BLASTN 2.2.26+


Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.



Database: halleri_transcript_ahg.fa
           32,672 sequences; 38,939,717 total letters



Query= AT3G19870.1

Length=3477
                                                                      Score     E
Sequences producing significant alignments:                          (Bits)  Value

  Ahg318738 jgi|Araly1|318738|fgenesh1_pm.C_scaffold_3001754          4772    0.0  


> Ahg318738 jgi|Araly1|318738|fgenesh1_pm.C_scaffold_3001754
Length=3357

 Score = 4772 bits (2584),  Expect = 0.0
 Identities = 2733/2807 (97%), Gaps = 2/2807 (0%)
 Strand=Plus/Plus

Query  556   CGGAGAGAACTCACGCCGTGCAAGCTTATCTTCTCTTGTTCACCACAATTGTCTACAATG  615
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct  551   CGGAGAGAACTCACGCCGTGCAAGCTTATCTTCTCTTGTTCACTACAATTGTCTACAATG  610

Query  616   TGGTTAATCAGAAGCTTAAGGTTTCACTTCTTAGTACCTCTGTACCTTTGGTGCCTTTTA  675
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  611   TGGTTAATCAGAAGCTTAAGGTTTCACTTCTTAGTACCTCTGTACCTTTGGTGCCTTTTA  670

Query  676   ATGCTCCTAATTGGATGCGTGATGAGAGTTCGATTATGAGTCAAGGTCAAGGGTTGGGGC  735
             ||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct  671   ATGCTCCTAATTGGATGCGTGATCAGAGTTTGATTATGAGTCATGGTCAAGGGTTGGGGC  730

Query  736   CAGATCAGAAGGAACTGAGACGAACATTGGCTTTTATGTTGGAATCTCCGTATTTGTTTA  795
             |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct  731   CAGATCAGAAGGAACTGAGACGAACATTGGCTTTTATGTTGGAATCTCCGTATTTGTTCA  790

Query  796   CTTCTTGTGCTATGATGGAATTTATGGGTATGGTTGTGCCACTTGCATCGGCGTTGGAGT  855
             | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct  791   CGTCTTGTGCTATGATGGAATTTATGGGTATGGTTGTGCCACTTGCATCGGCTTTGGAGT  850

Query  856   TACAGGCTTCTATGTTGAAAGTTCAGTTCTTGGGGATGATTTATTCGTTTGATCCAATGC  915
             ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  851   TACAGGCCTCTATGTTGAAAGTTCAGTTCTTGGGGATGATTTATTCGTTTGATCCAATGC  910

Query  916   TTTGTCATGTTGTCTTGCTTATGTATTCTCGGTTCCCTGATGCGTTTGAGGGACAAGAGA  975
             |||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  911   TTTGTCATGTTGTCTTGCTTGTGTATTCTCAGTTCCCTGATGCGTTTGAGGGACAAGAGA  970

Query  976   AAGAGATCATGAGACGTCTTATGCTCTTTTCAAAGGAGACTCAGATCTATCTTGTTTTCC  1035
             ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  971   AAGAGATCATGAGACGTCTTATGCTCTTTTCCAAGGAGACTCAGATCTATCTTGTTTTCC  1030

Query  1036  GTTTGCTTGCGCTGCACTGGTTAATGGGTTTGTTGAATAAGCATATGTTGAGTGGGGAGC  1095
             | ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct  1031  GCTTGCTTGCGCTACACTGGTTAATGGGTTTGTTGAATAAGCTTATGTTGAGTGGGGAGC  1090

Query  1096  TTGAGAAGAGGACATCTGTTCTTGAGATGGGTCAGAAGTTTCATCCTGTCGTTTTTGATC  1155
             |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  1091  TTGAGAAGAGGAAATCTGTTCTTGAGATGGGTCAGAAGTTTCATCCTGTCGTTTTTGATC  1150

Query  1156  CACTCGCTTTGAAAGCGTTGAAGCTTGATCTGCTGGTACAATGCTCTGTGAGTTCCAACG  1215
             ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||| |
Sbjct  1151  CACTCGCTTTGAAAGCGTTGAAGCTTGATTTGCTGGTACAATGCTCTGTTAGTTCCAATG  1210

Query  1216  CTTTGAGTGGAGGTGATAACAGTAAATCTGCTGGGGATTTGTTGCAGGACTGCTTGGTAT  1275
             ||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||| |||||||||||||||||||||
Sbjct  1211  CTTTGAGTGGAGGTGATAACAGTAAGTCTGCTGGAGATCTGTTGCAGGACTGCTTGGTAT  1270

