BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= AT3G23900.1 Length=3417 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg930446 jgi|Araly1|930446|scaffold_302903.1 4911 0.0 Ahg342541 jgi|Araly1|342541|fgenesh1_pg.C_scaffold_3002304 195 3e-48 Ahg930434 jgi|Araly1|930434|scaffold_302891.1 89.8 1e-16 > Ahg930446 jgi|Araly1|930446|scaffold_302903.1 Length=2998 Score = 4911 bits (2659), Expect = 0.0 Identities = 2890/3002 (96%), Gaps = 14/3002 (0%) Strand=Plus/Plus Query 177 GGTACTTTATAGTTGT-AATGGCTTCAGATCGTGGTTCTGCAGCTTCTGGTGGTAAGCCC 235 |||||||||| ||| | |||||||||||||||||||||| ||| ||| |||||||||| Sbjct 4 GGTACTTTATTGTT-TCAATGGCTTCAGATCGTGGTTCT---GCTGCTGCTGGTAAGCCC 59 Query 236 ATTTGGATGAAACATGCGGAAGATGCAAAAATCAAAGACGAAGGAGAGAAAGACGCTGCG 295 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 60 TTTTGGATGAAACATGCGGAAGATGCAAAAATCAAAGACGAAGGAGAGAAAGACGCTGCG 119 Query 296 GCAAAAGCAGCTTTTGAAGCTACATTCAAAGGTGTAGACCAAACTACACATTTGATTGAA 355 || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 120 GCTAAAGCAGCTTTTGAAGCTACATTCAAAGGTGTAGACCAAACTACACATTTGATTGAA 179 Query 356 CCTGTTGCACCGGTACCGGAATCCGCACCGGAATCTGATAGTGATTCAgatgatgatgat 415 |||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||| Sbjct 180 GCTGTTGCACCGGCACCGGAATCTGCACCGGAATCTGATAGTGATTC---TGATGATGAT 236 Query 416 gatgatgaATCTGATTACTTGTCTAGGAAACCAATTGGTCCTGTGGATCCGAGTAAGTCT 475 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 237 GATGATGAATCTGATTACTTGTCTAGGAAACCAATTGGTCCTGTGGATCCGAGTAAGTCT 296 Query 476 ACAGCTTCTGGTGCTGGTATTGGTGGTGGAACGGCTTGTGTTCCGTCTACGTTTGTTGTT 535 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| Sbjct 297 ACAGCTTCTGGTGCTGGTATTGGTGGTGGAACGGCTTGTGTTCCGTCTACTTTTGTTGTT 356 Query 536 GTAACTAAGGATTCTGATGGGAGGAAAGTTCCAAATGGTGGAGCTTTGATTAGAGTTAAA 595 |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| | Sbjct 357 GTAACTAAGGATTCTGATGGGAGGAAAGTTCCTAATGGTGGAGCTTTGATTAGAGTTAGA 416 Query 596 GTGTCTCCTGGTGTTGGTGTTGGTGGTACTGATCAAGAAGGTGTGGTTAAAGATGTTGGT 655 |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| Sbjct 417 GTGTGTCCTGGTGTTGGTGTTGGTGGTACTGATCAAGAAGGTGTTGTTAAAGATGTTGGT 476 Query 656 GATGGGAGTTATGCTGTTACTTATGTTGTGCCTAAGAGAGGAAACTATATGGTTAATATT 715 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 477 GATGGGAGTTATGCTGTTACTTATGTTGTGCCTAAGAGAGGAAACTATATGGTTAATATT 536 Query 716 GAATGCAATGGGAATGCTATCATGGGAAGTCCCTTTCCTGTCTTCTTTAGCCAAGGGTCT 775 ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 537 GAATGCAATGGGAGTGCTATCATGGGAAGTCCCTTTCCTGTCTTCTTTAGCCAAGGGTCT 596 Query 776 TCTTCTACTGGACTGATGGGTTCTGCTCCAGCTTCATACTCGAATCTTATAAATCAAACA 835 ||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 597 TCTTCGACTGGATTGATGGGTTCTGCTCCAGCTTCATACTCGAATCTTATAAATCAAACC 656 Query 836 ATGCCAAACATGCCTAATTACACTGGTTCTGTTTCGGGTGCTTTCCCGGGGTTGTTGGGG 895 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| Sbjct 657 ATGCCAAACATGCCTAATTACACTGGTTCTGTTTCGGGTGCTTTCCCGGGGCTGTTGGGA 716 Query 896 ATGGTTCCAGGGATTGCATCTGGTCCTTCAGGTGGTGCTATTTTGCCTGGAGTTGGAGCT 955 ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 