BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= AT3G20200.1 Length=2854 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg479540 jgi|Araly1|479540|fgenesh2_kg.3__2241__AT3G20200.1 4252 0.0 > Ahg479540 jgi|Araly1|479540|fgenesh2_kg.3__2241__AT3G20200.1 Length=2797 Score = 4252 bits (2302), Expect = 0.0 Identities = 2670/2838 (94%), Gaps = 63/2838 (2%) Strand=Plus/Plus Query 8 AATTACTATGGCGGAGAATTCGCGGCTACGAGAGCTACGGAGACACAGATGATGAAagag 67 |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2 AATTACTATGGCGGAGAATTCGCGACTACGAGAGCTACGGAGACACAGATGAT------- 54 Query 68 agaaagagagagagagagagagagaATGTGAGGTTAAAATTATCCATTGTTGTTCTTCAG 127 || | |||||||||||||| | || ||||||||||||||||||||||| Sbjct 55 -----GA-A-AGAGAGAGAGAGAG---G-CCGG----AATTATCCATTGTTGTTCTTCAG 99 Query 128 TGCACCACTGAATCGAAGTTTTCTAATTTGGAGAAAGAGGATTTCTCAAAACCCCTAATT 187 | ||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||| ||| |||||||| Sbjct 100 TTCACCACTGAATCGAA-ATTTCTAATTTGGGGAAAGAGGATTTCTTGAAAGCCCTAATT 158 Query 188 TAGGAAGACCGCAGATTTCTTTAGTATTGAGAATGAGATTCTCC--G-AGA-AGATG--- 240 | |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | ||| ||| | Sbjct 159 TTGGAATACCGCAGATTTCTTTAGTATTGAGAATGAGATTTTCCAAGAAGACAGAGGCAA 218 Query 241 -GA----T-TAGTGAATCGAGAGGTTGATATCGTTAAATGCGGGGATTTTGCAATCTAGG 294 || | |||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||| Sbjct 219 AGATTGTTCTAGTGAATCGAGAGATTGATATCGTTAAATGCGGGGA-TTTGCAATCTAGG 277 Query 295 GTTCTTAAGCATTGTAATCGATGAAGGCTCAAAAGGGAAGCTCGAAGAAGAAAGGTACGA 354 |||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| || ||| Sbjct 278 GTTCTTAAGCTTTGTAATCGATGAAGGCCCAAAAGGGAAGCTCGAAGAAGAAAAGTGCGA 337 Query 355 ATTCTGGGTTAGTCGCTGTAGCAGTGGATAACAATAAAGGAAGCCAACATGCTCTCAAAT 414 ||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||| Sbjct 338 ATTCTGGGTTAGTCGCTGTAGCAGTTGATAATAACAAAGGAAGCCAACATGCTCTCAAAT 397 Query 415 GGGCTGCTGATCATCTTGTCTCTAAAGGACAAACCATTATCCTCCTCCATGTTATCCTTA 474 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 398 GGGCTGCTGATCATCTTGTCTCTAAAGGACAAACCATTATCCTCCTCCATGTTATCCTTA 457 Query 475 GGTCATCCTCTGATTCAGGTGAGATTACTGCAGAGAAACATAAGCAAGCTGAAAATCTTT 534 | ||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||| Sbjct 458 GATCACCCTCTGATTCAGGTGAGATTACTGCAGAAAAACATAAGCAAGCTGAGAATCTTT 517 Query 535 TTGTGACATTTCATTGCTACTGCAGTCGAAAAGAGATACAATGCCTTGATGTCACGCTTG 594 | |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 518 TCGTGACATTCCATTGCTACTGCAGTCGAAAAGAGATACAATGCCTTGATGTCACGCTTG 577 Query 595 AGGATGACAACATTGTCAAGTCCCTTGCGGAATATGTTTCCTCTGGTGTGATTGAGAATT 654 |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| Sbjct 