BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G24200.2
Length=1991
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg930461 jgi|Araly1|930461|scaffold_302918.1 2527 0.0
Ahg916113 jgi|Araly1|916113|Al_scaffold_0008_864 414 1e-114
Ahg342565 jgi|Araly1|342565|fgenesh1_pg.C_scaffold_3002328 141 2e-32
> Ahg930461 jgi|Araly1|930461|scaffold_302918.1
Length=1559
Score = 2527 bits (1368), Expect = 0.0
Identities = 1476/1530 (96%), Gaps = 0/1530 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 214 ACAGGGTGCTCGCAAGGAATCTTAGGACAAGTGTCTGTGGAACAAGGATTTTGCAGAGGA 273
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 25 ACAGGGTGCTTGCAAGGAATCTTAGGACAAGTGTCTGTGGGACAAGGATTTTGCAGAGGA 84
Query 274 CTTGTTCGACTGTTGTGACACATGATGTTTCTACTTCTTGTTCCAATGAGAGCAATGCAT 333
||||||| ||||||||||||||||| ||||||| |||| |||| |||||||| ||||||
Sbjct 85 CTTGTTCAACTGTTGTGACACATGAAGTTTCTAGTTCTGGTTCTAATGAGAGTAATGCAA 144
Query 334 TAAATAATTCCACTGACGATGGTCCACAACATGACATTGCTATTGTTGGTGGTGGAATGG 393
||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 145 TAAGGAATTCTACTGACGATGGTCCACAACATGACATTGCTATTGTTGGTGGTGGAATGG 204
Query 394 TTGGAATCGCTTTAGCTGCTTCATTGGCCAGCAAGCCATTGACAAAGCACTTGAATGTCG 453
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 205 TTGGAATCGCTTTAGCTGCTTCATTGGCAAGCAAGCCATTGACAAAGCACTTGAATGTTG 264
Query 454 CTATTATTGACAATAATCCTCTTTTGGGGAGAAGAAATATCATAGAGAAAGGGCATCAAC 513
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 265 CTATTATTGACAATAATCCTCTTTTGGGGAGAAAAAATATCATAGAGAAAGGGCATCCAC 324
Query 514 CTGATCCCAGAGTCAGTACAGTCACACCTGCAACAATATCCTTCCTCAAAGATATTGGTG 573
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 325 CTGATCCCAGAGTCAGTACAGTCACACCTGCAACAATATCCTTCCTCAAAGATATTGGTG 384
Query 574 CCTGGAAATACATTGAGCAACAGCGACATGCGTATTTTGATAAGATGCAGGTATGGGACT 633
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 385 CCTGGAAATACATTGAGGAACAGCGACATGCGTATTTTGATAAGATGCAGGTATGGGACT 444
Query 634 ATACAGGCCTTGGATATACAAGATACAATGCTAATGATGTACATCAAGATGTTTTGGGGT 693
|||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 445 ATACGGGACTTGGATATACAAGATACAATGCTAATGATGTACATCAAGATGTTTTGGGGT 504
Query 694 GTGTAGTGGAGAATAAAGTTCTTCAGAGTTCTCAGCTATCTTGTGTACAGGAATCAGATC 753
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 505 GTGTAGTGGAGAATAAAGTTCTTCAGAGTTCTCAGCTATCTTGTGTACAGGAATCAGATC 564
Query 754 TCCAGAAGACTGTTTATCCCGCGAGGTTAAATGCGATGGATATGCTACCTAGCTCTTCGT 813
|||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 565 TCCAGAAGACTGTTTATCCCGCAAGGTTAAACGCGATGGATATGCTACCTAGCTCTTCGT 624
Query 814 TGACAGGTCTTGGTGAAGTACCATCCACAACAGACTTGTTCATGCGAGGACGCCTTGCTA 873
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 625 TGACAGGTCTTGGTGAAGTACCATCCTCAACAGACTTGTTCATGCGAGGACGCCTTGCTA 684
Query 874 AGCTGGAGCTAAGCGATGGAAATCGCGTCTACGCAAAACTGGTGGTAGGCGCTGATGGGT 933
|||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 685 AGCTGGAGCTAAGCGATGGAAATCATGTCTATGCAAAACTGGTGGTAGGCGCTGATGGGT 744
Query 934 CTAAGTCGCGAGTAAGGGAGTTGGCTGGGATCAAAACGACTGGATGGAACTACTCACAGA 993
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 745 CTAAGTCGCGAGTAAGGGAGTTGGCAGGGATCAAAACGACTGGATGGAACTACTCACAAA 804
Query 994 ACGCTATAATTTGTACTGTTGAGCATACAGCCGAAAACTACACAGCATGGCAACGGTTTT 1053
|||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 805 ACGCTATAATTTGTACTGTTGAGCATACTGTTGAAAACTACACAGCATGGCAACGGTTTT 864
Query 1054 TACCCAATGGCCCAATCGCACTTCTTCCCATTGGTGACAAGTTTAGCAACATAGTATGGA 1113
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 865 TACCCAATGGCCCAATCGCACTTCTTCCCATTGGTGACAAGTTTAGCAACATAGTATGGA 924
Query 1114 CCATGGACCCAAAAGAGGCATCAGATCGAAAATTGATGAACGAGGATGACTTCATCAAAG 1173
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 925 CTATGGACCCAAAAGAGGCATCAGATCGAAAATTGATGAACGAGGATGACTTCATTAAAG 984
