BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G46920.1
Length=3516
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg485071 jgi|Araly1|485071|fgenesh2_kg.5__1063__AT3G46920.1 2483 0.0
> Ahg485071 jgi|Araly1|485071|fgenesh2_kg.5__1063__AT3G46920.1
Length=3507
Score = 2483 bits (1344), Expect = 0.0
Identities = 1753/1942 (90%), Gaps = 61/1942 (3%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGGCACATGAACCCAGTAGCCCAAGTTCGAATCTTGTTTC-TAATCCGGCCAATCTTTC 59
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| ||||||||
Sbjct 1 ATGGCACATGAACCCAGTAGCCCAAGTTCGAATCTTG-TTCATAATCCGGCGAATCTTTC 59
Query 60 AGCTTCTGGGTTAGATTATAGCTCTGATTTGAGTAATAAGCGTGTCTCTGATGGAATTAT 119
|| || ||||||| ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 60 AGATTATGGGTTAAATTATGGCTCTGATTTGAGCAATAAGCGTGTCTCTGATGGAATCAT 119
Query 120 TTCTGGGTTTGGGAGTGAGCAGGTAAGTATTGATGCTACGAATAGAAACAATCCAAATTT 179
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 120 TACTGGGTTTGGGAGTGAGCAGGTAAGTATTGATGCTACGAATAGTAACAATCCAAATTT 179
Query 180 AGGCAATAAAAGAAGTGATATGGATGATGAAGAATTGGAAAAGGTGAAGTTTTTATGTAG 239
|| ||| ||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 180 -----AT-CAAGTAGTGATATGGATGGTGAAGAAGGGGAAAAGGTGAAGTTTTTATGTAG 233
Query 240 CTACAATGGAAAGATAATCCCTAGACCAAGTGATGGCATGTTACGTTACGTTGGTGGTCA 299
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 234 CTACAATGGAAAGATAATGCCTAGACCAAGTGATGGCATGTTACGATACGTTGGTGGTCA 293
Query 300 AACAAGGATCGTTAGTGTTAAAAAGAATGTGAGATTTGATGAATTTGAGCAAAAGATGAT 359
|||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 294 AACAAGGATCATTAGTGTTAAAAGGAATGTGAGATTTGATGAGTTTGAGCAAAAGATGAT 353
Query 360 TCAGGTTTATGGTCACCCTGTTGTTG---TTAAGTATCAGCTTCCTGATGAGGATCTTGA 416
||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 354 TCAGGTTTATGGTCAGCCTGTTGTTGTTATTAAGTATCAGCTTCCTGATGAGGATCTTGA 413
Query 417 TGCTTTGGTTTCTGTTTCATCTAGTGAAGATATTGATAATATGATGGAGGAGTTTGAGAA 476
||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||
Sbjct 414 TGCTTTGGTTTCTGTCTCATCTAGTGAAGATATTGATAATATGATGGATGAGTTTGACAA 473
Query 477 GTTGGTAGAGAGATCTTCTGATGGGTCAGGGAAGTTGAGAGtttttttGTTTGATGCTTC 536
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 474 GTTGGTTGAGAGATCTTCTGATGGGTCAGGGAAGTTGAGAGTTTTTTTGTTTGATGCTGC 533
Query 537 TTCGTCTGAGGTGGATGATTCTTTCGGAATATTGGAGTATGGTGATGGAGTTGATATTGG 596
||| || ||||| ||||||||||||||||||| | ||||||| | | ||||||||||
Sbjct 534 TTCATCCGAGGTTGATGATTCTTTCGGAATATCGCAGTATGG--A-G---TTGATATTGG 587
Query 597 GCAGAGATATGTAGAGGCTGTGAATGGTGTTGTTGTGAGTAAGGAAAGTGTAGCTAGTGG 656
|||||| ||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 588 GCAGAGGTATGTAGAGGCGGTGAATGGTGTTGTTTTGAGTAAGGAAAGTGTGGCTAGTGG 647
