BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G54280.2
Length=6632
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg898366 jgi|Araly1|898366|Al_scaffold_0005_2332 9507 0.0
> Ahg898366 jgi|Araly1|898366|Al_scaffold_0005_2332
Length=6132
Score = 9507 bits (5148), Expect = 0.0
Identities = 5546/5734 (97%), Gaps = 44/5734 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 651 GGAGTACGACATTTTGAATGACAATTCCAAGAATCCAAGGGATCGAGTGGCTCGTCAGAA 710
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 420 GGAGTACGACATTTTGAATGACAATTCCAAGAATCCAAAGGATCGAGTGGCTCGTCAGAA 479
Query 711 AAAGAATCTCCGACGACGTCTAGGTTTGGACATGTGCGAGCAGTTCATGGATGTCAATGA 770
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 480 AAAGAATCTCCGACGACGTCTAGGTTTGGACATGTGCGAGCAGTTCATGGATGTCAATGA 539
Query 771 AATGATTAGAGATGAGGATCTTATTGAGCAGAAGTCCAATGTTCCTGCCAATGGGGTTGG 830
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 540 AATGATTAGAGATGAGGATCTTATTGAGCAGAAGTCCAATGTTCCTGCGAATGGGGTTGG 599
Query 831 GAACAGATTATACGCAAACTGTTCTCCACATCATATCCAGCAATTCGTTTCAAGAATGGT 890
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||| || |||||||||||||| |||||
Sbjct 600 GAACAGATTATACGCAAACTATTCTCCACATCATATTCAACAATTCGTTTCAAGGATGGT 659
Query 891 TCCCCGCGTCAATTCTAGGAGGCCAAGCGCAAGGGAATTGAATTTACTGAAACGAAAAGC 950
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 660 TCCCCGTGTCAATTCTAGGAGGCCAAGCGCAAGGGAATTGAATTTACTGAAACGAAAAGC 719
Query 951 AAAAATAAGCTCTAAAGATCAAGCTAAAGGTAGCTGCGAAGTAGCAGATGTTGAGATGTC 1010
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 720 AAAAATAAGCTCAAAAGATCAAGCTAAAGGTAGCTGCGAAGTAGCAGATGTTGAGATGCC 779
Query 1011 ATCGTCTCATGTTGCCTCAACCTCAAAAAGAATATTGTCCGACTCATTGGACTCGAGCAA 1070
||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||
Sbjct 780 ATCGTCTCA---TGCCTCAACCTCAAAAAGAATATCGTCCGACTCATTGGACTCGAACAA 836
Query 1071 GGCGGACATTGGTAATGAGGATGATATCGAGCCTGATGGGGATGGAAAATGGCCTTTCCA 1130
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 837 GGCGGACATTGGTAATGAGGATGATATCGAGCCTGATGGGGATGGAAAATGGCCTTTCCA 896
Query 1131 TAGTTTTGTTGAGCAACTTATTCTTGACATGTTTGACCCTGCATGGGAGATCCGCCATGG 1190
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 897 TAGTTTTGTTGAGCAACTTATTCTTGACATGTTTGACCCTGCATGGGAGATCCGCCATGG 956
Query 1191 AAGTGTAATGGCTCTCAGAGAAATATTAATGCTTCATGGTGGTTCTGCTGGAGTGTCAAC 1250
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 957 AAGTGTAATGGCTCTCAGAGAAATATTAATGCTTCATGGTGGTTCTGCTGGAGTGTCAAC 1016
Query 1251 AGAAGAGTTTAGTTCAGATAATGGGTTTGAGTTGAAAGACGTCTTGAATAAAGTAACACG 1310
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||
Sbjct 1017 AGAAGAGTTTAGCTCAGATAATGGGTTTGAGTTGAAAGAAGTCTTGAACAAAGTAACACG 1076
Query 1311 AGAAAGAGAAATCGACTTGAATATGCAGGTTTCAGAAAATGAGCTGGAGCCACTTCGGAA 1370
