BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G53960.1
Length=2066
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg938307 jgi|Araly1|938307|scaffold_502498.1 3038 0.0
> Ahg938307 jgi|Araly1|938307|scaffold_502498.1
Length=1849
Score = 3038 bits (1645), Expect = 0.0
Identities = 1782/1850 (96%), Gaps = 2/1850 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 54 AATCATTAACACAAAAAATTATGGAGCACAACAAGGTTGATACAGAACCTCAAGATTCAT 113
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||
Sbjct 1 AATCATTAACACAAAAAATTATGGAGCACAACAAGGTTGATACAGAACTTCAAGAGTCAT 60
Query 114 ATGATGATCAACAAAAATGGGTTCTCGATTCTTCGACCGATAGTAGAGGAGAGATTCCGC 173
||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 61 ATGATGATCAACAAAAATGGGTTCTTGATTCTTCTACCGATAGTAGAGGGGAGATTCCGC 120
Query 174 TTCGGGCTCAAACCGGAGCTTGGAGAGCTGCACTCTTCATCATTGGTATCGAATTCAGCG 233
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 121 TTCGGGCTAAAACCGGAGCTTGGAGAGCTGCACTCTTCATTATTGGTATCGAATTCAGCG 180
Query 234 AGAGGCTAAGTTACTTTGGGATCTCCACGAACTTAGTGGTCTACTTGACTACCATTCTTC 293
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 181 AGAGGCTAAGTTACTTTGGGATCTCCACGAACTTAGTGGTCTACTTGACGACCATTCTTC 240
Query 294 ACCAAGATCTCAAGATGGCTGTAAAAAATACGAACTACTGGTCTGGTGTCACTACTTTGA 353
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 241 ACCAAGATCTCAAGATGGCTGTAAAAAATACAAACTACTGGTCTGGTGTCACTACTTTGA 300
Query 354 TGCCTCTTCTTGGAGGCTTCGTCGCAGATGCTTATCTCGGCCGTTATGGAACTGTCCTAC 413
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 301 TGCCTCTTCTTGGAGGCTTCGTCGCCGATGCTTATCTCGGCCGTTATGGAACTGTCCTCC 360
Query 414 TTGCAACCACCATTTACCTTATGGGCTTGATTCTGTTAACATTGTCTTGGTTTATACCGG 473
||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 361 TTGCAACCACCGTTTACCTTATGGGATTGATTCTGTTAACATTATCTTGGTTTATACCGG 420
Query 474 GATTGAAAGCATGTCATGAAGACATGTGTGTTGAGCCAAGGAAAGCCCACGAGATAGCCT 533
|||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 421 GATTGAAAGCTTGTCATGAAGAAATGTGTGTTGAGCCAAGGAAAGCCCACGAGATAGCCT 480
Query 534 TCTTCATTGCAATCTACTTGATCTCCATAGGCACTGGAGGTCATAAGCCATCCCTTGAGA 593
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 481 TCTTCATTGCAATCTACTTGATCTCCATAGGCACTGGAGGTCATAAGCCAGCCCTTGAGA 540
Query 594 GCTTTGGAGCTGACCAATTCGAAGATGGCCAT-CCGGAAGAACGAAAAATGAAAATGTCT 652
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||| ||||||||||||
Sbjct 541 GCTTTGGAGCTGACCAATTCGAAGATGGCCATTCCG-AAGAACGAAAGATGAAAATGTCT 599
Query 653 TACTTTAACTGGTGGAATGCTGGTCTATGCGCTGGTATTTTAACCGCGGTGACTGTAATT 712
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 600 TACTTTAACTGGTGGACTGCTGGTCTATGCGCTGGTATTTTAACCGCGGTGACTGCAATG 659
Query 713 GTCTATATCGAAGACCGGATTGGTTGGGGTGTGGCTAGCATCATACTCACAATAGTTATG 772
||||||||||||||| ||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||| |||
Sbjct 660 GTCTATATCGAAGACAGGATTGGTTGGGGTGTGGCCGGTATCATACTCACAATAGTCATG 719
Query 773 GCTACTTCGTTTTTTATCTTCCGTATCGGCAAACCGTTTTACCGTTATAGAGCACCTTCT 832
|||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 720 GCTACTTCGTTTTTTATCTTCCTTATCGGTAAACCGTTTTACCGTTATAGAGCACCTTCC 779
Query 833 GGTAGCCCATTGACCCCAATGTTGCAAGTCTTTGTCGCCGCCATTGCCAAAAGAAATCTT 892
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||
Sbjct 780 GGTAGCCCATTGACCCCAATATTGCAAGTCTTTGTCGCCGCCATTGCAAAAAGACATCTT 839
Query 893 CCTTGTCCCAGTGATTCTTCTCTTCTTCATGAGTTAACTAATGAAGAGTATACTAAAGGC 952
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 840 CCTTGTCCCAGTGATTCTTCTCTTCTTCATGAGTTAACTAATGAAGAGTATACTAAAGGC 899
