BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= AT3G21420.1 Length=1494 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg479663 jgi|Araly1|479663|fgenesh2_kg.3__2364__AT3G21420.1 2255 0.0 > Ahg479663 jgi|Araly1|479663|fgenesh2_kg.3__2364__AT3G21420.1 Length=1397 Score = 2255 bits (1221), Expect = 0.0 Identities = 1344/1402 (96%), Gaps = 14/1402 (1%) Strand=Plus/Plus Query 4 TAGACTCTCACTCTTTTACGACTCAAAGAGCAAAGAGCTAAAGTCcaaaaccaaacacaa 63 |||||||||||||| | |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1 TAGACTCTCACTCTCTCACGACTCACAGAGCAAAGAGCTAAAGTCCAAAACCAAACACAC 60 Query 64 aaacaaaaaTCTAAA-TTTCTTTCTTGGTCTGCTTTC---AATATGGCTCCTCTACCTAT 119 ||||||||||| ||| ||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| Sbjct 61 AAACAAAAATC-AAATTTTATTTCTTGGTCTGCTTTCAAGAATATGGCTCCTCTACCTAT 119 Query 120 TTCTTCGATTAGAGTTGGGAAAATAGATGATGTTCAAGAACTCATAAAATCCAAACCAAA 179 ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| Sbjct 120 TTCTTCGATTAGAGTTGGGCAAATAGATGATGTTCAAGAACTGATAAAATCCAAACCAAA 179 Query 180 CAAAGTTCCAGAGAGATTCATTAGAGAAGAGTATGAGAGAGGAGTCGTTGTGTCGTCTCT 239 ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| Sbjct 180 CAAAGTTCCGGAGAGATTCATTAGAGAAGAGTATGAGAGAGGAGTCGTCCTGTCGTCTCT 239 Query 240 TAAGACTCATCATCTTCATCATCAGATTCCTGTTATTGATCTCTCTAAGCTCTCTAAACC 299 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 240 TAAGACTCATCATCTTCATCATCAGATTCCTGTTATTGATCTCTCTAAGCTCTCTAAACC 299 Query 300 CGACAATGATGATTTTTTCTTTGAGATTCTTAAGCTCTCACAAGCTTGTGAAGACTGGGG 359 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 300 CCACAATGATGATTTTTTCTTTGAGATTCTTAAGCTCTCACAAGCTTGTGAAGACTGGGG 359 Query 360 ATTTTTCCAGGTTATAAATCATGGGATAGAAGTGGAGGTTGTGGAAGATATAGAGGAAGT 419 |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| |||| Sbjct 360 ATTTTTCCAGGTTATAAATCATGGGATAGACGTGGAGGTTGTGGAAGATGTAGAGAAAGT 419 Query 420 GGCTTCA-GAGTTCTTTGATATGCCATTGGAGGAGAAGAAGAAGTATCCAATGGAGCCAG 478 ||| | | ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 420 GGC-TAAGGAGTTCTTTGATATGCCGTTGGAGGAGAAGAAGAAGTATCCAATGGAGCCAG 478 Query 479 GTACCGTACAAGGTTATGGTCAAGC-TTTCATATTCTCCGAAGATCAGAAACTTGATTGG 537 | ||||||||||||||||||||||| ||| || ||||| ||||||||||||||||||||| Sbjct 479 GGACCGTACAAGGTTATGGTCAAGCGTTT-ATCTTCTCTGAAGATCAGAAACTTGATTGG 537 Query 538 TGCAACATGTTTGCCCTTGGTGTTCATCCTCCACAAATTCGCAACCCCAAACTATGGCCC 597 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 538 TGCAACATGTTTGCCCTTGGTGTTCATCCTCCACAAATTCGCAACCCCAAACTATGGCCC 597 Query 598 TCTAAACCGGCCCGGTTCAGTGAAAGTCTTGAAGGTTACTCAAAAGAGATAAGGGAACTA 657 || ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| Sbjct 598 TCGAAACCGGCCAGGTTCAGTGAAAGTCTTGAAGGTTACTCAAAAGAGATAAGAGAACTA 657 Query 658 