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1077 AGAAAGAGAAATCGACTTAAATATGCAGGTTTCAGAAAATGAGCTGGAGCCACTTCGGAA 1136
Query 1371 AAGACCTAAGATTGAAGATCCATCAAAATCTTTTATTGATAACACTGTTTTAGAAGTTAT 1430
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1137 AAGACCTAAGATTGAAGATCCATCAAAATCATTTATTGATAACACTGTTTTAGAAGTTAT 1196
Query 1431 TGGGGGTGACTATGATATTAATGTTAAAGATGAAGATGCTGAGTTTTTGCTGCCACCAGT 1490
||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1197 TGGGGGTTACTCTGATATTAATGTTAAAGATGAAGATGCTGAGTTTTTACTGCCACCAGT 1256
Query 1491 GAAGGTCAATGGTCAAACTGACTGTAGTTCTACGAAACTGGAACCTCAATCTTCTATGGA 1550
||||||||||||||||||||||| || |||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1257 GAAGGTCAATGGTCAAACTGACTCTAATTCTACGAAAGTGGAACCTCAATCTTCTATGGA 1316
Query 1551 TGACTCGACATCTCACTCTGAAATAAACCATGTGGCAGAGGTTAACAATCATTTTGAAGA 1610
||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1317 TGATTCGTCATCTCACTCTGAAATAAACCATGTGGCAGAGGTTAACAATCATTTTGAAGA 1376
Query 1611 TAAGAGTTTTATTGAGGA-GCCAGTTATACCTAAGCAACAGGAAGAAAATCTCGAAGTGT 1669
|||||||||||||||||| || ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1377 TAAGAGTTTTATTGAGGAAGC-AGTTATACCTAAGCATCAGGAAGAAAATCTCGAAGTGT 1435
Query 1670 TGGATTTGGTCAAACAAGCTAGGCATTCTTGGATAAAAAATTTTGAATTTCTCCAGGATT 1729
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1436 TGGATTTGGTTAAACAAGCTAGGCATTCTTGGATAAAAAATTTTGAATTTCTCCAGGATT 1495
Query 1730 GCACCATTCGCTTCTTATGTGTGCTTTCACTTGACCGATTTGGGGATTATATTTCTGATC 1789
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1496 GCACCATTCGCTTCTTATGTGTGCTTTCACTTGACCGATTTGGGGATTATATTTCTGATC 1555
Query 1790 AGGTAGTTGCTCCTGTGCGGGAAGCTTGTGCCCAAGCACTTGGTGCTACTTTCAAATACA 1849
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1556 AGGTAGTTGCTCCTGTGCGGGAAGCTTGTGCCCAAGCACTTGGTGCTACTTTCAAATACA 1615
Query 1850 TGAATCCCTCGTTGATTTATGAGACATTAAATATCTTGCTTCAGATGCAGCGCCGGCCTG 1909
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1616 TGAATCCCTCGGTGATTTATGAGACATTAAATATCTTGCTTCAGATGCAGCGCCGGCCTG 1675
Query 1910 AATGGGAAATTCGTCATGGAAGTCTTTTAGGCATCAAGTACTTGGTTGCTGTGCGACAGG 1969
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1676 AATGGGAAATTCGTCATGGAAGTCTTTTGGGCATCAAGTACTTGGTTGCTGTGCGACAGG 1735
Query 1970 AAATGCTCCAAGATTTGCTTGGCTATATTCTTCCGGCGTGTAAAGCAGGGTTGGAGGATT 2029
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1736 AAATGCTCCAAGATTTGCTTGGCTATATTCTTCCGGCGTGTAAAGCAGGGTTGGAGGATT 1795
Query 2030 CTGACGATGATGTGCGAGCAGTTGCCGCTGATGCTCTTATACCGGCAGCAGCTGCTATTG 2089
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1796 CTGACGATGATGTGCGAGCAGTTGCTGCTGATGCTCTTATACCGGCAGCAGCTGCTATTG 1855
Query 2090 TCTCTTTGAGAGGACAGACATTACTTTCCATTGTCATGCTACTGTGGGATATCTTACTTG 2149
