BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= AT3G25690.1 Length=3384 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg484330 jgi|Araly1|484330|fgenesh2_kg.5__322__AT3G25690.1 5509 0.0 > Ahg484330 jgi|Araly1|484330|fgenesh2_kg.5__322__AT3G25690.1 Length=3311 Score = 5509 bits (2983), Expect = 0.0 Identities = 3210/3320 (97%), Gaps = 14/3320 (0%) Strand=Plus/Plus Query 14 CTGTAAAGTTTTGTCAGTACCTGGAAGTTTCTCTTACAGAAGCAAGTGTGTTTATCCATT 73 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1 CTGTAAAGTTTTGTCAGTACCTGGAAGTTTCTCTTACAGAAGCAAGTGTGTTTATCCATT 60 Query 74 TGTCATAAGGTTGATGAACAAGATTTGGACTAGAGA-TTGT-TTGAAGGAACGATGGGTT 131 |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| || | |||||||||||||||||| Sbjct 61 TGTCATAAGGTTCATGAACAGGATTTGGACTAGAGATTTTTCTTGAAGGAACGATGGGTT 120 Query 132 AAGTTAGTATCAGTAGAGTGATAATTTTAAGGAGACTTTCCGGTTCTGTAGATGAGACGG 191 |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 121 GAGTTAGTATCCGTAGAGTGATATTTTTAAGGAGACTTTCCGGTTCTGTAGATGAGACGG 180 Query 192 GGAAGGGAATTGATTCCCATTTCAAGATTTTAATATATGTTTGTCCGGATAGGGTTTGTT 251 ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 181 GGAAGGGAATTTATTCCCATTTCAAGATTTTAATATATGTTTGTCCGGATAGGGTTTGTT 240 Query 252 GTTGCTGCTTCCATTGCAGCAGTTACTGTTAAGCGGCTCAACGTTAAACCCTCCAAACCA 311 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 241 GTTGCTGCTTCCATTGCAGCAGTTACTGTTAAGCGGCTCAACGTTAAACCCTCCAAACCG 300 Query 312 AGCAAACCATCAGATAATGGCGAAGGAGGCGACAAAGAACAGTCTGTGGATCCCGACTAC 371 ||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||| || Sbjct 301 AGCAAACCATCAGATAATGGCGAAGGAGGTGATAAAGAACAGTCTGTGGATCCCGACAAC 360 Query 372 AATCTCAATGACAAGAATCTGCaagaggaggaagaggaagaagaagaagaggTGAAACTA 431 |||||||||||||||||| |||||||||||| | | |||||||||||||||||||||||| Sbjct 361 AATCTCAATGACAAGAATGTGCAAGAGGAGG-A-A-GAAGAAGAAGAAGAGGTGAAACTA 417 Query 432 ATCAACAGTGTAATCAATCAGACTCGTGGAAGTTTCTCGGACTACTTAGATGATGATATA 491 |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| Sbjct 418 ATCAACAGCGTAATCAATCAGACTCGTGGAAGTTTCTCGGACTTTTTAGATGATGATATT 477 Query 492 TTACCCGAGTTTGAAGATCTTTTATCTGGTGAGATTGAGTATCCATTGCCTGATGATGAT 551 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 478 TTACCCGAGTTTGAAGATCTTTTATCTGGTGAGATTGAGTATCCATTGCCTGATGATGAT 537 Query 552 AATAACTTGGAGAAAGCTGAGAAAGAGAGGAAATATGAAGTCGAGATGGCTTATAACGAT 611 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| Sbjct 538 AATAACTTGGAGAAAGCTGAGAAAGAGAGGAAATATGAAGTCGAAATGGCGTATAACGAT 597 Query 612 GGTGAGCTCGAACGGTT-AAAGCAATTAGTTAAGGAGCTAGAAGAAAGAGAAGTGAAACT 670 |||||||||||| |||| ||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 598 GGTGAGCTCGAAAGGTTGAAA-CAGTTAGTTAAGGAGCTAGAAGAAAGAGAAGTGAAACT 656 Query 671 TGAAGGTGAATTACTCGAGTATTATGGACTTAAAGAGCAAGAATCAGATATCGTTGAGTT 730 ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| Sbjct 657 CGAAGGTGAATTGCTCGAGTATTATGGACTTAAAGAGCAAGAATCGGATATAGTTGAGTT 716 Query 731 ACAAAGACAGCTCAAGATCAAGACTGTTGAGATTGATATGTTAAACATCACTATTAATTC 790 ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| Sbjct 