Query 657 TAGT--T-CTAATCCGAATTCTGATTTTAGTGGCGTGGATGTTGTTGATAGCTTGGGC-G 712
|||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |
Sbjct 648 TAGTAGTTCTAATCCGAATTCTGATTTTAGTGGCGTGGATGTTGTTGATAGCTTGG-CTG 706
Query 713 TTGGTCAGAGTGATTTTGTCGCAACTACTTGGACCTCGAGTAATTTTTCACCTCAGACTT 772
| ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| ||| |||||||| ||||
Sbjct 707 TAGGTCAGAGTGATTTTGTTGCAACTACCTGGACCTCGAGTACTTTCTCACCTCACACTT 766
Query 773 ATCATAGTAATGTATCAAGACTTGTTCCTCCTGATCCACGCTCTTCTGCTTATGTTGTGC 832
|||||||||||| | |||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||| |||
Sbjct 767 ATCATAGTAATGCACCAAGACTTGTTCCTCCTGATCCTCGCTCCTCTGCTTATGTTTTGC 826
Query 833 CAATGACTGTCCACGCCGATCCGCCTCATTCTTTTCAGCTTGAGACTGTTTCAGAGAAAC 892
|||||||||| || ||||||||| |||||||| |||||||||| ||||||||| |||||
Sbjct 827 CAATGACTGTTCAAGCCGATCCGTTTCATTCTTCTCAGCTTGAGTCTGTTTCAGGGAAAC 886
Query 893 CAATAGTTGGTAAGATGCAGCAGCAACAACAGGGG--T-A-T---A-C--T-A----C-A 936
|||| |||||||||| |||||||| ||||||| | | | | | | | | | |
Sbjct 887 AAATACTTGGTAAGATCCAGCAGCATCAACAGGTGCATGACTTGCAGCAATCAATGACTA 946
Query 937 C-C-ATCTGAACATCATCCACCGGCCTATGTTGAATCTCGCCAAGAAGCTTTAAGACAAC 994
| | |||||| |||||| ||||| | |||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 947 CGCCATCTGAGCATCATTCACCGACTTATGTTGAATCTCGCCAAGAAGCTTTAAAACAAC 1006
Query 995 CAGATATTGTTCATTCACCTATCCAGCTTTTGCCAAGTAGTACTTCTTTGTTCTCCCAAC 1054
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1007 CAGATGTTGTTCATTCACCTATCCAGCTTTTGCCAAGTAGTACTTCTTTGTTCTCCCAAC 1066
Query 1055 AACCTTTTCAAGATAGTCCTTTAAGTGTCTCATCCCACCAGTTCCTTCCTGCTGCTCACA 1114
|||||||||||| |||| || || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1067 AACCTTTTCAAGGTAGTACTGTAGGTGTCTCATCCCACCAGTTCCTTCCTGCTTCTCACA 1126
Query 1115 TGTCAATGGCTCCCTTGAATTCTCAGATTAGTTCCACACCAGTTTTGATTAACCCGGTAA 1174
||||||||||||| ||||| ||||| || || | |||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1127 TGTCAATGGCTCCTTTGAACGCTCAGGTTGGTGCTACACCAGTTTTGATTAACCCTATAC 1186
Query 1175 TGCAAACCCAAGAAAATCTGTTGGGGAACTATCATGCTG----------C----T-CAAA 1219
| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | | ||||
Sbjct 1187 TACAAACCCAAGAAAATCTGTTGGGGAACTATCCTGCTGAAAGAAATGTCGGGATTCAAA 1246
Query 1220 AGTTAGTACCGCTTCCTACAGAGCCAAGAAACACTGCATATCAAGGTACGATTTCTCCTG 1279
|| ||| ||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1247 AGGTAGCCCCGCTTCCTACAGAGCCGAGATACACTGCATATCAAGGTACGATTGCTCCTG 1306
Query 1280 GTATACCATTTGATGGTTATGGCGGGTCTCAAGTTCCACCATCTAACCATGTTGTTCTCC 1339
