BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G23990.1
Length=2129
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg930498 jgi|Araly1|930498|scaffold_302955.1 2985 0.0
> Ahg930498 jgi|Araly1|930498|scaffold_302955.1
Length=1775
Score = 2985 bits (1616), Expect = 0.0
Identities = 1721/1773 (97%), Gaps = 2/1773 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 78 TCTTCCTTCTCACTCACCATGTATCGTTTCGCTTCTAACCTCGCCTCCAAGGCAAGGATT 137
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4 TCTTCCTTCTCAGTCACCATGTATCGTTTCGCTTCTAACCTCGCCTCCAAGGCAAGGATT 63
Query 138 GCTCAAAACGCTCGCCAGGTTTCCAGCAGAATGAGCTGGAGCAGGAACTATGCAGCGAAA 197
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 64 GCTCAAAATACTCGCCAGGTTTCCAGCAGAATGAGCTGGAGCAGGAACTATGCAGCGAAA 123
Query 198 GAGATTAAGTTTGGTGTTGAAGCTCGAGCTTTGATGCTTAAGGGTGTTGAAGATCTTGCT 257
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 124 GAAATTAAGTTTGGTGTTGAAGCTCGAGCTTTGATGCTTAAGGGTGTTGAAGATCTTGCC 183
Query 258 GATGCTGTTAAAGTCACCATGGGTCCCAAGGGACGTAATGTTGTGATTGAGCAAAGTTGG 317
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 184 GATGCTGTTAAAGTCACCATGGGTCCAAAGGGACGTAATGTTGTGATTGAGCAAAGTTGG 243
Query 318 GGTGCTCCTAAAGTGACAAAAGATGGTGTTACTGTTGCCAAAAGTATTGAGTTCAAAGAC 377
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||
Sbjct 244 GGTGCTCCTAAAGTGACAAAAGATGGTGTTACTGTTGCTAAAAGCATTGAGTTCAAAGAC 303
Query 378 AAAATTAAGAACGTTGGTGCTAGTCTTGTGAAGCAGGTTGCAAATGCTACTAATGATGTT 437
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 304 AAAATTAAGAACGTTGGTGCTAGTCTTGTGAAGCAGGTTGCAAATGCTACTAATGATGTT 363
Query 438 GCTGGTGATGGTACTACTTGTGCTACTGTCCTCACCCGGGCTATATTTGCCGAAGGATGC 497
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 364 GCTGGTGATGGTACTACTTGTGCTACTGTACTCACCCGGGCTATATTTACCGAAGGATGC 423
Query 498 AAATCAGTTGCCGCAGGAATGAATGCAATGGACTTGCGAAGAGGTATTTCCATGGCAGTT 557
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 424 AAATCAGTTGCCGCAGGAATGAATGCAATGGACTTGCGACGAGGTATTTCCATGGCAGTT 483
Query 558 GATGCTGTGGTGACAAACCTTAAAAGCAAGGCTAGGATGATCAGCACATCTGAAGAGATT 617
|||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 484 GATGCTGTGGTGACAAACCTTAAAAGCAGGGCAAGGATGATCAGCACATCTGAAGAGATT 543
Query 618 GCTCAGGTTGGAACCATTTCTGCTAATGGAGAGAGGGAAATTGGTGAACTTATTGCCAAG 677
|| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||
Sbjct 544 GCACAGGTTGGGACCATTTCTGCTAATGGAGAGAGGGAAATTGGTGAACTGATTGCAAAG 603
Query 678 GCTATGGAGAAGGTTGGCAAAGAAGGTGTTATCACAATCCAAGATGGAAAGACATTGTTT 737
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 604 GCTATGGAGAAGGTTGGCAAAGAAGGTGTAATCACAATCCAAGATGGAAAGACATTGTTT 663
Query 738 AACGAGTTGGAAGTTGTAGAGGGGATGAAATTGGACAGAGGTTATACTTCACCATACTTT 797
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||
Sbjct 664 AACGAGTTGGAAGTTGTAGAGGGGATGAAATTGGACAGAGGTTATACTTCCCCTTACTTT 723
Query 798 ATCACTAATCAAAAAACCCAAAAATGTGAACTAGACGATCCTCTCATTCTTATCCACGAG 857
||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||
Sbjct 724 ATCACGAATCAAAAAACCCAAAAATGTGAACTAGATGATCCTCTCATTCTTATCCATGAA 783
Query 858 AAGAAGATCTCAAGCATCAACTCTATAGTGAAAGTGTTGGAGTTGGCTCTGAAGAGGCAA 917
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 784 AAGAAGATCTCAAGCATCAACTCTATAGTGAAAGTGTTGGAGTTGGCTCTGAAGAGGCAA 843
Query 918 AGACCACTATTGATTGTTTCTGAAGATGTGGAAAGTGATGCTCTTGCAACTCTTATCCTT 977
|| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 844 AGGCCACTGTTGATTGTGTCTGAAGATGTGGAAAGTGATGCTCTTGCAACTCTTATCCTT 903
Query 978 AACAAGCTCCGTGCCGGAATTAAGGTCTGTGCCATCAAGGCCCCTGGGTTTGGAGAGAAT 1037
||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 904 AACAAGCTCCGCGCCGGAATCAAGGTCTGTGCCATCAAGGCCCCTGGATTTGGAGAGAAT 963
Query 1038 AGGAAGGCCAATTTGCAAGACCTTGCTGCCCTTACTGGTGGAGAGGTTATCACAGACGAG 1097
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 964 AGGAAGGCCAATTTGCAAGACCTTGCTGCCCTTACTGGTGGAGAGGTTATCACAGATGAG 1023
Query 1098 CTTGGCATGAATCTGGAGAAGGTGGACCTAAGCATGCTAGGAACCTGCAAAAAGGTTACA 1157
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1024 CTTGGCATGAATCTGGAGAAGGTGGACCTGGGCATGCTAGGAACCTGCAAAAAGGTTACA 1083
Query 1158 GTCTCCAAGGACGACACTGTTATTCTTGATGGGGCTGGCGACAAGAAAGGAATTGAGGAA 1217
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1084 GTCTCCAAGGACGACACTGTTATTCTTGATGGGGCTGGCGACAAGAAAGGCATTGAGGAA 1143
Query 1218 AGATGTGAACAGATTAGGTCAGCAATTGAACTGAGCACCTCAGATTATGACAAGGAAAAA 1277
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1144 AGATGTGAACAGATTAGGTCAGCAATTGAACTGAGCACCTCAGATTATGACAAGGAAAAA 1203
Query 1278 CTGCAAGAAAGGTTGGCTAAGCTCTCTGGAGGTGTTGCAGTGTTGAAGATTGGAGGAGCA 1337
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1204 CTGCAAGAAAGGTTGGCTAAGCTCTCTGGAGGTGTTGCAGTTTTGAAGATTGGAGGAGCA 1263
Query 1338 AGTGAAGCTGAAGTTGGTGAGAAGAAAGACAGAGTGACAGATGCTTTGAATGCCACTAAA 1397
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1264 AGTGAAGCTGAAGTTGGTGAGAAGAAAGACAGAGTGACAGATGCTTTGAATGCCACTAAA 1323
Query 1398 GCAGCAGTTGAAGAGGGTATTTTACCAGGAGGAGGTGTGGCTCTTCTATACGCAGCAAGA 1457
||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1324 GCAGCTGTTGAAGAGGGTATTTTGCCAGGAGGAGGTGTGGCTCTTCTATACGCAGCGAGA 1383
Query 1458 GAGTTGGAAAAACTTCCAACAGCCAACTTTGACCAGAAGATTGGTGTCCAGATTATTCAG 1517
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1384 GAGTTGGAAAAACTTCCAACAGCCAACTTTGACCAGAAGATTGGTGTCCAGATTATTCAG 1443
Query 1518 AACGCATTGAAGACTCCTGTTTACACAATCGCTTCAAATGCTGGAGTTGAAGGTGCTGTT 1577
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1444 AACGCATTGAAGACTCCTGTTTACACAATCGCTTCAAATGCTGGAGTTGAAGGTGCTGTT 1503
Query 1578 ATTGTTGGCAAGCTCTTGGAGCAAGATAACCCAGACCTCGGTTATGATGCTGCTAAAGGT 1637
|| ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1504 ATAGTTGGCAAGCTCTTGGAACAAGATAACCCGGACCTCGGTTATGATGCTGCTAAAGGT 1563
Query 1638 GAATATGTGGATATGGTGAAAG-CTGGAATCATAGACCCTCTGAAAGTGATCAGGACAGC 1696
|||||||||||||||||||| | | || |||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1564 GAATATGTGGATATGGTGAA-GTCCGGTATCATAGACCCTCTGAAAGTAATCAGGACAGC 1622
Query 1697 TTTGGTTGATGCTGCGAGTGTGTCATCTTTGTTGACGACAACGGAAGCTGTAGTGGTTGA 1756
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1623 TCTGGTTGATGCTGCGAGTGTGTCATCTTTGTTGACGACAACTGAAGCTGTAGTGGTTGA 1682
Query 1757 TCTTCCGAAAGACGAAAGCGAGTCAGGAGCAGCAGGAGCAGGCATGGGTGGAATGGGAGG 1816
|||||||||||||||| ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1683 GCTTCCGAAAGACGAAAACGAGTCAGGAGGAGCCGGAGCAGGCATGGGTGGAATGGGAGG 1742
Query 1817 CATGGACTACTAGATCCACTAAATTCTGTCTTT 1849
|||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1743 CATGGACTACTAGATCCACTAAATTCTGTCTTT 1775
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 80103785235
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5