BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= AT3G24180.1 Length=3626 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg479911 jgi|Araly1|479911|fgenesh2_kg.3__2612__AT3G24180.1 5073 0.0 > Ahg479911 jgi|Araly1|479911|fgenesh2_kg.3__2612__AT3G24180.1 Length=3489 Score = 5073 bits (2747), Expect = 0.0 Identities = 3203/3413 (94%), Gaps = 71/3413 (2%) Strand=Plus/Plus Query 6 CGCACGCAAATCAAAAG--AG--TTTAAAAACCACTTGCCACCGTATGAG-AACCTTGTC 60 ||||||||||||||||| || ||| ||||||||||||||||||| ||| |||||| || Sbjct 1 CGCACGCAAATCAAAAGCCAGACTTT-AAAACCACTTGCCACCGTACGAGAAACCTT-TC 58 Query 61 TCTGACGGTCGATTCTCCGCTCGCCACGACGACGCCACGTCAGCATCCACATAGATTCC- 119 ||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||||||| | | ||| Sbjct 59 TCTGACGGTCGATCCTCCGCTCGCCACGCCGCCGCCACGTCAGCA--GTC-T--CCTCCA 113 Query 120 TCTAAATCTCACCAATACCATCAAACCGATTTTCGAAGATTCGAATCCAATTCTTCTCCT 179 || ||| | | || || | |||| |||||||||||||||||||||| | | || Sbjct 114 TC-AAA-AT-A--GATTCC-T--AACCAATTTTCGAAGATTCGAATCCAA----T-T-CT 159 Query 180 CCTCCTCCTTCTTCTTCTGAGAAAATCTCATCGGATTT-C-ATATTTTTGTCCTATTGAC 237 | || | ||||||||||||||||||||| ||| | | |||| | || ||| | Sbjct 160 --T-CT-C--CTTCTTCTGAGAAAATCTCAT-ATTTTTGCGA-ATTTCT-ACCGATT--C 208 Query 238 TAT-TCAACGTGACAGAT-CGAATACA---AAACTT--TTT-GGTTTTGAATCGGGGATT 289 | | || || |||| || | || |||| ||| |||||||||||||||||| Sbjct 209 -GTCTGAA--TG--AGATGCGTTTTCATTGTCACTTCCTTTAGGTTTTGAATCGGGGATT 263 Query 290 GTTGCGACTGAGACGGTGCCGTTTCAATTCGCTGCAAATGCTTCCCTGAGAAATACCTTT 349 ||| ||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||| |||||| Sbjct 264 GTTCCGACTGAAACGGTGCCGTTTTAATTCGCTGCAAATGCTTGCCTGAGAAACACCTTT 323 Query 350 TGTTCTTTTATGTAAATAAAAGTGTAGAATCGAGAAGTAT-AGTAAATATGGTTGGAGCA 408 |||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| | | |||| | ||||| || ||| Sbjct 324 TGTTCTTTTATGTAAATACAAGTGTAGAGTCGAGAA-TTTGAGTAGAGATGGTGGGGGCA 382 Query 409 ACTTTGTTTCACCGTAGAAAGCATTCATGGCCGACTGAGGAATTCATCAGCAGAAGTACT 468 ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||| ||||||||| Sbjct 383 ACTTTGTTTCACCGTAGAAAGCATTCATGGCCGGCTGAGGAATTTATCAGTAGAAGTACT 442 Query 469 TTGCAATTGCTCGATTTTGATAGTGCTGCTCCGCCACCACACGCATGGAGGAGGAGATTA 528 ||||||| || |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 443 CTGCAATTACTTGATTCTGATAGTGCTGCTCCGCCACCACACGCATGGAGGAGGAGATTA 502 Query 529 AACTGCCATGCCAATAT-CTTAAAAGAATTCACTATTACTTTTAGGGAAGCCATTAAAAT 587 ||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 503 AACTGCCATGCCAATATCCTT-AAAGAATTCACTATTACTTTTAGGGAAGCCATTAAAAT 561 Query 588 GGTACGCTTGGGGATACGATTATGGTCTTATGTCAGAGAAGAGGCCTCCCATGGAAGGAA 647 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 