|| ||||| ||| ||||| |||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1307 GTCTACCAATTGGTGGTTGTGGCGGGTCTCAGGTTCCACCATCTAACTATGTTGTTCTCC 1366
Query 1340 CCGATGGAAGTTT-CTATCAACAAGTAACTATGGCTGAAAGTTTTCAAAGGGTAAATGAT 1398
||||||| |||| | |||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1367 CCGATGGTGGTTTGC-ATCAACAAGTAATTATGCCTGAAAGTTTTCAAAGGGTAGATGAT 1425
Query 1399 TGTCATATGTGCCAGACATCTTTTCCTCATATGCATTCTGATCCGATTATGCGGGAG-GG 1457
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||| ||
Sbjct 1426 TGTCATATGTGTCAGACATCTTTTCCTCATATGCATTCTGATCCCATTATACGGGAGAGG 1485
Query 1458 AAATGATGGTTCTACAATGTATGTGCCATATGTGAGCTCAGCTTTCTATGCTTCTCGTCC 1517
|| |||||| |||||||||| || ||||||||||| ||||||||| ||||||||| |||
Sbjct 1486 AA-TGATGGCTCTACAATGTCGGTACCATATGTGAGATCAGCTTTCCATGCTTCTCATCC 1544
Query 1518 AGATGATATCATGAGAATCCAACAAACGGATAAGTTTACGGGTCAACAAAGCTTCCTCAA 1577
|||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1545 AGATGATATCATGAGAGTCCAACAGACGGATAAGTTAACGGGTCAACAAAGCTTCCTCAA 1604
Query 1578 TCATTCAAATCATCAAGAAAGAGATACTTTACATAACGCCAATCTTGCCACTGCTCAGGT 1637
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| |
Sbjct 1605 TCATTCAAATCATCAAGAAAGAGATACTTTACATAACGCCAATGTTGTGACTGCTCAGCT 1664
Query 1638 CGAGACTACTGAACCTTTTGTCAATGAGATAGTAAGAGATGTTCCGATAAAAGTTCAAGT 1697
|||||||||||||||||| |||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1665 CGAGACTACTGAACCTTTCCTCAATGAGATCGTGAGAGATGTTCCGATAAAAGTTCAAGT 1724
Query 1698 AACTAGGCAGCAGCAACATCCCGTAGACCCTTCAGTAGCATATGCACAATGCCGAGAACT 1757
| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||
Sbjct 1725 ATCTAGACAGCAGCAACATCCCGTAGACCCTTCAGTAGCATATGCTCAATACCGAGAACT 1784
Query 1758 AAGTGGATTGGTGGATAATGTTAACATACATGCTCCTGAAATATATAGCAATTGTCAGAA 1817
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||
Sbjct 1785 AAGTGGATTGGTGGATGATGTTAACATACATGCTCCCGGAATATATAGCAATTGTCAGAA 1844
Query 1818 TTTCATCTCACCAGTTGACAAAATTGGGAA-AGAAGATATTATGGGTACCAGTTCTCAAC 1876
|||||||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||||||| |||||||| |
Sbjct 1845 TTTCATCTCACCGGTTGACAAAATTGG-AACAGAAGATATTATGGGTACAAGTTCTCACC 1903
Query 1877 AAATGGCAAGGAAGAATATGTT 1898
||||||||||||||||||||||
Sbjct 1904 AAATGGCAAGGAAGAATATGTT 1925
Score = 2405 bits (1302), Expect = 0.0
Identities = 1473/1554 (95%), Gaps = 17/1554 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1976 TAGTTCTTCCAGGCCATGAATCTCAGCCTAAGGAATCATGTG-TGCCAACACAGTCTCCC 2034
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||| |||
Sbjct 1958 TAGTTCTTCCAGGCCATGAATCTCAGCCTAAGGCATCAT-TGCCGCCAACACAGTCGCCC 2016
Query 2035 TTATTAGGCAATCCTGGTTTGTATCTACAATCATTGGTTGGAGGTCAGCAGTTCGATTCA 2094
