BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= AT3G19870.1 Length=3477 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg318738 jgi|Araly1|318738|fgenesh1_pm.C_scaffold_3001754 4772 0.0 > Ahg318738 jgi|Araly1|318738|fgenesh1_pm.C_scaffold_3001754 Length=3357 Score = 4772 bits (2584), Expect = 0.0 Identities = 2733/2807 (97%), Gaps = 2/2807 (0%) Strand=Plus/Plus Query 556 CGGAGAGAACTCACGCCGTGCAAGCTTATCTTCTCTTGTTCACCACAATTGTCTACAATG 615 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| Sbjct 551 CGGAGAGAACTCACGCCGTGCAAGCTTATCTTCTCTTGTTCACTACAATTGTCTACAATG 610 Query 616 TGGTTAATCAGAAGCTTAAGGTTTCACTTCTTAGTACCTCTGTACCTTTGGTGCCTTTTA 675 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 611 TGGTTAATCAGAAGCTTAAGGTTTCACTTCTTAGTACCTCTGTACCTTTGGTGCCTTTTA 670 Query 676 ATGCTCCTAATTGGATGCGTGATGAGAGTTCGATTATGAGTCAAGGTCAAGGGTTGGGGC 735 ||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||| |||||||||||||||| Sbjct 671 ATGCTCCTAATTGGATGCGTGATCAGAGTTTGATTATGAGTCATGGTCAAGGGTTGGGGC 730 Query 736 CAGATCAGAAGGAACTGAGACGAACATTGGCTTTTATGTTGGAATCTCCGTATTTGTTTA 795 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | Sbjct 731 CAGATCAGAAGGAACTGAGACGAACATTGGCTTTTATGTTGGAATCTCCGTATTTGTTCA 790 Query 796 CTTCTTGTGCTATGATGGAATTTATGGGTATGGTTGTGCCACTTGCATCGGCGTTGGAGT 855 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| Sbjct 791 CGTCTTGTGCTATGATGGAATTTATGGGTATGGTTGTGCCACTTGCATCGGCTTTGGAGT 850 Query 856 TACAGGCTTCTATGTTGAAAGTTCAGTTCTTGGGGATGATTTATTCGTTTGATCCAATGC 915 ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 851 TACAGGCCTCTATGTTGAAAGTTCAGTTCTTGGGGATGATTTATTCGTTTGATCCAATGC 910 Query 916 TTTGTCATGTTGTCTTGCTTATGTATTCTCGGTTCCCTGATGCGTTTGAGGGACAAGAGA 975 |||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 911 TTTGTCATGTTGTCTTGCTTGTGTATTCTCAGTTCCCTGATGCGTTTGAGGGACAAGAGA 970 Query 976 AAGAGATCATGAGACGTCTTATGCTCTTTTCAAAGGAGACTCAGATCTATCTTGTTTTCC 1035 ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 971 AAGAGATCATGAGACGTCTTATGCTCTTTTCCAAGGAGACTCAGATCTATCTTGTTTTCC 1030 Query 1036 GTTTGCTTGCGCTGCACTGGTTAATGGGTTTGTTGAATAAGCATATGTTGAGTGGGGAGC 1095 | ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| Sbjct 1031 GCTTGCTTGCGCTACACTGGTTAATGGGTTTGTTGAATAAGCTTATGTTGAGTGGGGAGC 1090 Query 1096 TTGAGAAGAGGACATCTGTTCTTGAGATGGGTCAGAAGTTTCATCCTGTCGTTTTTGATC 1155 |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1091 TTGAGAAGAGGAAATCTGTTCTTGAGATGGGTCAGAAGTTTCATCCTGTCGTTTTTGATC 1150 Query 1156 CACTCGCTTTGAAAGCGTTGAAGCTTGATCTGCTGGTACAATGCTCTGTGAGTTCCAACG 1215 ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||| | Sbjct 1151 CACTCGCTTTGAAAGCGTTGAAGCTTGATTTGCTGGTACAATGCTCTGTTAGTTCCAATG 1210 Query 1216 CTTTGAGTGGAGGTGATAACAGTAAATCTGCTGGGGATTTGTTGCAGGACTGCTTGGTAT 1275 ||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||| ||||||||||||||||||||| Sbjct 1211 CTTTGAGTGGAGGTGATAACAGTAAGTCTGCTGGAGATCTGTTGCAGGACTGCTTGGTAT 1270 Query 1276 CGGTTTCGGATTTCAAATGGTTGCCTCCATGGAGCTCAGAAACTGAACTAGCATTCCGCA 1335 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1271 