BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G53230.1
Length=2696
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg485698 jgi|Araly1|485698|fgenesh2_kg.5__1690__AT3G53230.1 4115 0.0
> Ahg485698 jgi|Araly1|485698|fgenesh2_kg.5__1690__AT3G53230.1
Length=2629
Score = 4115 bits (2228), Expect = 0.0
Identities = 2500/2629 (95%), Gaps = 28/2629 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 CActtctcgaatcttctttttcttctctgcgaagctctctctctctctctACTCGATTAT 60
|||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||| | | |||
Sbjct 1 CACTTCTCGAATCTTCTTCTTCTTCTCTGCGAAG--------CTCTCTCTA-T--AATAT 49
Query 61 CAAACATGGCGAATCAAGCTGAATCATCTGATTCGAAGGGGACGAAGAAGGATTTTAGCA 120
|||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 50 CAAACATGGCGAATCAAGCTGAATCATCCGACTCGAAGGGGACGAAGAGGGATTTTAGCA 109
Query 121 CCGCGATTCTGGAGAAAAAGAAGGCAGCGAATCGTTTGGTTGTGGATGAAGCCATTAACG 180
|||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||
Sbjct 110 CCGCGATTCTGGAGCGAAAGAAGGCGGCGAATCGTTTGGTTGTGGATGAGGCGATTAACG 169
Query 181 ATGATAACTCCGTCGTTTCTCTTCACCCTGATACCATGGAGAAGCTACAGCTTTTTCGTG 240
|||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 170 ATGATAACTCTGTCGTTTCTCTTCACCCTGAAACCATGGAGAAGCTACAGCTTTTTCGTG 229
Query 241 GTGATACTATCTTAATCAAGGGAAAGAAGAGGAAGGATACTGTGTGTATTGCTTTAGCTG 300
||||||| | || || |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 230 GTGATACCGTTTTGATTAAGGGAAAGAAGAGGAAGGATACTGTGTGTATAGCTTTAGCTG 289
Query 301 ATGAGACATGTGATGAACCAAAAATTAGAATGAACAAGGTTGTTAGGTCTAATCTCAGAG 360
|||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |
Sbjct 290 ATGATACTTGTGATGAACCAAAAATTAGGATGAACAAGGTTGTTAGGTCTAACCTCAGGG 349
Query 361 TTAGGCTTGGGGATGTTATTTCTGTTCATCAATGTCCTGATGTCAAGTATGGGAACCGTG 420
|||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 350 TTAGGCTTGGAGATGTTATCTCTGTTCATCAATGTCCTGATGTCAAGTATGGGAAGCGTG 409
Query 421 TTCACATCTTACCTTTAGATGATACCATTGAAGGAGTAAGTGGCAATATATTTGATGCAT 480
|||||||||| ||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 410 TTCACATCTTGCCTATAGATGATACCATTGAAGGAGTTAGTGGCAATATATTTGATGCAT 469
Query 481 ACCTTAAACCTTATTTCTTAGAGGCATATCGTCCGGTGAGGAAGGGCGATCTTTTCCTAG 540
||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| | |
Sbjct 470 ACCTTAAACCTTATTTCTTGGAGGCATACCGTCCGGTGAGGAAGGGTGATCTTTTCTTGG 529
Query 541 TTAGAGGAGGGATGAGAAGTATTGAGTTTAAGGTTATTGAAACTGATCCTGCTGAGTACT 600
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||
Sbjct 530 TTAGAGGAGGGATGAGAAGTATTGAGTTTAAGGTTATTGAGACCGATCCTGCTGAGTACT 589
Query 601 GTGTGGTTGCTCCAGATACAGAAATTTTCTGTGAAGGTGAACCGATAAAGAGAGAGGATG 660
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 590 GTGTGGTTGCTCCAGATACAGAAATTTTCTGTGAGGGTGAACCGATAAAGAGAGAGGATG 649
Query 661 AGGAGAGGTTGGATGAAGTTGGGTATGATGATGTTGGTGGTGTCAGGAAACAAATGGCTC 720
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 650 AGGAGAGGTTGGATGAAGTTGGGTATGATGATGTTGGTGGTGTCAGGAAACAAATGGCTC 709
Query 721 AGATTCGTGAACTTGTTGAGCTCCCATTGAGGCATCCACAGCTCTTCAAGTCTATTGGTG 780
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||
Sbjct 710 AGATTCGGGAACTTGTTGAGCTCCCATTGAGGCATCCACAACTCTTCAAGTCCATTGGTG 769
Query 781 TGAAACCTCCCAAAGGAATCTTGCTCTATGG-CCCTCCTGGTTCTGGGAAGACACTTATT 839