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2017 TTATTAGGAAATCCTGGTTTGTATCTACAATCATTGGTTGGAGGTCAGCAGTGCGATTCA 2076
Query 2095 GCGGAAGCGCAGTCCAGCAATCCCGCTTATGACGTTGTTGAATCTACATTTGATGCTGCA 2154
| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2077 GTGGAAGCGCAGTCCAGCAACCCCGCTTATGACGTTGTTGAATCTACCTTTGATGCTGCT 2136
Query 2155 AACTTACCATCATCCTTATCATCAAATCCTGATGCTGCTAATTTACCATCATCCTTGTCA 2214
|||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2137 AACTTACCCTCATCTTTATCATCAAATCCTGATGCTGCTAATTTACCATCATCCTTGTCA 2196
Query 2215 TCTAGTGTTGGTGGTGCAGACCACAAAGAATCATCAAAATCACTTTTTAGTAACCAGGAC 2274
||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2197 TCTAGTGTTGGTGGTGCAGACCATAAAGATTCATCAAAATCACTTTTTAGCAACCAGGAC 2256
Query 2275 CCATGGAATTTGCAAACTAACTCAAACGAGGATGTCAAACCTGATCTACTTAATTCTTCG 2334
|| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2257 CCGTGGAATTTGCAAACTAACTCAAAGGAGGATGTCAAACCTGATCTACTTAGTTCTTCG 2316
Query 2335 AAA-GT---TAT--CCTTGA-GAATGATCTGTTGATTGGTCTTTGGTTCTCTCTGAAAGG 2387
||| || || | || | | || |||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2317 AAAGGTGAGAATGACTTTCATG-ATTATCTGTTGATTGGTCTTTTGTTCTCTCTGAAAGG 2375
Query 2388 CTCCGAGGAGGAGCACATCAAACAAGAACTTCAGAATGTTGCTGAAGGAGTCGCCGCTTC 2447
||| | |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2376 CTCAGCGGAGGAGCACATCAAACAAGAACTTCGGAATGTTGCTGAAGGAGTCGCTGCTTC 2435
Query 2448 TGTGTTACAGTCAAGCACACCTTCATATCATGAACCTCCAATTAAG-GTGGATGAGTATG 2506
||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| ||| | || ||||||||||||
Sbjct 2436 TGTGTTACAGTCAAGCACATCTTCATATCTTGAACCTACAA-TCAGCGTGGATGAGTATC 2494
Query 2507 CTTTTAATTCGAAAGGAGAAGTTTCACGTAATGATGAAATGAAACAGCAGTCTAC-ACAC 2565
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2495 CTTCTAATTCGAAAGGAGAAGTTTCACGTAATGATGAAATGAAACAGCAGTCTACTACAC 2554
Query 2566 --TTCAAGGATATCAGGAACCAACTTCTAGAAAGACTGAATTTCGGATATTCTGGTTCTG 2623
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2555 AGTTCAAGAATATCAGGAACCAACTTCTAGAAAGACTGAATTTCGGATATTCTGGTTCTG 2614
Query 2624 ATTCGCTGGATCAGTTGCAGATTATAAAGGACAGCGACCTTGAGGAATTGCGAGAACTAG 2683
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2615 ATTCTCTGGATCAGTTGCAGATTATAAAGGACAGCGACCTTGAACAATTGCGAGAACTAG 2674
Query 2684 GATCTGGCACATTTGGCACAGTTTATCATGGGAAATGGCGAGGCACTGATGTTGCAATCA 2743
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2675 GATCTGGCACATTTGGCACAGTTTATCATGGGAAATGGCGAGGCACTGATGTTGCAATCA 2734
Query 2744 AAAGGATCAATGATCGATGTTTTGCTGGCAAACCATCTGAGCAAGAACGAATGATCGATG 2803
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2735 AAAGGATCAATGATCGATGTTTTGCTGGCAAACCATCTGAGCAAGAACGAATGATTGATG 2794