578 AGGATGACAACATTGTCAAGTCCCTTGCTGAATATGTTTCCTCTGGCGTGATTGAGAATT 637 Query 655 TGATTCTTGGTGCTCCTTCGAGGCATGGATTCATGAGGAAATTTAAGATTTCTGATACAC 714 || |||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 638 TGGTTCTTGGTGCCCCTTCCAGGCATGGATTCATGAGGAAATTTAAGATTTCTGATACAC 697 Query 715 CGAGCAATGTAGCGAAAGCAGCACCTGATTTCTGTACAGTTTACGTTATTTCAAAAGGGA 774 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 698 CGAGCAATGTAGCGAAAGCAGCACCTGATTTCTGTACAGTTTACGTTATTTCAAAAGGGA 757 Query 775 AGATATCATCTGTCCGCCATGCCTCACGAGCTGCTCCATATCGGTCTCCGCTTATGGGTC 834 ||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| Sbjct 758 AGATATCATCTGTCCGCTATGCCTCACGAGCTGCCCCATATCGGTCTCCGCTTATGGGTC 817 Query 835 AGATTGAAAACCACTCTGAAATCATAAACTACGAAAAGTTCAGAAACACCATGAGCTTTA 894 ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||| Sbjct 818 AGATTGAAAACCACTCTGAAATCATTAACTACGAAAAGTTCAAAAACACCATGAGCTTTA 877 Query 895 GAGATAGGGCTCCTCCCAGGTCTTCGACTGCTAGCTCCATTGAAGATTATGGAAAGTCAC 954 ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 878 GAGATAGGGCTCCGGCCAGGTCTTCGACTGCTAGCTCCATTGAAGATTATGGAAAGTCAC 937 Query 955 CTATGGCAAGGACGTCAAATTACGCAAACTCATTCTTTGATTTGGAAGATTCCGAAAACG 1014 ||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||| Sbjct 938 CTATGGCAAGGACATCAAATTATGCAAACTCATTCTTTGAGTTGGAAGACTCCGAAAACG 997 Query 1015 ACATATCATTTGTTTGCTCAGGCAGGCCAAGTACCGCAAGCTCAGGCCGGCCAAGTACAA 1074 ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| Sbjct 998 ACATATCATTTGTTTGCTCAGGCAGGCCAAGTACCACAAGCTCAGGCCGGCCAAGTACAA 1057 Query 1075 GTACCGGAAGGTCTGACATATCTTTTGTGAGCTCAGGCAGGCCGAGTACAAGCACCACTG 1134 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | Sbjct 1058 GTACCGGAAGGTCTGACATATCTTTTGTGAGCTCAGGCAGGCCGAGTACAAGCACCACCG 1117 Query 1135 GAAGCCCTTCCTTCATCTACGATTTTCCTGATTCTGGTTTAACTCCGAGAGAGTCGACGA 1194 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| Sbjct 1118 GAAGCCCTTCCTTCATCTACGATTTTCCTGATTCTGGTTTAACTCCGAGAAAGTCGACGA 1177 Query 1195 GCTCTGGACACTCTATGCGTCTAGGAATCAGGTTCAATGACACAAATATCCAACATGATT 1254 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| Sbjct 1178 GCTCTGGACACTCTATGCGTCTAGGAATCAGGTTCAATGACACCAATATCCAACATGATT 1237 Query 1255 TCTCATTCGTCTCACAAGATAGCGGTCGGTCATCTTGTTCTTGTTCACCACAAAACTTGG 1314 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1238 TCTCATTCGTCTCACAAGATAGCGGTCGGTCATCTTGTTCTTGTTCACCACAAAACTTGG 1297 Query 1315 AAGAAGTGGAAGCTGAGATGCGGAGATTGAAGCAGGAACTGAAACACGCAATTGACATGT 1374 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1298 AAGAAGTGGAAGCTGAGATGCGGAGATTGAAGCAGGAACTGAAACACGCAATTGACATGT 1357 Query 1375 ATGGATCAGCTTGCAGAGAAGCACTAGCTGCAAAGCAAGAGGCGAAGGAGCTCCAACGTC 