CTGTTTCGGATTTCAAATGGTTGCCTCCATGGAGCTCAGAAACTGAACTAGCATTCCGCA 1330 Query 1336 CTTTACACAAGTTTCTGATATGTGCATCTACACATTCCGACTCTGACCCTTCCACCACTA 1395 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1331 CTTTACACAAGTTTCTGATATGTGCATCTACACATTCCGACTCTGACCCTTCCACCACTA 1390 Query 1396 GAATCCTTATGGAGTCTAGCCTCTTCCAAAACGTGCAGGGGTTGCTGGTAGACATGACTT 1455 ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| Sbjct 1391 GAAGCCTTATGGAGTCTAGCCTCTTCCAAAACGTGCAGGGGTTGCTAGTAGACATGACTT 1450 Query 1456 TGGAGTTTCAAATCTTGGTCCCTGTTATTGTGGCTTTTATTGAGCGGTTGATTCACTGTC 1515 ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||| Sbjct 1451 TGGAGTTTCAAATCTTGGTCCCTGTTATTGTAGCTTTTATTGAGCGGTTGATACACTGTC 1510 Query 1516 ACAAGCATCAGTGGTTAGGAGAGCGGTTTCTTCAGATAGTCGATGAGAATCTGCTTCCCA 1575 |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| Sbjct 1511 ACAAGCATCAGTGGTTAGGAGAGCGGTTTCTTCAGACAGTCGATGAGAATCTGCTTCCCA 1570 Query 1576 AACTTAAGaaaaaaaaCTTATTAACAGCTTACTTCCCGCTTTTCCATCGAATAGCCGAGA 1635 ||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| Sbjct 1571 AACTTAAGAAAAACAATTTATTAACAGCTTACTTCCCGCTTTTCCATCGGATAGCCGAGA 1630 Query 1636 ATGATACAATACCTCCTTCTCGATTGATAGAGCTGCTTACGAAGTTTGTAATTTCACTTG 1695 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1631 ATGATACAATACCTCCTTCTCGATTGATAGAGCTGCTTACGAAGTTTGTAATTTCACTTG 1690 Query 1696 TTGAGAAGCGCGGACTTGATGTGGGGTTGAAATTGTGGGATCAAGGAACTGAAGTTCTTG 1755 ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1691 TTGAGAAGCGCGGGTTTGATGTGGGGTTGAAATTGTGGGATCAAGGAACTGAAGTTCTTG 1750 Query 1756 GCATCTGTCGAACATTGATGAGTCACCATAAGAGCTCTAGATTATTTCTCGGACTCTCTC 1815 |||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| Sbjct 1751 GCATTTGTCGAACACTGATGAGTCACCATAAGAGCTCTAGATTATTTCTTGGACTCTCTC 1810 Query 1816 GCCTTCTTTCCCTCACATGTCTCTATTTCCCTGATCTGGAGGTCCGAGACAATGCTAGGA 1875 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1811 GCCTTCTTTCCCTCACATGTCTCTATTTCCCTGATCTGGAGGTCCGAGACAATGCTAGGA 1870 Query 1876 TATATCTGAGGATGCTGGTCTGTATACCAGGACAGAGAATTAAGAACATTTTGAAGCCGG 1935 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | Sbjct 1871 TATATCTGAGGATGCTGGTCTGTATACCAGGACAGAGAATTAAGAACATTTTGAAGCCCG 1930 Query 1936 CAGATGCTGTCACTCCATCAACCCATTCTTCTACATTTTTTAGTGTTCAAAGTCCTCGTT 1995 ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| Sbjct 1931 CAGATGCTGTCTCTCCATCAACCCATTCTTCTACATTCTTTAGTGTTCAAAGTCCTCGTT 1990 Query 1996 TTCGTCATGATCCTAGTAAATCTCGGAACCTTTCATCCTATATTCATCTTGAACGGGTTA 2055 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1991 TTCGTCATGATCCTAGTAAATCTCGGAACCTTTCATCCTATATTCATCTTGAACGGGTTA 2050 Query 2056 CGCCCCTACTCGTGAAACAGTCATGGTCATTGTCTCTACCATCTCTAAGTGTTGGAACTG 2115 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2051 CGCCCCTACTCGTGAAACAGTCATGGTCATTGTCTCTACCATCTCTAAGTGTTGGAACTG 2110 Query 2116 ATGGATATAGCATTATAGAAAACAAAATCCAGGTAGATGAAGTTGAGCCGGATGGCAGTC 2175 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2111 ATGGATATAGCATTATAGAAAACAAAATCCAGGTAGATGAAGTTGAGCCGGATGGCAGTC 2170 Query 2176 