BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= AT3G51310.1 Length=2588 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg485482 jgi|Araly1|485482|fgenesh2_kg.5__1474__AT3G51310.1 4115 0.0 > Ahg485482 jgi|Araly1|485482|fgenesh2_kg.5__1474__AT3G51310.1 Length=2579 Score = 4115 bits (2228), Expect = 0.0 Identities = 2478/2596 (95%), Gaps = 28/2596 (1%) Strand=Plus/Plus Query 4 GAAAATTCGGTCAAAATTGAGACTTCTCTCTGTAGAGTAAAGTAGTGAGGAACATAGAAT 63 ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| | ||||| Sbjct 1 GAAAATTCGGTCAAAATTGAGACTT-TCTCTGTAGAGTAAAGTAGTGA-GAA-ACAGAAT 57 Query 64 GATCGCCGACGACGATGAGAAGTGGCTTGCCGCCGCAATCGCCGCCGTTAAGCAAAATGC 123 |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| Sbjct 58 GATCGCCGACGACGATGAGAAGTGGCTTTCCGCCGCCATCGCCGCCGTTAAGCAAAATGC 117 Query 124 TTTCTATATGCAGCGCGCTATCGACTCCAACAATCTCAAAGACGCTCTAAAGTTTTCTGC 183 |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| Sbjct 118 TTTCTATATGCAGCGCGCTATCGACTCCAACAATCTGAAAGACGCTCTAAAGTTTTCTGC 177 Query 184 TCAAATGCTCAGCGAGCTTCGTACTTCCAAGCTTTCTCCTCATAAATACTATGAACTCTA 243 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 178 TCAAATGCTCAGCGAGCTTCGTACTTCCAAGCTTTCTCCTCATAAATACTATGAACTCTA 237 Query 244 TATGCGAGTTTTTAATGAATTGGGGACTTTGGAGATATTCTTCAAGGAAGAGAC-GGGAC 302 ||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | Sbjct 238 TATTCGAGTTTTTAATGAACTGGGGACTTTGGAGATATTCTTCAAGGAAGAGACAGGG-C 296 Query 303 GTGGTTGCTCCATCGCAGAGCTCTACGAGTTAGTTCAGCATGCCGGTAACATTTTGCCAA 362 | ||||||||||| || ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| Sbjct 297 GCGGTTGCTCCATTGCGGAGCTTTACGAGTTAGTGCAGCATGCCGGTAACATTTTGCCAA 356 Query 363 GATTGTATCTTTTATGTACCATAGGATCTGTATATATCAAATCCAAGGATGTTACTGCTA 422 ||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| Sbjct 357 GATTGTATCTTCTCTGTACCATAGGATCTGTATATATCAAATCCAAGGACGTTACTGCTA 416 Query 423 CGGATATACTTAAGGATCTTGTTGAAATGTGTCGAGCTGTTCAACATCCCTTGCGTGGTC 482 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||| Sbjct 417 CGGATATACTTAAGGATCTTGTTGAAATGTGTCGAGCTGTTCAACATCCTTTACGTGGTC 476 Query 483 TTTTCTTGAGAAGTTATCTTGCTCAAGTTACTAGGGATAAGTTACCCAGCATTGGTTCTG 542 |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 477 TTTTCTTGCGAAGTTATCTTGCTCAAGTTACTAGGGATAAGTTACCCAGCATTGGTTCTG 536 Query 543 ACTTGGAAGGAGATGGTGATGCACACATGAATGCTTTAGAGTTCGTGCTTCAAAATTTTA 602 ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 537 ACTTGGATGGAGATGGTGATGCACACATGAATGCTTTAGAGTTCGTGCTTCAAAATTTTA 596 Query 603 CCGAGATGAACAAATTATGGGTTCGAATGCAACATCAGGGACCTAGTCGGGAGAAAGAAA 662 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || | Sbjct 597 CCGAGATGAACAAATTATGGGTTCGAATGCAACATCAGGGACCTAGTCGGGAGAAGGACA 656 Query 663 AACGTGAGAAAGAAAGGAATGAACTACGTGATCTTGTTGGTAAGAACCTTCATGTACTGA 722 |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| Sbjct 657 AACGGGAGAAAGAAAGGAATGAACTACGTGATCTTGTTGGGAAGAACCTTCATGTACTGA 716 Query 723 GTCAGTTAGAAGGTGTTGACCTTGGAATCTACAGAGATACTGTTCTTCCTAGAATACTGG 782 ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 717 GTCAGTTGGAAGGTGTTGACCTTGGAATCTACAGAGATACTGTTCTTCCTAGAATACTGG 776 Query 783 AGCAGGTTGTCAACTGTAAGGATGAACTTGCACAGTGCTACCTTATGGATTGCATTATTC 842 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| Sbjct 777 