BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G24430.1
Length=1794
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg479952 jgi|Araly1|479952|fgenesh2_kg.3__2653__AT3G24430.1 2553 0.0
> Ahg479952 jgi|Araly1|479952|fgenesh2_kg.3__2653__AT3G24430.1
Length=1596
Score = 2553 bits (1382), Expect = 0.0
Identities = 1528/1599 (96%), Gaps = 7/1599 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 48 ATGCCGCTTCTTCATCCACAGTCGTTGCGGCATCCTTCTTTCGAGATTCAGACCCAAAGA 107
||||||||||| ||||| ||||||||| ||||| ||| ||||||| ||||||| | | |
Sbjct 1 ATGCCGCTTCTCCATCCTCAGTCGTTGAGGCATGCTTGTTTCGAGTTTCAGACTC--A-A 57
Query 108 AGAAGCAATTCCACAACAAGATTGCTTCTTTCTCACAAGTTTCTCCATTCTCAAGCTTCC 167
||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||
Sbjct 58 AGAAGCAATTCTACAAAAAGATTGCTTCTTTCTCACAAGTTTCTCCAATCTCAATCTTCC 117
Query 168 ATTATCTCAATCTCCAGGACAAGAATCCTCAAACGGGTCTCTCAGAATCTCTCTGTAGCT 227
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||
Sbjct 118 ATTATCTCAATCTCCAGGACAAGAATCCTCAAACGGGTCTCTCAGAAACTCTCTATAGCT 177
Query 228 AAAGCTGCTTCAGCTCAAGCTAGTAGTAGTGTTGGTGAGAGTGTTGCTC-AAACATCAGA 286
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||
Sbjct 178 AAAGCTGCTTCAGCTCAAGCTAGTAGTAGTGTTGGTGAGAGTGTTG-ACAAAACATCAGA 236
Query 287 AAAAGATGTGTTGAAGGC-TCTGTCTCAGATTATTGATCCTGATTTTGGGACAGATATTG 345
|||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 237 AAAAGATGTGTTGAAGGCGT-TGTCTCAGATTATTGATCCTGATTTTGGGACAGATATTG 295
Query 346 TTTCTTGTGGTTTTGTGAAAGATTTGGGGATTAATGAAGCTTTGGGTGAGGTTTCGTTCC 405
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 296 TTTCTTGTGGTTTTGTGAAAGATTTGGGGATTGATGAAGCTTTGGGTGAGGTTTCGTTCC 355
Query 406 GTTTGGAGCTGACAACACCCGCATGTCCAGTCAAAGACATGTTTGAGAACAAGGCAAATG 465
| ||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 356 GGTTGGAGCTGACAACACCAGCATGTCCTGTCAAGGACATGTTTGAGAACAAGGCAAATG 415
Query 466 AGGTAGTTGCAGCCCTTCCATGGGTGAAGAAGGTAAATGTGACAATGTCAGCACAACCAG 525
||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 416 AGGTAGTTGCAGCGCTTCCTTGGGTGAAGAAGGTCAATGTGACAATGTCAGCACAACCAG 475
Query 526 CCAAGCCCATTTTTGCAGGGCAGCTTCCCTTTGGATTATCAAGAATTTCGAACATCATCG 585
|||| || || |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 476 CCAAACCAATATTTGCAGGACAGCTTCCCTTTGGATTATCAAGAATTTCGAACATTATCG 535
Query 586 CTGTTTCTAGTTGCAAGGGTGGTGTTGGGAAATCAACAGTAGCTGTAAATCTTGCTTATA 645
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 536 CTGTTTCTAGTTGCAAGGGTGGTGTTGGAAAATCAACAGTAGCTGTAAATCTTGCTTATA 595
Query 646 CATTAGCTGGTATGGGTGCTAGAGTTGGTATCTTTGATGCTGATGTCTATGGTCCAAGTC 705
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 596 CATTAGCTGGTATGGGTGCTAGAGTTGGTATCTTTGATGCTGATGTCTATGGTCCAAGTC 655
Query 706 TACCAACCATGGTCAATCCTGAGAGCCGTATATTGGAAATGAACCCGGAGAAGAAGACCA 765
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 656 TACCAACCATGGTGAATCCTGAGAGCCGTATATTGGAAATGAACCCGGAGAAGAAGACCA 715
Query 766 TCATTCCAACAGAATACATGGGCGTCAAGCTAGTCTCATTTGGATTTGCAGGACAAGGGC 825
|||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 716 TCATTCCAACAGAATACATGGGGGTCAAACTAGTCTCATTTGGATTTGCAGGACAAGGAC 775
