BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G24660.1
Length=2282
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg342637 jgi|Araly1|342637|fgenesh1_pg.C_scaffold_3002400 3302 0.0
> Ahg342637 jgi|Araly1|342637|fgenesh1_pg.C_scaffold_3002400
Length=2025
Score = 3302 bits (1788), Expect = 0.0
Identities = 1948/2027 (96%), Gaps = 4/2027 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 66 ATGGGCATGGAAGCTTTGAGATTTCTTCATGTTATCTTCTTCTTTGTGCTAATTCTTCAC 125
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||
Sbjct 1 ATGGGCATGGAAGATTTGAGATTTCTTCATGTTATCTTCTTCTTTGTGTTGATTCTTCAC 60
Query 126 TGTCATTGTGGAACATCTCTCTCTGGTTCTTCTGATGTGAAGCTTCTTTTAGGAAAAATC 185
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 61 TGTCATTATGGAACATCTCTCTCTGGTTCTTCTGATGTGAAGCTTCTTTTAGGAAAGATC 120
Query 186 AAGTCTTCACTACAAGGAAACAGTGAGAGCTTACTGT-TGTCTTCTTGGAACTCCTCTGT 244
||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | |||||||||||||| |||||
Sbjct 121 AAGTCTTCACTACAAGGAAACAGTGAGAGCTTACT-TCTATCTTCTTGGAACTCTTCTGT 179
Query 245 TCCTGTTTGTCAATGGAGAGGTGTAAAATGGGTATTTTCAAATGGGTCTCCTCTTCAATG 304
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 180 TCCTGTTTGTCAATGGAGAGGGGTAAAATGGGTATTTTCAAATGGGTCTCCTCTTCAATG 239
Query 305 TAGTGACCTCTCTTCACCACAATGGACTAATACctctctgttcaacgactcttctcttca 364
|||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 240 TAGTGACCTCTCTTCACCACAATGGACTAACAACTCTCTGTACAACGACTCTTCTCTTCA 299
Query 365 ccttctctctcttcagcttccttctgctaatctcaCTGGTTCACTCCCTAGAGAGATTGG 424
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 300 CCTTCTCTCTCTTCAGCTGCCTTCTGCTAATCTCACTGGTTCACTACCTAGAGAGATTGG 359
Query 425 TGAGTTCTCTATGCTTCAAAGTGTGTTCCTCAACATCAATTCATTAAGTGGGTCAATCCC 484
|||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 360 TGAGTTTTCTATGCTTCAAAGTGTGTTTCTCAACATCAATTCTTTAAGTGGGTCAATCCC 419
Query 485 TCTTGAGCTTGGTTACACTTCTTCTCTCTCTGATGTTGATTTGAGTGGTAATGCCTTAGC 544
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 420 TCTTGAGCTTGGTTACACTTCTTCTCTCTCTGATGTTGATTTGAGTGCTAATGCCTTAGC 479
Query 545 TGGGGTTTTGCCTCCATCGATTTGGAACCTCTGTGATAAGCTTGTCTCTTTCAAGATTCA 604
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 480 TGGGGTTTTACCTCCATCGATTTGGAACCTCTGTGATAAGCTTGTCTCTTTCAAGATTCA 539
Query 605 TGGTAATAACTTGTCTGGGGTTTTGCCTGAGCCTGCTTTGCCAAATTCGACTTGTGGTAA 664
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||| ||||
Sbjct 540 TGGTAATAATTTGTCTGGGGTTTTGCCTGAGCCTGCTTTACCAAATTCCACTTGTAGTAA 599
Query 665 TCTCCAAGTTCTTGATTTGGGTGGTAATAAGTTCTCAGGTGAGTTTCCTGAGTTTATAAC 724
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 600 TCTCCAAGTTCTTGATTTGGGTGGTAATAAGTTCTCTGGTGAGTTTCCTGAGTTTATAAC 659
Query 725 TAGGTTTAAAGGTGTGAAGTCACTTGATCTTTCAAGTAATGTCTTTGAAGGTCTTGTTCC 784
||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 660 TAGGTTTAAAGGTCTGAAATCACTTGATCTTTCAAGTAATGTCTTTGAAGGTCTTGTTCC 719
Query 785 TGAGGGTTTAGGTGTATTAGAGCTAGAAAGTCTCAATCTTTCTCATAATAACTTCAGTGG 844
||||||||| ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 720 TGAGGGTTTGGGTGTATTACAACTAGAAAGTCTCAATCTTTCTCATAATAACTTCAGTGG 779
Query 845 GATGTTGCCAGATTTTGGTGAGTCAAAGTTTGGAGCAGAATCTTTCGAAGGGAACAGTCC 904
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 780 GATGTTGCCAGATTTTGGTGAGTCAAAGTTTGGCGCAGAATCTTTTGAAGGGAACAGTCC 839
Query 905 TAGCCTTTGTGGTTTGCCTTTGAAGCCTTGTCTAGGCTCCTCTAGGTTAAGTCCAGGTGC 964
|||||||||||||||||||||||| |||||| |||| ||||||||||| |||||||||||
Sbjct 840 TAGCCTTTGTGGTTTGCCTTTGAAACCTTGTTTAGGATCCTCTAGGTTGAGTCCAGGTGC 899
Query 965 TGTTGCTGGTCTGGTGATTGGTTTAATGTCTGGAGCTGTTGTTGTGGCCTCGTTGTTAAT 1024
|||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 900 TGTTGCTGGTCTGGTGATTGGTTTAATGTCCGGGGCTGTTGTTCTGGCCTCGTTGTTAAT 959
Query 1025 AGGGTATTTGCagaacaagaaaagaaagagtagtatagagagtgaagatgatttggaaga 1084
