BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G55610.1
Length=2543
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg485989 jgi|Araly1|485989|fgenesh2_kg.5__1981__AT3G55610.1 4246 0.0
Ahg483012 jgi|Araly1|483012|fgenesh2_kg.4__2072__AT2G39800.1 2322 0.0
Ahg952470 jgi|Araly1|952470|scaffold_77200001.1 756 0.0
> Ahg485989 jgi|Araly1|485989|fgenesh2_kg.5__1981__AT3G55610.1
Length=2543
Score = 4246 bits (2299), Expect = 0.0
Identities = 2466/2547 (97%), Gaps = 10/2547 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATCTCTCCACACCGGATTATCCAA--T--AT-TCTC-CACGTCCGCTTCTTCCTTCAACT 54
|||||||| ||||||||||||||| | || | || ||||||| |||||||||||| ||
Sbjct 1 ATCTCTCCTCACCGGATTATCCAATTTCCATATTTCTCACGTCCTCTTCTTCCTTCACCT 60
Query 55 GAGTCCGACTAAGTTGACTCGTTCTCTCGTGTTTTCGATAGACACAAACTATGACGGAGA 114
|||||| ||||||||||||||||||||||| |||| ||| |||||||||||||||||||
Sbjct 61 GAGTCCCACTAAGTTGACTCGTTCTCTCGTCTTTT-GAT--ACACAAACTATGACGGAGA 117
Query 115 TCGATCGTTCACGCGCGTTCGCCAAAGACGTTAAGCGTATCGTCGTCAAGGTTGGGACTG 174
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 118 TCGATCGTTCACGCGCGTTCGCCAAAGACGTTAAGCGTATCGTCGTCAAGGTTGGGACTG 177
Query 175 CAGTTGTTACTGGGAAAGGTGGAAGATTGGCTCTTGGACGTTTAGGAGCTATCTGTGAAC 234
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 178 CAGTTGTTACTGGGAAAGGTGGAAGATTGGCTCTTGGACGTTTAGGAGCAATCTGTGAAC 237
Query 235 AGCTTGCGGAGTTAAACTCAGATGGATTTGAGGTCATTTTGGTGTCATCTGGTGCCGTTG 294
|||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 238 AGCTTGCGGAATTAAACTCGGATGGATTTGAGGTCATTTTGGTGTCATCTGGTGCCGTTG 297
Query 295 GTCTTGGTCGACAAAGGCTTCGATACAGACAATTAGTCAACAGCAGTTTTGCAGATTTAC 354
|||| |||||||| ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 298 GTCTCGGTCGACAGAGGCTTCGATATAGACAACTAGTCAACAGCAGTTTTGCAGACCTAC 357
Query 355 AGAAGCCACAAATGGAACTTGATGGGAAGGCTTGTGCTGGTGTTGGGCAGAGCAGTCTCA 414
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || || ||||
Sbjct 358 AGAAGCCACAGATGGAACTTGATGGGAAGGCTTGTGCTGGTGTTGGACAAAGTAGCCTCA 417
Query 415 TGGCTTACTATGAGACTATGTTTGACCAGTTGGATGTGACGGTTGCTCAAATGCTTGTGA 474
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 418 TGGCTTACTATGAGACTATGTTTGACCAGTTGGATGTGACGGTTGCTCAAATGCTTGTGA 477
Query 475 CCGATAGCAGTTTTAGAGATAAGGATTTCAGGAAGCAACTTAGTGAAACTGTCAAAGCGA 534
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 478 CTGATAGCAGTTTTAGAGATAAGGATTTCAGGAAGCAACTTAGTGAAACAGTCAAAGCGA 537
Query 535 TGCTGAGGATGAGGGTTATTCCAGTTTTCAATGAGAATGATGCTATAAGCACTCGCAGAG 594
|||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 538 TGCTGAGGATGAGGGTTATTCCTGTTTTCAATGAAAATGATGCTATAAGCACTCGCAGAG 597
Query 595 CCCCCTACAAGGATTCTACTGGTATATTTTGGGATAATGACAGCTTAGCCGCTCTTCTGT 654
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 598 CCCCCTATAAGGATTCTACTGGTATATTTTGGGATAATGACAGCTTAGCTGCTCTTCTGT 657
Query 655 CGCTAGAGCTGAAAGCTGATCTTTTGATTCTTCTAAGTGATGTTGAGGGCCTTTACACTG 714
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 658 CGCTAGAGCTGAAAGCTGATCTTTTGATTCTTCTAAGTGATGTTGAGGGTCTTTACACTG 717
Query 715 GCCCTCCAAGTGATTCTACCTCAAAATTAATACACACATTCATTAAAGAAAAACACCAGG 774