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1856 TCTCTTTGAGAGGACAGACATTACTTTCCATTGTCATGCTACTGTGGGATATCTTGCTTG 1915
Query 2150 AGTTGGATGACTTAAGTCCATCAACAAGCAGTATTATGAACCTCCTGGCAGAAATTTATT 2209
||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1916 AGTTGGATGACTTAAGTCCATCAACCAGCAGTGTTATGAACCTCCTGGCAGAAATCTATT 1975
Query 2210 CTCAAGATGACATGACCCTAGTGATGCATGAGGAATTATCACTGGGGGAGGAACAAAATA 2269
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1976 CTCAAGATGACATGACCCTGGTGATGCATGAGGAATTATCACTGGGGGAGGAACAAAATA 2035
Query 2270 TTGAACTCAATGAAATGGGTCATATCGAGAGTATTGGAGAAAGAAGAGATGTAAAGGAAA 2329
|||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2036 TTGACCTCAATGAAATGGGTCCTATCGAGAGTATTGGAGAAAGAAGAGATGTCAAGGAAA 2095
Query 2330 GCCCTTATGCATTATCAGGTTTGGCCCCTAGGTTGTGGCCATTCACGAGGCATGACATAA 2389
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |
Sbjct 2096 GCCCTTATGCATTATCAGGTTTAGCCCCTAGGTTGTGGCCATTTACGAGGCACGACATTA 2155
Query 2390 CATCAGTTCGATTTTCTGCTATTCGAACTCTGGAACGACTTCTTGAAGCTGGATGCAGAA 2449
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2156 CATCAGTTCGATTTTCTGCTATTCGAACTCTGGAACGACTTCTTGAAGCTGGATGCAGAA 2215
Query 2450 AAAACATTTCTGGGCAGTCTAAAAGTTCTTTTTGGCCATCTTCTATTTTAGGGGACACCC 2509
| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2216 AGAACATTTCTGAGCAGTCTAAAAGTTCTTTTTGGCCATCTTCTATTTTAGGGGACACCC 2275
Query 2510 TGAGAATCGTCTTTCAAAATCTTTTGCTTGAATCAACTGAGGAGATTCTGGAGTGTTCAG 2569
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2276 TGAGAATCGTCTTTCAAAATCTTTTGCTTGAATCAACTGAGGAGATTCTGGAGTGTTCGG 2335
Query 2570 AGAGAGTGTGGAGACTATTGGTTCAGTGCCCAGTGGATGATCTAGAAGACACGGCAAAAT 2629
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| | |||||||
Sbjct 2336 AGAGAGTGTGGAGACTATTGGTTCAGTGCCCAGTGGATGATTTAGAAGACGCTGCAAAAT 2395
Query 2630 TCTATATGGCTTCGTGGATAGAACTTGCAGCTACTCCTTATGGCTCCACATTGGATGCTA 2689
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2396 TCTATATGGCTTCGTGGATAGAACTTGCAGCTACTCCTTATGGCTCCACATTGGATGCTA 2455
Query 2690 CAAAAATGTTTTGGCCAGTAGCTCCCCCTCGTAAGAGTCATTTCAAAGCTGCTGCTAAGA 2749
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2456 CGAAAATGTTTTGGCCAGTAGCTCCCCCTCGTAAGAGTCATTTCAAAGCTGCTGCTAAGA 2515
Query 2750 TGAAAGCTGTCAAACTTGAGAACGAAGCTTCTAGCATTCTGGGATTTGATTATGCAAGAA 2809
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2516 TGAAAGCTGTCAAACTTGAGAACGAAGCTTCTAGCATTCTGGGATTTGATTATGCAAGAA 2575
Query 2810 GTTCTGCTTCCCTTGAAAAACAGGAAGATGCTTCTGCCAGGTCCACTAAAATTATTGTCG 2869
||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2576 GTTCTGCTTCCCTCGAAAAACATGAAGATGCTTCTGCCAGGTCCACTAAAATTATCGTCG 2635
Query 2870 GCTCTGATATGGAGATGTCAGTGACCCGTACCCGGGTAGTTACAGCATCTGCATTAGGTA 2929
||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2636 GCTCTGATATGGAAATGTCAGTGACCCGCACCCGGGTAGTTACAGCATCTGCATTAGGTA 2695