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 960 AGGGTATTTGCAGAACAAGAAAAGAAAGAGTAGTATAGAGAGTGAAGATGATTTGGAAGA 1019
Query 1085 aggtgatgaagaagatgaaatcggtgagaaagaaggcggtgaaggaaAGTTAGTTGTGTT 1144
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||| |||||||
Sbjct 1020 AGGTGATGAAGAAGATGAAATCGGTGAAAAAGAAGGCGGTGAAGGGAAGTTAATTGTGTT 1079
Query 1145 TCAAGGTGGTGAGAATCTGACGTTGGATGATGTTTTGAATGCTACTGGG-CAAGTTATGG 1203
|||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| || ||| ||||||||||
Sbjct 1080 CCAAGGTGGTGAGAATCTGACATTGGACGATGTTTTGAATGCGAC-GGGCCAAGTTATGG 1138
Query 1204 AGAAGACTAGCTATGGTACTGTCTATAAAGCTAAGCTTAGTGATGGAGGGAATATTGCAT 1263
|||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1139 AGAAGACTAGTTATGGTACTGTCTATAAGGCTAAGCTTAGTGATGGTGGGAATATTGCAT 1198
Query 1264 TGAGGCTATTGAGAGAAGGTACTTGCAAGGATAGAAGTTCTTGTCTGCCTGTTATAAGGC 1323
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1199 TGAGGCTATTGAGAGAAGGTACTTGCAAGGATAGAAGTTCTTGTTTGCCTGTTATAAGGC 1258
Query 1324 AGTTAGGACGCATTCGGCATGAGAATTTGGTTCCCTTGAGAGCTTTCTATCAAGGGAAGA 1383
|||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |
Sbjct 1259 AGTTGGGACGCATTCGGCATGAGAATTTGGTTCCGTTGAGAGCTTTCTATCAGGGGAAAA 1318
Query 1384 GAGGAGAAAAGCTTCTCATCTATGACTATCTTCCCAACATAAGCTTACATGATTTGTTGC 1443
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1319 GAGGAGAAAAGCTTCTCATCTATGACTATCTTCCCAACATAAGCTTACATGATTTGTTGC 1378
Query 1444 ATGAAAGTAAACCTCGAAAGCCAGCTTTGAATTGGGCTAGGAGACACAAGATTGCACTTG 1503
| || ||||||||| ||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1379 ACGAGAGTAAACCTGGAAAGCCAGCTCTGAATTGGGCCAGGAGACACAAGATTGCACTTG 1438
Query 1504 GAATAGCGAGGGGACTTGCTTATCTTCATACTGGACAAGAAGTTCCTATCATCCATGGAA 1563
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1439 GAATAGCGAGGGGACTTGCTTATCTTCATACTGGTCAAGAAGTTCCTATCATCCATGGCA 1498
Query 1564 ATATTAGATCAAAGAACGTGCTTGTGGACGACTTTTTCTTTGCAAGGCTAACTGAGTTTG 1623
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||
Sbjct 1499 ATATTAGATCAAAGAACGTGCTTGTGGACGACTTTTTCTATGCAAGGCTTACTGAGTTTG 1558
Query 1624 GGCTTGACAAGATAATGGTACAGGCAGTAGCAGATGAGATTGTCTCGCAGGCGAAATCCG 1683
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1559 GGCTTGACAAGATAATGGTTCAGGCAGTAGCAGATGAGATTGTCTCGCAGGCGAAATCCG 1618
Query 1684 ACGGGTACAAAGCACCTGAACTCCACAAGATGAAGAAATGCAATCCAAGGAGTGATGTTT 1743
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1619 ACGGGTACAAAGCACCTGAACTCCACAAGATGAAGAAATGCAATCCAAGGAGTGATGTTT 1678
Query 1744 ACGCCTTTGGGATCCTTCTCTTGGAGATATTGATGGGTAAGAAACCAGGAAAGAGTGGAA 1803
|||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1679 ACGCCTTTGGAATCCTTCTCTTGGAGATACTGATGGGTAAGAAACCGGGAAAGAGTGGAA 1738
Query 1804 GGAACGGTAATGAGTTTGTGGACTTGCCTTCTTTGGTTAAAGCTGCGGTGTTGGAAGAGA 1863
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1739 GGAACGGTAATGAGTTTGTGGACTTGCCTTCTTTGGTTAAAGCTGCAGTGTTGGAAGAGA 1798
Query 1864 CGACAATGGAGGTTTTCGACTTGGAGGCAATGAAAGGGATTAGGAGCCCAATGGAAGAAG 1923
| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1799 CAACAATGGAGGTTTTCGATTTGGAGGCAATGAAAGGAATTAGAAGCCCAATGGAAGAAG 1858
Query 1924 GTTTGGTTCATGCATTGAAGCTAGCGATGGGATGTTGTGCTCCTGTTACAACAGTTAGAC 1983
|||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1859 GTTTGGTTCATGCATTGAAGCTGGCAATGGGATGTTGTGCTCCTGTTACAACAGTTAGAC 1918
Query 1984 CCAGCATGGAAGAGGTTGTGAAGCAGTTGGAAGAGAACAGACCGAGGAATAGATCCGCAT 2043
||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1919 CCACCATGGAAGAGGTTGTGAAGCAGTTGGAGGAGAACAGACCGAGGAATAGATCCGCAT 1978
Query 2044 TGTACAGCCCAACCGAAACCAGGAGCGACGCCGAAACTCCATTTTGA 2090
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1979 TGTACAGCCCAACAGAAACCAGGAGCGACGCCGAAACTCCATTTTGA 2025
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 85931592720
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5