AGCAGGTTGTCAACTGTAAGGATGAACTTGCACAGTGCTACCTAATGGATTGCATTATTC 836 Query 843 AAGTCTTTCCTGATGATTTTCACCTTCAAACTCTCGATGTATTATTGGGAGCTTGTCCAC 902 ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| Sbjct 837 AAGTCTTTCCTGATGATTTCCACCTTCAAACTCTCGATGTATTATTGGGTGCTTGTCCAC 896 Query 903 AACTTCAGCCGTCTGTTGATATCAAGACGGTTCTTTCGGGTCTAATGGAAAGGCTTTCGA 962 |||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 897 AACTTCAGCCATCTGTTGATATCAAGACGGTCCTTTCGGGTCTAATGGAAAGGCTTTCGA 956 Query 963 ACTATGCTGCATCCAGTGTGGAAGCATTGCCTAATTTCCTGCAAGTAGAAGCCTTTTCAA 1022 ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 957 ACTATGCTGCATCCAGTGTGGAAGCGTTGCCTAATTTCCTGCAAGTAGAAGCCTTTTCAA 1016 Query 1023 AGTTAAATTATGCCATTGGGAAGGTTGTAGAAGCACAGGCGGACTTGCCGGCCGCAGCAT 1082 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| Sbjct 1017 AGTTAAATTATGCCATTGGGAAGGTTGTAGAAGCACAGGTGGACTTGCCGGCCGCAGCAT 1076 Query 1083 CTGTAACATTGTATTTGTTTCTTCTAAAATTCACTCTCCATGTCTATTCCGATCGTCTGG 1142 ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||| Sbjct 1077 CTGTAACATTGTATTTGTTTCTTCTGAAATTCACTCTCCATGTCTATTCCGATCGTTTGG 1136 Query 1143 ACTATGTGGACCAAGTTTTGGGATCATGTGTTACTCAACTATCTGCCACAGGAAAGCTTT 1202 ||||||| ||| ||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||| Sbjct 1137 ACTATGTAGACGAAGTTTTGGGATCTTGTGTTACTCAACTATCGGCCACAGGAAAGCTTT 1196 Query 1203 GTGATGACAAGGCAGCAAAACAGATCGTCGCATTTCTTAGCGCTCCATTGGAAAAGTATA 1262 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| Sbjct 1197 GTGATGACAAGGCAGCAAAACAGATCGTCGCATTTCTTAGCGCTCCGTTGGAAAAGTATA 1256 Query 1263 ATAATGTAGTAACTATCTTGAAGCTTACCAACTATCCTCTAGTAATGGAATACCTTGACC 1322 ||||||| ||||||||||||||||| || |||||||||| |||||||||||||||||||| Sbjct 1257 ATAATGTTGTAACTATCTTGAAGCTCACAAACTATCCTCGAGTAATGGAATACCTTGACC 1316 Query 1323 GTGAGACAAACAAAGCAATGGCAATCATTCTAGTTCAGAGCGTTTTTAAAAATAATACTC 1382 |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||| ||||| ||||||| Sbjct 1317 ATGAGACAAACAAAGCAATGGCAATCATTATAGTTCAGAGCATTTTGAAAAACAATACTC 1376 Query 1383 ACATTGCTACTGCTGATGAGGTCGATGCATTGTTTGAACTGGCAAAGGGTCTCATGAAGG 1442 | |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||| Sbjct 1377 ATATTGCTACTGCTGATGAGGTCGATTCATTGTTTGAACTGGCAAAGGGTCTCATCAAGG 1436 Query 1443 ATTTTGACGGAACAA-TTGATGATGAGATTGATGAAGAAGATTTCCAGGAAGAGCAGAAC 1501 |||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1437 ATTTTGACGGAA-AAGTTGATGATGAGATTGATGAAGAAGATTTCCAGGAAGAGCAGAAC 1495 Query 1502 CTTGTTGCACGGCTTGTTAACAAGCTCTACATTGATGATCCAGAAGAAATGTCTAAGATT 1561 |||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||| Sbjct 1496 CTTGTTGCACGGCTTGTTCACAAGCTCTACAATGATGATCCAGAAGAAATGTATAAGATT 1555 Query 1562 ATTTTCACTGTAAGGAAGCACATCGTGGCTGGAGGACCTAAGCGTTTGCCTTTAACTATA 1621 |||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| Sbjct 1556 ATTTTCACAGTAAGGAAGCACATCCTGGCTGGAGGACCTAAGCGTATGCCTTTAACTATA 1615 Query 1622 CCACCCCTTGTCTTTTCCGCGCTCAAGTTAATTCGGCGACTGCGAGGTGGAGATGAAAAC 1681 |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| Sbjct 1616 CCACCCCTTGTCTTTTCCGCTCTCAAGTTAATTCGGCGACTGAGAGGTGGAGATGAAAAC 1675 Query 1682 CCATTTGGAGATGATGCATCAGCAACACCGAAGAGAATTCTACAGCTGTTAAGCGAGAC- 1740 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| | Sbjct 1676 