||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| ||||||||||| |||||||| |||
Sbjct 770 TGAAACCTCCCAAAGGAATCTTGCTATATGGTCCC-CCTGGTTCTGGAAAGACACTGATT 828
Query 840 GCCCGTGCTGTTGCTAATGAGACTGGTGCATTTTTCTTCTGTATCAATGGTCCCGAGATC 899
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 829 GCCCGTGCTGTTGCTAATGAGACTGGTGCATTTTTCTTCTGTATCAATGGTCCCGAGATC 888
Query 900 ATGTCGAAGCTAGCTGGTGAGAGTGAAAGTAACCTCAGGAAAGCGTTTGAGGAAGCTGAG 959
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 889 ATGTCGAAGCTAGCTGGTGAGAGTGAAAGCAACCTCAGGAAAGCGTTTGAGGAAGCTGAG 948
Query 960 AAGAATGCCCCTTCGATCATATTCATTGATGAGATCGATTCGATTGCTCCAAAAAGAGAG 1019
||||||||||| || ||||| || ||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 949 AAGAATGCCCCCTCAATCATCTTTATTGATGAGCTCGATTCGATTGCTCCAAAAAGAGAA 1008
Query 1020 AAGACTCACGGAGAAGTTGAAAGACGGATTGTATCCCAGCTCTTGACACTTATGGATGGT 1079
||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1009 AAGACACACGGGGAAGTTGAAAGACGTATTGTATCCCAGCTCTTGACACTTATGGATGGG 1068
Query 1080 CTTAAATCCAGAGCCCATGTGATTGTTATGGGAGCTACCAACCGTCCCAACAGCATTGAC 1139
|||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1069 CTTAAATCCAGAGCCCATGTCATTGTTATGGGAGCGACCAACCGTCCCAACAGCATTGAC 1128
Query 1140 CCTGCTTTGAGAAGATTTGGACGTTTTGATAGAGAAATTGATATTGGTGTTCCTGATGAG 1199
|| ||||||||||| |||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1129 CCCGCTTTGAGAAGGTTTGGACGATTTGACAGAGAGATTGATATTGGTGTTCCTGATGAG 1188
Query 1200 ATTGGTCGTCTTGAAGTTCTCAGGATTCACACCAAGAACATGAAGCTTGCGGAAGATGTT 1259
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1189 ATTGGTCGTCTTGAAGTTCTCAGGATTCACACCAAGAACATGAAGCTTGCGGAAGATGTT 1248
Query 1260 GATTTGGAAAGAGTATCTAAAGACACCCATGGGTATGTTGGTGCTGATCTTGCAGCATTA 1319
||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1249 GATTTGGAAAGAGTATCCAAAGACACCCATGGTTATGTTGGTGCTGATCTTGCAGCATTA 1308
Query 1320 TGCACTGAAGCTGCTCTCCAATGCATTAGGGAGAAGATGGATGTAATTGACCTAGATGAC 1379
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1309 TGCACTGAAGCTGCTCTCCAATGCATTAGGGAGAAGATGGACGTAATTGACCTAGATGAC 1368
Query 1380 GAGGAGATAGATGCTGAAATTCTCAATTCTATGGCTGTCAGTAATGATCATTTCCAGACT 1439
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||
Sbjct 1369 GAGGAGATAGATGCTGAAATTCTCAATTCTATGGCTGTGACTAATGATCATTTCCAGACT 1428
Query 1440 GCCCTTGGTAACAGCAATCCTTCAGCTCTACGTGAGACTGTCGTTGAGGTGCCTAATGTG 1499
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1429 GCCCTTGGTAACAGCAATCCTTCAGCTCTACGTGAGACGGTCGTTGAGGTGCCTAATGTT 1488
Query 1500 TCTTGGGAGGACATTGGTGGTCTTGAGAATGTCAAGAGGGAGCTCCAAGAGACTGTTCAA 1559
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1489 TCTTGGGAGGACATCGGTGGTCTTGAGAATGTCAAGAGGGAGCTCCAAGAGACTGTTCAA 1548
Query 1560 TATCCAGTGGAGCATCCTGAGAAATTCGAGAAGTTTGGGATGTCACCGTCTAAAGGAGTC 1619
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1549 TATCCAGTGGAGCATCCTGAGAAATTCGAGAAGTTTGGGATGTCACCGTCTAAAGGAGTC 1608
Query 1620 CTATTCTATGGCCCCCCTGGTTGTGGAAAGACCCTCTTGGCTAAGGCTATTGCGAACGAG 1679
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1609 CTATTCTATGGTCCCCCTGGTTGTGGAAAGACCCTCTTGGCTAAGGCTATTGCGAACGAG 1668
Query 1680 TGTCAAGCCAACTTCATTAGTATCAAGGGTCCTGAGCTCCTCACAATGTGGTTTGGAGAG 1739
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1669 TGTCAAGCCAACTTCATTAGTATCAAAGGTCCTGAGCTCCTCACAATGTGGTTTGGAGAG 1728