717 ATGGTTCCAGGCATTGCATCTGGTCCTTCAGGTGGTGCTATTTTGCCTGGAGTTGGAGCT 776 Query 956 TCACTTGGGGAAGTTTGTCGAGAATATCTTAATGGTAGATGTGTGAACTCTATGTGCAAG 1015 || ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 777 TCGCTTGGGGAAGTCTGTCGGGAATATCTTAATGGTAGATGTGTGAACTCTATGTGCAAG 836 Query 1016 TTAAACCACCCTCCTCAGAATTTGCTGATGACTGCTATAGCTGCAACGACAAGTATGGGT 1075 ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 837 TTAAACCACCCTCCTCAGAATCTGCTGATGACTGCTATAGCTGCAACGACAAGTATGGGT 896 Query 1076 AACCTTAGTCAGGTGCCTATGGCTCCTTCTGCTGCTGCAATGGCTGCTGCGCAGGCTATT 1135 || | ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||| Sbjct 897 AATATGAGTCAGGTGCCTATGGCACCTTCTGCTGCAGCAATGGCTGCTGCACAGGCCATT 956 Query 1136 GTTGCTGCACAGGCTCTTCAAGCTCATGCTTCTCAGATGCAAGCACAGGCTCAATCAAAC 1195 ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 957 GTTGCCGCACAGGCTCTTCAAGCTCATGCTTCTCAGATGCAAGCACAGGCTCAATCAAAC 1016 Query 1196 AAGGGATCTTTAGGTTCCCCAGAAAAAGGAGAAAACGGGGA-T--TTGAAGAAATTTCTC 1252 |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| | ||||||||||||||| Sbjct 1017 AAGGGATCTTTAGGTTCCCCAGAAAAAGGAGATAACGGGGATTCATTGAAGAAATTTCTC 1076 Query 1253 CAAGTTAGCAACCTAAGTCCATCGCTTACAACTGAACAACTTAGGCAGCTATTTAGCTTC 1312 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1077 CAAGTTAGCAACCTAAGTCCATCGCTTACAACTGAACAACTTAGGCAGCTATTTAGCTTC 1136 Query 1313 TGTGGCACAGTAGTTGACTGTAGTATAACTGATTCAAAGCATATCGCCTACATAGAATAC 1372 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| Sbjct 1137 TGTGGCACAGTAGTTGACTGTAGTATAACTGATTCAAAGCATCTTGCCTACATAGAATAC 1196 Query 1373 TCGAATTCCGAAGAAGCAACAGCTGCTTTGGCATTAAACAATACGGAAGTCTTTGGTAGA 1432 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1197 TCGAATTCCGAAGAAGCAACAGCTGCTTTGGCATTAAACAATACGGAAGTCTTTGGTAGA 1256 Query 1433 GCATTGAATGTTGAGATTGCAAAATCGCTACCTCACAAACCATCTTCAAATAATTCTTCG 1492 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1257 CCATTGAATGTTGAGATTGCAAAATCGCTACCTCACAAACCATCTTCAAATAATTCTTCG 1316 Query 1493 TCCTCACTACCACTGATGATGCAACAGGCCGTCGCGATGCAGCAGATGCAATTCCAGCAG 1552 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| Sbjct 1317 TCCTCACTACCACTGATGATGCAACAGGCCGTCGCGATGCAGCAGATGCAATTCCAACAG 1376 Query 1553 GCTATACTAATGCAACAAGCCGTGGCTACTCAGCAGGCAGCAAATAGAGCTGCCACAATG 1612 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1377 GCTATACTAATGCAACAAGCCGTGGCTACTCAGCAGGCAGCAAATAGAGCTGCCACAATG 1436 Query 1613 AAGTCTGCCACTGAGCTTGCAGCAGCTAGAGCTGCAGAGATAAGTAGGAAACTGAGACCT 1672 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1437 AAGTCTGCCACTGAGCTTGCAGCAGCTAGAGCTGCAGAGATAAGTAGGAAACTGAGACCT 1496 Query 1673 GATGGAGTTGGAAATGATGAAAAAGAAGCTGATCAGAAGTCTAGGTCACCATCTAAGTCT 1732 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1497 GATGGAGTTGGAAATGATGAAAAAGAAGCTGATCAGAAGTCTAGGTCACCATCTAAGTCT 1556 Query 1733 CCTGCAAGGTCGAGATCAAAGTCAAAATCACCAATAAGTTACAGGCGAAGACGGAGATCT 1792 |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| Sbjct 1557 CCTG---GGTCGAGATCAAAGTCAAAATCACCAATAAGTTACAGGCGCAGACGGAGATCT 1613 Query 1793 CCAACCTATTCACCACCGTTTCGTCGCCCAAGAAGTCACAGATCGAGATCACCATTAAGA 