562 GGTACGCTTGGGGATACGATTATGGTCTTATGTCAGAGAAGAGGCCTCCCATGGAAGGAA 621 Query 648 AGCACCTATCGATCCCTTCACCAAAGAGAACTGCAAACCATCTGCATCCCAAGGTGTTCC 707 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 622 AGCACCTATCGATCCCTTCACCAAAGAGAACTGCAAACCATCTGCATCCCAAGGTGTTCC 681 Query 708 ACTCGGAGGAATGGGAAGTGGAAGCATATCTAGGGGCTTCAGAGGG-GAGTTTAAGCAGT 766 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||| Sbjct 682 ACTCGGAGGAATGGGAAGTGGAAGCATATCTAGGGGCTTCAG-GGGTGAGTTTAAGCAGT 740 Query 767 GGCAAATCACTCCTGGGACTTGCGATCCATCACCTATGATGTCTAATCAGTTCTCTATTT 826 ||||||||||||| || ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| Sbjct 741 GGCAAATCACTCCCGGAACTTGTGATCCTTCACCTATGATGTCTAATCAGTTTTCTATTT 800 Query 827 TTATTTCACGAGATGGTGGACACAAAAAGTATGCATCAGTTTTGTCTCCAGGCCAGCATG 886 ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 801 TTATTTCTCGAGATGGTGGACACAAAAAGTATGCATCAGTTTTGTCTCCAGGCCAGCATG 860 Query 887 GAAGTTTAGGAAAGTCGCGTGATAAAGGTCTTTCTTCATGGGGCTGGAATCTGAATGGCC 946 ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 861 GAAGTTTAGGAAAATCGCGTGATAAAGGTCTTTCTTCATGGGGCTGGAATCTGAATGGCC 920 Query 947 AGCATTCAACTTATCATGCTCTATTTCCTCGGGCTTGGACTATATATGATGGTGAGCCTG 1006 |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 921 AGCATTCAACTTATCATGCTCTTTTTCCTCGGGCTTGGACTATATATGATGGTGAGCCTG 980 Query 1007 ATCCAGAGTTAAAGATTTCCTGCCGGCAAATATCACCTTTTATACCAAACAATTATCGAG 1066 |||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| Sbjct 981 ATCCAGAGTTAAAGATCTCCTGCCGGCAAATATCTCCTTTTATACCAAACAATTATCGAG 1040 Query 1067 ATAGTAGTCTTCCAGCAGCTGTTTTTGTATATACTTTGGTGAACACTGGAAAGGAAAGGG 1126 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1041 ATAGTAGTCTTCCAGCAGCTGTTTTTGTATATACTTTGGTGAACACTGGAAAGGAAAGGG 1100 Query 1127 CAAAAGTCAGCCTTCTTTTCACATGGGCGAATTCAATGGGTGGGACTTCACATATGTCAG 1186 ||||||||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| Sbjct 1101 CAAAAGTCAGCCTCCTATTCACATGGGCGAATTCAATAGGTGGGACTTCACATATGTCAG 1160 Query 1187 GGGGTCATGTGAATGAGCCATTCATAGGTGAAGATGGGGTCTCTGGCGTCCTCTTACATC 1246 |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| Sbjct 1161 GGGGTCATGTGAATGAGCCATTCATAGGCGAAGATGGGGTCTCTGGTGTCCTCTTACATC 1220 Query 1247 ACAAGACAGGCAAAGGAAATCCTCCTGTTACATTTGCGATTGCTGCTTCTGAGACTCAGA 1306 ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1221 ACAAGACAGGCAAGGGAAATCCTCCTGTTACATTTGCGATTGCTGCTTCTGAGACTCAGA 1280 Query 1307 ATGTTAATGTAACTGTTTTACCATGCTTTGGATTGTCTGAAGATAGTTCTTTTACAGCGA 1366 |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1281 ATGTTAATGTAACTGTTTTACCATACTTTGGATTGTCTGAAGATAGTTCTTTTACAGCGA 1340 Query 1367 AAGATATGTGGGATACAATGGAACAGGATGGGAAATTTGATCAAGAAAACTTCAATAGCG 