Query  1276  CGGTTTCGGATTTCAAATGGTTGCCTCCATGGAGCTCAGAAACTGAACTAGCATTCCGCA  1335
             | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  1271  CTGTTTCGGATTTCAAATGGTTGCCTCCATGGAGCTCAGAAACTGAACTAGCATTCCGCA  1330

Query  1336  CTTTACACAAGTTTCTGATATGTGCATCTACACATTCCGACTCTGACCCTTCCACCACTA  1395
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  1331  CTTTACACAAGTTTCTGATATGTGCATCTACACATTCCGACTCTGACCCTTCCACCACTA  1390

Query  1396  GAATCCTTATGGAGTCTAGCCTCTTCCAAAACGTGCAGGGGTTGCTGGTAGACATGACTT  1455
             ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct  1391  GAAGCCTTATGGAGTCTAGCCTCTTCCAAAACGTGCAGGGGTTGCTAGTAGACATGACTT  1450

Query  1456  TGGAGTTTCAAATCTTGGTCCCTGTTATTGTGGCTTTTATTGAGCGGTTGATTCACTGTC  1515
             ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct  1451  TGGAGTTTCAAATCTTGGTCCCTGTTATTGTAGCTTTTATTGAGCGGTTGATACACTGTC  1510

Query  1516  ACAAGCATCAGTGGTTAGGAGAGCGGTTTCTTCAGATAGTCGATGAGAATCTGCTTCCCA  1575
             |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct  1511  ACAAGCATCAGTGGTTAGGAGAGCGGTTTCTTCAGACAGTCGATGAGAATCTGCTTCCCA  1570

Query  1576  AACTTAAGaaaaaaaaCTTATTAACAGCTTACTTCCCGCTTTTCCATCGAATAGCCGAGA  1635
             ||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct  1571  AACTTAAGAAAAACAATTTATTAACAGCTTACTTCCCGCTTTTCCATCGGATAGCCGAGA  1630

Query  1636  ATGATACAATACCTCCTTCTCGATTGATAGAGCTGCTTACGAAGTTTGTAATTTCACTTG  1695
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  1631  ATGATACAATACCTCCTTCTCGATTGATAGAGCTGCTTACGAAGTTTGTAATTTCACTTG  1690

Query  1696  TTGAGAAGCGCGGACTTGATGTGGGGTTGAAATTGTGGGATCAAGGAACTGAAGTTCTTG  1755
             |||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  1691  TTGAGAAGCGCGGGTTTGATGTGGGGTTGAAATTGTGGGATCAAGGAACTGAAGTTCTTG  1750

Query  1756  GCATCTGTCGAACATTGATGAGTCACCATAAGAGCTCTAGATTATTTCTCGGACTCTCTC  1815
             |||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct  1751  GCATTTGTCGAACACTGATGAGTCACCATAAGAGCTCTAGATTATTTCTTGGACTCTCTC  1810

Query  1816  GCCTTCTTTCCCTCACATGTCTCTATTTCCCTGATCTGGAGGTCCGAGACAATGCTAGGA  1875
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  1811  GCCTTCTTTCCCTCACATGTCTCTATTTCCCTGATCTGGAGGTCCGAGACAATGCTAGGA  1870

Query  1876  TATATCTGAGGATGCTGGTCTGTATACCAGGACAGAGAATTAAGAACATTTTGAAGCCGG  1935
             |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct  1871  TATATCTGAGGATGCTGGTCTGTATACCAGGACAGAGAATTAAGAACATTTTGAAGCCCG  1930

Query  1936  CAGATGCTGTCACTCCATCAACCCATTCTTCTACATTTTTTAGTGTTCAAAGTCCTCGTT  1995
             ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct  1931  CAGATGCTGTCTCTCCATCAACCCATTCTTCTACATTCTTTAGTGTTCAAAGTCCTCGTT  1990

Query  1996  TTCGTCATGATCCTAGTAAATCTCGGAACCTTTCATCCTATATTCATCTTGAACGGGTTA  2055
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  1991  TTCGTCATGATCCTAGTAAATCTCGGAACCTTTCATCCTATATTCATCTTGAACGGGTTA  2050

Query  2056  CGCCCCTACTCGTGAAACAGTCATGGTCATTGTCTCTACCATCTCTAAGTGTTGGAACTG  2115
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  2051  CGCCCCTACTCGTGAAACAGTCATGGTCATTGTCTCTACCATCTCTAAGTGTTGGAACTG  2110

Query  2116  ATGGATATAGCATTATAGAAAACAAAATCCAGGTAGATGAAGTTGAGCCGGATGGCAGTC  2175
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  2111  ATGGATATAGCATTATAGAAAACAAAATCCAGGTAGATGAAGTTGAGCCGGATGGCAGTC  2170

