BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G23920.1
Length=2131
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg479940 jgi|Araly1|479940|fgenesh2_kg.3__2641__AT3G23920.1 2950 0.0
> Ahg479940 jgi|Araly1|479940|fgenesh2_kg.3__2641__AT3G23920.1
Length=1896
Score = 2950 bits (1597), Expect = 0.0
Identities = 1806/1907 (95%), Gaps = 14/1907 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 151 AAAATGGCGCTTAATTTATCGCATCAGCTAGGAGTACTCGCCGGAACTCCGATCAAATCC 210
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 AAAATGGCGCTTAATTTATCGCATCAGCTCGGAGTACTCGCCGGAACTCCGATCAAATCC 60
Query 211 GGTGAAATGACAGATTCATCGTTGTTATCAATTTCACCACCATCGGCGAGAATGATGACA 270
|||||||| || |||||||| ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||
Sbjct 61 GGTGAAATAACCGATTCATC---GTTATCAATTTCACCACCATCAGCGAGGATGATGACA 117
Query 271 CCTAAAGCAATGAATCGAAACTACAAGGCTCACGGAACAGATCCATCACCGCCGATGAGT 330
|||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 118 CCTAAAGCAATGAATCGAAACTACAAAGCTCATGGAACAGATCCATCACCACCGATGAGT 177
Query 331 CCAATTTTAGGTGCGACACGTGCGGATCTGTCGGTGGCGTGTAAAGCTTTCGCGGTGGAG 390
||||||||||| | ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 178 CCAATTTTAGGGGGGACGCGTGCGGATCTGTCGGTGGCGTGTAAAGCTTTCGCGGTGGAG 237
Query 391 AATGGAATCGGGACCATTGAAGAACAGAGAACGTATAGAGAAGGAGGGATTGGTGGAAAG 450
|||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||
Sbjct 238 AATGGAGTCGAAACCATTGAAGAACAGAGAACGTATAAAGAAGGAGGGATTGGTGG--AG 295
Query 451 AAAGAAGGAGGAGGAGGTGTTCCTGTGTTTGTGATGATGCCGCTTGATAGTGTTACCATG 510
|||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 296 -AAGAAGGA-GA--AGGTGTTCCTGTGTTTGTGATGATGCCGCTTGATAGTGTTACGATG 351
Query 511 GGGAACACGGTGAATCGAAGAAAGGCGATGAAAGCGAGTTTGCAAGCGTTGAAGAGTGCT 570
||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 352 GGGAACACGGTGAATCGGAGGAAGGCGATGAAAGCGAGTTTGCAAGCGTTGAAGAGTGCT 411
Query 571 GGTGTTGAAGGGATTATGATTGATGTGTGGTGGGGTTTGGTTGAGAAGGAATCTCCTGGA 630
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||
Sbjct 412 GGTGTTGAAGGGATTATGATTGATGTATGGTGGGGTTTGGTGGAGAAGGAATCTCCGGGA 471
Query 631 ACTTATAATTGGGGAGGTTATAATGAATTGCTTGAGCTGGCTAAGAAGCTTGGTCTTAAG 690
| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||
Sbjct 472 AGTTATAATTGGGGAGGTTATAATGAATTGCTTGAAATGGCTAAGAAGCTTGGACTTAAG 531
Query 691 GTTCAAGCTGTTATGTCGTTTCATCAGTGTGGTGGCAACGTTGGTGACTCTGTCACTATT 750
||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 532 GTTCAAGCTGTGATGTCGTTTCATCAGTGTGGTGGTAACGTTGGTGATTCTGTCACTATT 591
Query 751 CCTCTGCCTCAGTGGGTTGTTGAAGAGGTTGACAAGGATCCAGACCTTGCATACACTGAT 810
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||||
Sbjct 592 CCTCTGCCTCAGTGGGTTATTGAAGAGGTTGACAAGGACCCAGACCTTGCGTATACTGAT 651
Query 811 CAGTGGGGAAGAAGGAACCATGAGTATATATCACTTGGCGCTGATACACTCCCTGTTCTC 870
||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||| || ||||||
Sbjct 652 CAGTGGGGAAGAAGGAATTGTGAGTATGTATCACTTGGCGCTGATACACTTCCGGTTCTC 711
Query 871 AAAGGTAGAACACCTGTGCAATGCTATGCGGATTTCATGCGTGCTTTTAGAGACAACTTC 930
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||
Sbjct 712 AAAGGTAGAACACCTGTGCAATGCTATGCGGATTTCATGCGAGCTTTCAGAGACAACTTC 771
Query 931 AAGCATCTTCTTGGAGAGACCATTGTGGAAATCCAAGTGGGAATGGGACCTGCAGGAGAG 990
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 772 AAGCATCTTCTTGGAGAGACCATTGTGGAAATCCAAGTGGGAATGGGACCTGCCGGAGAG 831
Query 991 CTGCGTTACCCTTCGTACCCCGAGCAAGAAGGGACATGGAAGTTCCCAGGGATTGGAGCC 1050
|||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 832 CTGCGTTATCCTTCGTACCCCGAGCAAGAGGGGACATGGAAGTTCCCAGGGATTGGAGCC 891
Query 1051 TTCCAGTGCTATGATAAGTACTCGTTAAGCAGCTTGAAAGCAGCAGCTGAGACTTATGGG 1110