1426 ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1341 AAGATATGTGGGATACAGTGGAAAAGGATGGGAAATTTGATCAAGAAAACTTCAATAGCG 1400 Query 1427 GGCCAAGCACACCTTCATTAGCTGGAGACACTATTTGTGCAGCAGTCTCGGCTTCGGCAT 1486 |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| Sbjct 1401 GGCCAAGCACGCCTTCATTAGCTGGAGACACTATTTGTGCAGCAGTCTCAGCTTCGGCAT 1460 Query 1487 GGGTAGAAGCTCATGGCAAGTGCACTGTGTCTTTTGCACTTTCATGGTCATCGCCAAAAG 1546 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||| Sbjct 1461 GGGTAGAAGCTCATGGCAAGTGCACTGTGTCTTTTGCTCTTTCGTGGTCATCACCAAAAG 1520 Query 1547 TGAAATTTTCAAAGGGAAGCACATATGACAGGAGATACACTAAATTTTATGGTACTTCGC 1606 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| Sbjct 1521 TGAAATTTTCAAAGGGAAGCACATATGACAGGAGATACACTAAATTTTATGGAACTTCGC 1580 Query 1607 CAAGAGCAGCGTTGGACCTTGTGCATGATGCACTGACAAATTATAAGAGGTGGGAGGAAG 1666 ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1581 CAAGAGCAGCGCTGGACCTTGTGCATGATGCACTGACAAATTATAAGAGGTGGGAGGAAG 1640 Query 1667 ATATTGAAGCATGGCAGAATCCCATTCTCAGAGATGAAAGGCTCCCTGAGTGGTACAAGT 1726 ||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1641 ATATTGAGGCATGGCAAAATCCCATTCTCAGAGATGAAAGGCTCCCTGAGTGGTACAAGT 1700 Query 1727 TCACTCTGTTCAATGAGCTTTACTTTTTGGTTGCCGGTGGTACAGTTTGGATAGACTCTT 1786 ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1701 TCACTCTGTTCAATGAGCTTTACTTTTTGGTAGCCGGTGGTACAGTTTGGATAGACTCTT 1760 Query 1787 CTTCACTCAATGCTAATGGGAATAGTCAGCATCAACAATCGGGATTAGGAAATTCAGATG 1846 ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| Sbjct 1761 CTTCACTCAATGCCAATGGGAATAGTCAGCATCAACAATCGGGTTTAGGAAATTCAGATG 1820 Query 1847 GTAAGGTCGG-TGGACTTGACATTAATGATCAACGGAATGACCTTGGTAATGGCAACAGC 1905 ||| || ||| |||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| Sbjct 1821 GTATGG-CGGGTGGACTCGACATCAATGATCAACGGAATGACCTTGGTAATGGAAACAGC 1879 Query 1906 GTTGGAGTAAAAAGCAATGATGAAGTATCAGCCATTCATAACCGGAATGGTTTATTTGTC 1965 |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1880 GTTGGAGTAAAAAGCAATGATGAAGTATCAGCTATTCATAACCGGAATGGTTTATTTGTC 1939 Query 1966 GATACTCCCCATGTAGATGATGGCGATGATGTTGGTCGGTTTCTGTATTTGGAAGGTGTG 2025 || |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1940 GACACTCGCCATGTAGATGATGGCGATGATGTTGGTCGGTTTCTGTATTTGGAAGGTGTG 1999 Query 2026 GAGTATGTGATGTGGTGCACATATGATGTACACTTTTACGCATCATATGCGCTCCTTATG 2085 |||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2000 GAGTATGTGATGTGGTGCACATATGACGTGCACTTTTACGCATCATATGCGCTCCTTATG 2059 Query 2086 CTATTCCCAAAGATCGAACTAAACATCCAGCGTGATTTTGCGAAAGCCGTGTTGTCTGAA 2145 |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||| Sbjct 2060 CTATTCCCAAAGATCGAACTAAACATCCAGCGGGATTTTGCAAAAGCTGTGTTGTCTGAA 