1852 ||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||| Sbjct 1614 CCATCCTATTCACCACCGTTTCGTCGCCCAAGAAATCATAGATCGAGATCACCATTAAGA 1673 Query 1853 TATCAACGGCGATCAACTTATGAAGGGAGAAGGCGGTCATATAGAGATTCTAGGGATATT 1912 ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1674 TATCACCGGCGATCAACTTATGAAGGGAGAAGGCGGTCATATAGAGATTCTAGGGATATT 1733 Query 1913 TCTGAAAGTAGGAGATACGGTAGATCAGATGAACACCATTCTTCTAGTTCAAGGAGAAGT 1972 |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| Sbjct 1734 TCTGAAAGTAGGAGATACGGTAGATCAGATGAACACTATTCTTCCAGTTCAAGGAGAAGT 1793 Query 1973 AGGAGTGTAAGCCCTAAAAAGAGAAAATCTGGACAAGAAGATTCAGAGCTGTCAAGACTT 2032 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| | Sbjct 1794 AGGAGTGTAAGCCCTAAAAAGAGAAAATCTGGACAAGAAGATTCAGAGCTCTCAAGACAT 1853 Query 2033 CGACGAGATAGCTCATCACGTGGAGAGAAGAAATCATCTCGTGCTGGTTCACGATCACCA 2092 ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1854 CGACGTGATAGCTCATCACGTGGAGAGAAGAAATCATCTCGTGCTGGTTCACGATCACCG 1913 Query 2093 AGGCGACGTAAGGAAGTTAAGTCAACCCCAAGAGATGATGAGGAAAACAAAGTGAAACGT 2152 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1914 AGGCGACGTAAGGAAGTTAAGTCAACCCCAAGAGATGATGAGGAAAACAAAGTGAAACGG 1973 Query 2153 AGAACACGTTCAAGATCTAGATCAGTGGAAGATTCTGCAGATATAAAGGATAAATCTAGA 2212 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| Sbjct 1974 AGAACACGTTCAAGATCTAGATCAGTGGAAGATTCTGCAGATATAAAGGATAAAGCTAGA 2033 Query 2213 GATGAGGAATTGAAACATCACAAAAAGCGGTCGAGGTCAAGATCTCGTGAAGATAGGAGT 2272 |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2034 GATGAGGAATTGAAACATCACAAAAAGCGGTCAAGGTCAAGATCTCGTGAAGATAGGAGT 2093 Query 2273 AAAACCAGAGACACATCTCGAAATTCTGATGAAGCTAAACAGAAACACCGGCAGAGGTCT 2332 ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||| Sbjct 2094 AAAACCAGAGACACATCTCGAAATTCTGATGAAACTAAACAGAAACACAGGGGGAGGTCT 2153 Query 2333 AGGTCCAGATCATTGGAAAATGACAATGGATCTCATGAGAATGTTGATGTTGCTCAAGAC 2392 ||||||| |||||| ||||| |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2154 AGGTCCAAATCATTAGAAAACGACAATGGTTCTGATGAGAATGTTGATGTTGCTCAAGAT 2213 Query 2393 AATGATCTAAATTCCCGTCACAGTAAGCGCAGGTCAAAATCATTGGACGAGGACTATGAT 2452 ||| || ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2214 GGTGACCTGAATTCTCGTCACAGTAGGCGCAGGTCAAAATCATTGGACGAGGACTATGAT 2273 Query 2453 ATGAAAGAGAGGAGGGGAAGGTCCAGGTCCAGATCATTGGAAACGAAAAACAGGTCTTCT 2512 ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||| | Sbjct 2274 ATGAAAGAGAGGAGGGGAAGGTCCAGGTCTAGATCATTGGAAACGAAAAAGAGGTCTTTT 2333 Query 2513 AGGAAGAATAAGCTGGATGAAGACAGAAACACAGGATCACGTCGAAGGAGGTCCAGGTCA 2572 |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2334 GGGAAAAATAAGCTGGATGAAGACAGAAACACAGGATCACGTCGAAGGAGGTCCAGGTCA 2393 Query 2573 AAATCAGTGGAAGGTAAGCGCAGTTATAACAAGGAGACTCGAAGCAGGGACAAAAAGTCC 2632 |||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| Sbjct 2394 AAATCAGTGGAAGGTAAGCGTAATTATAACAAGGAGACTCGGAGCAGGGACAAAAAGTCC 2453 Query 2633 AAGCGTCGTAGTGGAAGACGGTCGAGGTCACCATCATCTGAGGGTAAGCAAGGGAGAGAT 2692 ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2454 