BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= AT3G50240.1 Length=3378 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg485379 jgi|Araly1|485379|fgenesh2_kg.5__1371__AT3G50240.1 5116 0.0 > Ahg485379 jgi|Araly1|485379|fgenesh2_kg.5__1371__AT3G50240.1 Length=3264 Score = 5116 bits (2770), Expect = 0.0 Identities = 3134/3303 (95%), Gaps = 51/3303 (2%) Strand=Plus/Plus Query 1 GTAAAGCTTCTTCTTCAC---TT-TT-T-CTTCTCCCGAGGAACAAGACGAAATTGAGAC 54 |||||||||||||||||| || || | |||||||||||||| |||||||||||||||| Sbjct 1 GTAAAGCTTCTTCTTCACTTTTTCTTCTCCTTCTCCCGAGGAAGAAGACGAAATTGAGAC 60 Query 55 TCTGATTCAACTTTTCTTC-TCAT-ACTCGTCGAAGAAAAGGAG-ATTCCTCGATGGAAT 111 ||||||||||||||||||| || | | | || |||||| || || ||| |||||||||| Sbjct 61 TCTGATTCAACTTTTCTTCTTC-TGAATTGTAGAAGAAGAGAAGAATT--TCGATGGAAT 117 Query 112 CACATTCTTCCTTATCGTCCTCTTCTTCTTCTTCTCCTCCGTCGTCGTTGTCGTCGGAGA 171 |||| || | | ||| || | | | ||||||| | |||||||||| Sbjct 118 CACA---TT-C-T-TCG------------TC-AC-CGT-CGTCGTC--T-TCGTCGGAGA 153 Query 172 GTTGTTGTGTTAAAGTAGCGGTTAACGTTCGTCCTTTGATCGGAGATGAAGTAACTCAAG 231 |||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 154 GTTGTTCCGTGAAAGTCGCGGTTAACGTTCGTCCTTTGATCGGAGATGAAGTAACTCAAG 213 Query 232 GTTGTAGGGAATGCGTTTCTGTTTCTCCGGTAACTCCTCAGGTGCAAATGGGAACACATC 291 |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| Sbjct 214 GTTGTAGGGAATGCGTTTCTGTTTCTCCGGTAACGCCTCAGGTGCAAATGGGAACACATT 273 Query 292 CATTTACATTTGATCATGTATATGGAAGTAATGGTTCTCCATCTTCTTTGATGTTTGAAG 351 |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| Sbjct 274 CATTCACATTTGATCATGTATATGGAAGTAATGGTTCTCCATCATCTTTGATGTTTGAAG 333 Query 352 AATGTGTTGCTCCTCTTGTTGATGGTTTGTTTCATGGATACAATGCTACTGTCTTGGCTT 411 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 334 AATGTGTTGCTCCTCTTGTTGATGGTTTGTTTCATGGATACAATGCTACTGTCTTGGCTT 393 Query 412 ATGGTCAGACAGGATCTGGAAAGACATACACTATGGGGACTGGTATTAAAGATGGTACAA 471 ||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| | ||||||||||||||| Sbjct 394 ATGGTCAGACAGGATCTGGGAAGACTTACACTATGGGGACTGCTTTTAAAGATGGTACAA 453 Query 472 AAAATGGGCTGATTCCTCAAGTTATGAGTGCTTTGTTCAACAAAATTGATTCAGTAAAGC 531 ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||| Sbjct 454 GAAATGGGTTGATTCCTCAAGTTATGAGTGCTTTGTTCAATAGAATTGATTCAGTAAAGC 513 Query 532 ACCAAATGGGGTTCCAGTTACATGTCTCTTTCATCGAGATTTTAAAAGAAGAAGTTCTGG 591 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 514 ACCAAATGGGGTTCCAGTTACATGTCTCTTTCATCGAGATTTTAAAAGAAGAAGTTCTGG 573 Query 592 ATTTGCTGGATAGTAGTGTGCCGTTTAACAGACTAGCCAATGGAACCCCTGGGAAGGTTG 651 ||||||||| | |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| Sbjct 574 ATTTGCTGG--A-TAGTGTGCCGTTTAACAGACTAGCTAATGGAACCCCTGGAAAGGTTG 630 Query 652 TTCTTAGTAAGTCACCGGTGCAGATTCGTGAATCACCAAACGGGGTTATAACACTATCCG 711 |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 631 TTCTAAGTAAGTCACCGGTGCAGATTCGTGAATCACCAAACGGGGTTATAACACTATCCG 690 Query 712 GTGCAACTGAAGTTCCCATAGCTACTAAAGAAGAAATGGCTTCCTGCCTAGAGCAAGGAT 771 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||| Sbjct 691 