BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G45140.1
Length=2837
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg484907 jgi|Araly1|484907|fgenesh2_kg.5__899__AT3G45140.1 4145 0.0
> Ahg484907 jgi|Araly1|484907|fgenesh2_kg.5__899__AT3G45140.1
Length=2710
Score = 4145 bits (2244), Expect = 0.0
Identities = 2562/2717 (94%), Gaps = 16/2717 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 22 aaaaaTATGTATTGTAGAGAGTCCTTGTCGAGTCTCCAGACTTTGAACGTAGCAAAGAGT 81
||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||
Sbjct 1 AAAAAGATGTTTTGTAGAGAGTCCTTGTCGAGTCTCCAGACCTTGAGCGTAGCAAAGAGT 60
Query 82 CTCAGCTCTTTGTTCCCTAAACAATCAGCTCTCATCAACCCGATCTCCGCTGGACGTCGA 141
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||| | |||||||||
Sbjct 61 CTCAGCTCTTTGTTCCCTAAACAATCAGCACTCATCAACCCGATTTCCACCGGACGTCGA 120
Query 142 AACAACCTGCCTCGTCCAAACCTCAGAAGACGATGTAAGGTCACCGCTTCACGGGCTAAT 201
|||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 121 AACAACTTGCCTCGTCCGAACCTCAGAAGACGATGTAAGGTCACCGCTTCACGGTCTAAT 180
Query 202 ATTGAACAAGAAGGTAACACAGTGAAAGAACCCATTCAGAATATTAAAGTAAAGGGATAC 261
|||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||
Sbjct 181 ATTGAACAGGAAGGTAACATAGTGAAAGAACCCATTCAGAAAATCAAAGTAAAGGGATAC 240
Query 262 ATAACGGCCCAAGAAGAGTTTCTGGAGGGCATAACTTGGTCGAGAGGTCTCGATGACATT 321
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||
Sbjct 241 ATAACAGCCCAAGAAGAGTTTCTGGAGGGCATAACTTGGTCCAGAGGTCTAGATGACATC 300
Query 322 GCTGATATCCGCGGCAGATCATTGCTCGTCGAGCTTATTAGCGCCAAGACTGACCAGCGG 381
||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 301 GCTGATATCCGTGGCAGATCATTGCTTGTCGAGCTTATTAGCGCCAAGAGTGACCAGCGG 360
Query 382 ATTACGGTAGAAGACTACGCACAACGTGTATGGGCCGAAGCCCCTGATGAGAAGTACGAG 441
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 361 ATTACGGTAGAAGACTATGCACAACGTGTATGGGCCGAAGCCCCCGATGAGAAGTACGAG 420
Query 442 TGCGAGTTTGAGATGCCTGAAGACTTTGGACCAGTGGGAGCCATCAAGATTCAGAACCAA 501
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||| ||||||
Sbjct 421 TGCGAGTTTGAGATGCCTGAAGACTTTGGACCCGTGGGAGCCATCAAGGTTCAAAACCAA 480
Query 502 TACCATCGACAGTTGTTCCT-CAAGGGGGTAGAGCTTAAATTACCCGGCGGGTCGATAAC 560
|||||| ||||||||||||| ||| ||| | |||||| | ||||||||||||||| | ||
Sbjct 481 TACCATAGACAGTTGTTCCTCCAA-GGGATGGAGCTTGAGTTACCCGGCGGGTCGGTTAC 539
Query 561 GTTTACATGTGAGTCATGGGTGGCCCCCAAGTCCGTTGACCCAACCAAGCGGATATTCTT 620
||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 540 GTTTACATGTGAGTCATGGGTGGCCCCTAAGAACGTTGACCCAACCAAGAGGATATTCTT 599
Query 621 CTCCGACAAGTCCTACTTGCCTTCCCAAACACCAGAGCCTCTTAAAAAGTATCGAAAAGA 680
|||| || |||| |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 600 CTCCAACCAGTCTTACTTGCCTTCCGAAACACCGGAGCCTCTTAAAAAGTATCGAAAGGA 659
Query 681 GGAGCTCGAGACCTTACAAGGCAAGAACCGCGAGGAAGTTGGTGAATTTACCAAGTTTGA 740
|||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 660 GGAGCTAGAGACCTTACAAGGCAAGAACCGCGAGCAAGTTGGTGAATTTACCAAGTTTGA 719
Query 741 GCGCATTTACGACTATGATGTGTACAACGATGTTGGTGACCCTGACAATGATCCTGAACT 800
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 720 GCGCATTTACGACTATGATGTGTACAACGATGTGGGTGATCCTGACAATGATCCTGAACT 779
Query 801 TGCTCGTCCGGTAATTGGAGGCCT-CACACATCCATATCCAAGGCGTTGCAAGACCGGTC 859
||||||||| || ||||||||||| || |||||| |||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 780 TGCTCGTCCCGTCATTGGAGGCCTCCA-ACATCCGTATCCAAGGCGTTGCAAGACTGGTC 838
