BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G27090.1
Length=1440
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg484493 jgi|Araly1|484493|fgenesh2_kg.5__485__AT3G27090.1 2161 0.0
> Ahg484493 jgi|Araly1|484493|fgenesh2_kg.5__485__AT3G27090.1
Length=1395
Score = 2161 bits (1170), Expect = 0.0
Identities = 1330/1406 (95%), Gaps = 16/1406 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 10 ttcttctctctcattctctcttctGACGTGTTTCCCTTCTTCGGTTTCTCATCCTCACGT 69
|||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 TTCTTCTCTCACATTCTCTCTTCTGACGTGTTT-CCTTCTTCGGTTTCTCATCCTCACGT 59
Query 70 CCGCCGGATTTCGAGGAAACGAAGAAGAAGAAGAAC-AACAAC-AACAAAAGCCTTTTGA 127
||| ||||||| ||||||||||||||||| ||| | | | | || ||||||
Sbjct 60 CCGTCGGATTTTGAGGAAACGAAGAAGAA-AAGGTCTGTC-TCTTATGGTAGAGTTTTGA 117
Query 128 GATATGGACAGCTTCTGGCAATTAGGTGATGAGCTACGAGGTCAGACGAGAGCATCAGAG 187
| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 118 GTTATGGACAGCTTCTGGCAATTGGGTGATGAGCTACGAGGTCAAACGAGAGCATCAGAG 177
Query 188 GATCACAAATGGTCTACTGTTGCAACGAAGCTAGCTGAGCAAACTAGAATGAAAGGGGAG 247
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 178 GATCACAAATGGTCTACTGTTGCAACGAAGCTAGCCGAGCAAACTAGAATGAAAGGGGAG 237
Query 248 AGGATGAACAATCTTGATCTCTCCAAAGGTTACACTGAGTTTAGACCAAGTGAGAAATTC 307
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || |||||||| || ||
Sbjct 238 AGGATGAACAATCTAGATCTCTCCAAAGGTTACACTGAGTTCAGGCCAAGTGACAAGTTT 297
Query 308 AGTTTCCAGGAGAACAATCTTAACTTCAACATGTTGAATTTGGATGGTAAATTTGGTGAA 367
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 298 AGTTTCCAAGAGAACAATCTTAACTTCAACATGTTGAATTTGGATGGCAAATTTGGTGAA 357
Query 368 AGCATCATGGGGAAGACTTCGATGCAGAGCAATGTTTATAATATGAATACTGTTTTCCAG 427
|||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 358 GGCATTATGGGGAAGACGTCGATGCAGAGCAATGTTTATAATATGAATACTGTTTTCCAG 417
Query 428 AAGAATGACTTTAAGAGTGGAGGCAACATGAAAGTTAACAAGTATAATGGTAATGTTGTT 487
|||||||| |||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 418 AAGAATGAGTTTAAGAGTGGAGGGAACACGAAAGTTAACAAGTATAATGGTAATGTTGTT 477
Query 488 GCTAACAAGGAGATGAGCAACAACAAACATAACAACAACTGCAATGATAATGGGAATATG 547
|||||||||||||||| |||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||
Sbjct 478 ACTAACAAGGAGATGAGTAACAACAAACATAACAAC-A--GCAATGATAATGGGAATATG 534
Query 548 AATTTGGCTGTTGACAAGAGGTTTAAAACCTTGCCTGCTTCGGAGACTCTTCCGAGGAAT 607
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 535 AATTTGGCTGTTGACAAGAGGTTTAAAACCTTGCCTGCTTCGGAGACACTTCCGAGGAAC 594
Query 608 GAAGTTCTTGGTGGTTACATCTTTGTTTGCAACAATGATACTATGCAGGAGGATATGAAA 667
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 595 GAAGTTCTTGGTGGTTACATCTTTGTTTGCAACAATGATACCATGCAGGAGGATATGAAA 654
