BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= AT3G20290.1 Length=2008 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg479552 jgi|Araly1|479552|fgenesh2_kg.3__2253__AT3G20290.1 3160 0.0 > Ahg479552 jgi|Araly1|479552|fgenesh2_kg.3__2253__AT3G20290.1 Length=1931 Score = 3160 bits (1711), Expect = 0.0 Identities = 1878/1952 (96%), Gaps = 37/1952 (2%) Strand=Plus/Plus Query 1 TTGCCGTCGAGACGAAGAACCCGCTTTCTCTGAAACCGTAATCTCACTTCAATATCTGCG 60 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| Sbjct 1 TTGCCGTCGAGACGAAGAACCCGCTTTCTCTGAAACCGTAATTTCACTTCAATATCTGCA 60 Query 61 AATCCACAAATCTGGATTCACACCTGAGAAGTTTGTTAATCGGTACATCTCTAGATTTTT 120 ||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| | || | || |||| Sbjct 61 AATCCTCAAATCTGGATTCACACCTGAGAAGCTTG----T---TA-A--TC-----TTTT 105 Query 121 GCAATCGGAGATGGAGATCGAATCCGTCGCAGCTGGTTCTTGTTCCAAGGAGAATCAAAT 180 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| Sbjct 106 GCAATCGGAGATGGAGATCGAATCCGTCGCAGCTGGTTCTTGTTCAAAGGAGAATCAAAT 165 Query 181 GATCTACAAGGAATGGTTCGAATTCTCCGATTCAGACGGCGATGGCCGTATTACTGGTAA 240 ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 166 GATCTACAAGGAATGGTTCGAATTCGCCGATTCAGACGGCGATGGCCGTATTACTGGTAA 225 Query 241 CGATGCGATCAAGTTCTTCACTATGTCGAATTTGCCTCGTCCGGAATTGAAGCAGATCTG 300 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| Sbjct 226 CGATGCGATCAAGTTCTTCACTATGTCGAATTTGCCTCGACCGGAGTTGAAGCAGATCTG 285 Query 301 GGCTATTGCAGATTCAAAGAGACAAGGGTATCTTGGTTTCAAAGAGTTTATTGTTGCCAT 360 ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| Sbjct 286 GGCAATTGCAGATTCAAAGAGACAAGGGTATCTTGCTTTCAAAGACTTTATTGTTGCCAT 345 Query 361 GCAGCTTGTTTCGTTGGCTCAAACTGGACATGAAATATCGCATGAAGTTCTTATTAGCGA 420 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||| Sbjct 346 GCAGCTTGTTTCGTTGGCTCAAACTGGACATGAAATATCGCATGAAATTCTTAATAGCGA 405 Query 421 TGTTGATTTCAAAAATATCAATCCTCCTACCATGGAAGGTCTGGGTGTATTAATGGCGAA 480 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 406 TGTTGATTTCAAAAATATCAATCCTCCTACCATGGAAGGTCTGGGTGTATTAATGGCGAA 465 Query 481 AAAGAAGCATTCATCAAAGTCGAGTGATCCTAATATGAATGGTAGCCCTGCCGCAGACAC 540 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 466 GAAGAAGCATTCATCAAAGTCGAGTGATCCTAATATGAATGGTAGCCCTGCCGCAGACAC 525 Query 541 CTCACTTACAGCTCACTGGTTCTCTTCAAAATCTTCAAAAAAGATTTCTCTGTCCTCCGT 600 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 526 ATCACTTACAGCTCACTGGTTCTCTTCAAAATCTTCAAAAAAGATTTCTCTGTCCTCCGT 585 Query 601 AACATCTATAGTGGATGGCCTGAAGAGGTTGTACATTCAGAAGCTGAAGCCACTTGAAGT 660 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 586 AACATCTATAGTGGATGGCCTGAAGAGGTTGTACATTCAGAAGCTGAAGCCACTTGAAGT 645 Query 661 AGCATATCGGTTTAACGATTTTGTATCCCCTTTGTTGACTAACAGTGATTTCGATGCAAA 720 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || Sbjct 646 AGCATATCGGTTTAACGATTTTGTATCCCCTTTGTTGACTAACAGTGATTTCGATGCGAA 705 Query 721 ACCTATGGTAATGCTTCTGGGTCAATACTCCACAGGAAAAACAACATTCATTAAGCATTT 780 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 706 ACCTATGGTAATGCTTCTGGGTCAATACTCCACAGGAAAAACAACATTCATTAAGCATTT 765 Query 781 GCTTAAATC------T--A--C-TTAT-C---CAGGAGCTCATATTGGACCAGAGCCGAC 825 ||||||||| | | | ||| | |||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 766 GCTTAAATCTAGTTATCCAGGCAATATGCAAACAGGAGCTCATATTGGACCAGAGCCGAC 825 Query 826 TACTGACAGATTTGTTGTTGTCATGTCTGGACCTGATGAAAGAAGCATTCCGGGGAACAC 885 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| Sbjct 826 TACTGACAGATTTGTTGTTGTCATGTCTGGACCTGATGAAAGAAGTATTCCGGGGAACAC 885 Query 886 AGTAGCAGTTCAAGCAGATATGCCATTCAGTGGTCTTACAACTTTTGGGACTGCCTTTTT 945 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 886 