Query 1174 CTGTAAATGATGCTCTGGATTCTGGATATGGTCCTAATCCAGAGACTACAAGTTCACGGG 1233
|||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 985 CTGTAAATGACGCTCTGGATTCTGGATATGGTCCAAATCCAGAGACTACAAGTTCACCGG 1044
Query 1234 ATAGTCTCTCTTGGCTTACAGGAGATGCGACCATATCTGCCAAAGAGAGGTTTGAAACTC 1293
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1045 ATAGTCTCTCTTGGCTTACAGGAGATTCGACCATATCTGCCAAAGAGAGGTTTGAAACTC 1104
Query 1294 CTCCCAAGGTTGTGAAGCTTTCTTCAGAGAGAATGATGTTCCCTTTGTCTTTAAGGCACG 1353
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1105 CTCCCAAGGTTGTGAAGCTTTCTTCAGAAAGAATGATGTTCCCTTTGTCTTTAAGGCACG 1164
Query 1354 CAAAAGACTATGTGTCAAAACGTGTGGCTCTTGTTGGTGACTCAGCTCATACAGTTCACC 1413
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1165 CAAAAGACTATGTGTCAAAGCGTGTGGCTCTTGTTGGTGACTCAGCTCATACTGTTCACC 1224
Query 1414 CGTTGGCTGGTCAAGGAGTAAATCTAGGATTTGCAGATGCGTGTGCTCTCTCCAAAGCTA 1473
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1225 CGTTGGCTGGTCAAGGAGTGAATCTAGGATTTGCAGATGCATGTGCTCTCTCCAAAGCTA 1284
Query 1474 TAGCAGAGGGCATTGCTCTTGGTACTGATATAGGCGAGGCGAATCTGCTCAAACGTTATG 1533
|| |||| ||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||| ||||
Sbjct 1285 TATCAGAAGGCATTGCTCTTGGTACCGATATAGGCGAGTCGAATCTGCTCAAACGATATG 1344
Query 1534 AAGCAGAGAGAAAACCTGCAAATATAGCAATGATGGCGGTTTTAGACGGAATCCAGAAGA 1593
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1345 AAGCAGAGAGAAAACCTGCAAATATAGCAATGATGGCGGTTTTAGACGGAATCCAGAAGA 1404
Query 1594 TGTACTCGTTGGATTTCGGACCGCTGAATGCTCTAAGAGCAGCTGCATTCCACGGGGCTC 1653
|||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1405 TGTACTCGGTGGATTTCGGCCCGCTGAATGCTCTAAGAGCGGCTGCATTCCACGGGGCTC 1464
Query 1654 ACTACATTTCGCCGCTTAAAAAGCGTATCATATCTTATGCTTCAGGAGAGCAATCTTTGC 1713
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1465 ACTACATTTCGCCGCTTAAAAAGCGAATCATATCTTATGCTTCAGGAGATCAATCTTTGC 1524
Query 1714 CGCTATTTTCTTGAAGAATGCGAGGGATTG 1743
|||| ||||||||||||| || ||||||||
Sbjct 1525 CGCTGTTTTCTTGAAGAACGCTAGGGATTG 1554
> Ahg916113 jgi|Araly1|916113|Al_scaffold_0008_864
Length=270
Score = 414 bits (224), Expect = 1e-114
Identities = 248/259 (96%), Gaps = 4/259 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 639 GGCCTTGGATATACAAGATACAATGCTAATGATGTACATCAAGATGTTTTGGGGTGTGTA 698
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 7 GGCCTTGGATATACAAGATACAATGCTAATGATGTACATCAAGATGTTTTGGGGTGTGTA 66
Query 699 GTGGAGAATAAAGTTCTTCAGAGTTCTCAGCTATCTTGTGTACAGGAATCAGATCTCCAG 758
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 67 GTGGAGAATAAAGTTCTTCAGAGTTCTCAGCTATCTTGTGTACATGAATCAGATCTCCAG 126
Query 759 AAGACTGTTTATCCC-GCGAGGTTAAA-TGCGATGGATATGCTACCTAGCTCTTCGTTGA 816
||||||||||| ||| ||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 127 AAGACTGTTTA-CCCTGCGAGGTTAAACT-CGATGGATATGCTACCTAGCTCTTCGTTGA 184
Query 817 CAGGTCTTGGTGAAGTACCATCCACAACAGACTTGTTCATGCGAGGACGCCTTGCTAAGC 876
||||||||||| ||||||||||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 185 CAGGTCTTGGTAAAGTACCATCCGCAACAGATTTGTTTATGCGAGGACGCCTTGCTAAGC 244
Query 877 TGGAGCTAAGCGATGGAAA 895
|||||||||| |||| |||
Sbjct 245 TGGAGCTAAGTGATGCAAA 263
> Ahg342565 jgi|Araly1|342565|fgenesh1_pg.C_scaffold_3002328
Length=498
Score = 141 bits (76), Expect = 2e-32
Identities = 92/100 (92%), Gaps = 0/100 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 321 GAGAGCAATGCATTAAATAATTCCACTGACGATGGTCCACAACATGACATTGCTATTGTT 380
||||| |||||| ||| ||||| | ||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 4 GAGAGTAATGCAAAAAAGAATTCTAGTGACGATGGTCAACAACATGACATTGCTATTGTC 63
Query 381 GGTGGTGGAATGGTTGGAATCGCTTTAGCTGCTTCATTGG 420
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 64 GGTGGTGGAATGGTTGGAATCGCTTTAGCTGCTTCATTGG 103
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 74847331425
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5