCGAAACCTAATGCCATGAAGAA 256 ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| Sbjct 180 AAGTGAACCAACTTGTAGTAAATTAATAGGTATGGGTTTGAAACCTAATGCCATGAAGAA 239 Query 257 TGTGGTGGCTATGGCGGCAGTTTCTGCTCTGTTCCTTCTAGGGTTTCTTGTTTGCTCTGT 316 ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| Sbjct 240 TGTGGTGGCTATGGCGGCAGTTTCTGCTCTGTTTCTTCTAGGGTTTCTTGTTTGCTCTGT 299 Query 317 TTCTGGTTCTGTCTCTTACGATAGCAGAGCCATTACCATCAATGGCAAAAGAAGAATCCT 376 |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 300 TTCTGGTTCTGTCTCTTACGATAGCAGAGCTATTACCATCAATGGCAAAAGAAGAATCCT 359 Query 377 TATCTCTGGATCTATTCACTACCCCAGAAGTACTCCTGAGATGTGGCCAGATCTAATTCG 436 |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || Sbjct 360 TATCTCTGGATCTATTCATTACCCCAGAAGTACTCCTGAGATGTGGCCAGATCTAATCCG 419 Query 437 GAAAGCAAAGGAAGGAGGCTTAGATGTGATTCAGACTTATGTGTTCTGGAATGGGCATGA 496 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| Sbjct 420 GAAAGCAAAGGAAGGAGGCTTAGATGTGATTCAGACTTATGTTTTCTGGAATGGGCATGA 479 Query 497 GCCATCTCCTGGAAAATATTATTTCGAGGGCAACTATGATTTGGTTAAGTTTGTCAAGTT 556 ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 480 GCCATCTCCTGGAAAATATTACTTCGAGGGCAACTATGATTTGGTTAAGTTTGTCAAGTT 539 Query 557 GGTCCAACAATCTGGACTCTATCTTCATCTAAGGATTGGTCCTTATGTCTGTGCTGAATG 616 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 540 GGTCCAACAATCTGGACTCTATCTTCATCTAAGGATTGGTCCTTATGTCTGTGCTGAATG 599 Query 617 GAACTTCGGAGGATTTCCTGTTTGGCTTAAGTACATTCCAGGGATTAGCTTCAGAACAGA 676 ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || Sbjct 600 GAACTTCGGTGGATTTCCTGTTTGGCTTAAGTACATTCCAGGGATTAGCTTCAGAACTGA 659 Query 677 TAACGGTCCTTTCAAGGCTCAAATGCAAAGATTCACCACGAAGATTGTTAACATGATGAA 736 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 660 TAACGGTCCTTTCAAGGCTCAAATGCAAAGATTCACCACGAAGATTGTTAACATGATGAA 719 Query 737 AGCTGAGAGGCTTTTTGAATCTCAAGGCGGTCCTATAATTCTCTCTCAGATTGAAAATGA 796 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| Sbjct 720 AGCTGAGAGGCTTTTTGAATCTCAAGGCGGTCCTATAATCCTCTCTCAGATTGAAAATGA 779 Query 797 ATATGGACCAATGGAGTATGAGCTTGGTGCACCGGGCCGGTCATACACCAACTGGGCAGC 856 |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| Sbjct 780 ATATGGACCAATGGAGTATGAGCTTGGTGCACCGGGACGGTCATACACCAACTGGGCAGC 839 Query 857 TAAGATGGCGGTGGGGCTAGGCACTGGTGTCCCTTGGGTCATGTGCAAACAAGACGATGC 916 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 840 TAAGATGGCGGTGGGGCTAGGCACTGGTGTCCCTTGGGTCATGTGCAAACAAGACGATGC 899 Query 917 TCCCGACCCCATTATCAATGCTTGCAATGGCTTCTACTGTGATTACTTCTCCCCAAACAA 976 |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 900 TCCCGACCCCATTATCAATGCTTGCAATGGATTCTACTGTGATTACTTCTCCCCAAACAA 959 Query 977 GGCTTACAAGCCTAAAATGTGGACCGAAGCCTGGACTGGATGGTTTACAAAGTTTGGAGG 1036 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 960 GGCTTACAAGCCTAAAATGTGGACCGAAGCCTGGACTGGATGGTTTACAAAGTTTGGAGG 1019 Query 1037 CCCAGTTCCTTACCGCCCAGCTGAAGATATGGCCTTTTCCGTTGCAAGGTTTATCCAAAA 1096 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| Sbjct 1020 CCCAGTTCCTTACCGCCCAGCTGAAGATATGGCCTTTTCTGTTGCAAGGTTTATCCAAAA 1079 