AAGAACTTCAGATTTTGCCAGAAGCTCGAAGAATTGAATCAGGAAAACCTACGTTAAGGG 2235 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2171 AAGAACTTCAGATTTTGCCAGAAGCTCGAAGAATTGAATCAGGAAAACCTACGTTAAGGG 2230 Query 2236 TAATGGACTCAAAGATTGCAGAGATTCTAGAAAGATTAAGAAGATATTTCTCTGTGATTC 2295 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2231 TAATGGACTCAAAGATTGCAGAGATTCTAGAAAGATTAAGAAGATATTTCTCTGTGATTC 2290 Query 2296 CTGATTTCAAACACATGCCAGGAATTAAGGTTAGAATAACGTGTACTTTGAGATTGGATG 2355 ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2291 CTGATTTCAAACACATGCCTGGAATTAAGGTTAGAATAACGTGTACTTTGAGATTGGATG 2350 Query 2356 CTGAACCATATAGCAGTATATGGGGAAGTGAAACTCAGAAAATCGATTTAGAGAAAGTCG 2415 ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| | Sbjct 2351 CTGAACCATATAGCAGTATATGGGGAAGTGAAAGTCAGAAAATCGATTTAGAGAAAGTTG 2410 Query 2416 ACTCACCTCCTGCGATTTTCGCGACGGTGCTCAAATTCTCATCTTCAGCCCCTTATGGCT 2475 | ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||||| Sbjct 2411 ATTCACCTCCTGCGATTTTCGCGACCGTACTCAAATTCTCATCTTCAGCCCCGTATGGCT 2470 Query 2476 CTATTCCCTCATGTCGCATACCTTTCCTTCTCGGTGAGCCTCATTGGAACAGCAATGTAC 2535 |||||| |||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2471 CTATTCACTCATGCCGCATACCTTTCCTTCTTGGTGAGCCTCATTGGAACAGCAATGTAC 2530 Query 2536 CCAATGAAGAAGTTTCTTTAGACATTGTCGTGGTAGAAAACACACTGAAAGAGGAGGAAA 2595 ||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2531 CCAATGAAGAAGTTTCTTTAGACATCGTCCTGGTAGAAAACACACTGAAAGAGGAGGAAA 2590 Query 2596 AAGATGGCTTGAGAGGAGCACCTGTAACAGTGGAACTGGAACCTAGAGAACCTACACCAG 2655 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2591 AAGATGGCTTGAGAGGAGCACCTGTAACAGTGGAACTGGAACCTAGAGAACCTACACCAG 2650 Query 2656 GTTTGGTCGAGGTTTCAATGGAAGCAAATGCAGAGAATGGTCAGATGATTCAGGGAAAAC 2715 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| Sbjct 2651 GTTTGGTCGAGGTTTCAATGGAAGCAAATGCAGAGAATGGTCAGGTGATTCAGGGAAAAC 2710 Query 2716 TCGAGAGTGTCCCTGTGGGGATTGAAGACATGTTCCTAAAAGCTCTTGCTCCACCGGACG 2775 |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| Sbjct 2711 TCGAGAGTGTCCCTGTGGGGATCGAAGACATGTTCCTAAAAGCTCTTGCTCCACTGGACG 2770 Query 2776 AACCTGAAGATACAATACCGAGCTACTACTCAGATCTATTCAATGCTTTGTGGGAAGTGT 2835 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2771 AACCTGAAGATACAATACCGAGCTACTACTCAGATCTATTCAATGCTTTGTGGGAAGTGT 2830 Query 2836 GTGGTTCTTCGTCCAGCACTGCACACGAAACATTTGCACTAAAAGGTGGCAAAATGGCTG 2895 |||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| Sbjct 2831 GTGGTTCTTCATCCAGCACCGCACACGAAACATTTGCACTAAAAGGTGGCAAAACGGCTG 2890 Query 2896 CAGCAGTCAGCGGGACTCGGTCAGTAAAACTGCTTGAAGTCCCTGCGGAAACTGTAATAC 2955 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2891 CAGCAGTCAGCGGGACTCGGTCAGTAAAACTGCTTGAAGTCCCTGCGGAAACTGTAATAC 2950 Query 2956 AGGCCACTGAGCTTCGTTTAGCGCCCTTTGTGGTGGCTATCAGTGGAGAACAGCTTGTAA 3015 |||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||| Sbjct 2951 AGGCCACTGAGCTTCGCTTAGCGCCCTTTGTTGTGGCTATCAGCGGAGAACAGCTTGTAA 3010 Query 3016 ACATTGTAAGAGACGGAGGAATTATTGAGAACATTGTGTGGAAGGAAGAGGAAGAAGAAC 3075 |||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 