GTGCAACTGAAGTTCCCATAGCTACTAAAGAAGAAATGGCGTCCTGTTTAGAGCAAGGAT 750 Query 772 CTCTAACCAGGGCAACTGGGAGCACCAATATGAATAATGAGTCGAGTCGGTCACATGCCA 831 |||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 751 CTCTTACCAGGGCAACTGGGAGTACAAATATGAATAATGAGTCGAGTCGGTCACATGCCA 810 Query 832 TCTTCACGATTACCTTAGAACAAATGCGCAAGATATCTTCAATCTCAGTGGTTAAAGACA 891 |||||||||| ||||||||||| |||||||| || |||| ||||||||||||||||||| Sbjct 811 TCTTCACGATCACCTTAGAACAGATGCGCAAAATCCCTTCGATCTCAGTGGTTAAAGACA 870 Query 892 CCGTAGATGAAGATATGGGTGAGGAATATTGTTGTGCCAAGCTTCACTTGGTAGATCTTG 951 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| Sbjct 871 CAGTAGATGAAGATATGGGTGAGGAATATTGTTGTGCCAAGCTTCACCTGGTAGATCTTG 930 Query 952 CTGGATCTGAAAGAGCTAAACGAACAGGTTCAGGCGGTGTTCGATTAAAAGAAGGAATTC 1011 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 931 CTGGATCTGAAAGAGCTAAACGAACAGGTTCAGGCGGTGTTCGATTAAAAGAAGGAATTC 990 Query 1012 ACATCAATAGGGGACTTCTTGCACTTGGTAATGTTATCAGTGCGCTTGGGGATGAGAAAA 1071 ||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| Sbjct 991 ACATCAACAGGGGGCTTCTTGCACTTGGTAATGTCATCAGTGCGCTTGGGGATGAGAAAA 1050 Query 1072 GGCGAAAAGAAGGTGCACATGTTCCATACCGTGATAGTAAACTTACTCGGTTATTGCAGG 1131 ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1051 AGCGAAAAGAAGGTGCTCATGTTCCCTACCGTGATAGTAAACTTACTCGGTTATTGCAGG 1110 Query 1132 ATTCTCTTGGTGGAAATAGTAAAACAGTCATGATAGCTTGCATCAGTCCTGCTGACATCA 1191 ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1111 ATTCTCTTGGTGGGAATAGTAAAACAGTCATGATAGCTTGCATCAGTCCTGCTGACATCA 1170 Query 1192 ATGCTGAGGAAACTCTTAACACGCTCAAGTATGCAAATCGTGCTCGGAATATCCAGAACA 1251 |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||| Sbjct 1171 ATGCTGAGGAAACTCTTAACACGCTCAAATATGCAAATCGTGCCCGGAATATCCAGAACA 1230 Query 1252 AACCTGTTGCCAATAAAGACTTAATATGTTCTGAGATGCAAAAGATGCGTCAAGAGCTAC 1311 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| Sbjct 1231 AACCTGTTGCCAATAAAGACTTAATATGTTCTGAGATGCAAAAGATGCGTCAACAGCTAC 1290 Query 1312 AATATCTACAAGCTACACTTTGTGCTCGTGGGGCAACCTCATCAGAGGAAGTGCAGGTAA 1371 |||||||||||||| |||||||||||||||||| |||| | |||||||||||||||| | Sbjct 1291 AATATCTACAAGCTGCACTTTGTGCTCGTGGGGAAACC-C--CAGAGGAAGTGCAGGTTA 1347 Query 1372 TGCGAGAGAAAATCATGAAACTAGAGTCTGCCAATGAAGAGCTTTCTCGAGAACTTCACA 1431 ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1348 TGCGAGAGAAAATCATGAAGCTAGAGTCTGCCAATGAAGAGCTTTCTCGAGAACTTCACA 1407 Query 1432 TCTATCGCAGCAAGAGAG-TGACTCTTGATTATTGCAATATTGATGCACAGGAAGATGGT 1490 | |||||||||||||||| | |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1408 TTTATCGCAGCAAGAGAGCT-ACTCTTGATTCTTGCAATATTGATGCACAGGAAGATGGT 1466 Query 1491 GTAATTTTTTCAAAAGATGATGGCCTTAAAAGGGGTTTCGAAAGCATGGATTCAGATTAT 1550 |||| |||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| Sbjct 1467 GTAAATTTTCCAAAAGATGATGGCCTTAAAAGGGGCTTCGAAAGCATGGATTCAGATTAT 1526 Query 1551 GAAATGAGTGAAGCAACATCAGGTGGAATTTCTGAAGATATTGGTGCAGCAGAAGAGTGG 1610 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| Sbjct 1527 GAAATGAGTGAAGCAACATCAGGTGGAATTTCTGAAGATATTGCCGCAGCAGAAGAGTGG 1586 Query 1611 