Query 1097 GGGTGGATCTTTCATCAACTACTATATGTATCATGGTGGAACAAACTTTGGTCGAACTGC 1156 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| ||||| Sbjct 1080 GGGTGGATCTTTCATCAACTACTATATGTATCATGGTGGAACGAATTTTGGTCGGACTGC 1139 Query 1157 TGGTGGTCCGTTTATCGCAACTAGCTATGATTATGATGCTCCTCTTGACGAATATGGACT 1216 ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| Sbjct 1140 TGGTGGTCCGTTTATCGCAACCAGCTATGATTATGACGCTCCTCTTGACGAATATGGACT 1199 Query 1217 TGAAAGGCAGCCTAAGTGGGGGCACTTGAAAGATTTGCATAGAGCAATTAAGCTGTGTGA 1276 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| Sbjct 1200 CGAAAGGCAGCCTAAGTGGGGGCACTTGAAAGATTTGCATAGAGCAATAAAGCTCTGTGA 1259 Query 1277 ACCAGCTTTAGTATCAGGAGAGCCCACAAGAATGCCTCTCGGAAACTATCAAGAGGCTCA 1336 |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1260 ACCAGCATTAGTATCAGGAGAGCCCACAAGAATGCCTCTCGGAAACTATCAAGAGGCTCA 1319 Query 1337 TGTGTACAAATCAAAATCTGGAGCTTGTTCTGCATTCTTAGCAAATTATAATCCAAAATC 1396 |||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1320 TGTGTACAAAGCCAAATCTGGAGCTTGTTCTGCATTCTTAGCAAATTATAATCCAAAATC 1379 Query 1397 TTACGCCAAAGTTTCTTTCGGGAACAATCACTACAATCTCCCTCCGTGGTCTATAAGTAT 1456 ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| Sbjct 1380 TTACGCCAAAGTTTCTTTCGGGAGCAATCACTACAATCTACCTCCGTGGTCTATTAGTAT 1439 Query 1457 TCTCCCAGACTGCAAAAACACAGTTTACAACACAGCCAGGGTTGGTGCTCAAACTTCTAG 1516 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1440 TCTCCCAGACTGCAAAAACACAGTTTACAACACAGCCAGGGTTGGTGCTCAAACTTCTAG 1499 Query 1517 GATGAAAATGGTTCGGGTTCCTGTTCATGGTGGTTTATCTTGGCAAGCATACAATGAAGA 1576 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| Sbjct 1500 GATGAAAATGGTTCGGGTTCCTGTTCATGGTGGTTTATCTTGGCAAGCATACAACGAAGA 1559 Query 1577 CCCATCAACTTACATCGATGAGTCATTCACAATGGTCGGATTAGTGGAGCAGATAAACAC 1636 ||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| Sbjct 1560 CCCATCAACTTACATTGATGAGTCTTTCACAATGGTCGGATTAGTGGAGCAGATCAACAC 1619 Query 1637 TACACGAGACACTTCGGATTACCTGTGGTACATGACTGATGTTAAAGTTGATGCCAATGA 1696 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| Sbjct 1620 TACACGAGACACTTCGGATTACCTGTGGTACATGACTGATGTTAAAATTGATGCCAATGA 1679 Query 1697 AGGATTTTTGAGGAATGGAGATTTGCCGACTCTTACTGTTCTATCAGCTGGCCATGCTAT 1756 ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1680 AGGATTTTTGAGGAATGGAGATTTGCCAACTCTTACTGTTCTATCAGCTGGCCATGCTAT 1739 Query 1757 GCATGTGTTTATCAATGGTCAATTATCTGGATCTGCATATGGTAGTTTAGACTCTCCTAA 1816 |||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| Sbjct 1740 GCATGTGTTTATCAATGGCCAATTATCTGGATCTGCGTATGGTAGTTTAGACTCTCCTAA 1799 Query 1817 GCTAACTTTTCGGAAAGGTGTGAATCTAAGAGCTGGTTTCAACAAAATTGCGATACTAAG 1876 ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1800 GCTAACTTTTCGGAAAGGTGTGAGTCTAAGAGCTGGTTTCAACAAAATTGCGATACTAAG 1859 Query 1877 CATTGCTGTTGGTCTCCCGAATGTGGGTCCACATTTTGAGACATGGAATGCTGGAGTTTT 1936 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1860 CATTGCTGTTGGTCTCCCGAATGTGGGTCCACATTTTGAGACATGGAATGCTGGAGTTTT 1919 Query 1937 GGGTCCAGTTTCATTGAACGGTCTCAATGGGGGACGGAGAGATCTATCATGGCAGAAATG 1996 