BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G18090.1
Length=3715
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg929675 jgi|Araly1|929675|scaffold_302132.1 5912 0.0
Ahg930428 jgi|Araly1|930428|scaffold_302885.1 1454 0.0
Ahg946817 jgi|Araly1|946817|scaffold_703046.1 233 6e-60
Ahg897537 jgi|Araly1|897537|Al_scaffold_0005_1503 106 1e-21
> Ahg929675 jgi|Araly1|929675|scaffold_302132.1
Length=3553
Score = 5912 bits (3201), Expect = 0.0
Identities = 3438/3555 (97%), Gaps = 5/3555 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 151 GTGTGTATTGAGGTATACCAGAGATAGACATAAATGAGATGGATGTTGACGAGATCGAGT 210
|||||| |||||||||||||||||| ||||| |||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1 GTGTGTTTTGAGGTATACCAGAGATGGACATTAATGAGATGGATATTGACGAGATCGAGA 60
Query 211 CTGCTGGGCAGATCAATATTTCTGAGCTAGGAGAAAGTTTTCTCCAGACTTTCTGCAAAA 270
||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||
Sbjct 61 CTGCTGGGCAGATGAATCTTTCTGAGCTAGGAGAAAGTTTTCTCCAAAGTTTCTGCAAAA 120
Query 271 AAGCTGCGACATCTTTCTTTGAAGAGTTTGGACTTATAAGTCATCAGCTTAACTCCTACA 330
||||||| ||||| ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 121 AAGCTGCTACATCCTTCTTTGAAGAGTATGGGCTTATAAGTCATCAGCTCAACTCCTACA 180
Query 331 ACTTCTTCATTGAACACGGGCTTCAGAATGTGTTTGAGTCCTTTGGTGACATTCTTGTGG 390
|||||||||| |||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| || |||||||
Sbjct 181 ACTTCTTCATCAAACACGGGCTTCGGAATGTGTTCGAGTCCTTTGGTGAGATGCTTGTGG 240
Query 391 AACCGTCTTTTGATGTAATAAAGAAGAAGGATGGCGATTGGAGATACGCAACGGTGAAAT 450
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 241 AACCGTCTTTTGATGTAATAAAGAAGAAGGATGGCGATTGGAGATACGCAACAGTGAAAT 300
Query 451 TTGGAAAAGTCACTTTGGAGAAGCCTACATTCTTTTCGGATGACAAGGAGCTTGAGTTTC 510
| ||| |||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 301 TCGGAGAAGTCACTTTTGAGAAGCCCACATTCTTTTCGGATGACAAGGAGCTTGAGTTTC 360
Query 511 TCCCATGGCATG-CAGGCTTCAGAACATGACATACTCAGCAAGGATCAAAGTCAATGCCC 569
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||
Sbjct 361 TCCCATGGCATGCCAGGCTTCAGAACATGACATACTCAGCAAGGATCAAAGTGAATGTCC 420
Query 570 AAGTTGAGGTGTTCaaaaaaaTTGTTATTAAACA-CGACAAATTCAAGACTGGACAAGAT 628
||||||||||||||||||||| |||| ||||| | ||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 421 AAGTTGAGGTGTTCAAAAAAACTGTTGTTAAA-AGCGACAAATTCAAGACGGGACAAGAT 479
Query 629 GAATATGTCGAGAAGGAGATACTGGATGTCAAAAAACAGGACATTCTAATTGGTAGCATA 688
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 480 GAATATGTCGAGAAGGAGATACTGGATGTCAAAAAGCAGGACATTCTAATTGGTAGCATT 539
Query 689 CCTGTCATGGTGAAATCTGTCCTTTGCAAAACTAGCGAGAAAGGAAAAGAAAACTGCAAA 748
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 540 CCTGTCATGGTGAAATCTGTCCTTTGCAAAACAAGCGAGAAAGGAAAAGAAAACTGCAAA 599
Query 749 AAGGGGAATTGTGCCTTTGATCAGGGTGGATATTTTGTGATAAAGGGGGCTGAGAAGGTG 808
|||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 600 AAGGGGGATTGTGCCTTTGATCAGGGTGGTTATTTTGTGATAAAGGGGGCTGAGAAGGTG 659