GAACATGCACTTAGGCAGAATAGCATGGGCAAGGAACTAAATGAACTAAGTAAACGTCTT 1670 |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| Sbjct 1587 GAACATGCACTTAGGCAGAATAGCATGGGCAAGGAATTAAATGAACTAAGTAAACGTCTG 1646 Query 1671 GAGGAGAAAGAGTCCGAGATGAGAGTATGTGGGATTGGAACTGAAACTATCAGACAACAT 1730 |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1647 GAGGAGAAAGAGTCCGAGATGAAAGTATGTGGGATTGGAACTGAAACTATCAGACAACAC 1706 Query 1731 TTCGaaaaaaaaaTGATGGAACTTGAGAAAGAGAAAAGAACTGTACAGGATGAGAGAGAT 1790 ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| Sbjct 1707 TTCGAGAAGAAAATGATGGAACTTGAGAAAGAGAAAAGAACTGTACAGGTTGAGAGAGAT 1766 Query 1791 ATGTTGTTGGCTGAAGTTGAGGAACTTGCAGCTAGCTCTGATAGACAAGCACAAGTTGCA 1850 | |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| Sbjct 1767 CTATTGTTGGCTGAAGTTGAGGAACTTGCAGCTAGTTCTGATAGACAAGCACAAGTTGCA 1826 Query 1851 AGAGATAACCATGCACACAAATTAAAAGCACTTGAGACACAGATTTTAAATCTTAAGAAG 1910 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1827 AGAGATAACCATGCACACAAATTAAAAGCACTTGAGACACAGATTTTAAATCTTAAGAAG 1886 Query 1911 AAACAAGAAAATCAAGTTGAGGTCTTaaaacaaaagcaaaaaaGTGAAGATGCAGCAAAG 1970 ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1887 AAACAAGAAAATCAAGTTGAGATCTTAAAACAAAAGCAAAAAAGTGAAGATGCAGCAAAG 1946 Query 1971 CGTTTGAAAACTGAAATACAATGCATCAAGGCTCAAAAGGTTCAACTACAACAGAAGATG 2030 ||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1947 CGTTTGAAAGCTGAAATACAATGCATCAAGTCTCAAAAGGTTCAACTACAACAGAAGATG 2006 Query 2031 AAACAAGAAGCTGAACAATTCCGGCAGTGGAAAGCTTCTCAAGAGAAGGAGTTGTTGCAG 2090 |||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2007 AAACAAGAAGCTGAACAATTCCGGCAATGGAAAGTTTCTCAAGAGAAGGAGTTGTTGCAG 2066 Query 2091 CTTAAGAAAGAAGGAAGAAAAACTGAGCATGAAAGACTCAAACTCGAAGCTCTCAATCGA 2150 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2067 CTTAAGAAAGAAGGAAGAAAAACTGAGCATGAAAGACTCAAACTCGAAGCTCTCAATCGA 2126 Query 2151 CGTCAGAAAATGGTTCTTCAGAGAAAAACAGAAGAAGCAGCAATGGCTACCAAAAGACTT 2210 |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2127 CGTCAGAAAATGGTTCTTCAGAGAAAAACAGAGGAAGCAGCAATGGCTACCAAAAGACTT 2186 Query 2211 AAAGAGCTGCTAGAAGCCCGCAAGTCTTCACC-TCATGATATATC-AGTGATTGCCAATG 2268 ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | | | || ||||| | |||||| Sbjct 2187 AAAGAGCTGCTAGAAGCCCGCAAGTCTTCACTATCA-GTTTT-TCCAGTGACTACCAATG 2244 Query 2269 GCCAACCACCAAGTCGACAGACGAATGAAAAATCTCTTCGGAAATGGCTGGATAACGAGC 2328 | |||||||||| | |||||| ||| |||||| |||||||||||||||| |||||||||| Sbjct 2245 GTCAACCACCAACTAGACAGATGAACGAAAAAACTCTTCGGAAATGGCTTGATAACGAGC 2304 Query 2329 TAGAGGTTATGGCAAAAGTACATCAAGTTCGTTTTCAATATGAAAAGCAAATTCAAGTAC 2388 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | Sbjct 2305 TAGAGGTTATGGCAAAAGTACATCAAGTTCGTTTTCAATATGAAAAGCAAATTCAAGTCC 2364 Query 2389 GAGCTGCACTGGCTGTAGAGTTAACATCGTTGAGACAAGAGATGGAGTTTCCTTCAAATT 2448 |||||||| |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | Sbjct 2365 GAGCTGCATTGGCTGAAGAGTTAACATCGTTGAAACAAGAGATGGAGTTTCCTTCAAGTC 2424 Query 2449 CCCATCAAGAGAAAAATGGACAGTTCAGATTTTTATCACCAAACACAAGATTGGAGAGAA 2508 