Query 2930 TCTTTGCATCCCGGTTGCGAGAGGGTTCAATGCAGTTTGTGGTAGATCCACTGAGTAGTA 2989
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2696 TCTTTGCATCCCGGTTGCGAGAGGGTTCAATGCAGTTTGTGGTAGATCCACTGAGTAGTA 2755
Query 2990 CTCTTACTTCTATGTCCGGTGTTCAGCGCCAGGTTGGGTCCATTGTGCTCATCTCTTGGT 3049
||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2756 CTCTTACTTCTCTGTCCGGTGTTCAGCGCCAGGTTGCGTCCATTGTGCTCATCTCTTGGT 2815
Query 3050 TCAGAGAAACTAAATGCAAGGCCCCTTCTGATGGAAGTGGAAGTTTGCCTGGTTTCCCTA 3109
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2816 TCAGAGAAACAAAATGCAAGGCCCCTTCTGATGGAAGTGGAAGTTTGCCTGGTTTTCCTA 2875
Query 3110 GTCCTCTGAAAAAATGGCTGCTAGATTTGTTAGCTTGCGCAGACCCTGCTTTCCCTACTA 3169
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 2876 GTCCTCTTAAAAAATGGCTGCTAGATTTGTTAGCTTGCTCAGACCCTGCTTTCCCTACTA 2935
Query 3170 AAGACATATTTCTTCCTTATGCTGAACTCTCAAGAACATACACTAAAATGAGGAATGAAG 3229
|||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2936 AAGACATACTTCTTCCTTATGCTGAGCTCTCAAGAACATACACGAAAATGAGGAATGAAG 2995
Query 3230 CTTCTCAGTTGTTGCATACAGTTGAAACCTGCCATTGTTTTGATAAGTTATTATCAACGA 3289
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2996 CTTCTCAGTTTTTGCATACAGTTGAAACCTGCCATTGTTTTGATAAGTTATTATCAACGA 3055
Query 3290 ATAAACTCAATGTGGAGAGCGTGACTGCTGATGAGACAATTGACTTTGCATCAACACTAG 3349
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3056 ATAAACTCAATGTGGAGAGCGTGACTGCCGATGAGACAATTGACTTTGCATCAACACTAG 3115
Query 3350 ATTTGTGGAACAAAGAAAGTGCTGGAAATGAATCCTTAGAAAAGCAAGTTTTTGAAGACG 3409
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 3116 CTTTGTGGAACAAAGAAAGTGTTGGAAATGAATCCTTAGAAAAGCAAGTTTTTGAAGATG 3175
Query 3410 TGGAGTCATCTAGGCAACAGCTATTAAGTACTGCTGGTTATTTAAAGTGTGTCCAGAGTA 3469
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 3176 TGGAGTCATCTAGGCAACAGCTATTAAGTACTGCTGGTTATTTAAAGTGTGTTCAGAGTA 3235
Query 3470 ATCTACATATCACAGTCACCTCCCTGGTCGCTGCTGCAGTTGTTTGGATGTCAGAATTTC 3529
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3236 ATCTACATATCACAGTCACCTCCCTGATCGCTGCTGCAGTTGTTTGGATGTCAGAATTTC 3295
Query 3530 CTGCTAGACTTAATCCAATAATCTTGCCGCTGATGGCTTCGATTAAAAGAGAGCAGGAAC 3589
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3296 CTGCTAGACTTAATCCAATCATCTTGCCGCTGATGGCTTCGATTAAAAGAGAGCAGGAAC 3355
Query 3590 AAATACTACAACAAATAGCTGCTGAGGCTCTTGCAGAGCTCATTGCATACTGCGTAGATC 3649
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3356 AAATACTACAGCAAATAGCTGCTGAGGCTCTTGCAGAGCTCATTGCATACTGCGTAGATC 3415
Query 3650 GGAAGCCAAGCCCCAATGACAAGTTAATCAAGAATATCTGTAGCTTGACGTGCATGGATC 3709
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3416 GGAAGCCAAGCCCCAATGACAAGTTAATCAAGAATATCTGTAGCTTGACGTGCATGGATC 3475
