BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= AT3G16290.1 Length=2747 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg479081 jgi|Araly1|479081|fgenesh2_kg.3__1782__AT3G16290.1 4359 0.0 > Ahg479081 jgi|Araly1|479081|fgenesh2_kg.3__1782__AT3G16290.1 Length=2669 Score = 4359 bits (2360), Expect = 0.0 Identities = 2545/2636 (97%), Gaps = 6/2636 (0%) Strand=Plus/Plus Query 1 ATGGCTTGTCGTTTCCCTCTGCATTCTTCGTCACCTTCTCAATTCCTTTCACCGGAAAAT 60 |||||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1 ATGGCTTGTCGTTTCCCTCTACATTCGTCACCACCTTCTCAATTCCTTTCACCGGAAAAT 60 Query 61 CGTCAGAGACTACCCAGAAATTACCCTTCAATCTCATGCCAAAACAATTCAGCTACGAAC 120 ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| | | Sbjct 61 CGTCAGAGATTACCCAGAAATTACCCTTCAATCTCATGCCTAAACAATTCAGCT--G-A- 116 Query 121 GTTGTCCATGAAGATGGTGATGATAACGACAAAGCCAAGACAAACCAAGTCAATCTTCTC 180 ||| ||||| ||||||||||| ||||| |||| ||||||||||||||||||||||||| Sbjct 117 --TGTTCATGATGATGGTGATGAGAACGAAAAAGTCAAGACAAACCAAGTCAATCTTCTC 174 Query 181 GCAATACCAATCACACTCACTATAATCTCCGCTTCTCTAGCCAAACCGTCGTTCGCGGCT 240 |||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||| |||||||||| ||||| Sbjct 175 GCAATACCAATCACTCTCACTGTAATCTCCGCTTCTCTAGCCCAACCGTCGTTTGCGGCG 234 Query 241 GCGAAGGTAACGGAGAGAAAGAGAACTCAGAAGAAACCTCAGGAGGCTTTGACACTTGAA 300 ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| Sbjct 235 GCGAAGGTATCGGAGAGAAAGAGAACTCAGAAGAAACCTCAGGAAGCTTTGACACTTGAA 294 Query 301 CAGCTTAAAGCTTGGTCCAAAGATTTACCTGTAGTTTCGAATCGTATACCTTATACTGAC 360 ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 295 CAGCTTAAAGCTTGGTCCAAAGATTCACCTGTAGTTTCGAATCGTATACCTTATACTGAC 354 Query 361 ATTTTGAGCTTAAAAGCTGAAGGTAAGCTTAAGCATGTGATAAAGCCTCCTAATTTAAGT 420 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 355 ATTTTGAGCTTAAAAGCTGAAGGTAAGCTTAAGCATGTGATAAAGCCTCCTAATTTAAGT 414 Query 421 TTGCGGCAAAAGGCAGAGCCTGTGTTAGTAGTTTTGGAGGATTCTAGAGTATTAAGGACT 480 ||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||| Sbjct 415 TTGAGGCAAAAAGCAGAGCCTGTGTTAGTAGTTTTGGAGGATTCTAGAGTACTGAGGACT 474 Query 481 GTGTTGCCTTCTTTAGAGGGTAATAAGAGGTTTTGGGAACAATGGGATGAGTTAGGGATT 540 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 475 GTGTTGCCTTCTTTAGAGGGTAATAAGAGGTTTTGGGAACAATGGGATGAGTTAGGGATT 534 Query 541 GATGTACAATGTGTTAATGCTTATACTCCTCCGGTTAAGAGACCTCCTGTGCCGTCTCCT 600 |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 535 GATGGACAATGTGTTAATGCTTATACTCCTCCGGTTAAGAGACCTCCTGTGCCGTCTCCT 594 Query 601 TATTTAGGATTTTTGTGGAAAGTTCCTGCTTATATGTTAACATGGGTTAAGCCAAAGAAG 660 |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 595 TATTTAGGGTTTTTGTGGAAAGTCCCTGCTTATATGTTAACATGGGTTAAGCCAAAGAAG 654 Query 661 GAGTCTAAACGTGCTGCTGAGTTGAAGAGAATGAGGGAGGATTTCAAGAGGCAGAGGAAG 720 ||||| ||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 655 GAGTCGAAACGTGCTGCGGAGTTGAAGAAAATGAGGGAGGATTTCAAGAGGCAGAGGAAG 714 Query 721 GAGGAGATTGAGACGATGAAAGAGGAAAGAGTGATGATGGAAAAGACAATGAAGGCGCAG 780 ||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||| Sbjct 715 GAGGAGATTGAGAGGATGAAAGAGGAAAGAGCGATGATGGAAAAGACTATGAAGGCGCAG 774 Query 781 AAGAAACAACAGGAGAGGAAGAAAAGGAAGGCTGTTAGGAAGAAGAAATACGAGGAGTCT 840 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| Sbjct 775 