Query 809 TTTATAGCTCAAGAACAGATGTGCACAAAGAGATTGTGGATTTCTAATTCACCATGGACA 868
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 660 TTTATAGCTCAAGAACAGATGTGCACAAAGAGACTGTGGATTTCTAATTCACCATGGACT 719
Query 869 GTCTCCTTCAGGTCCGAAACTAAAAGAAATAGGTTCATTGTGCGCCTCTCGGAGAATGAG 928
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 720 GTCTCCTTCAGGTCCGAAACTAAAAGAAATAGGTTCATTGTGCGCCTCTCGGAGAATGAG 779
Query 929 AAAGCAGAAGACTATAAGATAATGGAGAAAGTACTGACAGTGTACTTCTTGTCGACTGAG 988
||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 780 AAAGCAGAAGACTATAAGAGAAGGGAGAAAGTACTGACAGTGTACTTCTTGTCGACGGAG 839
Query 989 ATTCCAGTCTGGCTCCTGTTCTTTGCGTTGGGTGTTTCATCAGACAAAGAAGCCATGGAT 1048
||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 840 ATTCCAGTCTGGCTCTTGTTCTTTGCGCTGGGTGTTTCGTCAGACAAAGAAGCCATGGAT 899
Query 1049 CTAATTGCTTTCGATGGTGATGATGCAAGCATTACCAACAGTCTCATAGCTTCTATCCAT 1108
||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 900 CTAATTGCTTTTGATGGTGTTGATGCAAGCATTACCAACAGTCTCATAGCTTCTATCCAT 959
Query 1109 GAAGCTGATGCAGTGTGTGAAGCTTTTCGCTGTGGGAACAATGCCCTAACATATGTTGAA 1168
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 960 GAAGCTGATGCAGTTTGTGAAGCTTTTCGCTGTGGGAACAATGCCCTAACATATGTTGAA 1019
Query 1169 CATCAGATCAAAAGCACCAAATTCCCTCCTGCTGAAAGTGTGGATGATTGCCTCCGTCTG 1228
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1020 CATCAGATCAAAAGCACCAAATTCCCTCCTGCTGAAAGTGTGGATGATTGCCTCCGTCTG 1079
Query 1229 TATTTGTTTCCATGCCTCCAAGGTTTGAAGAAGAAAGCCCGATTCCTGGGCTATATGGTG 1288
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1080 TATTTGTTTCCAGGCCTCCAAGGTTTGAAGAAGAAAGCCCGATTCCTGGGCTATATGGTG 1139
Query 1289 AAGTGCCTTTTGAGCGCGTATGCGGGAAAACGAAAATGTGAAAACAGGGACAGTTTCCGG 1348
||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1140 AAGTGCCTTCTGAGTGCGTATGCGGGAAAACGAAAATGTGAAAACAGGGACAGTTTCCGG 1199
Query 1349 AATAAACGAATTGAGCTCGCTGGAGAACTGTTGGAGAGGGAGATAAGGGTGCATCTTGCA 1408
||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||
Sbjct 1200 AATAAGCGAATTGAGCTCGCTGGAGAACTGTTGGAAAGGGAAATAAGGGTGCATCTGGCA 1259
Query 1409 CATGCTAGAAGAAAGATGACCAGGGCCATGCAGAAACAACTCTCAGGCGATGGCGATTTG 1468
|||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||
Sbjct 1260 CATGCTAGGAGAAAGATGACAAGGGCCATGCAGAAACAACTCTCAGGCGAGGGAGATTTG 1319
Query 1469 AAGCCTATAGAGCATTATTTGGATGCTTCCGTTATCACCAATGGGCTTAATAGAGCCTTC 1528
|||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| ||||||||
Sbjct 1320 AAGCCTATTGAGCATTATTTGGATGCTTCTGTTATCACAAATGGGCTTAATCGAGCCTTC 1379
Query 1529 TCCACTGGAGCATGGTCTCATCCTTTCAGGAAGATGGAAAGGGTCTCAGGTGTTGTAGCT 1588
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1380 TCCACTGGAGCATGGTCTCATCCTTTCAGGAAGATGGAAAGGGTTTCAGGTGTTGTAGCT 1439
Query 1589 AATTTGGGTCGTGCAAATCCATTGCAGACTCTGATTGATCTGAGGAGAACGCGACAGCAA 1648