Query 1740 AGTGAAGCCAATGTGAGAGAGATATTCGACAAGGCACGACAGTCTGCCCCTTGTGTTCTT 1799
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || |||||||||
Sbjct 1729 AGTGAAGCCAATGTGAGAGAGATATTCGACAAGGCACGCCAGTCTGCTCCGTGTGTTCTT 1788
Query 1800 TTCTTTGATGAGCTGGACTCCATCGCCACTCAGAGAGGGAACAGTGTTGGAGATGCTGGT 1859
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1789 TTCTTTGATGAGCTTGACTCCATCGCCACTCAGAGAGGGAACAGTGTTGGAGATGCTGGT 1848
Query 1860 GGTGCAGCAGATAGAGTATTGAACCAGCTTCTTACGGAGATGGATGGAATGAATGCTAAG 1919
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1849 GGTGCAGCAGATAGAGTATTGAACCAGCTTCTTACAGAGATGGATGGAATGAATGCTAAG 1908
Query 1920 AAGACGGTCTTCATCATCGGAGCTACAAACAGACCAGACATTATTGATCCTGCACTTCTG 1979
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || ||||||||||||
Sbjct 1909 AAGACGGTCTTCATCATCGGAGCTACAAACAGACCAGACATCATCGACCCTGCACTTCTG 1968
Query 1980 CGTCCTGGTCGTCTCGATCAGCTCATCTACATTCCTCTTCCTGATGAGGAGTCTCGTTAC 2039
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1969 CGTCCTGGTCGTCTCGATCAGCTCATCTATATTCCTCTTCCTGATGAGGAGTCTCGTTAC 2028
Query 2040 CAGATCTTTAAGTCTTGCTTGAGGAAATCACCTGTGGCGAAAGATGTTGACCTGAGGGCT 2099
|||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||
Sbjct 2029 CAGATCTTCAAGTCTTGCTTGAGGAAATCCCCTGTGGCTAAAGATGTTGACCTTAGGGCT 2088
Query 2100 CTTGCTAAGTACACCCAAGGCTTCAGTGGTGCGGACATCACAGAGATTTGCCAGCGTTCT 2159
||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2089 CTTGCGAAGTACACCCAAGGCTTCAGCGGTGCAGACATCACAGAGATTTGCCAGCGTTCT 2148
Query 2160 TGCAAGTATGCGATCAGAGAAAACATCGAGAAGGATATTgagaaggagaggaagagagca 2219
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2149 TGCAAGTATGCGATCAGAGAAAACATCGAGAAGGATATTGAGAAGGAGAGGAAGAGAGCA 2208
Query 2220 gagtcgccagaagcaatggaagaggatgaggaggagattgcagagaTTAAAGCTGGTCAC 2279
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2209 GAGTCGCCAGAAGCAATGGAAGAGGACGAGGAGGAGATTGCAGAGATTAAAGCTGGTCAC 2268
Query 2280 TTTGAGGAATCCATGAAATACGCTAGGAGATCAGTGAGTGATGCAGACATTCGCAAGTAT 2339
|||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2269 TTTGAGGAATCCATGAAATATGCAAGGAGATCAGTAAGTGATGCAGACATTCGCAAGTAT 2328
Query 2340 CAGGCTTTTGCTCAGACTCTCCAGCAATCACGTGGGTTTGGAAGCGAGTTCAGGTTTCCA 2399
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2329 CAGGCTTTTGCTCAGACTCTACAGCAATCACGTGGGTTTGGAAGCGAGTTCAGGTTCCCA 2388
Query 2400 GATGCGCCGACAGGGACTACTGGAGCTTTCCCTGGAGCTGCTGCCACAGTTGGGGGAGTC 2459
|||||||||||||||||| |||||| | |||| | ||||| |||||||||
Sbjct 2389 GATGCGCCGACAGGGACT---GGAGCT------G---CTGC--C-ACAGTCGGGGGAGTC 2433
Query 2460 GACCCGTTTGCCACATCCGGAGGAGCAGCGGATGATGATGATCTCTACAGTTGAAAGGTC 2519
||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2434 GACCCGTTTGCCACATCCGGAGGAGCAGCCGACGATGATGATCTCTACAGTTGAAAGATC 2493
Query 2520 TGATCAGACCCTGTGACTACTCTCTTTAGTCTTTAACTTTGTTCTGCTTGAAAAACTTTC 2579
||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2494 TGATCAGACCCTGTGACTACTGTCTTTAGTCTTTTACTTTGTTCTGCTTGAAAAACTTTT 2553
Query 2580 GATGGTCTTTGTTGTGTTTTATTTATAAGTCTTTTGTATATAATCGTTG 2628
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2554 GATGGTCTTTGTTGTGTTTTATTTATAAGTCTTTTGTACATAATCGTTG 2602
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 101700954150
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5