1434 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1358 ATGGATCAGCTTGCAGAGAAGCACTAGCTGCAAAGCAAGAGGCGAAGGAGCTCCAACGTC 1417 Query 1435 AGAAAATTGAAGAGGAAGGGTGGGTGCAAGAAGGACAGTTATCAGAGAAATCTACAAAGT 1494 ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1418 AGAAAATTGAAGAGGAAGGATGGGTGCAAGAAGGACAGTTATCAGAGAAATCTACAAAGT 1477 Query 1495 CCATAGTGGAAAAAGAGAGAGCACATAAAGCTGCGAAGGATGCTTCTGAAACAGCAGGCA 1554 |||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| ||||||||||||||||||| Sbjct 1478 CCATAGTGGAAAAAGAGAGAGCACATAAAGCTGCCATGGAGGCTTCTGAAACAGCAGGCA 1537 Query 1555 AGATAGCAGAGCTCGAAACACAAAGAAGAGCTATAGAAGCTGCAGGTTCTTTCTCTGATT 1614 |||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| Sbjct 1538 AGATAGCAGATCTCGAAACACAAAGAAGAGCCATAGAAGCTGCAGGCTCTTTCTCTGATT 1597 Query 1615 CCAGTTTAAGGTATCGAAGGTATGTCATTGGTGAGATTGAAGAAGCCACAAACTCATTCG 1674 ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1598 CCAGTTTAAGGTATCGAAGGTATGTTATTGGTGAGATTGAAGAAGCCACAAACTCATTCG 1657 Query 1675 ACAAGGCTAATAAAATAGGCGAAGGCGGGTATGGTCCTGTCTATAAGGGTTATCTTGATC 1734 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1658 ACAAGGCTAATAAAATAGGCGAAGGCGGGTATGGTCCTGTCTATAAGGGTTATCTTGATC 1717 Query 1735 ATACCCCTGTTGCTATTAAGGCTTTGAAAGCAGATGCAGTTCAAGGAAGATCTCAATTTC 1794 |||||||||||||||| |||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1718 ATACCCCTGTTGCTATCAAGGTTTTGAGAGCAGATGCAGTTCAAGGAAGATCTCAATTTC 1777 Query 1795 AAAGAGAGGTAGAAGTTCTTAGCTGCATAAGACACCCACACATGGTACTACTAATTGGAG 1854 |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||| ||||| | Sbjct 1778 AAAGAGAGGTAGAAGTTCTTAGCTGCATAAGACATCCACATATGGTGCTACTTATTGGTG 1837 Query 1855 CATGTCCAGAGTATGGAGTGCTTGTATATGAGTATATGGCCAAAGGGAGTTTAGCTGATA 1914 ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||| Sbjct 1838 CATGTCCAGAGTATGGAGTGCTTGTTTATGAGTATATGGCCAAAGGTAGTTTAGCTGATA 1897 Query 1915 GGCTCTATAAGTATGGAAACACACCACCACTCTCGTGGGAGCTCAGGTTCCGAATTGCAG 1974 ||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1898 GGCTCTACAAGTATGGAAACACGCCACCGCTCTCGTGGGAGCTCAGGTTCCGAATTGCAG 1957 Query 1975 CCGAAGTTGCGACGGGTCTGCTCTTCCTACACCAGACGAAACCCGAGCCTATAGTGCACC 2034 |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| Sbjct 1958 CCGAAGTTGCGACGGGTCTGCTCTTCCTTCACCAGACAAAACCCGAGCCTATAGTGCACC 2017 Query 2035 GTGATCTTAAACCCGGAAACATTTTGATTGACCAGAACTACGTAAGCAAAATAGGGGACG 2094 ||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | Sbjct 2018 GTGATCTGAAACCTGGAAACATTTTGATTGACCAGAACTACGTAAGCAAAATAGGGGATG 2077 Query 2095 TTGGATTAGCCAAACTAGTGCCTGCAGTTGCTGAAAACGTCACGCAGTGCCACGTGTCAT 2154 |||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2078 