Query 3710 CTAGCGAAACACCTCAAGCTAGCATCATTAGCTCTATGGATATCGTTGATGATATGGATT 3769
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 3476 CTAGCGAAACACCTCAAGCTAGCATCATTAGCTCTATGGATATCATTGATGATATGGATT 3535
Query 3770 TTCTGTCCTCACGGAGTAACACAGGAAAACAAAAAGCAAAAGTCGTGTTGGCTAGTGGCG 3829
|||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 3536 TTCTGTCCTCGCGGAGTAACGCAGGAAAACAAAAAGCAAAAGTCGTGTTGGCTGGTGGCG 3595
Query 3830 AAGATAGGTCTAAAGTTGAGGGTTTTATCACGAGAAGAGGATCTGAACTCGCGTTGAAGC 3889
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3596 AAGATAGGTCTAAAGTTGAGGGTTTTATCACGAGGAGAGGATCTGAACTCGCGTTGAAGC 3655
Query 3890 ATTTAAGCTTGAAATTTGGTGGTTCCTTGTTTGACAAACTCCCAAAATTATGGGAGTGCC 3949
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 3656 ATTTAAGCTTGAAATTTGGTGGTTCCTTGTTTGACAAACTCCCAAAATTGTGGGAGTGCC 3715
Query 3950 TCACTGAGGTTCTTGTTCCTGAAATTCCTTCAGATCAACAGAAGATTGACCTTAAAATAG 4009
||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 3716 TCACTGAGGTTCTTGTTCCTGAAATTCCTGCTGATCAACAGAATATTGACCTTAAAATAG 3775
Query 4010 AATCTATTTCGGATCCACAGGTCTTAATAAACAACATCCAGGTGGTACGTTCAATAGCAC 4069
|||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||
Sbjct 3776 AATCTATTTCGGATCCACAGGT------------------GGT---ACGTTCAATAGCAC 3814
Query 4070 CAGTGATGGAAGAAACACTGAAACCTAGACTGCTCAGTCTTCTGCCTTGTATTTTCAAAT 4129
||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 3815 CAGTGATGGAAGAAACACTTAAACCTAGACTACTCAGTCTCCTGCCTTGTATTTTCAAAT 3874
Query 4130 GTGTTCGCCATTCCCATGTGGCTGTTAGATTGGCTGCTTCTAGATGTGTTATGACAATGG 4189
| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3875 GCGTTCGCCATTCCCATGTAGCTGTTAGATTGGCTGCTTCTAGATGTGTTATGACAATGG 3934
Query 4190 CTAAATCAATGACAACAGATGTCATGGCAGCAGTAGTGGAAAGTGCTATTCCAATGTTGG 4249
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 3935 CTAAATCAATGACAACAAATGTCATGGCAGCAGTAGTGGAAGGTGCTATTCCAATGTTGG 3994
Query 4250 GAGATTTAACATGCATTAGTGGTAGACAAGGCGCAGGAATGCTTATTGGTTTGCTTGTGC 4309
||||||| |||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |
Sbjct 3995 GAGATTTGACATGCATTAATGCTAGACAAGGCGCAGGAATGCTTATTGGTTTACTTGTTC 4054
Query 4310 AAGGGCTGGGTGTTGAACTGGTTCCATATTCTCCTCTATTGGTTGTTCCTCTCCTGAGAT 4369
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||
Sbjct 4055 AAGGGCTGGGTGTTGAACTGGTTCCATATTCTCCTCTATTGGTTGTTCCCCTCCTAAGAT 4114
Query 4370 GCATGAGCGATGTTGACAGTTCAGTCAGGCAGAGCGTAACACGTAGCTTTGCTGCCCTTG 4429
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 4115 GCATGAGCGATGTTGACAGTTCAGTCAGGCAGAGCGTGACACGTAGCTTTGCTGCCCTTG 4174
Query 4430 TACCTATGCTTCCATTAGCACGTGGTGTTCCCCCTCCCGTCGGGTTGAGCAAAGATCTAT 4489
| ||||||||||||||||||||||| | |||||||| |||||||||||||| |||||||
Sbjct 4175 TGCCTATGCTTCCATTAGCACGTGGCGCACCCCCTCCTGTCGGGTTGAGCAAGGATCTAT 4234
Query 4490 CTAGCAATGCAGAGGATGCAAAATTTTTGGAGCAGCTTCTTGACAACTCCCATATCGATG 4549