717 ACAAAGACAGCTCAAGATCAAGACTGTTGAGATCGATATGTTAAACATCACTATTAATTC 776 Query 791 TCTGCAAGCTGAGAGAAAAAAGCTTCAAGAAGAGCTCTCACAAAACGGTATTGTAAGAAA 850 ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| Sbjct 777 TCTGCAAGCTGAGAGGAAAAAGCTTCAAGAAGAGCTCTCACAAAACGGTATAGTAAGAAA 836 Query 851 GGAGCTTGAAGTGGCGAGAAACAAGATCAAGGAGTTGCAGAGGCAAATCCAACTCGATGC 910 |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 837 GGAGCTTGAAGTGGCGAGAAACAAGATCAAAGAGTTGCAGAGGCAAATCCAACTCGATGC 896 Query 911 TAACCAGACGAAAGGACAGTTACTGTTGCTTAAGCAGCATGTATCAAGTCTTCAAATGAA 970 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 897 TAACCAGACGAAAGGACAGTTACTGTTGCTTAAGCAGCATGTATCAAGTCTTCAAATGAA 956 Query 971 AGAAGAAGAAGCTATGAATAAAGATACTGAAGTTGAGAGGAAGCTTAAAGCTGTACAGGA 1030 ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| Sbjct 957 AGAAGAAGAAGCTATGAATAAAGATACCGAAGTTGAGAGGAAGCTTAAAGCTGTTCAGGA 1016 Query 1031 TTTGGAAGTGCAAGTTATGGAACTCAAGAGAAAAAATAGAGAGCTTCAACATGAGAAGAG 1090 |||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||| Sbjct 1017 TTTGGAAGTGGAAGTTATGGAACTCAAGAGAAAAAACAGAGAGCTTCAATATGAGAAGAG 1076 Query 1091 AGAGTTATCCATTAAACTCGATTCAGCGGAAGCAAGAATTGCAACTCTTTCAAACATGAC 1150 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1077 AGAGTTATCCATTAAACTCGATTCAGCGGAAGCAAGAATTGCAACTCTTTCAAACATGAC 1136 Query 1151 TGAGAGCGATAAAGTGGCGAAAGTTAGAGAAGAGGTTAACAATTTGAAGCATAACAATGA 1210 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1137 CGAGAGCGATAAAGTGGCGAAAGTTAGAGAAGAGGTTAACAATTTGAAGCATAACAATGA 1196 Query 1211 GGATTTGTTAAAGCAAGTGGAAGGGCTTCAAATGAATAGGTTTAGTGAAGTTGAGGAATT 1270 |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| Sbjct 1197 GGATTTATTAAAGCAAGTTGAAGGGCTTCAAATGAATAGGTTCAGTGAAGTTGAGGAATT 1256 Query 1271 GGTTTATCTACGTTGGGTCAATGCATGTTTACGGTATGAGTTAAGAAACTACCAGACACC 1330 ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1257 GGTTTATCTCCGTTGGGTCAATGCATGTTTACGGTATGAGTTAAGAAACTACCAGACACC 1316 Query 1331 AGCTGGTAAAATCTCAGCTCGTGACTTAAGCAAGAACCTAAGCCCCAAGTCCCAAGCAAA 1390 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1317 AGCTGGTAAAATCTCAGCTCGTGACTTAAGCAAGAACCTAAGCCCCAAGTCCCAAGCAAA 1376 Query 1391 AGCAAAACGGTTAATGTTAGAGTATGCTGGTTCAGAGCGTGGCCAAGGAGATACCGACTT 1450 |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1377 AGCAAAACGGTTAATGCTAGAGTATGCTGGTTCAGAGCGTGGCCAAGGAGATACCGACTT 1436 Query 1451 AGAAAGCAACTATTCTCAACCTTCATCTCCGGGAAGCGATGATTTCGATAATGCTTCAAT 1510 |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || Sbjct 1437 AGAAAGCAACTACTCTCAACCTTCATCTCCGGGAAGCGATGATTTCGATAATGCTTCGAT 1496 Query 1511 GGATAGTTCCACAAGTAGGTTTAGTAGTTTTAGCAAGAAGCCAGGATTGATTCAGAAACT 1570 ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| Sbjct 1497 GGATAGTTCCACAAGTAGGTTGAGTAGTTTTAGCAAGAAACCAGGATTGATTCAGAAACT 1556 Query 1571 TAAGAAATGGGGCAAAAGCAAGGATGATTCAAGCGTTCAATCATCGCCTTCAAGATCATT 1630 |||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| Sbjct 1557 CAAGAGATGGGGCAAAAGCAAGGATGATTCGAGCGTTCAATCGTCGCCTTCAAGATCATT 1616 Query 1631 