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1440 AATTTGGGTCGTGCAAATCCATTGCAGACTCTGATTGATCTGAGGAGAACGCGACAGCAA 1499
Query 1649 GTCCTTTATACCGGCAAGGTTGGAGATGCTAGACATCCGCATCCTTCTCACTGGGGCAGA 1708
||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1500 GTCCTATATACCGGCAAGGTTGGAGATGCTAGATATCCGCATCCCTCTCACTGGGGCAGA 1559
Query 1709 GTATGCTTTTTGTCAACTCCAGATGGTGAAAATTGTGGTCTTGTGAAGAACATGTCTCTT 1768
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1560 GTATGCTTTTTGTCAACTCCAGATGGTGAAAATTGTGGTCTTGTGAAGAACATGTCTCTT 1619
Query 1769 CTTGGACTTGTTAGCACTCAAGGTTTGGAGTCTGTGGTGGAAATGCTCTTTACTTGCGGA 1828
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| | |||| |||
Sbjct 1620 CTTGGACTTGTTAGCACTCAAGTTTTGGAGTCTGTGGTGGAAACGCTCTATGCTTGTGGA 1679
Query 1829 ATGGAAGAGCTGATGAATGATACCAGCACACCATTGTGTGGCAAACACAAAGTTCTTCTC 1888
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1680 ATGGAAGAGCTGATGGATGATACCAGCACACCATTGTGTGGCAAACACAAAGTTCTTCTC 1739
Query 1889 AATGGAGACTGGGTTGGATTATGTGCAGATTCTGAATCCTTTGTCGGGGAGTTAAAAAGC 1948
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1740 AATGGAGACTGGGTTGGATTATGTGCAGATTCTGAATCCTTTGTCGCGGAGTTAAAAAGC 1799
Query 1949 AGGCGGCGCCAAAGTGAATTACCTC-TCGAGATGGAAATCAAGCGAGATAAAGATGACAA 2007
||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1800 AGGCGGCGCCAAAGTGAATTACCTCGT-GAGATGGAAATCAAGCGAGATAAAGATGACAA 1858
Query 2008 TGAGGTGAGAATTTTCACTGACGCTGGTAGACTACTCCGACCTCTCTTGGTTGTGGAAAA 2067
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1859 TGAGGTGAGAATTTTCACTGACGCTGGTAGACTACTCCGACCTCTCTTGGTTGTGGAAAA 1918
Query 2068 TCTCCACAAGTTGAAGCAAGACAAACCTACACAGTATCCTTTTAAGCATCTTCTTGACCA 2127
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1919 TCTCCACAAGTTGAAGCAAGACAAACCTACACAGTATCCTTTTAAGCATCTTCTTGACCA 1978
Query 2128 AGGGATTCTCGAGCTGATCGGGATTGAGGAAGAAGAAGACTGTACTACAGCATGGGGAAT 2187
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1979 AGGGATTCTCGAGCTGATCGGGATTGAGGAAGAAGAAGACTGTAATACAGCATGGGGAAT 2038
Query 2188 CAAACAGCTTCTGAAGGAACCAAAGAATTACACGCATTGCGAATTGGACCTATCATTCCT 2247
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2039 CAAACAGCTTCTGAAGGAACCAAAGAATTACACGCATTGCGAATTGGACCTGTCATTCCT 2098
Query 2248 GTTGGGTGTGAGCTGTGCAATTGTCCCATTTGCAAATCACGATCATGGGAAAAGAGTTCT 2307
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2099 GTTGGGTGTGAGCTGTGCAATTGTCCCATTTGCAAATCACGATCATGGGAAAAGAGTTCT 2158
Query 2308 TTACCAGTCTCAGAAGCATTGCCAACAAGCCATCGGATTCTCATCAACGAACCCTAACAT 2367
|||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2159 CTACCAGTCCCAGAAGCATTGCCAACAAGCCATTGGATTCTCATCAACGAACCCTAACAT 2218
Query 2368 CCGCTGCGATACGCTGTCCCAGCAGCTGTTCTATCCCCAAAAGCCACTTTTCAAGACATT 2427
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||
Sbjct 2219 CCGCTGCGATACTCTGTCCCAGCAGCTGTTCTATCCCCAGAAGCCACTGTTCAAGACATT 2278
Query 2428 GGCGTCAGAGTGTCTTGAAAAAGAAGTTCTATTTAATGGCCAGAACGCAATTGTTGCTGT 2487