AAGAAACAACAGGAGAGGAAGAAAAGGAAGGCTGTTAGGAAGAAGAAATATGAGGAGTCT 834 Query 841 CTGCGTGAGGCGAGGAAAAATTATCGAGATATGGCGGATATGTGGGCAAGATTGGCTCAG 900 ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| Sbjct 835 TTGCGTGAGGCGAGGAGAAATTATCGAGATATGGCGGATATGTGGGCAAGAATGGCTCAG 894 Query 901 GATCCTAATGTGGCTACTGCTCTTGGATTGGTATTCTTTTATATATTTTACCGTGTGGTG 960 ||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||| Sbjct 895 GATCCTAATGTGGCTACAGCTCTTGGGTTGGTGTTCTTTTATATATTTTATCGTGTGGTG 954 Query 961 GTTCTCAACTATAGGAAGCAAAAGAAGGATTATGAAGACAGGTTGAAGATTGAGAAGGCG 1020 || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 955 GTGCTCAACTATAGGAAGCAAAAGAAGGATTATGAAGACAGGTTGAAGATTGAGAAGGCG 1014 Query 1021 GAAGCagatgagaggaagaaaatgagggagttggaaagggagatggagggaattgaggaa 1080 |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1015 GAAGCAGATGAGAGGAAGAAAATGAGGGAGTTAGAAAGGGAGATGGAGGGAATTGAGGAA 1074 Query 1081 gaggatgaggaggttgaggaaggtacaggtgagaaAAATCCTTACTTACAGATGGCGATG 1140 |||||||||||| |||||||||| || |||||||||||||| |||||||||||||||||| Sbjct 1075 GAGGATGAGGAGCTTGAGGAAGGGACTGGTGAGAAAAATCCATACTTACAGATGGCGATG 1134 Query 1141 CAGTTCATGAAGTCAGGTGCACGTGTGAGACGAGCATCAAATAAGAGGTTACCTGAGTAT 1200 ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||| |||||| Sbjct 1135 CAGTTCATGAAATCAGGTGCACGTGTTAGACGAGCATCAAATAAGAGGCTACCGGAGTAT 1194 Query 1201 CTTGAGAGAGGTGTGGATGTCAAATTTACAGATGTTGCTGGACTTGGGAAGATTCGTCTT 1260 || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1195 CTCGAGAGAGGTGTGGATGTGAAATTTACAGATGTTGCTGGACTTGGGAAGATTCGTCTT 1254 Query 1261 GAACTTGAGGAAATCGTTAAGTTTTTTACTCATGGAGAGATGTACCGCAGGAGAGGGGTC 1320 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| Sbjct 1255 GAACTTGAGGAAATCGTTAAGTTTTTTACTCATGGAGAGATGTACCGTAGGAGAGGGGTC 1314 Query 1321 AAGATTCCAGGTGGTATTCTTTTATGTGGGCCTCCTGGGGTCGGAAAAACTTTACTGGCA 1380 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1315 AAGATTCCAGGTGGTATTCTTTTATGTGGGCCTCCTGGGGTCGGAAAAACTTTACTGGCA 1374 Query 1381 AAAGCTGTAGCTGGTGAAGCAGGAGTCAATTTCTTCTCTATCTCTGCTTCTCAGTTTGTG 1440 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| Sbjct 1375 AAAGCTGTAGCTGGTGAAGCAGGAGTCAATTTCTTCTCTATCTCTGCTTCGCAGTTTGTG 1434 Query 1441 GAAATATATGTTGGTGTTGGTGCATCTCGTGTCCGAGCATTATACCAAGAAGCTAGAGAA 1500 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| Sbjct 1435 GAAATATATGTTGGTGTTGGTGCATCTCGTGTCCGAGCATTGTACCAAGAAGCTAGAGAG 1494 Query 1501 AATGCTCCATCTGTGGTCTTCATTGATGAATTGGATGCTGTTGGAAGGGAGCGTGGGTTA 1560 |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1495 AATGCTCCATCTGTGGTCTTCATTGATGAATTAGATGCTGTTGGAAGGGAGCGTGGGTTA 1554 Query 1561 ATAAAGGGTTCTGGAGGACAAGAAAGGGATGCCACTCTTAATCAGCTACTTGTTTCTTTA 1620 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| Sbjct 1555 ATAAAGGGTTCTGGAGGACAAGAAAGGGATGCCACTCTTAATCAGCTCCTTGTTTCTTTA 1614 Query 1621 GATGGTTTTGAAGGAAGGGGAGAGGTCATCACCATTGCTTCCACAAACAGACCAGACATT 1680 ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1615 GATGGTTTTGAAGGAAGAGGAGAGGTCATCACCATTGCTTCCACAAACAGACCAGACATT 1674 Query 1681 CTCGATCCTGCGCTTGTGAGGCCTGGACGGTTCGACCGCAAAATCTTTATCCCTAAACCT 1740 ||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| Sbjct 1675 CTCGATCCTGCACTTGTGAGGCCTGGAAGGTTCGACCGCAAAATTTTTATCCCTAAACCT 1734 Query 1741 