TTGGATTAGCTAAACTGGTGCCTGCAGTTGCTGAAAACGTCACGCAGTGCCACGTGTCAT 2137 Query 2155 CAACCGCTGGGACTTTCTGTTACATTGACCCTGAGTACCAACAAACTGGAATGCTAGGTG 2214 ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| Sbjct 2138 CAACCGCTGGGACATTCTGTTACATTGACCCTGAGTACCAACAAACTGGAATGCTCGGTG 2197 Query 2215 TGAAATCTGATGTCTACTCTTTTGGTATCTTGCTTCTCGAACTGCTCACAGCGAAAAGGC 2274 ||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2198 TGAAATCTGATGTATACTCTTTCGGTATCTTGCTTCTCGAACTGCTCACAGCGAAAAGGC 2257 Query 2275 CGACGGGTTTGGCTTATACCGTTGAGCAAGCAATGGAGCAAGGGAAATTCAAGGATATGT 2334 ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| Sbjct 2258 CGACGGGTTTGGCTTATACCGTTGAGCAAGCGATGGAGCAAGGGAAATTCAAGGACATGT 2317 Query 2335 TAGACCCAGCAGTGCCTAACTGGCCGGTGGAAGAAGCTATGTCTTTGGCAAAGATTGCTC 2394 ||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||| ||||| | ||||||||||| | Sbjct 2318 TAGACCCAGCAGTGCCTAATTGGCCTGTGGAAGAAGCTTTGTCTCTAGCAAAGATTGCAC 2377 Query 2395 TTAAATGTGCACAGCTGAGAAGGAAAGACCGACCAGACCTCGGAAAAGAGGTTTTACCAG 2454 ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||| Sbjct 2378 TTAAATGTGCACAGCTGAGAAGGAAAGACAGACCAGACCTCGGAAAGGAGGTTTTACCAG 2437 Query 2455 AGCT-CAATAAATTGAGAGCTCGTGCAGATACGAATATGGAATGGATGATGTTCAACTTA 2513 |||| || || | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2438 AGCTACA-TAGACTGAGAGCTCGTGCAGATACGAATATGGAATGGATGATGTTCAACTTA 2496 Query 2514 AGTAGAGGTCGTCTAACACCAAATCATAGCCAAGTGTCCTTGCCACCAGTTGATGAACTA 2573 || ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| Sbjct 2497 AGCAGAGGACGTCTAACACCAAATCATAGCCAAGTTTCCTTGCCACCAGTTGATGAACTA 2556 Query 2574 AGTGTATGCTCGGATAAG-TCTTATACACATTCAAGCACTGTATCCGACACAGAGAAGAA 2632 |||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| Sbjct 2557 AGTGTATGCTCGGATA-GCTCTTATACACATTCAAGCACTTTATCCGACACAGAGAAGAA 2615 Query 2633 CTCAGACCAAAACGAAGAGGATTAGCATATTTTGTGTGTTGAAGGAAATGGAGTGAGACC 2692 ||||||||||||||||||||||||| || | | || || || || | || Sbjct 2616 CTCAGACCAAAACGAAGAGGATTAG-AT-----G-GAGT-GA-GGCCATTCT-T-AGT-- 2662 Query 2693 ATTG-TTAAAGCTTATGTAATTGTGAATATTG----TTGTAT-GTATGTATGTATATAAT 2746 ||| |||| |||||||||||||||||||||| |||||| || |||||||||| ||| Sbjct 2663 -TTGGTTAA-GCTTATGTAATTGTGAATATTGACCCTTGTATAGT-TGTATGTATAAAAT 2719 Query 2747 TCGTAAAGGAAGAAAATAACTGAAGGAAAAAGTTGAGTAGGTTTGTTATAATATCTCTGC 2806 ||||||| |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2720 TCGTAAATGAAGAAAAAAAATGAAGGAAAAAGTTGAGTAGGTTTGTTATAATATCTCTGC 2779 Query 2807 AAAGACGCAAACTCtttt 2824 |||||||||||||||||| Sbjct 2780 AAAGACGCAAACTCTTTT 2797 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 107719212860 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5