Query  2176  AAGAACTTCAGATTTTGCCAGAAGCTCGAAGAATTGAATCAGGAAAACCTACGTTAAGGG  2235
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  2171  AAGAACTTCAGATTTTGCCAGAAGCTCGAAGAATTGAATCAGGAAAACCTACGTTAAGGG  2230

Query  2236  TAATGGACTCAAAGATTGCAGAGATTCTAGAAAGATTAAGAAGATATTTCTCTGTGATTC  2295
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  2231  TAATGGACTCAAAGATTGCAGAGATTCTAGAAAGATTAAGAAGATATTTCTCTGTGATTC  2290

Query  2296  CTGATTTCAAACACATGCCAGGAATTAAGGTTAGAATAACGTGTACTTTGAGATTGGATG  2355
             ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  2291  CTGATTTCAAACACATGCCTGGAATTAAGGTTAGAATAACGTGTACTTTGAGATTGGATG  2350

Query  2356  CTGAACCATATAGCAGTATATGGGGAAGTGAAACTCAGAAAATCGATTTAGAGAAAGTCG  2415
             ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |
Sbjct  2351  CTGAACCATATAGCAGTATATGGGGAAGTGAAAGTCAGAAAATCGATTTAGAGAAAGTTG  2410

Query  2416  ACTCACCTCCTGCGATTTTCGCGACGGTGCTCAAATTCTCATCTTCAGCCCCTTATGGCT  2475
             | ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct  2411  ATTCACCTCCTGCGATTTTCGCGACCGTACTCAAATTCTCATCTTCAGCCCCGTATGGCT  2470

Query  2476  CTATTCCCTCATGTCGCATACCTTTCCTTCTCGGTGAGCCTCATTGGAACAGCAATGTAC  2535
             |||||| |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  2471  CTATTCACTCATGCCGCATACCTTTCCTTCTTGGTGAGCCTCATTGGAACAGCAATGTAC  2530

Query  2536  CCAATGAAGAAGTTTCTTTAGACATTGTCGTGGTAGAAAACACACTGAAAGAGGAGGAAA  2595
             ||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  2531  CCAATGAAGAAGTTTCTTTAGACATCGTCCTGGTAGAAAACACACTGAAAGAGGAGGAAA  2590

Query  2596  AAGATGGCTTGAGAGGAGCACCTGTAACAGTGGAACTGGAACCTAGAGAACCTACACCAG  2655
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  2591  AAGATGGCTTGAGAGGAGCACCTGTAACAGTGGAACTGGAACCTAGAGAACCTACACCAG  2650

Query  2656  GTTTGGTCGAGGTTTCAATGGAAGCAAATGCAGAGAATGGTCAGATGATTCAGGGAAAAC  2715
             |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct  2651  GTTTGGTCGAGGTTTCAATGGAAGCAAATGCAGAGAATGGTCAGGTGATTCAGGGAAAAC  2710

Query  2716  TCGAGAGTGTCCCTGTGGGGATTGAAGACATGTTCCTAAAAGCTCTTGCTCCACCGGACG  2775
             |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct  2711  TCGAGAGTGTCCCTGTGGGGATCGAAGACATGTTCCTAAAAGCTCTTGCTCCACTGGACG  2770

Query  2776  AACCTGAAGATACAATACCGAGCTACTACTCAGATCTATTCAATGCTTTGTGGGAAGTGT  2835
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  2771  AACCTGAAGATACAATACCGAGCTACTACTCAGATCTATTCAATGCTTTGTGGGAAGTGT  2830

Query  2836  GTGGTTCTTCGTCCAGCACTGCACACGAAACATTTGCACTAAAAGGTGGCAAAATGGCTG  2895
             |||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct  2831  GTGGTTCTTCATCCAGCACCGCACACGAAACATTTGCACTAAAAGGTGGCAAAACGGCTG  2890

Query  2896  CAGCAGTCAGCGGGACTCGGTCAGTAAAACTGCTTGAAGTCCCTGCGGAAACTGTAATAC  2955
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  2891  CAGCAGTCAGCGGGACTCGGTCAGTAAAACTGCTTGAAGTCCCTGCGGAAACTGTAATAC  2950

Query  2956  AGGCCACTGAGCTTCGTTTAGCGCCCTTTGTGGTGGCTATCAGTGGAGAACAGCTTGTAA  3015
             |||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct  2951  AGGCCACTGAGCTTCGCTTAGCGCCCTTTGTTGTGGCTATCAGCGGAGAACAGCTTGTAA  3010

Query  3016  ACATTGTAAGAGACGGAGGAATTATTGAGAACATTGTGTGGAAGGAAGAGGAAGAAGAAC  3075
             |||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  3011  ACATTGTAAGAGACGGAGGAATCATCGAGAACATTGTGTGGAAGGAAGAGGAAGAAGAAC  3070