AGTAGCAGTTCAAGCAGATATGCCATTCAGTGGTCTTACAACTTTTGGGACTGCCTTTTT 945 Query 946 GTCAAAGTTTGAATGCTCTCAGATGCCTCACCCTCTGCTGGAGCATGTAACATTTGTCGA 1005 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 946 GTCAAAGTTTGAATGCTCTCAGATGCCTCACCCTCTGCTGGAGCATGTAACATTTGTCGA 1005 Query 1006 CACCCCTGGAGTTTTATCAGGGGAAAAACAAAGAACACAGCGAGCATATGATTTCACTGG 1065 ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1006 CACCCCTGGAGTTTTATCAGGGGAAAAGCAAAGAACACAGCGAGCATATGATTTCACTGG 1065 Query 1066 TGTTACATCATGGTTTGCCTCTAAGTGTGATCTTATCCTCCTCCTATTTGACCCACACAA 1125 ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| Sbjct 1066 TGTTACATCATGGTTTGCCTCTAAGTGCGATCTTATCCTCCTCTTATTTGACCCACACAA 1125 Query 1126 GCTGGATGTAAGTGATGAGTTCAAGCGTGTAATTTCATCTTTACGCGGTCATGATGACAA 1185 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1126 GCTGGATGTAAGTGATGAGTTCAAGCGTGTAATTTCATCTTTACGCGGTCATGATGACAA 1185 Query 1186 GATCCGCGTTGTTCTGAATAAGGCTGACCAAGTGGACACTCAGCAGCTAATGAGGGTATA 1245 ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1186 GATCCGCGTTGTTCTGAATAAGGCTGATCAAGTGGACACTCAGCAGCTAATGAGGGTATA 1245 Query 1246 TGGAGCTCTCATGTGGTCACTTGGGAAAGTTCTCAATACTCCTGAGGTCTCTCGTGTCTA 1305 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| Sbjct 1246 TGGAGCTCTCATGTGGTCACTTGGGAAAGTTCTCAATACTCCTGAGGTCTCCCGTGTCTA 1305 Query 1306 CATTGGTTCCTTCAGTGATAAACCCATAAACGAAGCTGCAACTGGTCCAATTGGGAGAGA 1365 ||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1306 CATTGGTTCGTTTAGTGATAAACCCATAAACGAAGCTGCAACTGGTCCAATTGGGAGAGA 1365 Query 1366 GTTGTTTGAAAAGGAGCAAGATGACCTTCTTGCTGATTTGAAAGACATTCCTAAGAAAGC 1425 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| Sbjct 1366 GTTGTTTGAAAAGGAGCAAGATGACCTTCTTGCTGATTTGAAAGACATTCCAAAGAAAGC 1425 Query 1426 TTGTGATCGTCGAATAAATGAGTTTGTGAAACGGGCAAGAGCAGCAAAGATACATGCGTA 1485 ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1426 TTGTGATCGCCGAATAAATGAGTTTGTGAAACGGGCAAGAGCAGCAAAGATACATGCGTA 1485 Query 1486 CATCATCAGCCATTTGAAGAAGGAGATGCCAGCGATAATGGGGAAAGCCAAAGCTCAACA 1545 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1486 CATCATCAGCCATTTGAAGAAGGAGATGCCAGCGATAATGGGGAAAGCCAAAGCTCAACA 1545 Query 1546 GAAACTGATAGATAACTTGGAAGACGAGTTTGGAAAGGTACAAAGAGAGCATCACTTACC 1605 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1546 GAAACTGATAGATAACTTGGAAGACGAGTTTGGAAAGGTACAAAGAGAGCATCACTTACC 1605 Query 1606 TAAAGGAGATTTCCCAAATGTGGATCATTTCAGGGAGGTGCTAAGTGGTTACAACATCGA 1665 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1606 AAAAGGAGATTTCCCAAATGTGGATCATTTCAGGGAGGTGCTAAGTGGTTACAACATCGA 1665 Query 1666 CAAGTTTGAGAAGCTAAAGCCGAAAATGTTGCAGACTGTTGATGATATGTTGGGGTATGA 1725 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1666 CAAGTTTGAGAAGCTAAAGCCGAAAATGTTGCAGACTGTTGATGATATGTTGGGGTATGA 1725 Query 1726 CATCCCAGAGCTCTTGAAAAATTTCAAAAACCCTTATGATTAATATTTCTATCCCTCTTA 1785 ||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||| Sbjct 1726 CATTCCAGAGCTCTTGAAAAATTTCAGAAACCCTTATGATTAATATTTCCATCCCTCTTA 1785 Query 1786 TCTTCTGCGGTTGCTGTATAATCCAAAACTATACATTCACTTTTGGCCTAGCCCTTGTGA 1845 ||| ||| |||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1786 TCT-CTGTGGTTGCTGTATAATCCTA---TATACATTCACTTTTGGCCTAGCCCTTGTGA 1841 Query 1846 CTTGTGAGCGTTAATGCATATTTGTAT-CTTACAAGCCTTGTAGACAATAGAGACAAACA 1904 ||||||||| |||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||| ||||| || Sbjct 1842 CTTGTGAGCATTAATGCACATTTGTATTCTTACAAGACTTGTAGACAATAAAGACA--CA 1899 Query 1905 TAAAGAGTGCTGACTTGATAATTGGCTTATAT 1936 |||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1900 TAAAGAGTGCTGACTTGATAATTGGCTTATAT 1931 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 75494865590 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5