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 892 TTCCAGTGCTATGATAAGTACTCATTAAGCAGCTTGAAAGCAGCAGCTGAGGCTTATGGG 951
Query 1111 AAGCCAGAGTGGGGCAGTACTGGCCCAACCGATGCTGGTCACTACAATAACTGGCCAGAA 1170
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 952 AAGCCAGAATGGGGCAGTACTGGCCCAACCGATGCTGGTCACTACAATAACTGGCCAGAA 1011
Query 1171 GACACCCAGTTCTTCAAAAAAGAAGGTGGTGGTTGGAACTCAGAGTATGGAGATTTCTTC 1230
||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||| | ||||||||||||||||||
Sbjct 1012 GACACTCAGTTCTTCAAAAAAGAAGGTGGCGGTTGGAACACGGAGTATGGAGATTTCTTC 1071
Query 1231 CTCTCATGGTACTCCCAGATGCTGTTGGATCACGGCGAGCGGATCCTATCCTCAGCCAAA 1290
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1072 CTCTCATGGTACTCCCAGATGCTGTTGGATCACGGCGAGCGGATCCTATCCTCAGCCAAA 1131
Query 1291 TCAATATTCGAAAACATGGGTGTCAAAATATCGGTCAAAATCGCTGGAATCCACTGGCAC 1350
||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1132 TCAATCTTCGAAAACACCGGTGTCAAAATATCGGTCAAAATCGCAGGAATCCACTGGCAC 1191
Query 1351 TACGGGACCCGCTCTCACGCGCCTGAGCTCACAGCAGGGTACTACAACACAAGGTTCAGA 1410
|| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1192 TATGGGACCCGTTCTCACGCTCCTGAGCTCACAGCAGGATACTACAACACAAGGTTCAGA 1251
Query 1411 GACGGGTACCTCCCGATCGCCCAAATGTTAGCCAGACACAATGCCATATTCAACTTCACA 1470
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1252 GACGGATACCTCCCGATCGCCCAAATGTTAGCCAGACACAATGCCATATTCAACTTCACA 1311
Query 1471 TGTATCGAGATGAGGGATCACGAACAGCCTCAAGACGCACTTTGTGCACCAGAGAAGCTA 1530
||||| |||||||| |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1312 TGTATTGAGATGAGAGATCACGAGCAACCTCAAGACGCACTTTGTGCACCAGAGAAGCTA 1371
Query 1531 GTTAACCAAGTTGCTCTAGCCACTCTAGCCGCAGAAGTTCCTCTAGCTGGTGAAAACGCA 1590
|||||||| || ||||||||||| || || ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1372 GTTAACCAGGTGGCTCTAGCCACGCTGGCTGCAGAAGTTCCTCTAGCTGGTGAAAACGCA 1431
Query 1591 TTGCCTAGGTACGACGACTATGCACACGAGCAGATTCTCAAGGCCTCCGCGCTGAACCTT 1650
|||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1432 TTGCCTAGGTACGACGACTACGCGCACGAGCAGATTCTCAAGGCCTCCGCGCTGAACCTA 1491
Query 1651 GATCAAAACAATGAGGGAGAACCTCGAGAGATGTGTGCATTTACTTACCTAAGGATGAAT 1710
||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1492 GATCAAAACAACGAGGGAGAACCCCGAGAGATGTGTGCATTTACTTACCTAAGGATGAAC 1551
Query 1711 CCGGAGTTGTTTCAGGCGGATAACTGGGGAAAATTCGTAGCGTTTGTGAAGAAAATGGGT 1770
|||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1552 CCGGAGTTGTTTCAAGCAGATAACTGGGGGAAATTCGTAGCGTTTGTGAAGAAAATGGGT 1611
Query 1771 GAAGGGAGAGACTCACA-TAGATG-TCGGGAAGAAGTTGAGCGTGAGGCTGAGCATTTTG 1828
|||||||||||||| || ||| || | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1612 GAAGGGAGAGACTC-CAATAGGTGCT-GGGAAGAAGTTGAGCGTGAGGCTGAGCATTTTG 1669
Query 1829 TGCACGTTACTCAGCCGCTGGTTCAAGAAGCTGCAGTGGCTCTCACTCACTAGAGAGATA 1888
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1670 TGCATGTTACTCAGCCGCTGGTTCAAGAAGCTGCAGTGGCTCTCACTCACTAGAGAGATA 1729
Query 1889 GATTGTGGCATGGTTCTATGGTTTATGTTTGTATGCGATTATAATGAAATGGTT-ATATG 1947
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1730 GATTGTGGCATGGTTCGATGGTTTATGTTTGTATGCGATTATAATGAAATGGTTTATATG 1789
Query 1948 ACAATGCCAAAAAAGATGTTTAGGCTTGTTGGAGCTTGTGTATGTATTGTTAGTAAAACT 2007
| ||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1790 ATGATGCCGAAAAAGATGTTTAGGCTTGTTGGAGTTTGTGTATGTATTGTTAGTAAAAAT 1849
Query 2008 GAAATGTATGCCACAGCTCTGGtttttttCCGGTCAGGTTGTGGCAT 2054
||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||
Sbjct 1850 GAAATGTATGCCACAGCTCTGGTTTTTGTCTGGTCAGGTTGTGGCAT 1896
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 80179965725
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5