Query  3076  AAGGGGATCACACAAATGCGGACCAGCCTTCTTCATCCTCGGTGGGATTAAACCGAGGCC  3135
             ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  3071  AAGGGGATCACGCAAATGCGGACCAGTCTTCTTCATCCTCGGTGGGATTAAACCGAGGCC  3130

Query  3136  CTCTTCGTCTGACATACATTGGATATGGAGATGACCAAGAGGTTCCGATGACGAGAAGTA  3195
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |
Sbjct  3131  CTCTTCGTCTGACATACATTGGATATGGAGATGACCAAGAGGTTCCGATGACGAGGAGCA  3190

Query  3196  GGGGGAAAATGGGAACGATAAAGATGCTGATGTTTCTGCCGCCAAGATATCATCTAATGT  3255
             | ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| || || ||||||||||| ||||
Sbjct  3191  GAGGGAAAATGGGAAAGATAAAGATGCTGATGTTTCTTCCTCCGAGATATCATCTGATGT  3250

Query  3256  TTGAAATGGAAGTTGG-GCAAGGATCGACATTGGTGCATATAAGAACAGATTATTGGCCT  3314
             |||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  3251  TTGAAATGGAAGTTGGTG-AAGGATCGACATTGGTGCATATAAGAACAGATTATTGGCCT  3309

Query  3315  TGCTTAGCTTATGTTGATGATTACTTAGAAGCTTTGTTTTTGTAATA  3361
             |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct  3310  TGCTTAGCTTATGTTGATGATTACTTAGAAGCTTTGTTTTTGCAATA  3356


 Score =  739 bits (400),  Expect = 0.0
 Identities = 447/470 (95%), Gaps = 2/470 (0%)
 Strand=Plus/Plus

Query  87   ATGACCACGACGACGCCGGAGAAGACTCCGGCGAGACCTCTCTCTATCCAAGATTGGGAC  146
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct  1    ATGACCACGACGACGCCGGAGAAGACTCCGGCGAGACCTCTCTCTATCCATGATTGGGAC  60

Query  147  GTTCTCATCGACGACTTCCGCGACGCCGGCGCTCCTCGCGACTGGTTCACTTCCGTTTTC  206
            |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  61   GTTCTCATCGACGACTTCCGAGACGCCGGCGCTCCTCGCGACTGGTTCACTTCCGTTTTC  120

Query  207  CAGATTGATTCTCTGGTGGACTTCGCTCTCTCGTCTCTCCTCAAAAAAGACTTCCCTACA  266
            ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| 
Sbjct  121  CAGATTGATTCTCTGGTAGACTTCGCTCTCTCGTCTCTCCTCAAGAAAGACTTTCCTACG  180

Query  267  CCAGTGAAGCTCTCAATCCTAGTCTTTCTCGATGAATTTTCCCCGATTTTGTTTGATAAT  326
            || ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| 
Sbjct  181  CCGGTGAAGCTCTCAATCCTTGTCTTTCTCGACGAATTTTCCCCGATTTTGTTTGATAAA  240

Query  327  TGTGGTAGCGATACCTTTGATCGCTTCATCGATGTTCTCCG-GACGATCGTGCAATCTCC  385
            ||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||| | |||| || ||||||||
Sbjct  241  TGTGGTAACGACACCTTTGATCGCTTCATCGATGTTCTCCGTG-CGATTGTACAATCTCC  299

Query  386  AACTGATGGATCGTCAGGATTGAAAGAGCAAGCTATGGTCTCTTTCACGTCTGTGCTTGT  445
             ||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct  300  GACTGATGGATCTTCCGGATTTAAAGAGCAAGCTATGGTTTCTTTCACGTCTGTGCTTGT  359

Query  446  ATCGATTGATTCTTTCTCTGTAGGTCACGTTGAAGCAGTTGTTGATTTGCTTCTTGCGCT  505
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct  360  ATCGATTGATTCTTTCTCTGTAGGTCACGTTGAAGCAGTTGTTGATTTACTTCTTGCGCT  419

Query  506  CGTTAATCGTCCTAACCACGGATTTGATCGACAAGCTCGTGCTATCGCCT  555
            ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  420  CGTTAATCGTCCTAACCACGGCTTTGATCGACAAGCTCGTGCTATCGCCT  469



Lambda     K      H
    1.33    0.621     1.12 

Gapped
Lambda     K      H
    1.28    0.460    0.850 

Effective search space used: 131298626850


  Database: halleri_transcript_ahg.fa
    Posted date:  Sep 25, 2014  2:02 AM
  Number of letters in database: 38,939,717
  Number of sequences in database:  32,672



Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5