CCATTTGGAGATGATGCATCAGCAACACCGAAGAGAATTCTACAGCTTTTAAGTGAGGCA 1735 Query 1741 -G----GTGGAAGTTCTATCTGATGTTTCCGCACCTGATTTGGCATTGCGCCTCTACTTG 1795 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1736 AGTACCGTGGAAGTTCTATCTGATGTTTCCGCACCTGATTTGGCATTGCGCCTCTACTTG 1795 Query 1796 CAGTGTGCTCAGGCAGCAAATAACTGTGAGTTAGAAACAGTTGCTTATGAGTTCTTCACA 1855 ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| Sbjct 1796 CAGTGTGCTCAGGCAGCAAATGACTGTGAGTTAGAAACAGTCACTTATGAGTTCTTCACA 1855 Query 1856 AAGGCATATCTTCTGTATGAAGAAGAAATTTCAGATTCAAAGGCACAAGTAACAGCACTA 1915 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1856 AAGGCATATCTTCTGTATGAAGAAGAAATTTCAGATTCAAAGGCACAAGTAACAGCACTA 1915 Query 1916 CGTTTAATAATAGGGACACTCCAGAGGATGCGTGTATTTAATGTTGAGAACAGAGATACT 1975 |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1916 CGTTTAATAATAGGGACACTCCAGCGGATGCGTGTATTTAATGTTGAGAACAGAGATACT 1975 Query 1976 CTGACTCACAAGGCGACAGGGTATTCTGCAAGACTCCTAAGGAAGCCAGATCAGTGTAGA 2035 ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| Sbjct 1976 CTGACTCACAAGGCGACAGGGTACTCTGCAAGACTCCTTAGGAAGCCAGATCAGTGTAGG 2035 Query 2036 GCTGTTTATGAATGTGCGCATCTCTTCTGGGCTGACGAATGCGAGAACCTGAAAGATGGA 2095 ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| Sbjct 2036 GCTGTTTATGAGTGTGCGCATCTCTTCTGGGCTGACGAATGCGAGAACCTAAAAGATGGA 2095 Query 2096 GAGAGGGTTGTGCTTTGCCTGAAGAGGGCACAAAGGATTGCAGATGCTGTTCAACAAATG 2155 ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| Sbjct 2096 GAGAGGGTTGTGCTTTGTCTGAAGAGGGCACAAAGAATTGCAGATGCTGTTCAACAAATG 2155 Query 2156 GCCAACGCATCCCGTGGTACCAGTAGCACTGGGTCGGTGTCTCTATATGTCGAACTGCTG 2215 ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| Sbjct 2156 GCCAATGCATCCCGTGGTACCAGTAGCACTGGGTCGGTGGCTCTATATGTCGAACTGCTG 2215 Query 2216 AACAAGTATCTCTACTTCCTGGAGAAAGGAAACCAACAAGTAACAGGCGATACAATCAAG 2275 |||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| || Sbjct 2216 AACAAGTATCTCTACTTCTTGGAGAAAGGAAACCCACAATTAACAGGCGATACAATCCAG 2275 Query 2276 AGCTTAGCTGAATTAATCAAAAGCGAGACAAAGAAGGTTGAGTCAGGCGCAGAGCCATTC 2335 ||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||| || || ||| Sbjct 2276 AGCTTAGCTGAATTAATCAGAAGCGAGACGAAGAAGGTTGAGTCAG----AG--CCGTTC 2329 Query 2336 ATAAATAGTACTCTACGTTACATCGAGTTTCAGAGACAGCAAGAAGATGGTGGCATGAAT 2395 |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| || Sbjct 2330 ATAAATAGCACTCTGCGTTACATCGAGTTTCAGAGACAGCAAGA---TGG---CATGGAT 2383 Query 2396 GAGAAATACGAGAAAATCAAAATGGAATGGTTTGAATGAATTTATTTCTTGCATTCTGTT 2455 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| || Sbjct 2384 GAGAAATACGAGAAAATCAAAATGGAATGGTTTGAATGAATTTCTTTCTTGCATTCTTTT 2443 Query 2456 AGGCAAATCATCAATAATCA-ATGGCTTCTCGTCTTGTTGCAGAAGCATGAAGAGTAATC 2514 |||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | Sbjct 2444 TGGCACATCATCAATAATCATATGGCTTCTCGTCTTGTTGCAGAAGCATGAAGAGTAACC 2503 Query 2515 TTGAGAAATAAAACTTGTATCATTACTTTTCATTTCCTAGTTACACTCTCT--ACCAATA 2572 ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||| ||||||| Sbjct 2504 TTGAGAAATAAAACTTGTATCATTACTTTTCTTTTACTAGTTACACTCTCTCTACCAATA 2563 Query 2573 AACATGTTTGCAAAGT 2588 |||||||||||||||| Sbjct 2564 AACATGTTTGCAAAGT 2579 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 97587207690 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5