|||||| |||||||| |||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2279 GGCGTCGGAGTGTCTAAAAAAAGAAGTGCTGTTTAATGGCCAGAACGCAATTGTTGCTGT 2338
Query 2488 GAATGTTCATCTCGGGTACAACCAAGAGGACTCCATTGTGATGAACAAGGCTTCATTGGA 2547
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2339 GAATGTTCATCTCGGGTACAACCAAGAGGATTCCATTGTGATGAACAAGGCTTCATTGGA 2398
Query 2548 ACGTGGTATGTTCCGTTCAGAGCAGATTAGAAGCTACAAAGCAGAGGTTGATACTAAAGA 2607
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2399 ACGTGGTATGTTCCGTTCAGAGCAGATTAGAAGCTACAAAGCAGAGGTTGATACTAAAGA 2458
Query 2608 CTCGGAGAAGAGGAAGAAGATGGATGAGCTTGTTCAGTTTGGAAAGACATACAGCAAAAT 2667
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2459 CTCGGAGAAGAGGAAGAAGATGGATGAGCTTGTTCAGTTTGGAAAGACATACAGCAAAAT 2518
Query 2668 CGGCAAAGTAGACAGCCTTGAAGATGACGGGTTTCCTTTCATTGGTGCTAACATGAGTAC 2727
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2519 CGGCAAAGTAGACAGCCTTGAAGATGACGGGTTTCCTTTCATTGGTGCTAACATGAGTAC 2578
Query 2728 TGGCGATATTGTCATTGGCAGATGCACCGAGTCTGGGGCTGATCACAGTATAAAGCTCAA 2787
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2579 TGGAGATATTGTCATTGGCAGATGCACCGAGTCTGGGGCTGATCACAGTATAAAGCTCAA 2638
Query 2788 GCACACTGAGAGAGGAATTGTGCAAAAAGTGGTATTATCTTCTAATGATGAAGGGAAGAA 2847
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2639 GCACACTGAGAGAGGAATTGTGCAAAAAGTGGTATTATCATCTAATGATGAAGGGAAGAA 2698
Query 2848 TTTTGCAGCGGTTTCTCTGAGACAGGTTCGTTCTCCATGCCTTGGAGATAAGTTTTCCAG 2907
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2699 TTTTGCTGCGGTTTCTCTGAGACAGGTTCGTTCTCCATGCCTTGGAGATAAGTTTTCCAG 2758
Query 2908 TATGCATGGCCAGAAGGGTGTTTTAGGCTATCTAGAGGAACAGCAGAATTTTCCTTTCAC 2967
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2759 TATGCATGGCCAGAAGGGTGTTTTAGGCTATCTAGAGGAACAGCAGAATTTTCCTTTCAC 2818
Query 2968 GATCCAAGGCATAGTTCCTGATATTGTGATAAACCCGCACGCTTTCCCTTCTAGGCAGAC 3027
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2819 GATCCAAGGCATAGTTCCTGATATTGTTATAAACCCGCACGCTTTCCCTTCTAGGCAAAC 2878
Query 3028 ACCAGGTCAACTCTTGGAGGCTGCTCTCTCCAAAGGAATCGCTTGTCCTATACAAAAGAA 3087
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2879 ACCAGGTCAACTCTTGGAGGCTGCTCTCTCCAAAGGAATCGCTTGTCCTATACAAAAGAA 2938
Query 3088 GGAGGGTAGCTCTGCTGCATACACCAAATTGACACGTCATGCCACTCCTTTCTCCACTCC 3147
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2939 GGAGGGTAGCTCTGCTGCATACACCAAATTGACACGTCATGCCACTCCTTTCTCCACTCC 2998
Query 3148 GGGTGTCACTGAAATCACCGAGCAGCTTCACAGGGCCGGCTTTTCAAGATGGGGAAACGA 3207
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2999 GGGTGTCACTGAAATCACCGAGCAGCTTCACAGGGCCGGCTTTTCAAGATGGGGAAACGA 3058
Query 3208 AAGGGTCTACAATGGTAGATCGGGTGAGATGATGCGCTCTCTGATATTCATGGGCCCAAC 3267
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 3059 AAGGGTCTACAATGGTAGATCGGGTGAGATGATGCGTTCTCTGATATTCATGGGCCCAAC 3118