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2425 CCCATCAAGAGAAAAATGGACAGTTCAGATTTTTATCACCAAACACAAGATTGGAGAGAA 2484 Query 2509 TAGCTTCTCTTGAGAGTATGTTGGATGTTTCCTCAAATGCTCTCACAGCCATGGGCTCTC 2568 |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| Sbjct 2485 TAGCTTCTCTTGAGAGTATGTTAGATGTTTCCTCAAATGCTCTCACAGCTATGGCCTCTC 2544 Query 2569 AGCTCTCAGAAGCAGAGGAAAGAGAGCATAGCCTACATGCTAAGCCTCGGTGGAACCACA 2628 |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| Sbjct 2545 AGCTCTCAGAAGCAGAGGAAAGAGAGCATAGCGTACATGCTAAGACTCGGTGGAACCACG 2604 Query 2629 TTCAGTCCATGACTGATGCCAAGTATTTGCTTCAATATGTGTTTGATTCCACTGCTGAAG 2688 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2605 TTCAGTCCATGACTGATGCCAAGTATTTGCTTCAATATGTGTTTGATTCCACTGCTGAAG 2664 Query 2689 CAAGGTCCAAAATCTGGGAGAAAGACAGAGACATCAAAGAGAAGAAGGAACAGCTCAATG 2748 |||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||| Sbjct 2665 CAAGGTGCAAAATCTGGGAGAAAGACAAAGACATCAAAGAGAAGAAGGAACAACTCAATG 2724 Query 2749 ACCTCCTCTGCTTATTACAACTAACCGAAGTCCAGAACCGAGAAATCCTTAAAGAGAAAA 2808 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| Sbjct 2725 ACCTCCTCTGCTTATTACAACTAACCGAAGTCCAGAACCGAGAAATCGTTAAAGAGAAAA 2784 Query 2809 AGACAAGGGAGCAAACAGTGTCCATTGCGCTGGCTTCAACATCATCATCATACTCGGGAA 2868 | ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| Sbjct 2785 AAACAAGGGAGCAAACAGTTTCCATTGCGCTGGCTTCATCATCATCATCATACTCGGGAA 2844 Query 2869 GTTCAAGAAGCTCATCAAAGCACTATGGAGATAATAACGCTAGTGACGACCCATCATCTC 2928 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| || |||||||| Sbjct 2845 GTTCAAGAAGCTCATCAAAGCACTATGGAGATAATAATGCTAGTGAC--CC-ATCATCTC 2901 Query 2929 CATCTTCTACTTATCATCGAGCAACAAAGCATCTCAAATACACTGGGCCGGGTATAGTCA 2988 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| || |||||||||| Sbjct 2902 CATCTTCTACTTATCATCGAGCAACAAAGCATCTCAAATACGCTGGACCAGGTATAGTCA 2961 Query 2989 ATATCTCGGTGAGAGAATCAGAAGCTTTATTAGAAGAGACGAGGAAGATGAAAGCAATGA 3048 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2962 ATATCTCGGTGAGAGAATCAGAAGCTTTATTAGAAGAGACGAGGAAGATGAAAGCAATGA 3021 Query 3049 AGAAAATGGGACAGAGTGGCAAGCTATGGAAGTGGAAAAGAAGTCACCATCAATGGCTGC 3108 ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| Sbjct 3022 AGAAAATGGGACAGAGTGGGAAGCTATGGAAGTGGAAGAGAAGTCACCATCAATGGCTGC 3081 Query 3109 TTCAGTTTAAATGGAAATGGCAGAAACCATGGAAACTCTCTGAGTGGATAAAGCAGAACG 3168 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | Sbjct 3082 TTCAGTTTAAATGGAAATGGCAGAAACCATGGAAACTCTCTGAGTGGATAAAGCAGAATG 3141 Query 3169 ATGAGACCACTATGCACGTCATGTCTAAGAGTCATCATGATGATGAGGATGATCACTCGT 3228 ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| Sbjct 3142 ATGAGACCACTATGCACTTCATGTCTAAGAGTCATCATGATGATGATGATGATCACTCGT 3201 Query 3229 GGAACCGACACTCAATGTTTCAAGGTGCTTAAAGCTGTATGTATATACAAGAGCCttttt 3288 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 3202 GGAACCGACACTCAATGTTTCAAGGTGCTTAAAGCTGTATGTATATACAAGAGCCTTTTT 3261 Query 3289 ttt 3291 ||| Sbjct 3262 TTT 3264 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 127530927123 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5