2119 Query 2146 GATGGTAGGAAGGTTAAGTTCCTGGCAGAAGGAAATGTGGGAATTCGCAAGGTCAGAGGT 2205 ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| Sbjct 2120 GATGGGAGGAAGGTTAAGTTCCTGGCAGAAGGAAATGTGGGGATTCGCAAGGTCAGAGGT 2179 Query 2206 GCTGTTCCTCACGATCTGGGGATGCATGATCCTTGGAATGAAATGAATGCCTACAACATA 2265 |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2180 GCTGTTCCTCACGATCTGGGGATGCATGATCCGTGGAATGAAATGAATGCCTACAACATA 2239 Query 2266 CATGACACAAGCAGGTGGAAGGATCTGAACCCAAAGTTTGTGCTTCAGGTGTATAGAGAT 2325 ||||||||||||| |||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2240 CATGACACAAGCAAGTGGAAGGATCTTAATCCAAAGTTTGTGCTTCAGGTGTATAGAGAT 2299 Query 2326 TTTGCAGCTACAGGGGATTACCAATTTGGAATAGACGTGTGGCCCGCAGTTCGTGCTGCT 2385 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| Sbjct 2300 TTTGCAGCTACAGGGGATTACCAATTTGGAATAGACGTTTGGCCCGCAGTTCGTGCTGCT 2359 Query 2386 ATGGAGTACATGGAACAGTTTGATAGAGACAATGACGATCTAATAGAGAATGATGGTTTC 2445 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2360 ATGGAGTACATGGAACAGTTTGATAGAGACAATGACGATCTAATAGAGAATGATGGTTTC 2419 Query 2446 CCAGATCAGACATATGATACATGGACTGTTCATGGCGTGAGTGCCTACTGCGGTTGCCTG 2505 ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| Sbjct 2420 CCAGATCAGACATATGATACATGGACTGTTCATGGTGTGAGTGCATACTGCGGTTGCCTT 2479 Query 2506 TGGCTGGCTGCTCTTCAAGCTGCAGCAGCAATGGCTCTCCAAATTGGTGACAAATTCTTT 2565 |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||| Sbjct 2480 TGGCTGGCTGCTCTTCAAGCTGCAGCGGCAATGGCTCTCCAAATCGGTGACAAATTCTTT 2539 Query 2566 GCAGAACTT-TGTAAAAATAAGTTTTTGAATGCAAAGGCAGCACTGGAAACGAAACTCTG 2624 |||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| Sbjct 2540 GCAGAA-TTGTGTAAAAATAAGTTTTTGAATGCAAAGGCAGCAATGGAAACGAAACTCTG 2598 Query 2625 GAATGGATCATACTTCAATTACGACAGTGGGTCAAGCAGCAACAGCAAATCTATACAGAC 2684 ||| ||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2599 GAACGGATCATACTTCAATTATGACAGTGGGGCAAGCAGCAACAGCAAATCTATACAGAC 2658 Query 2685 CGATCAGCTGGCGGGTCAATGGTATGCCGCGTCTTCAGGTCTGCCTCCATTATTTGAGGA 2744 |||||| ||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||| |||| ||||| Sbjct 2659 TGATCAGTTGGCGGGTCAATGGTATGCTGCATCTTCAGGTCTGCCTCCAATATTCGAGGA 2718 Query 2745 ATCCAAAATCAGAAGCACTATGCAAAAGATCTTTGATTTCAATGTGATGAAGACAAAAGG 2804 ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| Sbjct 2719 ATCTAAAATCAGAAGCACTATGCAAAAGATCTTTGATTTCAATGTGATGAAGACCAAAGG 2778 Query 2805 AGGTAAAATGGGTGCTGTAAATGGGATGCATCCGGATGGGAAAGTGGATGACACGTGCAT 2864 ||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| Sbjct 2779 AGGCAAAATGGGTGCAGTAAATGGGATGCATCCTGATGGGAAAGTGGATGACACATGCAT 2838 Query 2865 GCAGTCTCGTGAGATATGGACAGGTGTTACTTATGCAGCTGCGGCTACTATGATCCTCTC 