BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= AT3G45190.1 Length=2808 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg347608 jgi|Araly1|347608|fgenesh1_pg.C_scaffold_5001000 3836 0.0 > Ahg347608 jgi|Araly1|347608|fgenesh1_pg.C_scaffold_5001000 Length=2379 Score = 3836 bits (2077), Expect = 0.0 Identities = 2286/2385 (96%), Gaps = 21/2385 (1%) Strand=Plus/Plus Query 118 ATGTTTTGGAAGTTGACTGCTCTCTCTGCTGCTTCACCGGTTGAATCCATATTAGACAAG 177 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||| Sbjct 1 ATGTTTTGGAAGTTGACTGCTCTCTCTGCTGCTTCACCGGTCGAATCGATATTAGACAAG 60 Query 178 GAAGATTTCACTTTGGAAGAACTTTTGGATGAGGAAGACATAATCCAAGAATGCAGAGCT 237 ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| Sbjct 61 GAAGATTTCACTTTGGAAGAACTATTGGATGAGGAAGATATAATCCAAGAATGCAGAGCT 120 Query 238 TTGAACAGCCGGCTCATAAATTTTCTGAGAGAAAGAGCCCAAGTGGAACAGTTATTACGT 297 ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| Sbjct 121 TTGAACAGCCGTCTCATAAATTTTCTGAGAGAAAGAGCCCAAGTGGAACAGTTGTTACGT 180 Query 298 TTTATTGTTGAAGAATCTCCTGAAGATGCAGACAGCAAGCGCGCTTTCAAGTTTCCTTTC 357 ||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 181 TTTATTGTTGAAGAATCTCCTGAAGATGCTGATAGCAAGCGCGCTTTCAAGTTTCCTTTC 240 Query 358 ATCTCCTCTGAAGTCTTGACCTGTGAAATTGATGTAATTCTCAAGACTTTAGTGGACGAG 417 ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| || |||||| Sbjct 241 ATCTCCTCTGAAGTCTTGACCTGTGAAATTGATGTTATTCTTAAGACTTTGGTAGACGAG 300 Query 418 GAGGAGCTAATGAACCTACTTTTCTCCTTTTTGGAACCCAACCGTTCCCACAGTGTAATG 477 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 301 GAGGAGCTAATGAACCTACTTTTCTCCTTTTTGGAACCCAACCGTTCCCACAGTGTAATG 360 Query 478 CTAGCTGGGTATTTCAGCAAGGTTGTCATATGCCTCATGTTGAGGAAGACGGTCCCGCTG 537 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 361 CTAGCTGGGTATTTCAGCAAGGTTGTCATATGCCTCATGTTGAGGAAGACGGTCCCGCTG 420 Query 538 ATGAACTATGTAAAAGCCCATCAGAATGTTTTCCAGCAACTGGTTGATTTGATAGGGATC 597 ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 421 ATGAACTATGTAAAAGCTCATCAGAATGTTTTCCAGCAACTGGTTGATTTGATAGGGATC 480 Query 598 ACGTCCATTATGGAGGTTCTTATCCGGTTGGTTGGTGCGGATGATCATGTGTATCCTAAC 657 |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| Sbjct 481 ACGTCCATTATGGAGGTTCTAATCCGGTTGGTTGGTGCGGATGATCATGTGTATCCCAAC 540 Query 658 CACCTAGATGTGATGCAATGGTTAGCTGATAGCAATCTGCTTGAAATGATTGTGGATAAG 717 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 541 CACCTAGATGTGATGCAATGGTTAGCTGATAGCAATCTGCTTGAAATGATTGTGGATAAG 600 Query 718 CTTAGCCCATCAAACTCTCTTGAAGTTCATGCAAATGCTGCTGAAACACTGTGCACTATC 777 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| Sbjct 601 CTTAGCCCATCAAACTCTCTTGAAGTTCATGCAAATGCTGCCGAAACACTGTGCACTATC 660 Query 778 GCTCAAAATGCACCGTCACCGTTGGCTACCAAACTTTCTAGTTCAAGTTTTGTTGCAAGG 837 ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||| Sbjct 661 GCTCAAAATGCACCGTCACCGTTGGCTACCAAACTCTCTAGTTCAAGTTTTGTTGGAAGG 720 Query 838 ATATTTGGTCATGCTTTCGAAGATCCTCAGTCCAAATCTAGCCTTGTCCACACACTTTCG 897 |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 721 ATATTTGGTCATGCTTTCGAAGATCCCCAGTCCAAATCTAGCCTTGTCCACACACTTTCA 780 Query 898 GTGTGCATTTCATTGTTGAGCCCAAGAAGATCTGTAGTTTCTTCCCCCTTTATGTATTCA 957 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 781 GTGTGCATTTCATTGTTGAGCCCAAGAAGATCTGTAGTTTCTTCCCCCTTTATGTATTCA 840 Query 958 TTCAGGGGACAACAAATCTTCGAGTCTCCAATTTCTGTGAATCCGGAGACTATTGCCACC 1017 |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 841 TTCAGGGGCCAACAAATCTTCGAGTCTCCAATTTCTGTGAATCCGGAGACTATTGCCACC 900 Query 1018 ATGCTGCCTAGACTTGGTGACTTTGTCGCACTTTTAAATGTGACCTCTGATGAAAAGATT 1077 ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 901 ATGCTGCCTAGACTTGGTGACTTTGTCGCGCTTTTAAATGTGACCTCTGATGAAAAGATT 960 Query 1078 TTACCTACAACCTATGGGCAGTTGAGGCCTCCTCTTGGCAGTCATCGTCTGAAGATTGTG 1137 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||| Sbjct 961 TTACCTACAACCTATGGGCAGTTGAGGCCTCCTCTTGGCAGTCATCGGCTAAAGATTGTG 1020 Query 1138 GAGTTCATTGCTGTCTTGCTGAAAACTCGAAGTGAAGCAACAGGAAAAGAACTAGCTAGC 1197 ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| | | Sbjct 1021 GAGTTCATTGCTGTCTTGCTGAAAACTCGGAGTGAAGTGACAGGAAAAGAACTAGCCAAC 1080 Query 1198 TCAGGAGCTATTAGAAGAGTCCTTGATCTGTTCTTTGAGTACCCGTATAATAATGCTCTG 1257 |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| Sbjct 1081 TCAGGAGCTATTAGAAGAGTCCTTGATCTGTTTTTTGAGTACCCGTATAATAATGCACTG 1140 Query 1258 CATCATCAGGTGGAGAGTATAATTTTATCGTGTTTAGAAAGCAAGAACGATGAGATAGTT 1317 || |||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||| ||||||||||| ||| Sbjct 1141 CACCATCAGGTGGAGAGTATAATAGTATCGTGTTTGGAAAGCAAAAACGATGAGATTGTT 1200 Query 1318 GACCATCTTCTCCGAGAGTGTGATTTGATTGGAAAAATTATTAAAACAGAGAAACAGCCA 1377 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1201 GACCATCTTCTCCGAGAGTGTGATTTGATTGGAAAAATTATTAAAACAGAGAAACAGCCA 1260 Query 1378 ATTCTTTCTGGTGATAAGCAGCCAACATTAGCTGCTGCTGGAAAGCAGGCTCCACGGGTG 1437 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1261 ATTCTTTCTGGTGATAAGCAGCCAACATTAGCTGCTGCTGGAAAGCAGGCTCCACGGGTG 1320 Query 1438 GGGAATGTTGGTCATATCTCAAGAATCTCAAACAAGCTTGTTCAGCTGTCAACTAACAGT 1497 || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1321 GGAAATGTTGGTCATATCTCAAGAATTTCAAACAAGCTTGTTCAGCTGTCAACTAACAGT 1380 Query 1498 AACCAGATAAAGACTTTACTTGAGGAAAATAACGATTGGGGTGAGTGGGAAGCTAATACG 1557 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| Sbjct 1381 AACCAGATAAAGACTTTACTTGAGGAAAATAACGATTGGGGTGAGTGGGAAGCAAATACG 1440 Query 1558 TTGCATGATCGAAATGCAGTTGAGAATGTGTATCGCTGGGTTTGCGGACGCCCGACTGCA 1617 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1441 TTGCATGATCGAAATGCAGTTGAGAATGTGTATCGCTGGGTTTGCGGACGCCCGACTGCA 1500 Query 1618 TTACATGATAGGACTAGGGACAGTGATGATGACGAAGTCCATGATAGGGATTATGATCTT 1677 ||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||| Sbjct 1501 TTACATGATAGAACTAGGGACAGTGACGATGATGAAGTTCATGATAGGGATTATGATCTT 1560 Query 1678 GCTGGTTTAGCTAATAACTTGAACCAGTTCAGATACAACATGCAAGAGAACAATGGTGCT 1737 ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1561 GCTGGGTTGGCTAATAACTTGAACCAGTTCAGATACAACATGCAAGAGAACAATGGTGCT 1620 Query 1738 GGAGAGGAGCATGGTTCTAATGACAGAGATGAAGAGGATGTCTATTTTGATGATGAATCT 1797 ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1621 GGAGAGGAGCATGGTTCCAATGACAGAGATGAAGAGGATGTCTATTTTGATGATGAATCT 1680 Query 1798 GCTGAAGTTGTTATATCATCTCTAAGGCTTGGTGATGAACAAGCGAACAATTTATTCACC 1857 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| Sbjct 1681 GCTGAAGTTGTTATATCATCTCTAAGGCTTGGTGATGAACAGGCAAACAATTTATTCACA 1740 Query 1858 AACTCGAACTGGTTCACGTTCCAAGGAGATGAATTAGGCGAAAACACAGGAACAGGAGCG 1917 ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| Sbjct 1741 AACTCGAACTGGTTCACGTTCCAAGGAGATGAATTGGGCGAAAACACAGGAACAGGAGCG 1800 Query 1918 ATTTCTTCCGAGGAAGCAATGGAAGATGTAAGCTTGAATGAAACTTCCGATGGCGGAGAT 1977 || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| Sbjct 1801 ATATCTTCGGAGGAAGCAATGGAAGATGTAAGCTTGAATGAAACTTCCGGTGGTGGAGAT 1860 Query 1978 GAAGAAGACGAAGACGAAGACTGTTTGATTACAGAAAGCAAGAACCCTTTTGTTGACTCA 2037 |||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1861 GAAGAAGATGAAGAC------TGTTTGATTACAGAAAGCAAGAACCCTTTTGTTGACTCG 1914 Query 2038 ACTGCAGCCACAGCCTCAACCTCAGAAGCAGTCTCTGTAGACGCTGATATCGAGATTGAT 2097 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1915 GCTGCAGCCACAGCCTCAACCTCAGAAGCAGTCTCTGTAGACGCTGATATCGAGATTGAC 1974 Query 2098 GAAGATGTGGGTACAGATGAATTGTCACCTGAATGGGTTGAACGTAATGATTCATCTTCA 2157 ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||| ||||||||||||| Sbjct 1975 GAAGATGTGGGTACAGATGAATTGTCACCGGAATGGATTGAACGTGGTGATTCATCTTCA 2034 Query 2158 GCCATTGCACCGGG-A--A--G-TAC--------A-GATGATGTGAAGATGCCTGATGTG 2202 || || |||||| | | | | | | |||||||||||||||||||||||| Sbjct 2035 TCCGTTCCACCGGTCACTACAGATCCGTTCCCGGAAGATGATGTGAAGATGCCTGATGTG 2094 Query 2203 AGAATCCCAAACGGTTCTTCATCCTCAGAAGGTGAGATTAGCCCGAGATCACCGCCTGTA 2262 |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||| Sbjct 2095 AGAATCCCGAACGGTTCTTCATCCTCGGAAGGTGAGATTAGCCCAAGATCACCGCCCGTA 2154 Query 2263 CCTTCATTGTTTGGAAAAGATGTTGAGTTTGTGGGAGTTGAGCCAGAAGGAACTGAAAGG 2322 ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| Sbjct 2155 CCTTCATTGTTTGGAAAGGACGTTGAGTTTGTGGGAGTTGAGCCAGAAGGAACAGAAAGG 2214 Query 2323 GCAATGGATCAAGCTCTCAAGGAAGGCATAGTGGGAGAAGCAGGACCGATGAAGAGGAAC 2382 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| Sbjct 2215 GCAATGGATCAAGCTCTCAAGGAAGGCATAGTGGGAGAAGCAGGGCCGATGAAGAGGAAC 2274 Query 2383 ACCACCACAGCCTCACCGGGAAAGGAGAGCCCTGATGATAGTATGCAGGAGTACAACGAC 2442 |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2275 ACCACCACAGCCTCACCGGGAAAGGATAGCCCCGATGATAGTATGCAGGAGTACAACGAC 2334 Query 2443 ACTAACTACTGGAAGGTTGATCAGGAGGTGACTGTAGTTGAATGA 2487 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2335 ACTAACTACTGGAAGGTTGATCAGGAGGTGACTGTAGTTGAATGA 2379 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 105967061590 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5