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||
Sbjct 4235 CTAGCAATGCAGAGGATGCAAAATTTTTGGAACAGCTACTTGACAACTCCCATATAGATG 4294
Query 4550 ATTACAAGCTTTGCACTGAGCTAAAAGTTCAATTAAGAAGGTATCAACAAGAAGGAATCA 4609
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4295 ATTACAAGCTTTGCACTGAGCTAAAAGTTCAATTAAGAAGGTATCAACAAGAAGGAATCA 4354
Query 4610 ATTGGTTAGGATTCCTAAAGCGTTTTAAGCTCCATGGAATTCTCTGCGATGATATGGGGC 4669
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4355 ATTGGTTAGGATTCCTGAAGCGTTTTAAGCTCCATGGAATTCTCTGCGATGATATGGGGC 4414
Query 4670 TTGGTAAGACTCTTCAAGCATCTGCAATTGTGGCATCCGATGCAGCAGAGCGTCGTGGTT 4729
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 4415 TTGGTAAGACGCTTCAAGCATCTGCAATTGTGGCATCTGATGCAGCAGAGCGTCGTGGTT 4474
Query 4730 CAACAGATGAACTGGATGTTTTTCCATCTATAATTGTTTGCCCTTCAACATTAGTTGGTC 4789
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4475 CAACAGATGAACCAGATGTTTTTCCATCTATAATTGTTTGCCCTTCAACATTAGTTGGTC 4534
Query 4790 ATTGGGCATTTGAAATTGAGAAGTATATCGACCTTTCTCTGCTAAGCGTGTTGCAATATG 4849
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 4535 ATTGGGCATTTGAAATTGAGAAGTATATCGACCTTTCTCTGCTAAGCGTGTTGCAGTATG 4594
Query 4850 TTGGCTCTGCTCAAGACCGCGTTTCTCTCCGTGAACAGTTCAACAACCATAATGTCATTA 4909
||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 4595 TTGGCTCTGTTCAAGACCGTGTTTCTCTCCGTGAACAGTTCAACAACCACAATGTCATTA 4654
Query 4910 TAACATCTTATGATGTGGTCCGCAAGGATGTTGATTATCTGACGCAATTTTCATGGAACT 4969
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 4655 TAACATCTTATGATGTGGTCCGCAAGGATGTTGATTATCTGACACAATTTTCATGGAACT 4714
Query 4970 ACTGTATCCTGGATGAGGGGCACATAATTAAGAATGCTAAATCTAAAATTACTGCAGCAG 5029
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||
Sbjct 4715 ACTGTATCCTGGATGAGGGGCACATAATTAAGAATGCTAAATCTAAAATAACTTCAGCAG 4774
Query 5030 TCAAACAATTGAAGGCCCAGCACCGGCTTATCCTTAGTGGAACACCAATACAGAATAATA 5089
| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4775 TAAAACAATTGAAGGCCCAGCACCGACTTATCCTTAGTGGAACACCAATACAGAATAATA 4834
Query 5090 TCATGGAGCTGTGGTCCCTTTTTGACTTCTTGATGCCTGGATTTCTTGGGACAGAGAGAC 5149
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4835 TCATGGAGCTGTGGTCCCTTTTTGACTTCTTGATGCCTGGATTTCTTGGGACAGAGAGAC 4894
Query 5150 AGTTTCAAGCATCTTATGGAAAACCATTGCTGGCAGCTAGAGATCCTAAATGCTCTGCTA 5209
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4895 AGTTTCAAGCATCTTATGGAAAACCGTTGCTGGCAGCTAGAGATCCTAAATGCTCTGCTA 4954
Query 5210 AGGATGCTGAAGCGGGTGTACTGGCAATGGAAGCACTCCATAAGCAGGTTATGCCATTCT 5269
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4955 AGGATGCTGAAGCGGGTGTACTGGCAATGGAAGCACTCCATAAGCAGGTTATGCCATTCT 5014
Query 5270 TACTCAGACGTACGAAAGAGGAAGTCCTCTCTGATTTGCCAGAAAAAATCATTCAGGACA 5329