||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 718 GCCCTCCAAGTGATTCTACCTCAAAGTTAATCCACACATTCATTAAAGAAAAACACCAGG 777
Query 775 ACGAGATTACTTTTGGCGAAAAGTCCAAATTAGGACGAGGGGGTATGACTGCAAAAGTTA 834
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 778 ACGAGATTACTTTTGGCGAAAAGTCCAAATTAGGACGAGGGGGTATGACTGCAAAAGTTA 837
Query 835 AAGCTGCTGTTAATGCAGCTTATGGTGGCGTTCCTGTTATCATAACCAGTGGATATGCAG 894
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 838 AAGCTGCTGTTAATGCAGCTTATGGTGGCGTTCCTGTTATCATAACCAGTGGGTATGCAG 897
Query 895 CTGAGAATATAAGTAAAGTCCTTAGAGGACTGCGTGTTGGTACCCTGTTCCATCAAGATG 954
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 898 CTGAGAATATAAGTAAAGTCCTTAGAGGACTGCGTGTTGGTACCCTGTTCCATCAAGATG 957
Query 955 CTCATTTATGGGCTCCGGTCGTAGATACTACTTCTCGTGACATGGCAGTTGCTGCAAGGG 1014
||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 958 CTCATTTGTGGGCGCCGGTCGTAGATACTACTTCTCGTGACATGGCAGTTGCTGCAAGGG 1017
Query 1015 AAAGCTCAAGAAAGCTTCAGGCCTTATCTTCAGAAGATAGGAAACAAATTCTACACGACA 1074
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1018 AAAGCTCGAGAAAGCTTCAGGCCTTATCTTCAGAAGATAGGAAACAAATTCTACTCGACA 1077
Query 1075 TTGCCAATGCCCTTGAAGTAAATGAGAAAACAATTAAAGCTGAGAATGATTTAGATGTTG 1134
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1078 TTGCCAATGCCCTTGAAGCAAATGAGAAAACAATTAAAGCTGAGAATGATTTAGATGTCG 1137
Query 1135 CTGCAGCACAAGAAGCTGGATATGAAGAGTCTTTGGTAGCTCGCTTAGTTATGAAGCCTG 1194
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1138 CTGCAGCACAAGAAGCTGGATATGAAGAGTCTTTGGTAGCTCGCTTAGTTATGAAGCCTG 1197
Query 1195 GGAAGATCTCAAGCCTTGCAGCTTCCGTTCGCCAGCTAGCCGAAATGGAAGATCCAATAG 1254
||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1198 GGAAGATCTCAAGCCTTGCGGCTTCCGTACGCCAGCTAGCTGAAATGGAAGATCCAATAG 1257
Query 1255 GCCGTGTATTAAAGAAAACTCAGGTTGCAGATGATCTTATTTTAGAGAAGACCTCATCAC 1314
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1258 GCCGTGTATTAAAGAAAACCCAGGTTGCAGATGATCTGATTTTAGAGAAGACCTCATCAC 1317
Query 1315 CAATAGGTGTTCTTCTGATTGTTTTTGAATCCCGGCCTGATGCACTTGTTCAGATAGCTT 1374
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1318 CAATAGGTGTTCTTCTGATTGTTTTTGAATCCCGGCCTGATGCACTTGTTCAAATAGCTT 1377
Query 1375 CGCTTGCAATCCGGAGTGGAAATGGTCTTCTGCTGAAGGGTGGAAAGGAGGCTCGTCGAT 1434
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1378 CGCTTGCAATCCGGAGTGGAAATGGTCTTCTCCTGAAGGGTGGAAAGGAGGCTCGTCGAT 1437
Query 1435 CAAATGCTATCTTACACAAGGTGATCACTGATGCAATTCCGGAGACTGTTGGAGGTAAAC 1494
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1438 CAAATGCTATCTTACACAAGGTGATCACTGATGCAATTCCGAAGACTGTTGGAGGTAAAC 1497
Query 1495 TCATAGGACTTGTGACCTCAAGAGAGGAGATTCCTGATTTGCTCAAGCTTGATGACGTTA 1554
|||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1498 TCATAGGACTTGTGACTTCGAGAGAGGAGATTCCTGATTTGCTCAAGCTTGATGACGTTA 1557
Query 1555 TTGATCTTGTGATCCCAAGAGGCAGCAACAAGCTTGTTTCTCAAATAAAAAACTCGACGA 1614
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1558 TTGATCTTGTAATCCCAAGAGGCAGCAACAAGCTTGTTTCTCAGATAAAAAACTCGACGA 1617
Query 1615 AAATCCCAGTGCTAGGCCATGCTGATGGAATCTGTCATGTATATGTTGATAAGTCTGGTA 1674
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1618 AAATCCCAGTGCTAGGCCATGCTGATGGAATCTGTCATGTATATGTTGATAAGTCTTGTA 1677
