BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= AT3G14420.1 Length=1515 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg478862 jgi|Araly1|478862|fgenesh2_kg.3__1563__AT3G14420.2 2050 0.0 > Ahg478862 jgi|Araly1|478862|fgenesh2_kg.3__1563__AT3G14420.2 Length=1418 Score = 2050 bits (1110), Expect = 0.0 Identities = 1208/1254 (96%), Gaps = 11/1254 (1%) Strand=Plus/Plus Query 133 ATGGAGATCACTAACGTTACCGAGTATGATGCAATCGCAAAGCAGAAGCTGCCTAAGATG 192 ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||| Sbjct 165 ATGGAGATCACTAACGTTACCGAGTATGACGCAATCGCAAAGCAGAAGTTGCCTAAGATG 224 Query 193 GTGTACGACTACTATGCATCTGGTGCAGAAGACCAATGGACTCTTCAAGAGAACAGAAAC 252 || |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 225 GTATACGACTACTATGCGTCTGGTGCAGAGGACCAATGGACTCTTCAAGAGAACAGAAAC 284 Query 253 GCTTTTGCAAGGATCCTCTTTCGGCCTCGGATTCTGATTGATGTGAGCAAGATTGACATG 312 ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 285 GCTTTCGCAAGGATCCTCTTTCGGCCTCGGATTCTGATTGATGTGAGCAAGATTGACATG 344 Query 313 ACAACCACCGTCTTGGGGTTCAAGATCTCGATGCCCATCATGGTTGCTCCAACTGCCATG 372 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| Sbjct 345 ACAACCACCGTCTTGGGGTTCAAGATCTCGATGCCCATCATGGTTGCTCCTACTGCCATG 404 Query 373 CAAAAGATGGCTCACCCTGATGGGGAATATGCTACTGCTAGAGCTGCATCTGCAGCTGGA 432 ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| Sbjct 405 CAAAAGATGGCTCACCCTGATGGGGAATATGCTACAGCTAGAGCTGCATCTGCAGCTGGA 464 Query 433 ACTATCATGACACTATCTTCATGGGCTACTTCCAGCGTTGAAGAAGTTGCGTCTACAGGG 492 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||| Sbjct 465 ACTATCATGACACTATCTTCATGGGCTACTTCCAGCGTTGAAGAGGTTGCTTCCACAGGG 524 Query 493 CCAGGGATCCGATTCTTCCAGCTCTATGTATACAAGAACAGGAATGTGGTTGAGCAGCTC 552 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 525 CCAGGGATCCGATTCTTCCAGCTCTATGTATACAAGAACAGGAATGTGGTTGAGCAGCTC 584 Query 553 GTGAGAAGAGCTGAGAGGGCTGGGTTCAAAGCCATTGCTCTCACTGTAGACACCCCAAGG 612 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || Sbjct 585 GTGAGAAGAGCTGAGAGGGCTGGGTTCAAAGCCATTGCTCTCACTGTAGATACCCCACGG 644 Query 613 CTAGGCCGCAGAGAGTCTGATATCAAGAACAGATTCACTTTGCCTCCAAACCTGACATTG 672 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| Sbjct 645 CTAGGCCGCAGAGAGTCTGATATCAAGAACAGATTCACTTTGCCTCCTAACCTGACATTG 704 Query 673 AAGAACTTTGAAGGACTTGACCTCGGAAAGATGGACGAGGCCAATGACTCTGGCTTGGCT 732 |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 705 AAGAACTTTGAAGGTCTTGACCTCGGAAAGATGGACGAGGCCAATGACTCTGGCTTGGCT 764 Query 733 TCATATGTTGCTGGTCAAATTGACCGTACCTTAAGCTGGAAGGATGTCCAGTGGCTCCAG 792 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 765 TCATATGTTGCTGGTCAAATTGACCGTACCTTAAGCTGGAAGGATGTCCAGTGGCTCCAG 824 Query 793 ACAATCACCAAGTTGCCCATTCTTGTCAAAGGTGTTCTTACAGGAGAGGATGCAAGGATA 852 ||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 825 ACAATCACCAAATTGCCGATTCTTGTCAAGGGTGTTCTTACAGGAGAGGATGCAAGGATA 884 Query 853 GCGATTCAAGCTGGTGCAGCCGGAATCATTGTATCAAACCATGGAGCTCGCCAGCTTGAC 912 |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 885 GCGATTCAAGCTGGTGCAGCCGGAATCATTGTGTCAAACCATGGAGCTCGCCAGCTTGAC 944 Query 913 TATGTCCCAGCAACCATCTCGGCCCTTGAAGAGGTTGTCAAAGCGACACAAGGACGAATT 972 |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 945 TATGTCCCAGCAACAATCTCAGCCCTTGAAGAGGTTGTCAAAGCGACACAAGGACGAATT 1004 Query 973 CCTGTCTTCTTGGATGGTGGTGTTCGACGTGGCACTGATGTCTTCAAAGCACTTGCACTT 1032 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||| Sbjct 1005 CCTGTCTTCTTGGATGGTGGTGTTCGACGTGGCACTGATGTCTTCAAGGCACTAGCACTT 1064 Query 1033 GGAGCCTCCGGGATATTTATTGGAAGACCAGTGGTATTCTCATTGGCAGCTGAAGGAGAG 1092 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| Sbjct 1065 GGAGCCTCCGGGATATTTATTGGAAGACCAGTGGTATTCTCATTGGCTGCTGAAGGAGAG 1124 Query 1093 GCTGGAGTTAGAAAGGTGCTTCAAATGCTACGTGATGAGTTCGAGCTGACCATGGCACTG 1152 |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1125 GCTGGAGTCAGAAAGGTGCTTCAAATGCTACGTGATGAGTTCGAGCTGACCATGGCACTG 1184 Query 1153 AGTGGGTGTCGGTCCCTAAAGGAAATCTCCCGTAACCACATTACCACCGAATGGGACACT 1212 |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1185 AGTGGGTGCCGGTCTCTAAAGGAAATCTCCCGTAACCACATTACCACCGAATGGGACACT 1244 Query 1213 CCACGTCCTTCAGCCAGGTTATAGAGAGGAAAATA-A-C--CAACAA---G---CAGAGA 1262 ||||||||||| |||||||||||||||| |||| | | | |||||| | |||||| Sbjct 1245 CCACGTCCTTCGGCCAGGTTATAGAGAGAAAAAAACAACAACAACAACAAGAAGCAGAGA 1304 Query 1263 ACAGCAGCAACACAGAACCAAAATATTGGCTAAACTTATTCATACTCTGATTG-TACTTG 1321 |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||| |||||| Sbjct 1305 ACAGCAGCAACACAGAACCAAACTATTGGCTAAACTTATTCATACTCTAATTGGTACTTG 1364 Query 1322 GCTTCTACTCTGCTAAATATCTCAAGACTTGTTTCTCCCTCTATCAGATCACAA 1375 ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| Sbjct 1365 GCTTCTACTCTGCTATCTATCTCAAGACTTGTTTCTCCCTCTATCAAATCACAA 1418 Score = 250 bits (135), Expect = 2e-65 Identities = 145/150 (97%), Gaps = 0/150 (0%) Strand=Plus/Plus Query 120 CACACTTCGGAAGATGGAGATCACTAACGTTACCGAGTATGATGCAATCGCAAAGCAGAA 179 ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 15 CACACTTGGGAAGATGGAGATCACTAACGTTACCGAGTATGATGCAATCGCAAAGCAGAA 74 Query 180 GCTGCCTAAGATGGTGTACGACTACTATGCATCTGGTGCAGAAGACCAATGGACTCTTCA 239 | |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| Sbjct 75 GTTGCCTAAGATGGCATACGACTACTATGCATCTGGTGCAGAAGATCAATGGACTCTTCA 134 Query 240 AGAGAACAGAAACGCTTTTGCAAGGATCCT 269 |||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 135 AGAGAACAGAAACGCTTTTGCAAGGATCCT 164 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 56716374805 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5