GGTCTTATTGGACGGATGGAAATTCTGCAGGTTCATGCTCGTAAGAAGCCGATGGCTGAA 1800 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1735 GGTCTTATTGGACGGATGGAAATTCTGCAGGTTCATGCTCGTAAGAAGCCGATGGCTGAA 1794 Query 1801 GATTTAGACTATATGGCAGTTGCTAGCATGACAGATGGCATGGTTGGAGCAGAGCTTGCT 1860 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1795 GATTTAGACTATATGGCAGTTGCTAGCATGACAGATGGCATGGTTGGAGCAGAGCTTGCT 1854 Query 1861 AATATTGTTGAGATCGCGGCAATTAATATGATGCGTGATGGAAGAACAGAGTTAACAACA 1920 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1855 AATATTGTTGAGATCGCGGCAATTAATATGATGCGTGATGGAAGAACAGAGTTAACAACA 1914 Query 1921 GATGATTTGCTTCAAGCTGCACAAATAGAAGAAAGAGGAATGTTAGATAGAAAAGACAGG 1980 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1915 GATGATTTGCTTCAAGCTGCACAAATAGAAGAAAGAGGAATGTTAGATAGAAAAGACAGG 1974 Query 1981 AGCTTGGAGACATGGCGACAAGTTGCGATCAATGAAGCTGCAATGGCTGTTGTAGCAGTG 2040 |||| ||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||| Sbjct 1975 AGCTCGGAGATATGGCGACAAGTTGCTATCAATGAAGCTGCCATGGCTGTTGTAGCAGTG 2034 Query 2041 AACTTTCCTGATATGAAGAATATAGAATTTCTGACAATCAACCCTAGAGCTGGTAGAGAA 2100 |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2035 AACTTTCCTGATCTGAAGAATATAGAATTTCTGACAATCAACCCTAGAGCTGGTAGAGAA 2094 Query 2101 TTGGGTTATGTCCGGGTGAAGATGGATCATATCAAATTTAAGGAAGGCATGCTTAGTCGA 2160 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| Sbjct 2095 TTGGGTTATGTCCGGGTGAAGATGGATCATATCAAATTTAAGGAAGGCATGCTTAGCCGA 2154 Query 2161 CAATCCATCTTGGATCACATCACTGTTCAGTTAGCACCCCGTGCTGCAGATGAACTATGG 2220 |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| Sbjct 2155 CAATCCATCTTGGATCACATTACTGTTCAGTTAGCACCTCGTGCTGCAGATGAACTATGG 2214 Query 2221 TACGGTGAGGATCAGTTAAGCACGATATGGGCTGAAACATCGGATAACGCAAGATCAGCT 2280 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| Sbjct 2215 TACGGTGAGGATCAGTTAAGCACGATATGGGCTGAAACATCAGATAACGCAAGATCAGCT 2274 Query 2281 GCTCGATCATTGGTTCTTGGTGGTCTTTCTGATAAGCATCATGGCTTGAATAACTTCTGG 2340 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2275 GCTCGATCATTGGTTCTTGGTGGTCTTTCTGATAAGCATCATGGCTTGAATAACTTCTGG 2334 Query 2341 GTAGCTGATCGAATTAACGATATTGATGTGGAGGCATTGCGGATATTGAACATGTGTTAC 2400 |||||||||||||| |||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| Sbjct 2335 GTAGCTGATCGAATAAACGATATTGATCTGGAGGCGTTGCGGATATTGAACATGTGTTAC 2394 Query 2401 GAGCGTGCTAAAGAGATTCTTGGAAGAAACAGGACGCTCATGGACGAGGTGGTAGAGAAA 2460 |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2395 GAGCGTGCTAAAGAGATTCTTGGACGAAACAGGACGCTCATGGACGAGGTGGTAGAGAAA 2454 Query 2461 CTGGTTCAAAAGAAAAGTCTAACGAAACAAGAATTCTTCACTCTTGTTGAGCTCTATGGG 2520 |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2455 CTGGTTCAAAAGAAAAGTCTTACGAAACAAGAATTCTTCACTCTTGTTGAGCTCTATGGC 2514 Query 2521 TCCAGTAAACCAATGCCACCGAGTATCCTTGAACTTAGGAAGATCAAACGGCTTGAGCTA 2580 || | |||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| || Sbjct 2515 TCTATTAAACCAATGCCACCGAGCATCCTTGAACTAAGGAAGATCAAACGGCTTGAACTC 2574 Query 2581 GAAGAGATGGTGCTGAAACTGGACATGACTACCGCAAGAAACAGTTCATAAGATGA 2636 ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| Sbjct 2575 GAAGAGACGGTGCTGAAACTGGACATGACTACCGCAAAAAACAGTTCATAAGATGA 2630 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 103643556645 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5