Query 3268 TTTCTACCAGCGACTTGTCCACATGTCAGAGAACAAAGTCAAGTTCAGGAACACCGGACC 3327
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3119 TTTCTACCAGCGACTTGTCCACATGTCAGAGGACAAAGTCAAGTTCAGGAACACCGGACC 3178
Query 3328 AGTCCACCCGCTCACACGCCAGCCAGTCGCAGACCGGAAGAGGTTTGGCGGGATAAGATT 3387
|||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||| |||| |||
Sbjct 3179 AGTCCACCCGCTCACACGTCAGCCAGTCGCAGACAAGAAGAGGTTTGGCGGAATAAAATT 3238
Query 3388 TGGAGAAATGGAGCGAGACTGCCTAATAGCTCACGGTGCATCCGCTAATCTGCACGAGCG 3447
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3239 TGGAGAAATGGAGCGAGACTGTCTAATAGCTCACGGTGCATCCGCTAATCTGCACGAGCG 3298
Query 3448 GCTCTTCACTCTAAGTGACTCTTCTCAGATGCACATCTGCAGAAAATGCAAGACCTATGC 3507
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 3299 TCTCTTCACTCTAAGTGACTCTTCTCAGATGCACATCTGCAGAAAATGTAAGACCTATGC 3358
Query 3508 GAATGTGATCGAGAGGACTCCAAGCAGTGGAAGAAAGATCAGAGGGCCATATTGCAGAGT 3567
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 3359 GAATGTGATCGAGAGGACTCCAAGCAGTGGAAGAAAGATCAGAGGGCCATATTGTAGAGT 3418
Query 3568 GTGCGCATCCTCCGACCATGTGGTTAGGGTCTATGTTCCTTATGGAGCTAAGCTTCTTTG 3627
||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||
Sbjct 3419 CTGCGCGTCCTCAGACCATGTGGTTAGGGTCTATGTTCCGTATGGAGCTAAGCTTCTGTG 3478
Query 3628 TCAGGAGCTGTTCAGCATGGGCATTACTCTCAACTTCGACACCAAGCTCTGCTGATTCCC 3687
|||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3479 TCAGGAGCTGTTCAGCATGGGCATCACTCTCAATTTCGACACCAAGCTCTGCTGATTCCC 3538
Query 3688 CGTCATTATTATGTA 3702
|| | || |||||||
Sbjct 3539 CGCCTTTGTTATGTA 3553
> Ahg930428 jgi|Araly1|930428|scaffold_302885.1
Length=1558
Score = 1454 bits (787), Expect = 0.0
Identities = 940/1014 (93%), Gaps = 9/1014 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 172 AGATAGACATAAATGAGATGGATGTTGACGAGATCGAGTCTGCTG-GGCAGATCAATATT 230
|||| ||||| ||||||||||| |||| ||||||||| || ||| || |||||||| |
Sbjct 19 AGATGGACATTGATGAGATGGATATTGAAGAGATCGAGGCTACTGCGG-AGATCAATCTA 77
Query 231 TCTGAGCTAGGAGAAAGTTTTCTCCAGACTTTCTGCAAAAAAGCTGCGACATCTTTCTTT 290
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||| || || ||||||
Sbjct 78 TCTGAGCTAGGAGAAAGTTTTCTCCAGAGTTTCTGCAAGAAAGCTGCAACTTCCTTCTTT 137
Query 291 GA-AGAGTTTGGACTTATAAGTCATCAGCTTAACTCCTACAACTTCTTCATTGAACACGG 349
|| | ||| ||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 138 GATA-AGTATGGGCTTATAAGTCATCAGCTCAACTCCTACAACTTCTTCATTCAACACGG 196
Query 350 GCTTCAGAATGTGTTTGAGTCCTTTGGTGACATTCTTGTGGAACCGTCTTTTGATGTAAT 409
||||||| |||||||||| ||||||||||| || |||||||||||||| |||||||| ||
Sbjct 197 GCTTCAGGATGTGTTTGAATCCTTTGGTGATATGCTTGTGGAACCGTCGTTTGATGTGAT 256
Query 410 AAAGAAGAAGGATGGCGATTGGAGATACGCAACGGTGAAATTTGGAAAAGTCACTTTGGA 469
||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||| ||||
Sbjct 257 AAAGAAGAAGGATAACGATTGGAGATACGCTACGGTGAAATTCGGAAAAGTCACTGTGGA 316
Query 470 GAAGCCTACATTCTTTTCGGATGACAAGGAGCTTGAGTTTCTCCCATGGCATG-CAGGCT 528