TTACGGAGGATCACCGGGAAGACTTAGCTCGAGTATGAATAAACAGAGAGGTCCTTTAGA 1690 || ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1617 CTATGGAGGATCACCGGGAAGACTTAGCTCGAGCATGAATAAACAGAGAGGTCCTTTAGA 1676 Query 1691 ATCTTTGATGATTAGAAACGCTGGTGAATCCGTAGCCATAACAACATTTGGTCAAGTGGA 1750 ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1677 ATCTTTGATGATTAGAAACGCCGGTGAATCCGTAGCCATAACAACATTTGGTCAAGTGGA 1736 Query 1751 TCAAGAATCTCCTGGTACCCCTGAAACACCGAATCTTCCAAGAATCAGAACACAACAACA 1810 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| Sbjct 1737 TCAAGAATCTCCTGGTACCCCTGAAACACCGAATCTTCCTAGAATCCGAACACAACAACA 1796 Query 1811 AGCTTCTTCTCCGGGTGAGGGTTTGAATTCCGTTGCAGCATCGTTCCACGTGATGTCTAA 1870 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1797 AGCTTCTTCTCCGGGTGAGGGTTTGAATTCCGTTGCAGCATCGTTCCACGTGATGTCTAA 1856 Query 1871 ATCGGTTGACAATGTTTTGGATGAGAAGTATCCTGCGTACAAAGACAGGCATAAGTTGGC 1930 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1857 ATCGGTTGACAATGTTTTGGATGAGAAGTATCCTGCGTACAAAGACAGGCATAAGTTGGC 1916 Query 1931 AGTTGAAAGAGAGAAGCACATTAAGCATAAAGCAGATCAAGCAAGAGCAGAGAGATTTGG 1990 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| Sbjct 1917 AGTTGAAAGAGAGAAGCACATTAAGCATAAAGCAGATCAAGCGAGAGCAGAGAGATTTGG 1976 Query 1991 CGGTAATGTGGCTTTGCCTCCTAAACTTGCTCAACTAAAGGAGAAAAGGGTTGTTGTTCC 2050 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| Sbjct 1977 CGGTAATGTGGCTTTGCCTCCTAAACTTGCTCAACTAAAGGAGAAAAGGGTTGTGGTTCC 2036 Query 2051 CTCTGTGATCACAGCCACAGGTGATCAGTCTAACGAGTCAAATGAATCTAACGAAGGTAA 2110 ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| Sbjct 2037 CTCCGTGATCACAGCCACAGGTGATCAGTCTAACGAGTCAAATGAGTCTAACGAAGGTAA 2096 Query 2111 AGCCAGCGAAAACGCTGCAACCGTAACCAAAATGAAGCTTGTAGACATTGAGAAACGACC 2170 ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2097 AGCCAACGAAAACGCTGCAACCGTAACCAAAATGAAGCTTGTAGACATTGAGAAACGACC 2156 Query 2171 TCCTAGAGTACCTCGCCCGCCTCCAAGATCAGCTGGAGGTGGTAAAAGTACTAACTT-GC 2229 ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||| | ||| || Sbjct 2157 TCCTAGAGTACCTCGCCCGCCTCCAAGATCATCTGGAGCTGGTAAAAGTACCA-CTTTGC 2215 Query 2230 CTTCAGCAAGACCTCCTTTacctggtggtggtccaccaccacctcctccaccacctggcg 2289 |||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2216 CTTCAGCAAGACCTCCCTTACCTGGTGGAGGTCCACCACCACCTCCTCCACCACCTGGCG 2275 Query 2290 gtggaccgcctcctccacctggcggtggaccacctccaccaccacctcctcctGGAGCAC 2349 |||| || |||||||||||||| ||||| || || ||||||||||| ||||||||||||| Sbjct 2276 GTGGGCCTCCTCCTCCACCTGGTGGTGGGCCGCCGCCACCACCACCGCCTCCTGGAGCAC 2335 Query 2350 TTGGAAGAGGAGCGGGAGGCGGGAACAAAGTTCACCGAGCTCCTGAGCTTGTTGAGTTTT 2409 |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2336 TTGGAAGAGGAGCGGGAGGCGGCAACAAAGTTCACCGAGCTCCTGAGCTTGTTGAGTTTT 2395 Query 2410 ATCAATCATTGATGAAACGTGAATCGAAGAAAGAAGGTGCACCTTCTTTGATCTCTTCAG 2469 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2396 ATCAATCATTGATGAAACGTGAATCGAAGAAAGAAGGTGCACCTTCTTTGATCTCTTCAG 2455 Query 2470 GAACTGGTAATTCTTCAGCAGCTAGGAACAATATGATTGGGGAAATCGAGAACCGATCAA 2529 ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2456 