Query 860 GAAAACCTTGTGAGACTGACCCCTCTTCAGAGCAACGCTACGGGGGAGAGTTCTATGTAC 919
| |||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 839 GCAAACCTTGTGAGACTGACCCTTCCTCAGAGCAACGCTACGGGGGAGAGTTCTATGTCC 898
Query 920 CAAGAGACGAGGAGTTCTCTACAGCCAAGGGCACTTCATTCACAGGCAAGGCCGTAC-TG 978
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| | ||
Sbjct 899 CAAGAGACGAGGAGTTCTCTACAGCCAAGGGCACTTCATTCACAGGAAAGGCCGT-CTTG 957
Query 979 GCAGCTCTTCCCTCCATCTTCCCTCAGATCGAGTCTGTTCTATT-GAGTCCCCAAGAACC 1037
||||||||||||||| ||||||| |||||||| |||||||| || || ||||||| ||
Sbjct 958 GCAGCTCTTCCCTCCGTCTTCCCGCAGATCGAATCTGTTCTGTTGGA-TCCCCAATCGCC 1016
Query 1038 TTTTCCACACTTCAAGGCCATACAAAATCTCTTTGAAGAAGGCATTCAGCTTCCCAAGGA 1097
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||
Sbjct 1017 ATTTCCACATTTCAAGGCCATACAAAATCTCTTTGAAGAAGGTATCCAGCTTCCCAAGGA 1076
Query 1098 TGCTGGCCTCTTACCTCTGCTCCCCAGAATCATCAAAGCTCTTGGCGAAGCTCAAGATGA 1157
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1077 TGCTGGCCTTTTACCTCTGCTCCCCAGAATCATCAAAGCTCTTGGTGAAGCTCAAGATGA 1136
Query 1158 TATTCTCCAGTTTGATGCCCCAGTTCTCATTAACAGGGATAGATTTTCATGGTTACGAGA 1217
|||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1137 TATTCTTCAGTTTGAAGCCCCAGTTCTCATTAACAGGGATAGATTTTCATGGTTACGAGA 1196
Query 1218 CGACGAGTTTGCTCGCCAGACACTTGCCGGCCTTAATCCTTATAGCATTCAGCTAGTTGA 1277
||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1197 CGACGAGTTCGCTCGCCAGACACTTGCAGGCCTTAATCCTTACAGCATTCAGCTAGTTGA 1256
Query 1278 AGAGTGGCCGTTAATAAGCAAACTAGACCCGGCCGTTTATGGTGATCCCACCTCACTCAT 1337
|||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1257 AGAGTGGCCGTTAAAAAGCAAACTAGACCCGGCAGTTTATGGAGATCCCACCTCACTCAT 1316
Query 1338 TACTTGGGAAATTGTGGAAAGAGAAGTTAAAGGAAACATGACAGTTGATGAGGCTCTAAA 1397
||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1317 TACTTGGGAAATTGTAGAAAAAGAAGTTAAAGGAAACATGACAGTTGATGAGGCTCTAAA 1376
Query 1398 GAATAAGAGATTGTTCGTGTTGGATTATCATGATTTGCTTCTACCATATGTGAACAAAGT 1457
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1377 GAATAAGAGATTGTTCGTGTTGGATTATCACGATTTGCTTCTACCATATGTGAACAAAGT 1436
Query 1458 GAGAGAGTTAAACAATACCACATTATATGCTTCTAGAACACTATTCTTCCTCAGCGATGA 1517
||||||||| | || || || |||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1437 GAGAGAGTTGGATAACACAACCTTATATGCTTCTCGAACACTATTCTTCCTCAGTGATGA 1496
Query 1518 TAGCACATTGAGGCCTGTTGCCATTGAGTTGACTTGTCCACCAAATATCAACAAGCCCCA 1577
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||
Sbjct 1497 TAGCACATTGAGGCCTGTTGCCATTGAGTTGACTTGTCCCCCAAATATCAACAAGCCTCA 1556
Query 1578 ATGGAAACAAGTCTTCACGCCAGGCTATGATGCTACGTCATGCTGGCTATGGAATCTTGC 1637
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1557 ATGGAAACAAGTCTTCACGCCAGGCTATGATGCTACGTCATGCTGGCTATGGAATCTTGC 1616
Query 1638 TAAGACTCATGCTATCTCTCATGACGCCGGTTATCATCAGCTTATTTCCCATTGGTTGAG 1697
||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1617 TAAAACTCATGCTATCTCTCATGACGCTGGTTATCATCAGCTTATTTCCCATTGGTTGAG 1676
Query 1698 GACTCAT-GCCTGTACGGAGCCATACATAATAGCGGCAAATAGACAACTAAGTGCCATGC 1756
||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1677 GACTCATTGC-TGTACGGAGCCATACATAATAGCGGCAAATAGACAACTAAGTGCCATGC 1735
Query 1757 ATCCCATTTATAGGCTTTTGCATCCTCATTTCCGCTACACCATGGAAATCAACGCTCGTG 1816
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1736 ATCCAATTTATAGGCTTTTGCATCCTCATTTCCGCTACACCATGGAGATCAACGCTCGTG 1795