|||||| || |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 317 GAAGCCCACTTTCTTTTCCGATGACAAGGAGCTTGAGTTTCTCCCATGGCATGCCAGGCT 376
Query 529 TCAGAACATGACATACTCAGCAAGGATCAAAGTCAATGCCCAAGTTGAGGTGTTCaaaaa 588
||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||
Sbjct 377 TCAGAACATGACATATTCAGCAAGGATCAAAGTCAATGTCCAAGTTGAGGTGTTCATAAA 436
Query 589 aaTTGTTATTAAACA-CGACAAATTCAAGACTGGACAAGATGAATATGTCGAGAAGGAGA 647
|| |||| ||||| | ||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| |||
Sbjct 437 AACTGTTGTTAAA-AGCGACAAATTCAAGACGGGACAAGACGAATATGTCGAGAAGAAGA 495
Query 648 TACTGGATGTCAAAAAACAGGACATTCTAATTGGTAGCATACCTGTCATGGTGAAATCTG 707
|||| || |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 496 TACTTGAGGTCAAAAAGCAGGACATTCTAATTGGTAGCATTCCTGTCATGGTGAAATCTG 555
Query 708 TCCTTTGCAAAACTAGCGAGAAAGGAAAAGAAAACTGCAAAAAGGGGAATTGTGCCTTTG 767
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||
Sbjct 556 TCCTTTGCAAAACAAGCGAGAAAGGAAAAGAAAACTGCAGAAAGGGGGATTGTGCCTTTG 615
Query 768 ATCAGGGTGGATATTTTGTGATAAAGGGGGCTGAGAAGGTGTTTATAGCTCAAGAACAGA 827
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 616 ATCAGGGTGGCTATTTTGTGATAAAGGGGGCTGAGAAGGTGTTTATAGCTCAAGAACAGA 675
Query 828 TGTGCACAAAGAGATTGTGGATTTCTAATTCACCATGGACAGTCTCCTTCAGGTCCG-AA 886
|||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||| ||
Sbjct 676 TGTGCACAAAGAGACTGTGGATTTCTAACTCACCATGGACAGTCTCTTTCAGGTCCGAAA 735
Query 887 ACTAAAAGAAATAGGTTCATTGTGCGCCTCTCGGAGAATGAGAAAGCAGAAGACTATAAG 946
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 736 AC-AAAAGAAATAGGTTCATTGTGCGCCTCTCGGAGAATGAGAAATCAGAAGACTATAAG 794
Query 947 ATAATGGAGAAAGTACTGACAGTGTACTTCTTGTCGACTGAGATTCCAGTCTGGCTCCTG 1006
| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 795 AAAAGGGAGAAAGTACTGACAGTGTACTTCTTGTCGACTGAGATTCCAGTCTGGCTCCTG 854
Query 1007 TTCTTTGCGTTGGGTGTTTCATCAGACAAAGAAGCCATGGATCTAATTGCTTTCGATGGT 1066
||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||| |||| |||||||| ||||||
Sbjct 855 TTCTTTGCGCTGGGTGTTTCGTCAGACAAAGAAGCCATGAATCTGATTGCTTTTGATGGT 914
Query 1067 GATGATGCAAGCATTACCAACAGTCTCATAGCTTCTATCCATGAAGCTGATGCAGTGTGT 1126
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 915 GATGATGCAAGCATTACCAACAGTCTCATAGCTTCTATCCATGAAGCTGATGCAGTTTGT 974
Query 1127 GAAGCTTTTCGCTGTGGGAACAATGCCCTAACATATGTTGAACATCAGATCAAA 1180
|||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||| |||||||||
Sbjct 975 GAAGCTTTTCGCTGTGGGAACAATGCTTTAAGTTATGTTGAACAGCAGATCAAA 1028
Score = 880 bits (476), Expect = 0.0
Identities = 509/525 (97%), Gaps = 2/525 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 3179 AGGGCCGGCTTTTCAAGATGGGGAAACGAAAGGGTCTACAATGGTAGATCGGGTGAGATG 3238
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1035 AGGGCCGGCTTTTCAAGATGGGGAAACGAAAGGGTCTACAATGGTAGATCGGGTGAGATG 1094
Query 3239 ATGCGCTCTCTGATATTCATGGGCCCAACTTTCTACCAGCGACTTGTCCACATGTCAGAG 3298