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5015 TACTCAGACGTACGAAAGAGGAAGTCCTCTCTGATTTGCCAGAAAAAATCATTCAGGACA 5074
Query 5330 GATATTGTGACCTTAGTCCTGTCCAGTTGAAGCTTTATGAGCAATTTTCTGGTTCAAGTG 5389
|||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5075 GATACTGTGACCTTAGTCCTGTGCAGTTGAAGCTTTATGAGCAATTTTCTGGTTCAAGTG 5134
Query 5390 CTAAGCAAGAAATATCTAGTATCATAAAAGTTGATGGGTCAGCAGATTCCGGAAATGCAG 5449
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 5135 CTAAGCAAGAAATATCTAGTATCATAAAAGTTGATGGGTCAGCAGATTCTGGAAATGCAG 5194
Query 5450 ATGTTGCGCCAACAAAAGCATCCACACACGTTTTCCAGGCACTACAGTACCTGCTTAAAC 5509
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 5195 ATGTTGCGCCAACAAAAGCATCCACACACGTTTTCCAGGCACTGCAGTACCTGCTTAAAC 5254
Query 5510 TCTGCAGTCATCCGCTTCTTGTTCTAGGCGATAAGGTCACAGAGCCGGTGGCTTCTGATT 5569
||||||||||||||||||||||||| || |||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 5255 TCTGCAGTCATCCGCTTCTTGTTCTTGGGGATAAGGTTACAGAGCCGGTGGCTTCTGATT 5314
Query 5570 TGGCAGCAATGATAAATGGATGTTCGGACATTATCACTGAGCTTCATAAAGTTCAACACT 5629
|| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 5315 TGTCAGCAATGATAAATGGATGTTCGGATATTATCACTGAGCTTCACAAAGTTCAACACT 5374
Query 5630 CTCCAAAGCTTGTAGCTCTTCAGGAAATTTTAGAAGAATGTGGAATAGGTTCTGATGCTT 5689
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5375 CTCCAAAGCTTGTTGCTCTTCAGGAAATTTTAGAAGAATGTGGAATAGGTTCTGATGCTT 5434
Query 5690 CTAGTTCAGATGGCACTCTTAGTGTAGGCCAGCACAGAGTTCTGATATTTGCACAGCACA 5749
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5435 CTAGTTCAGATGGCACTCTTAGTGTAGGCCAGCACAGAGTTCTGATATTTGCACAGCACA 5494
Query 5750 AAGCTTTGCTGGATATCATTGAAAAGGACTTGTTTCAAGCCCACATGAAAAGTGTCACAT 5809
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5495 AAGCTTTGCTGGATATCATTGAAAAGGACTTGTTTCAAGCCCACATGAAAAGTGTCACAT 5554
Query 5810 ATATGCGACTAGATGGTTCAGTTGTACCGGAGAAAAGGTTTGAGATTGTGAAAGCCTTTA 5869
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 5555 ATATGCGACTAGATGGTTCAGTTGTACCGGAGAAAAGGTTTGAGATTGTGAAGGCCTTTA 5614
Query 5870 ATTCAGATCCTACAATTGATGTTCTGCTCCTGACAACACATGTTGGTGGGCTTGGGTTGA 5929
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5615 ATTCAGATCCTACAATTGATGTTCTGCTCCTGACAACACATGTTGGTGGGCTTGGGTTGA 5674
Query 5930 ACCTGACCTCTGCTGATACACTTGTATTTATGGAGCATGATTGGAACCCAATGCGTGATC 5989
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 5675 ACCTGACCTCTGCTGATACACTTGTATTTATGGAGCATGATTGGAATCCAATGCGTGATC 5734
Query 5990 ATCAGG----C-----G----A-----TGGACAGAGCGCATAGATTGGGACAGAAGAGAG 6031
|||||| | | | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5735 ATCAGGTGAACAAACTGTGGCAGGCGATGGACAGAGCGCATAGATTGGGACAGAAGAGAG 5794
Query 6032 TTGTAAATGTACACCGTCTGATAATGCGTGGCACACTTGAAGAGAAAGTGATGAGTCTCC 6091