Query 668 CGTCACCTCTTTGGTTTACCTCCAAGATACAGAGACTCTGTTCGAGCTATAACACCTGGA 727
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 655 CGTCACCTCTTTGGTTTACCTCCAAGATACAGAGACTCTGTTCGAGCTATAACACCTGGA 714
Query 728 TTGCCTCTGTTTCTTTACAACTACACCACTCACCAGCTTCATGGTATCTTTGAGGCAACA 787
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 715 TTGCCTCTGTTTCTCTACAACTACACCACTCACCAGCTCCATGGTATCTTTGAGGCAACA 774
Query 788 ACTTTTGGAGGTACTAATATTGATGCTACTGCTTGGGAAGACAAAAAGTGCAAAGGAGAG 847
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 775 ACTTTTGGAGGTACTAATATTGATGCTACTGCTTGGGAAGACAAAAAGTGCAAAGGAGAG 834
Query 848 TCAAGGTTTCCGGCTCAGGTAAGGATCAGAGTGAGGAAAATCTGCAAAGCCTTGGAAGAG 907
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 835 TCAAGGTTTCCGGCTCAGGTAAGGATCAGAGTGAGGAAAATCTGCAAAGCCTTGGAAGAG 894
Query 908 GACTCCTTCAGGCCAGTACTTCACCACTATGATGGTCCAAAATTCCGCCTTGAGCTCTCT 967
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 895 GACTCCTTCAGGCCAGTTCTTCACCACTATGATGGTCCAAAGTTCCGCCTTGAGCTCTCT 954
Query 968 GTTCCTGAGACATTGGATCTGCTAGATCTTTGCGAACAAGCTGGTTCTGCATAAGCCGAA 1027
|||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 955 GTTCCTGAGACATTGGATCTGCTAGACCTCTGCGAACAAGCTGGTTCTGCATAAGCCGAA 1014
Query 1028 ACGATCAACCTTGCAATGCCACGTTGCAAAGAGGGGGATGTTTTGTATGAAATCTATCTA 1087
||||||||||||||||||| |||||| ||||||| | |||||||||||||||||||||
Sbjct 1015 ACGATCAACCTTGCAATGCTGCGTTGCGAAGAGGGTG--GTTTTGTATGAAATCTATCTA 1072
Query 1088 TATAT--GTAAGACCTACCGTAAGAGCGTAAGCTTTTGGGATTTAGTTAAGAGTCGGATT 1145
||||| ||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1073 TATATATGTATTACCTACCATAAGAGCGTAAGCTTTTGGGATTTAGTTAAGAGTCGGATT 1132
Query 1146 CAAATGTATGTTTACTAAGAAGGGATGAGAGTATGTGTGGTCTTAAGGCAAGCAAAAGAG 1205
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1133 CAAATGTATGTTTACTAAGAAGGGATGAGAGTATGTGTGGTCTTAAGGCAAGCAAAAGAG 1192
Query 1206 CGAAGAGGCTCTGCCGAATAAGCGACTACTCTtgttctgtgtcgtgtctgatgtgtgagt 1265
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| |||||||||||||| |
Sbjct 1193 CGAAGAGGCTCTGCCGAATAAGCGACTACTCTCGTTC-GTGTCATGTCTGATGTGTGATT 1251
Query 1266 gtgtgtctgtgtttgtgAGAGATTCGATACTCTTTGAAACAAAGATTTATGTAGAAGAAT 1325
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1252 GTGTGTCTGTGTTTGTGAGAGATTCGATACTCTTTGAAACAAAGATTTATGTAGAAGAAT 1311
Query 1326 ATAGAGAAAGAA-AGACTACTATAAACAGAGCCAAAAAATGATGTGAGCTACTGTTTGTG 1384
||||||| | || ||| |||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1312 ATAGAGAGA-AAGAGAG-ACTATAAACAGAGCTAAAAAATGATTTGAGCTACTGTTTGTG 1369
Query 1385 CTTGCTTGTGTAAGGATAAAACAAAT 1410
||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1370 TTTGCTTGTGTAAGGAGAAAACAAAT 1395
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 53859606430
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5