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1920 GGGTCCAGTTTCATTGAACGGTCTCAATGGGGGACGGAGAGATCTATCATGGCAGAAATG 1979 Query 1997 GACTTATAAGGTTGGTCTTAAAGGAGAGTCTCTGAGTCTTCATTCACTTAGTGGTAGCTC 2056 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| Sbjct 1980 GACTTATAAGGTTGGTCTTAAAGGAGAGTCTCTGAGTCTTCATTCACTCAGTGGGAGCTC 2039 Query 2057 ATCGGTTGAGTGGGCAGAAGGTGCATTTGTTGCACAGAAGCAACCACTTACTTGGTACAA 2116 |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2040 ATCGGTTGAGTGGGCAGAAGGTGCTTTTGTTGCACAGAAGCAACCACTTACTTGGTACAA 2099 Query 2117 GACGACTTTCTCTGCTCCAGCTGGAGATTCGCCATTGGCTGTAGACATGGGAAGCATGGG 2176 |||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2100 GACGACTTTCTCTGCTCCAGCTGGAGATTCACCGTTGGCTGTAGACATGGGAAGCATGGG 2159 Query 2177 AAAAGGTCAAATATGGATAAATGGGCAGAGCCTGGGACGTCACTGGCCTGCATATAAAGC 2236 ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2160 AAAAGGTCAAATATGGATAAATGGGCAGAGCTTGGGACGTCACTGGCCTGCATATAAAGC 2219 Query 2237 AGTTGGTTCTTGCAGCGAGTGTTCTTATACCGGAACATTCAGAGAGGACAAGTGCTTAAG 2296 |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2220 AGTTGGTTCTTGCAGCGAGTGTTCTTATACTGGAACATTCAGAGAGGACAAGTGCTTAAG 2279 Query 2297 AAACTGTGGAGAGGCTTCTCAAAGATGGTACCATGTCCCAAGGTCGTGGCTAAAACCAAG 2356 |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| Sbjct 2280 AAACTGCGGAGAGGCTTCTCAAAGATGGTACCATGTCCCACGGTCGTGGCTAAAACCAAC 2339 Query 2357 TGGCAATCTATTGGTTGTCTTTGAGGAATGGGGAGGAGACCCGAACGGAATCACGTTGGT 2416 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| Sbjct 2340 TGGCAATCTATTGGTTGTCTTTGAGGAATGGGGAGGAGACCCGAACGGAATCTCGTTGGT 2399 Query 2417 CAGAAGAGAAGTGGACAGTGTATGTGCAGATATCTATGAATGGCAATCAACGCTGGTGAA 2476 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2400 CAGAAGAGAAGTGGACAGTGTATGTGCAGATATCTATGAATGGCAATCAACGCTGGTGAA 2459 Query 2477 CTACCAATTGCATGCTTCTGGAAAAGTTAATAAACCATTGCATCCCAAAGCACATTTACA 2536 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| Sbjct 2460 CTACCAATTGCATGCTTCTGGAAAAGTTAATAAACCATTGCATCCTAAAGTGCATTTACA 2519 Query 2537 ATGCGGGCCCGGACAAAAGATCACCACCGTGAAGTTTGCTAGTTTCGGGACACCTGAAGG 2596 ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| Sbjct 2520 ATGCGGGCCTGGACAAAAGATCACCACCGTGAAGTTTGCTAGCTTCGGGACACCTGAAGG 2579 Query 2597 GACTTGTGGTAGTTACCGTCAAGGAAGCTGTCACGCCCATCACTCCTATGACGCTTTCAA 2656 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| Sbjct 2580 GACTTGTGGTAGTTACCGTCAAGGAAGCTGTCACGCCCATCACTCCTATGATGCTTTCAA 2639 Query 2657 CAAACTTTGTGTTGGGCAGAACTGGTGTTCTGTAACTGTAGCACCGGAGATGTTTGGTGG 2716 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2640 CAAACTTTGTGTTGGGCAGAACTGGTGTTCTGTAACTGTAGCACCGGAGATGTTTGGTGG 2699 Query 2717 AGATCCGTGTCCAAATGTGATGAAGAAACTCGCGGTGGAAGCCGTTTGTGCTTAAATGAA 2776 |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| Sbjct 2700 AGATCCATGTCCAAATGTGATGAAGAAACTCGCGGTGGAAGCCATTTGTGCTTAAATGAA 2759 Query 2777 AGCAGACGCAACAGCAAT 2794 |||||||||| ||||||| Sbjct 2760 AGCAGACGCAGCAGCAAT 2777 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 125057184878 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5