TGCAAAAGGTTGTTGAAGTATATAGCAATAAGCTTGGGTCTAAAAGAAGAGAGATTTGAG 717 ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| Sbjct 658 TGCAAGAGGTTGTTGAAGTACATAGCAATAAGCTTGGGTCTAAAAGAAGAGAGGTTTGAA 717 Query 718 GAAATGTTTGGGGAGGCAGTGCAAGCAGTGAGGATGAATTATTACCCTCCATGTTCAAGT 777 |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 718 GAAATGTTTGGGGAGGCAGTGCAAGCAGTGAGAATGAATTATTACCCTCCATGTTCAAGT 777 Query 778 CCTGATCTTGTCTTAGGACTTAGTCCACATTCTGATGGAAGTGCTCTCACTGTTCTTCAA 837 |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 778 CCTGATCTTGTCTTGGGACTTAGCCCACATTCTGATGGAAGTGCTCTCACTGTTCTTCAA 837 Query 838 CAGAGCAAGAACAGTTGTGTTGGCCTTCAGATCCTCAAAGACAACACTTGGGTCCCTGTT 897 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 838 CAGAGCAAGAACAGTTGTGTTGGCCTTCAGATCCTCAAAGACAACACTTGGGTCCCTGTT 897 Query 898 AAACCTCTTCCCAATGCCCTTGTCATCAACATTGGTGATACCATTGAGGTGCTAAGTAAT 957 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 898 AAACCTCTTCCCAATGCCCTTGTCATCAACATTGGTGATACCATTGAGGTGCTAAGTAAT 957 Query 958 GGGAAATACAAGAGTGTAGAGCATAGGGCAGTAACAAACAGGGAAAAGGAGAGGCTTACA 1017 ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 958 GGGAAGTACAAGAGTGTAGAGCATAGGGCAGTAACAAACAGGGAAAAGGAGAGGCTTACA 1017 Query 1018 ATAGTGACATTCTATGCACCAAACTATGAGGTTGAAATAGAACCAATGAGTGAGTTGGTT 1077 ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1018 ATAGTGACATTCTATGCACCAAACTATGAGGTTAAAATAGAACCAATGAGTGAGTTGGTT 1077 Query 1078 GATGATGAGACCAACCCATGCAAGTATAGAAGCTACAATCATGGTGACTATAGTTATCAC 1137 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1078 GATGATGAGACCAACCCATGCAAGTATAGAAGCTACAATCATGGTGACTATAGTTATCAC 1137 Query 1138 TATGTCTCCAACAAGCTCCAAGGCAAGAAGTCCCTTGATTTTGCCAAGATTCTCAATTAA 1197 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1138 TATGTCTCCAACAAGCTCCAAGGCAAGAAGTCCCTTGATTTTGCCAAGATTCTCAATTAA 1197 Query 1198 ACTATTATTAATTTCACCCCATCAAATCTCCATTAACTAGTTACCACTTAATTTGCTTTC 1257 |||| ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||| Sbjct 1198 ACTAATATTAGTTTCACCCCATCACC-CTCCATTAACTAGTTACCACTTA-TTTGCTTTC 1255 Query 1258 TTTAAT--AAGAAAAATTATTTGTTG-AACTTTTGTGTGTATAATGTATAGGAATGTTCC 1314 ||| | |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| || Sbjct 1256 TTTTTTTTAAGAAAAATTATTTGTTGCAACTTTTGTGTGTATAATGTATAGGAATGTCCC 1315 Query 1315 CCACCTAGGGTTTTTAATGTCATGATTAAATTCCCCAATGTGAATACAACTtgtaatatt 1374 |||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| Sbjct 1316 CCACTTAGGGTTTTTAGTGTCATGATTAAATTCCCCAATGTTAATACAACTTGTAATATT 1375 Query 1375 ttatatgtatgtgtgtgtgtgg 1396 | |||||||||||||| |||| Sbjct 1376 TGGTATGTATGTGTGTGGGTGG 1397 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 55916479660 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5