Query 953 CGGCTTCTTTCCAGCTCAAAGAATCTTAAATTTCTAGACAAAGCAGCAGTTATTGAGGAC 1012
||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 900 CGGCTTCTTTCTAGCACAAAGAATCTTAAATTTCTAGACAAAGCAGCAGTTATTGAGGAC 959
Query 1013 CGAAACGAGAACACTAAAGCCGAGAAGCAGAGTCCATGGCGACTCGCAACGGTTACGAAA 1072
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||
Sbjct 960 CGAAACGAGAACACTAAAGCCGAGAAGCAGAGTCCATGGAGACTCGCAACGGTTACAAAA 1019
Query 1073 GTGGAAGAAGTTAAGCTACTCATCAACATGATTCCAATCTGGTTCTTTACATTAGCCTTT 1132
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1020 GTGGAAGAAGTAAAGCTACTCATCAACATGATTCCAATCTGGTTCTTTACATTAGCCTTT 1079
Query 1133 GGAGTATGCGCCACTCAAAGCTCAACACTCTTTATCAAACAAGCCATAATAATGGACCGA 1192
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1080 GGAATATGCGCCACTCAAAGCTCAACACTCTTTATCAAACAAGCCATAATAATGGACCGA 1139
Query 1193 CACATCACAGGGACAAGCTTCATAGTTCCTCCAGCTTCATTGTTCTCTCTCATAGCTCTC 1252
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1140 CACATCACCGGGACAAGCTTCATAGTTCCTCCAGCTTCATTGTTCTCTATCATAGCTCTC 1199
Query 1253 TCCATAATCATCACCGTAACAATCTACGAGAAACTCCTCGTTCCTCTTTTGAGACGTGCC 1312
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||
Sbjct 1200 TCCATAATCATCACCGTAACAATCTACGAGAAACTCCTCGTGCCTCTTTTGAGACGCGCC 1259
Query 1313 ACAGGAAACGAAAGAGGCATTAGCATTCTACAAAGAATCGGGGTCGGTATGGTTTTCTCC 1372
|| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1260 ACTGGAAATGAAAGAGGCATTAGCATTCTACAAAGAATCGGGATCGGTATGGTTTTCTCC 1319
Query 1373 TTATTCGCTATGATCATTGCTGCTCTGATTGAGAAGAAAAGATTAGATTATGCTAAGGAA 1432
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1320 TTATTCGCTATGATCATTGCTGCTCTGATTGAGAAGAAAAGATTGGATTATGCTAAGGAA 1379
Query 1433 CACCACATGAATAAGACCATGACCTTGAGTGCTATATGGTTAGCTCCTCAATTCCTAGTC 1492
|| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1380 CATCACATGAGTAAGACCATGACCTTGAGTGCTATATGGTTAGCTCCTCAATTCCTAGTC 1439
Query 1493 TTAGGAGTTGCGGATGCTTTTACCCTTGTCGGTCTTCAAGAATATTTCTACGACCAAGTC 1552
|||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1440 TTAGGAGTTGCGGACGCTTTTACTCTTGTGGGTCTTCAAGAATATTTCTACGACCAAGTC 1499
Query 1553 CCAGATTCTATGAGAAGCTTAGGCATAGCGTTTTACCTCAGCGTGCTTGGAGCGGCTAGC 1612
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1500 CCAGATTCCATGAGAAGCTTAGGCATAGCGTTTTACCTCAGCGTGCTTGGAGCGGCTAGC 1559
Query 1613 TTTGTCAACAATCTTTTGATAACGGTTAGTGATCATTTAGCCGAGGAAATTTCCGGGAAG 1672
|||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1560 TTTGTCAACAATCTTTTGATTACTGTTAGTGATCATTTAGCCGAGGAAATTTCGGGGAAG 1619
Query 1673 GGCTGGTTTGGGAAAGACCTTAATAGCAGCCGCTTGGACCGCTTTTACTGGATGCTAGCC 1732
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1620 GGCTGGTTCGGGAAAGACCTTAATAGCAGCCGCTTGGACCGCTTTTACTGGATGCTAGCC 1679
Query 1733 GCCTTGACCGCTGCAAATATATGCTGCTTTGTGATCGTGGCCATGAGATACACTTACAAG 1792
|| ||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1680 GCTTTGACCGCTGCAAATATCTTCTGCTTTGTGATCGTGGCCATGAGATACACTTACAAG 1739
Query 1793 ACTGTGCAGCCGAGTCTGGCTGTTGTTGCTGACGGCGGTGATGACGTTGAGACAGCCACG 1852
| ||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1740 AGTGTGCAGCCGAGTCTGGCTGTTGTTCCTGATGGCGGTGATGACGTTGAGACAGCCACA 1799
Query 1853 GGGACGAATAACACGTCCAAGTTTACGTAACTTAGCTATTGGTTTGGTCA 1902
||||||||||| |||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1800 GGGACGAATAAGACGTCCAAGTTTACCTAACTTGGCTATTGGTTTGGTCA 1849
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 77704099800
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5