AAGCGTCGTAGTGGAAGACGGTCAAGGTCACCATCATCTGAGGGTAAGCAAGGGAGAGAT 2513 Query 2693 ATCAGGTCATCCCCTGGATATTCTGATGAAAAGAAATCAAGACATAAACGGCACTCCAGG 2752 |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||| Sbjct 2514 ATCAGGTCATCCCCTGGATATTCTGATGAAAAAAAATCAAGACATAAGCGGCACTCCAGG 2573 Query 2753 TCAAGATCAATAGAGAAAAAGAACAGTTCAAGAGATAAAAGGTCAAAACGTCATGAAAGA 2812 |||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| Sbjct 2574 TCAAGATCAACAGAGAAAAAGAACAGTTCAAGAGAAAAAAGGTCAAAACGTCATGAAAGA 2633 Query 2813 TTGCGGTCATCATCTCCTGGACGTGACAAAAGACGGGGCGATAGATCATTATCTCCTGTT 2872 |||||||||||||||||| | | |||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2634 TTGCGGTCATCATCTCCTCTAGGCGACAAAAGACGGGGCGATAGATCATTATCTCCTGTT 2693 Query 2873 AGTTCAGAGGATCATAAGATCAAGAAAAGACACTCTGGATCAAAATCTGTGAAAGAGAAA 2932 |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2694 AGTTCAGAAGATCATAAGATCAAGAAAAGACACTCTGGATCAAAATCTGTGAAAGAGAAA 2753 Query 2933 CCCCACTCAGATTATGAGAAAGTTGACGATGGAGATGCAAATTCAGATTCTAGTCAGCAG 2992 |||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| ||||||||||||| || | Sbjct 2754 CCCCGCTCAGATTATGAGAAAGTTGACTATGCAGATGCAAAATCAGATTCTAGTCGGCCG 2813 Query 2993 GAAAGGAATCTTGAAGGTCATTTATTGTCATTGGATTCGATGTCATCACAGGATGTGGAG 3052 ||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2814 GAAAGGAATCTTGAAGGTCTTTTATTGTCACTGGATTCGATGTCATCACAGGATGTGGAG 2873 Query 3053 AAGTCAAAAGAGAATCCACCATCTAGCAGCTCAGTGGAAAGAGGTGATGCAAATGATGAT 3112 ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||| Sbjct 2874 AAGTCAAAAGAGAATCCTCCATCTAGCAGCTCAGTGGATATAGGTGATGCAAATGATGAT 2933 Query 3113 GAGAAGTTTAAGATTGAGGAGAAAAGGATTATTCTTAAGTCATAGGAACATCTGGATTCT 3172 ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||| Sbjct 2934 GAGAAGTTTAAGATTGAGGAGAAAAGGATTATTCTCAAGTCATAGGAAGATCTGGATTCT 2993 Query 3173 AT 3174 || Sbjct 2994 AT 2995 > Ahg342541 jgi|Araly1|342541|fgenesh1_pg.C_scaffold_3002304 Length=1266 Score = 195 bits (105), Expect = 3e-48 Identities = 137/152 (90%), Gaps = 4/152 (3%) Strand=Plus/Plus Query 2977 AGATTCTAGTCA-GCAGGAAAGGAATCTTGAAGGTCATTTATTGTCATTGGATTCGATGT 3035 |||||||||| | || |||||||||||||||||||| |||| ||||| |||||||||||| Sbjct 324 AGATTCTAGT-AGGCCGGAAAGGAATCTTGAAGGTCTTTTACTGTCACTGGATTCGATGT 382 Query 3036 CATCACAGGATGTGGAGAAGTCAAAAGAGAATCCACCATCTAGCAGCTCAGTGGAAAG-A 3094 |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| | | Sbjct 383 CATCACAGGATGTGGAGAAGTCAAAAGAGAATCCTCCATCTAGCAGCTCAATGGAA-GTA 441 Query 3095 GGTGATGCAAATGATGATGAGAAGTTTAAGAT 3126 |||| | ||||||||||| ||||||||||| Sbjct 442 TGTGAAGGGAATGATGATGACAAGTTTAAGAT 473 > Ahg930434 jgi|Araly1|930434|scaffold_302891.1 Length=215 Score = 89.8 bits (48), Expect = 1e-16 Identities = 55/58 (95%), Gaps = 2/58 (3%) Strand=Plus/Minus Query 1620 CCACTGAGCTTGCAGCAGCTAGAGCTGC--AGAGATAAGTAGGAAACTGAGACCTGAT 1675 ||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 170 CCAATGAGCTTGCAGCAGCTAGAGCTGCAGAGAGATAAGTAGGAAACTGAGACCTGAT 113 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 129015172470 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5