Query 1817 CACGCCAAAGTCTTGTCAACGGAGGTGGAATCATTGAGACTTGTTTCTGGCCCGGGAAGT 1876
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1796 CACGCCAAAGTCTTGTCAATGGAGGTGGAATCATTGAGACTTGTTTTTGGCCCGGGAAGT 1855
Query 1877 ATGCATTAGAGCTAAGTTCAGCCGTCTATGGTAAACTATGGAGGTTTGACCAGGAAGGCT 1936
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||
Sbjct 1856 ATTCATTAGAGCTAAGTTCAGCCGTCTATGGTAAACTATGGAGGTTCGACAAGGAAGGCT 1915
Query 1937 TACCCGCGGATCTCATCAAAAGGGGGTTGGCTGAGGAAGATAAGACCGCAGAACATGGAG 1996
|||| || ||||||||| ||||||| |||||||||||||| ||||||| |||||||||
Sbjct 1916 TACCGGCAGATCTCATCGGAAGGGGGCTGGCTGAGGAAGATGAGACCGCGGAACATGGAC 1975
Query 1997 TACGTCTGACGATACCAGACTATCCATTTGCAAATGATGGTCTAATATTGTGGGATGCAA 2056
|||| || | |||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1976 TACGCCTAAGGATACCAGACTACCCATTTGCGAATGACGGTCTAATATTGTGGGATGCAC 2035
Query 2057 TTAAAGAATGGGTGACAGACTATGTGAAACATTACTATCCTGATGAAGAACTGATCACAT 2116
|||| |||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||| | |||||||||||
Sbjct 2036 TTAAGGAATGGGTGACAGACTATGTGAAACACTATTATCCAGATGATGGACTGATCACAT 2095
Query 2117 CGGACGAGGAACTCCAAGGATGGTGG-AGTGAAGTGCGGAACATAGGCCACGGAGACAAG 2175
||||||| |||||||||||||||||| | ||||||||||| |||||| ||||| || |||
Sbjct 2096 CGGACGACGAACTCCAAGGATGGTGGCA-TGAAGTGCGGACCATAGGGCACGGTGATAAG 2154
Query 2176 AAAGACGAACCTTGGTGGCCTGTCCTCAAAACACAAGATGACTTGATTGGTGTGGTAACT 2235
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2155 AAAGACGAACCTTGGTGGCCTGTCCTCAAAACACAAGATGACTTGATTGGTGTGGTAACT 2214
Query 2236 ACGATTGCATGGGTCACCTCAGGTCACCATGCAGCTGTAAACTTTGGACAGTACGGATAT 2295
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2215 ACAATTGCATGGGTCACCTCAGGTCACCATGCAGCTGTAAATTTTGGACAGTACGGATAT 2274
Query 2296 GGAGGATACTTTCCCAACCGACCAACGACAACAAGGATAAGAATGCCAACGGAAGATCCG 2355
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2275 GGAGGATACTTTCCCAACCGACCAACGACAACAAGGAGAAGAATGCCAACGGAAGATCCG 2334
Query 2356 ACAGATGAAG-CCTTAAAAGAGTTCTATGAGTCGCCAGAAAAAGTGTTGCTTAAGACATA 2414
|||||||||| ||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2335 ACAGATGAAGACCT-AAAAGAGTTCTATGAGTCACCAGAAAAAGTGTTGCTTAAGACATA 2393
Query 2415 CCCATCGCAGAAACAGGCGACCCTAGTGATGGTCACGTTGGATCTTTTATCAACACATTC 2474
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2394 CCCATCGCAGAAACAGGCAACCCTAGTGATGGTCACTTTGGATCTTTTATCAACCCATTC 2453
Query 2475 ACCTGACGAAGAGTACATTGGAGAACAACAAGAAGCATCTTGGGCCAATGAGCCTGTTAT 2534
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2454 ACCTGACGAAGAGTACATAGGAGAACAACAAGAAGCATCTTGGGCCAATGACCCTGTTAT 2513
Query 2535 CAATGCTGCATTTGAAAGATTCAAAGGCAAGCTCCAATATCTAGAAGGAGTGATAGATGA 2594
||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2514 CAATGCTGCATTTGAAAAATTCAAAGGTAAGCTCCAATATCTAGAAGGAGTGATAGATGA 2573
Query 2595 GAGAAACGTGAACATTACTCTAAAGAATAGAGCTGGAGCTGGTGTTGTTAAGTATGAGCT 2654
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2574 GAGAAACGTGAACGTTACTCTAAAGAATAGAGCTGGAGCTGGTGTTGTTAAGTATGAGCT 2633
Query 2655 TTTGAAGCCTAC-CTCTGAGCATGGTGTTACCGGAATGGGTGTTCCTTATAGTATTTCTA 2713
||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2634 TTTGAAGCCC-CTCTCTGAGCATGGTGTTACCGGAATGGGTGTTCCTTATAGTATTTCTA 2692
Query 2714 TTTGATCTATGCATTTT 2730
|||||||||||||||||
Sbjct 2693 TTTGATCTATGCATTTT 2709
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 107071678695
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5