Query 826 GTGCCATTATGAGAGGTCCTATGGTGTCTGGTGTTATAAACCAACTCCTTACAACAACTG 885
|||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 776 GTGCTATAATGAGAGGTCCTATGGTGTCTGGTGTTATAAACCAACTCCTTACAACAACTG 835
Query 886 AATGGGGAGAGCTGGACTATCTTGTTATCGACATGCCTCCTGGAACTGGTGATATACAAC 945
||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 836 AATGGGGAGAGTTGGATTATCTTGTTATCGACATGCCTCCTGGAACTGGTGATATTCAAC 895
Query 946 TGACCTTATGCCAGGTTGCGCCATTGACAGCAGCGGTAATTGTCACCACCCCTCAAAAGT 1005
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 896 TGACCTTATGCCAGGTTGCGCCATTGACAGCAGCGGTAATTGTCACCACCCCACAAAAGT 955
Query 1006 TGGCGTTTATTGATGTTGCAAAAGGTGTAAGGATGTTCTCAAAACTTAAGGTGCCTTGCG 1065
||||||||||||||||||| ||||||||| | |||||||||||||| ||||||||||| |
Sbjct 956 TGGCGTTTATTGATGTTGCGAAAGGTGTACGAATGTTCTCAAAACTGAAGGTGCCTTGTG 1015
Query 1066 TTGCTGTTGTGGAGAATATGTGCCACTTTGACGCTGATGGGAAACGTTATTACCCTTTTG 1125
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1016 TTGCTGTTGTGGAGAATATGTGCCACTTTGACGCTGATGGGAAACGTTATTACCCTTTTG 1075
Query 1126 GGAAAGGTTCAGGTTCTGAGGTGGTCAAGCAATTCGGCATACCTCACCTCTTTGACCTCC 1185
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1076 GGAAAGGTTCAGGTTCTGAGGTTGTCAAGCAATTCGGCATACCTCACCTCTTTGACCTCC 1135
Query 1186 CCATTAGACCAACGTTATCTGCTTCGGGGGATAGCGGAACTCCTGAAGTAGTGTCGGATC 1245
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |
Sbjct 1136 CCATTAGACCGACGTTATCTGCTTCGGGGGATAGCGGAACTCCTGAAGTGGTGTCGGACC 1195
Query 1246 CTCTAAGTGACGTTGCCAGAACGTTCCAGGATCTTGGTGTATGTGTAGTGCAACAATGCG 1305
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1196 CTCTAAGTGACGTTGCCAGAACGTTCCAGGATCTTGGTGTATGTGTAGTGCAACAATGCG 1255
Query 1306 CCAAGATACGCCAGCAAGTATCAACGGCCGTGACATACGACAAGTATCTCAAGGCAATTA 1365
|||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1256 CCAAGATACGTCAGCAAGTATCGACGGCTGTGACATACGACAAATATCTCAAGGCAATTA 1315
Query 1366 GAGTGAAGGTACCAAACTCAGACGAAGAGTTCTTACTGCACCCTGCAACCGTCAGAAGAA 1425
|||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1316 GAGTAAAGGTACCAAACTCAGACGAAGAATTCTTACTGCACCCTGCAACCGTCAGAAGAA 1375
Query 1426 ATGATAGATCTGCACAAAGTGTGGATGAATGGACTGGAGAGCAAAAAGTTCTATATGGCG 1485
||||| ||||||||||||| ||||| || |||||||| |||||||| ||||||||||| |
Sbjct 1376 ATGATCGATCTGCACAAAGCGTGGACGAGTGGACTGGGGAGCAAAAGGTTCTATATGGGG 1435
Query 1486 ATGTAGCGGAAGATATCGAACCTGAGGACATACGACCAATGGGAAACTACGCTGTCTCGA 1545
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1436 ATGTAGCAGAAGATATCGAACCTGAGGACATACGACCAATGGGAAACTACGCTGTCTCGA 1495
Query 1546 TAACCTGGCCCGACGGGTTTAGCCAGATTGCTCCATATGACCAGTTGGAAGAAATTGAAA 1605
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1496 TAACCTGGCCAGACGGGTTTAGCCAGATTGCTCCATATGACCAGTTGGAAGAAATTGAAC 1555
Query 1606 GGCTAGTAGATGTTCCTCCATTGTCTCCAGTCGAAGTCT 1644
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1556 GGCTAGTAGATGTTCCTCCATTGTCTCCGGTCGAAGTCT 1594
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 67343553160
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5