Query 2804 ACTTTTGGAATGAGGCACAGAACCTAGCTGGCTTGCACCATCCTAACGTCGTTGCTTTTT 2863
||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2795 ACTTTTGGAATGAGGCACAAAACCTAGCTGGCGTGCATCATCCTAACGTCGTTGCTTTTT 2854
Query 2864 ATGGGGTTGTGCTGGATTCACCTGGAGGTTCTGTGGCAACAGTTACAGAGTATATGGTCA 2923
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 2855 ATGGGGTTGTGCTGGATTCACCTGGAGGTTCTGTGGCAACGGTTACAGAGTATATGGTCA 2914
Query 2924 ATGGTTCTTTACGAAATGCGTTGCAGAAGAATGTTAGGAATTTTGATAGGTGCAAGCGTC 2983
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| |||||||||
Sbjct 2915 ATGGTTCTTTACGAAATGCGTTGCAGAAGAATGTGAGGAAATTTGATAGGCGCAAGCGTC 2974
Query 2984 AACTGATCGCTATGGACATTGCTTTTGGGATGGAGTATTTGCATGGAAAGAAGATAGTAC 3043
||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2975 TGTTGATCGCGATGGACATAGCTTTTGGGATGGAGTATTTGCATGGAAAGAAGATAGTAC 3034
Query 3044 ACTTTGATCTTAAAAGTGACAACCTGCTCGTCAATCTCAGGGATCCTCATCGCCCAATTT 3103
||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 3035 ACTTTGATCTTAAAAGTGACAACCTACTCGTTAATCTCAGAGATCCTCATCGCCCAATTT 3094
Query 3104 GCAAGGTTGGGGATTTGGGTCTCTCAAAGGTGAAATGTCAGACATTAATATCAGGTGGTG 3163
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3095 GCAAGGTTGGGGATTTGGGTCTCTCAAAGGTGAAATGTCAGACATTAATATCAGGTGGTG 3154
Query 3164 TTCGGGGAACACTTCCATGGATGGCACCCGAGCTTCTAAATGGAACCAGTAGCCTTGTTT 3223
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 3155 TTCGGGGAACACTTCCATGGATGGCACCCGAGCTTCTAAATGGAATCAGTAGCCTTGTTT 3214
Query 3224 CTGAGAAGGTCGATGTGTTTTCATTCGGAATTGTCCTCTGGGAACTTTTCACCGGTGAAG 3283
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3215 CTGAGAAGGTCGATGTGTTTTCATTTGGAATTGTCCTCTGGGAACTTTTCACCGGTGAAG 3274
Query 3284 AACCTTACGCCGACTTGCACTATGGAGCGATCATAGGTGGTATAGTTAGTAATACGCTAC 3343
|||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 3275 AACCTTACGCCGACTTGCACTACGGGGCGATCATAGGTGGTATCGTTAGTAATACGCTAC 3334
Query 3344 GGCCGC-AGATTCCCGACTTTTGTGACATGGACTGGAAATTGCTGATGGAGAGATGTTGG 3402
|||||| | |||||| |||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 3335 GGCCGCCA-ATTCCCAACTTCTGTGACATGGACTGGAAATTGTTGATGGAGAGATGTTGG 3393
Query 3403 TCTGCAGAACCATCAGAGAGGCCAAGCTTCACTGAGATCGTGAACGAACTACGGACCATG 3462
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3394 TCTGCAGAACCATCAGAGAGGCCAAGCTTCACTGAGATCGTGAACGAACTACGGACCATG 3453
Query 3463 GCTACAAAGCTTCCTTCCAAAGAACAAGGCTCAACACAGGGACCACAATCTTAA 3516
||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||| |||||||||||
Sbjct 3454 GCTACAAAGCTTCCTTCCAAAGAGCAAGGATCAACACAAGGAGCACAATCTTAA 3507
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 132782872197
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5