2924 |||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||| ||||||||||| Sbjct 2839 GCAGTCGCGTGAGATATGGACAGGCGTCACTTATGCAGCTGCAGCTACAATGATCCTCTC 2898 Query 2925 TGGAATGGAAGAACAAGGTTTCACCACTGCTGAGGGAATTTTCACAGCTGGCTGGTCAGA 2984 |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| Sbjct 2899 TGGAATGGAAGAACAAGGATTCACCACTGCTGAGGGAATTTTTACAGCTGGCTGGTCAGA 2958 Query 2985 AGAAGGTTTCGGATATTGGTTCCAGACACCGGAAGGTTGGACAATGGATGGGCATTACCG 3044 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | Sbjct 2959 AGAAGGTTTCGGATATTGGTTCCAGACACCGGAAGGTTGGACAATGGATGGGCATTACAG 3018 Query 3045 GTCACT-GATATACATGAGACCGCTCGCGATATGGGGAATGCAATGGGCATTATCGTTGC 3103 ||| || |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||| Sbjct 3019 GTC-CTTGATATACATGAGACCGCTTGCGATATGGGGAATGCAATGGGCATTATCGCTGC 3077 Query 3104 CAAAGGCAATTCTGGACGCTCCACAGATCAACATGATGGACAGAGTACACTTATCCCCTA 3163 |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | Sbjct 3078 CAAAGGCAATTCTGGACGCTCCTCAGATCAACATGATGGACAGAGTACACTTATCCCCAA 3137 Query 3164 GAAGCCGAAGATTCTCGAACAACTTCAAAGTTGTGAAACACAAGGCAAAGTGTTTTGGTA 3223 ||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | Sbjct 3138 GAAGCCGCAGATTCTCTAACAACTTCAAAGTTGTGAAACACAAGGCTAAGTGTTTTGGCA 3197 Query 3224 ATTCAGCATTAAGCTGTTCTTGCTAAATCATTCGGTCTTGTTATATATAAGATACAAGTA 3283 ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| ||||||||| Sbjct 3198 ATTCAGCATTAAGCTGTTCTTGCTAAATCATTCCGTCTTATTATATATAACATACAAGTA 3257 Query 3284 A-ATTCACATCTCTGATATGATTATCGGAGTAACATATATAAAAAAGAGGAAA---TGTT 3339 | |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || ||| |||| Sbjct 3258 ACATTCACATCTCTGATATGATTATCGGAGTAACTTATATAAAAAAAAGTAAAAAATGTT 3317 Query 3340 ATTTAAGGAGAGGAACTAGCCGACATAGTTCCTGAGTTGTAATAATATTAATA 3392 ||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||| || |||| Sbjct 3318 ATTTAAGGAGAGGAATTAGCCGACATGGTTCCTGAGTTGTAATAA-AT-AATA 3368 Score = 183 bits (99), Expect = 6e-45 Identities = 123/134 (92%), Gaps = 4/134 (3%) Strand=Plus/Plus Query 3494 TAATAAATAATAATCTGAGAAGAACAATTTGTGTTCTTCTTTTCTTCTGTTGGTTT-TGA 3552 ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | Sbjct 3357 TAATAAATAATAACCTGAGAAGAACAATTTGTGTTCTTCTTTTCTTCTGTTGGTTTAT-A 3415 Query 3553 ATTATTGGCTAAAAGAAAAGCCACGTAAGAGCATATAAT--GACAACGCCTACGTACGCT 3610 ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| | |||| |||||||||||| Sbjct 3416 TTTATTGGCTTAAAGAAAAGCCACGTAAGAGCATATAAAACGGCAACACCTACGTACGCT 3475 Query 3611 TTTTAGCGTTCAAT 3624 || ||||||||||| Sbjct 3476 TTATAGCGTTCAAT 3489 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 136969205227 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5