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1095 ATGCGTTCTCTGATATTCATGGGCCCAACTTTCTACCAGCGACTTGTCCACATGTCAGAG 1154
Query 3299 AACAAAGTCAAGTTCAGGAACACCGGACCAGTCCACCCGCTCACACGCCAGCCAGTCGCA 3358
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1155 GACAAAGTCAAGTTCAGGAACACCGGACCAGTCCACCCGCTCACACGCCAGCCAGTCGCA 1214
Query 3359 GACCGGAAGAGGTTTGGCGGGATAAGATTTGGAGAAATGGAGCGAGACTGCCTAATAGCT 3418
||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1215 GACAGGAAGAGGTTTGGCGGGATAAGGTTTGGAGAAATGGAGCGAGACTGCCTAATAGCT 1274
Query 3419 CACGGTGCATCCGCTAATCTGCACGAGCGGCTCTTCACTCTAAGTGACTCTTCTCAGATG 3478
||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1275 CACGGTGCATCTGCTAATCTGCACGAGCGTCTCTTCACTCTAAGTGACTCTTCTCAGATG 1334
Query 3479 CACATCTGCAGAAAATGCAAGACCTATGCGAATGTGATCGAGAGGACTCCAAGCAGTGGA 3538
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1335 CACATCTGCAGAAAATGTAAGACCTATGCGAATGTGATCGAGAGGACTCCAAGCAGTGGA 1394
Query 3539 AGAAAGATCAGAGGGCCATATTGCAGAGTGTGCGCATCCTCCGACCATGTGGTTAGGGTC 3598
||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||
Sbjct 1395 AGAAAGATCAGAGGGCCATATTGTAGAGTCTGCGCATCCTCAGACCATGTGGTTAGAGTC 1454
Query 3599 TATGTTCCTTATGGAGCTAAGCTTCTTTGTCAGGAGCTGTTCAGCATGGGCATTACTCTC 3658
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1455 TATGTTCCTTATGGAGCTAAGCTTCTGTGTCAGGAGCTGTTCAGCATGGGCATCACTCTC 1514
Query 3659 AACTTCGACACCAAGCTCTGCTGATT-CCCCGTCATTATTATGTA 3702
|||||||||||||||||||||||||| |||| || ||||||||||
Sbjct 1515 AACTTCGACACCAAGCTCTGCTGATTACCCC-TCTTTATTATGTA 1558
> Ahg946817 jgi|Araly1|946817|scaffold_703046.1
Length=336
Score = 233 bits (126), Expect = 6e-60
Identities = 145/154 (94%), Gaps = 1/154 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 2318 CAGAAGCATTGCCAACAAGCCATCGGATTCTCATCAACGAACCCTAACATCCGCTGCGAT 2377
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 176 CAGAAGCATTGCCAACAAGCCATTGGATTCTCATCAACGAATCCTAACATCCGCTGCGAT 235
Query 2378 ACGCTGTCCCAGCAGCTGTTCTATCCCCAAAAGCCACTTTTCAAGACATTGGCGTCAGAG 2437
||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 236 ACGCTGTCCCAGCAGCTGTTCTATCCC-AGAAGCCACTTTTCAAGACATTGGCGTCGGAG 294
Query 2438 TGTCTTGAAAAAGAAGTTCTATTTAATGGCCAGA 2471
|||||| |||||||||| | |||||||||||||
Sbjct 295 TGTCTTAAAAAAGAAGTGATGTTTAATGGCCAGA 328
> Ahg897537 jgi|Araly1|897537|Al_scaffold_0005_1503
Length=1227
Score = 106 bits (57), Expect = 1e-21
Identities = 64/67 (96%), Gaps = 1/67 (1%)
Strand=Plus/Minus
Query 2360 CCTAACATCCGCTGCGATACGCTGTCCCAGCAGCTGTTCTATCCCCAAAAGCCACTTTTC 2419
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||
Sbjct 66 CCTAACATCCGCTGCGATACGCTGTCCCAGCAGCTGTTCTATCCC-AGAAGCCACTTTTG 8
Query 2420 AAGACAT 2426
|||||||
Sbjct 7 AAGACAT 1
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 140356329224
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5