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5795 TTGTAAATGTACACCGTCTGATAATGCGTGGCACACTTGAAGAGAAAGTGATGAGTCTCC 5854
Query 6092 AAAAATTCAAAGTGTCGGTTGCCAATACGGTAATCAATGCTGAGAATGCGAGTATGAAGA 6151
||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 5855 AAAGATTCAAAGTGTCGGTTGCCAATACAGTAATCAATGCTGAGAATGCAAGTATGAAGA 5914
Query 6152 CAATGAACACTGATCAGTTGCTTGACTTGTTTGCTTCAGCTGAAACGTCTAAAAAGGGTG 6211
|||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 5915 CAATGAACACTGATCAGTTGCTCGACTTATTTGCTTCAGCTGAAACTTCTAAAAAGGGTG 5974
Query 6212 GTGGGTCTTCGAAGAAGGGATCAGAGGATAATGATCAGATTGCTGGAACTGGAAAAGGAA 6271
||| |||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5975 GTGCGTCTTCGAAGAATGGATCAGAGGAGAATGACCAGATTGCTGGAACTGGAAAAGGAC 6034
Query 6272 TGAAGGCAATTCTAGGAAACTTAGAAGAACTGTGGGATCAATCACAGTACACAGAAGAGT 6331
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 6035 TGAAGGCAATTCTAGGAAACTTAGAAGAACTGTGGGATCAATCACAGTACACAGAAGAGT 6094
Query 6332 ACAATCTTAGCCAGTTCTTAACTAAGCTCAACGG 6365
|||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 6095 ACAATCTTAGCCAGTTCTTAGCTAAGCTCAACGG 6128
Score = 717 bits (388), Expect = 0.0
Identities = 410/421 (97%), Gaps = 0/421 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 139 ATGGCACAGCAACAATCTTCCCGACTCAATCGTCTCCTTACTTTGTTGGACACTGGTTCA 198
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATGGCACATCAACAATCTTCCCGACTCAATCGTCTCCTTACTTTGTTGGACACTGGTTCA 60
Query 199 ACACAAGCTACTCGGCTAACTGCAGCCAAGCAGATCGGGGATATTGCAAAGTCTCATCCT 258
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 ACTCAAGCTACTCGGCTAACTGCAGCCAAGCAGATCGGGGATATTGCAAAGTCTCATCCT 120
Query 259 CAGGACTTGAGCTCTCTTTTGAGAAAGGTTTTGCATCACCTCCGTAGTAAAAAGTGGGAT 318
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 CAGGACTTGAGCTCTCTTCTGAGAAAGGTTTTGCATCACCTCCGTAGTAAAAAGTGGGAT 180
Query 319 ACGAGGGTTGCTGCTGCTCATGCCATTGGTGCCATTGTTCTGAATGTCAAACATCCTTCA 378
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 181 ACGAGGGTTGCTGCTGCTCATGCTATTGGTGCCATTGTTTTGAATGTCAAACATCCTTCA 240
Query 379 TTGAGTGAACTGTTAAATTCTTTAGCAACGAAGTTGGGTGAGGCAGGGATATCTGATAAT 438
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 241 TTGAGTGAACTGTTAAATTCTTTAGCAACGAAGTTGGGTGAGGCCGGGATATCTGATAAT 300
Query 439 GTAGATGAAGTGGTGGCTTTCCGCAATCTTCAGTCAAAGATTCTGGCAAATGCGCCCTTT 498
|||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 301 GTAGATGAAGTGGTGGCTTTGCGCAATCTTCAGTCCAAGATTCTGGCAAATGCACCCTTT 360
Query 499 AGAAGCTTTGAGATGAATAAGGTTTTAGAGTTTGGCGCTTTGTTGGCTTCTGGTGGGCAG 558
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||
Sbjct 361 AGAAGCTTTGAGATGAATAAGGTTTTAGAGTTTGGCGCTTTGTTGGCATCTGGTGGACAG 420
Query 559 G 559
|
Sbjct 421 G 421
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 251370269665
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5