GAACTGGTAATTCATCAGCAGCTAGGAACAATATGATTGGGGAAATCGAGAACCGATCAA 2515 Query 2530 CATTCCTCTTAGCAGTAAAAGCGGATGTGGAGACACAAGGGGACTTTGTACAGTCGTTAG 2589 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||| Sbjct 2516 CATTCCTCTTAGCAGTAAAAGCGGATGTGGAGACACAAGGGGACTTTGTTCAGTCATTAG 2575 Query 2590 CAACTGAAGTCCGAGCTTCTTCTTTCACCGACATAGAAGATCTCTTGGCGTTCGTTAGCT 2649 ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2576 CAACTGAAGTCCGAGCTGCTTCTTTCACCGACATAGAAGATCTCTTGGCGTTCGTTAGCT 2635 Query 2650 GGCTAGATGAAGAGCTCTCCTTCTTGGTTGATGAAAGGGCAGTTCTTAAACACTTTGACT 2709 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | Sbjct 2636 GGCTAGATGAAGAGCTCTCCTTCTTGGTTGATGAAAGGGCAGTTCTTAAACACTTTGATT 2695 Query 2710 GGCCAGAAGGTAAAGCTGATGCGCTACGAGAAGCAGCTTTTGAATATCAAGATCTTATGA 2769 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2696 GGCCAGAAGGTAAAGCTGATGCGCTACGAGAAGCAGCTTTTGAATATCAAGATCTTATGA 2755 Query 2770 AACTGGAGAAGCAAGTTACGTCCTTTGTTGATGATCCTAATCTCTCTTGTGAACCTGCTT 2829 ||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||| Sbjct 2756 AACTGGAGAAGCAAGTTACTTCCTTTGTCGATGATCCTAATCTCCCTTGTGAACCTGCTT 2815 Query 2830 TGAAGAAGATGTACAAGTTGCTAGAGAAGGTTGAACAAAGTGTATACGCGCTTTTACGTA 2889 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2816 TGAAGAAGATGTACAAGTTGCTAGAGAAGGTTGAACAAAGTGTATACGCGCTTTTACGTA 2875 Query 2890 CGAGAGACATGGCGATTTCACGATATAAAGAATTCGGGATTCCAGTTGATTGGTTATCTG 2949 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2876 CAAGAGACATGGCGATTTCACGATATAAAGAATTCGGGATTCCAGTTGATTGGTTATCTG 2935 Query 2950 ATACTGGCGTCGTAGGAAAGATCAAGCTTTCGTCAGTCCAGCTCGCGAAGAAGTACATGA 3009 |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2936 ATACTGGCGTCGTAGGGAAGATCAAGCTTTCGTCAGTCCAGCTCGCGAAGAAGTACATGA 2995 Query 3010 AACGAGTAGCTTATGAGCTAGATTCAGTGAGCGGATCCGATAAAGATCCGAACAGAGAGT 3069 ||||||||||||||||||| ||||||||||| || || ||||||||||| |||||||||| Sbjct 2996 AACGAGTAGCTTATGAGCTTGATTCAGTGAGTGGCTCTGATAAAGATCCTAACAGAGAGT 3055 Query 3070 TCTTGCTTCTCCAAGGTGTTCGTTTCGCGTTTAGAGTCCATCAGTTTGCTGGAGGGTTTG 3129 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 3056 TCTTGCTTCTCCAAGGTGTTCGTTTCGCGTTTAGAGTCCATCAGTTTGCTGGAGGGTTTG 3115 Query 3130 ATGCAGAGAGCATGAAAGCATTTGAGGAACTTAGAAGCAGAGCCAAAACTGAAAGTGGAG 3189 ||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 3116 ATGCAGAGAGCATGAAAGCATTTGAAGAACTAAGAAGCAGAGCCAAAACTGAAAGTGGAG 3175 Query 3190 -ACaataataataataataataataataGCAATGAAGAAGAATCTGTAAACTGAGTTTTA 3248 | | || |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 3176 GAGAC-AAGAATAATAATAATAACAA---CAATGAAGAAGAATCTGTAAACTGAGTTTTA 3231 Query 3249 TTACTTCTCTCTGTATCATTTGTATCACATACTTCATTTATAGTACAGTGAAATTTATAG 3308 |||||| ||| ||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||| Sbjct 3232 TTACTTTTCTATGTATCATTTGTATCACATACATGATTTATAGTACAGTGAAATTTATAG 3291 Query 3309 ATTCTTGTAAAAAGAAATAC 3328 |||||||||||||||||||| Sbjct 3292 ATTCTTGTAAAAAGAAATAC 3311 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 127759272561 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5