3011 ACATTGTAAGAGACGGAGGAATCATCGAGAACATTGTGTGGAAGGAAGAGGAAGAAGAAC 3070 Query 3076 AAGGGGATCACACAAATGCGGACCAGCCTTCTTCATCCTCGGTGGGATTAAACCGAGGCC 3135 ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 3071 AAGGGGATCACGCAAATGCGGACCAGTCTTCTTCATCCTCGGTGGGATTAAACCGAGGCC 3130 Query 3136 CTCTTCGTCTGACATACATTGGATATGGAGATGACCAAGAGGTTCCGATGACGAGAAGTA 3195 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || | Sbjct 3131 CTCTTCGTCTGACATACATTGGATATGGAGATGACCAAGAGGTTCCGATGACGAGGAGCA 3190 Query 3196 GGGGGAAAATGGGAACGATAAAGATGCTGATGTTTCTGCCGCCAAGATATCATCTAATGT 3255 | ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| || || ||||||||||| |||| Sbjct 3191 GAGGGAAAATGGGAAAGATAAAGATGCTGATGTTTCTTCCTCCGAGATATCATCTGATGT 3250 Query 3256 TTGAAATGGAAGTTGG-GCAAGGATCGACATTGGTGCATATAAGAACAGATTATTGGCCT 3314 |||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 3251 TTGAAATGGAAGTTGGTG-AAGGATCGACATTGGTGCATATAAGAACAGATTATTGGCCT 3309 Query 3315 TGCTTAGCTTATGTTGATGATTACTTAGAAGCTTTGTTTTTGTAATA 3361 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| Sbjct 3310 TGCTTAGCTTATGTTGATGATTACTTAGAAGCTTTGTTTTTGCAATA 3356 Score = 739 bits (400), Expect = 0.0 Identities = 447/470 (95%), Gaps = 2/470 (0%) Strand=Plus/Plus Query 87 ATGACCACGACGACGCCGGAGAAGACTCCGGCGAGACCTCTCTCTATCCAAGATTGGGAC 146 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| Sbjct 1 ATGACCACGACGACGCCGGAGAAGACTCCGGCGAGACCTCTCTCTATCCATGATTGGGAC 60 Query 147 GTTCTCATCGACGACTTCCGCGACGCCGGCGCTCCTCGCGACTGGTTCACTTCCGTTTTC 206 |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 61 GTTCTCATCGACGACTTCCGAGACGCCGGCGCTCCTCGCGACTGGTTCACTTCCGTTTTC 120 Query 207 CAGATTGATTCTCTGGTGGACTTCGCTCTCTCGTCTCTCCTCAAAAAAGACTTCCCTACA 266 ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| Sbjct 121 CAGATTGATTCTCTGGTAGACTTCGCTCTCTCGTCTCTCCTCAAGAAAGACTTTCCTACG 180 Query 267 CCAGTGAAGCTCTCAATCCTAGTCTTTCTCGATGAATTTTCCCCGATTTTGTTTGATAAT 326 || ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| Sbjct 181 CCGGTGAAGCTCTCAATCCTTGTCTTTCTCGACGAATTTTCCCCGATTTTGTTTGATAAA 240 Query 327 TGTGGTAGCGATACCTTTGATCGCTTCATCGATGTTCTCCG-GACGATCGTGCAATCTCC 385 ||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||| | |||| || |||||||| Sbjct 241 TGTGGTAACGACACCTTTGATCGCTTCATCGATGTTCTCCGTG-CGATTGTACAATCTCC 299 Query 386 AACTGATGGATCGTCAGGATTGAAAGAGCAAGCTATGGTCTCTTTCACGTCTGTGCTTGT 445 ||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| Sbjct 300 GACTGATGGATCTTCCGGATTTAAAGAGCAAGCTATGGTTTCTTTCACGTCTGTGCTTGT 359 Query 446 ATCGATTGATTCTTTCTCTGTAGGTCACGTTGAAGCAGTTGTTGATTTGCTTCTTGCGCT 505 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| Sbjct 360 ATCGATTGATTCTTTCTCTGTAGGTCACGTTGAAGCAGTTGTTGATTTACTTCTTGCGCT 419 Query 506 CGTTAATCGTCCTAACCACGGATTTGATCGACAAGCTCGTGCTATCGCCT 555 ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 420 CGTTAATCGTCCTAACCACGGCTTTGATCGACAAGCTCGTGCTATCGCCT 469 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 131298626850 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5