Query 1675 AACTGGACATGGCAAAGCGCATTGTTTCCGATGCAAAGTTGGACTATCCAGCAGCCTGTA 1734
|||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1678 AACTGGACATGGCAAAGCGCATCGTTTCCGACGCAAAGTTAGACTATCCAGCAGCCTGTA 1737
Query 1735 ATGCGATGGAAACCCTTCTTGTACATAAAGATTTGGAGCAGAATGGTTTTCTCGATGATC 1794
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1738 ATGCGATGGAAACCCTTCTTGTACATAAAGATTTGGAGCAGAATGGTTTTCTCAATGATC 1797
Query 1795 TTATTTATGTTCTGCAAACCAAAGGCGTCACTTTGTATGGTGGGCCAAGAGCAAGTGCAA 1854
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1798 TTATTTATGTTCTGCAAACCAAAGGCGTCACTTTGTATGGTGGGCCAAGAGCAAGTGCAA 1857
Query 1855 AACTGAATATTCCGGAAACAAAATCATTTCACCACGAGTACAGTTCCAAGGCCTGCACCG 1914
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1858 AACTGAATATTCCGGAAACAAAATCATTTCACCACGAGTACAGTTCCAAGGCCTGCACCG 1917
Query 1915 TTGAAATTGTAGAAGACGTATATGGTGCTATAGATCATATTCACCAACATGGAAGTGCAC 1974
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1918 TTGAAATTGTAGAAGACGTATATGGTGCTATAGATCATATTCACCAACATGGAAGTGCAC 1977
Query 1975 ACACTGATTGCATAGTGACGGAAGATAGTGAAGTAGCAGAAATATTCCTCCGCCAAGTGG 2034
||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1978 ACACTGATTGCATAGTGACAGAAGATAGTGAAGTGGCAGAGATATTCCTCCGCCAAGTGG 2037
Query 2035 ACAGTGCTGCTGTTTTCCACAATGCAAGCACAAGATTCTCTGATGGTTTTAGGTTCGGAC 2094
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2038 ACAGTGCTGCTGTTTTCCACAATGCAAGCACAAGATTCTCTGATGGTTTTCGGTTCGGAC 2097
Query 2095 TTGGTGCTGAGGTGGGAATAAGCACAAGCAGGATTCATGCCCGTGGTCCAGTTGGAGTTG 2154
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2098 TTGGTGCTGAGGTGGGAATAAGCACAAGCAGGATTCATGCCCGTGGTCCAGTCGGAGTTG 2157
Query 2155 AAGGATTATTGACAACAAGATGGATAATGAGAGGAAAGGGACAAGTTGTGGATGGAGACA 2214
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2158 AAGGATTATTGACAACGAGATGGATAATGAGAGGAAAAGGACAAGTTGTGGATGGAGACA 2217
Query 2215 ATGGAATCGTTTACACCCATAAGGATCTTCCTGTCTTACAAAGGACAGAGGCTGTTGAGA 2274
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2218 ATGGAATCGTTTACACCCATAAGGATCTTCCTGTCTTACAAAGGACAGAGGCTGTTGAGA 2277
Query 2275 ATGGAATTTAGTTCTCTCTTTCTCTGCTGATGTCATATTATGTTTTACAATTATGATTGA 2334
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2278 ATGGAATTTAGTTCTCTCTTTCTCTGCTAATGTCATATTATGTTTTACCATTATGATTGA 2337
Query 2335 AGTTTTTTCCCCCTTTTACATAGGATATAGTGTTCCTTGAGGTTTGTACCATCATAAGAA 2394
|||||||| ||| ||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2338 AGTTTTTTTCCC-TTTCACATAGGATTTAGTGTTCCTTGAGGTTTGTACCATCATAAGAA 2396
Query 2395 GATCTCATTACTTAAGTGGTCTTTGATAATAGTGAAATGTTTAGCAGCTTCTCTTCATGT 2454
|||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2397 GATCCCTTTACTTAAGTGGTCTTTGATAATAGTGAAATGTTTAACAGCTTCTCTTCATGT 2456
Query 2455 CAAAAAAGCTCCATACATGTCCACAACCTTTGATTTACCACAACTATTTGTATCATTTCT 2514
||||||| ||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2457 CAAAAAAACTCCATATAAGTCCACAACCTTTGATTTACCACAACTATTTGTATCATTTCT 2516
Query 2515 CCATGCAGAATAAGTTATATTTTTTCT 2541
|||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2517 CCATGCAGAATAAGTTATATTTTTTCT 2543
> Ahg483012 jgi|Araly1|483012|fgenesh2_kg.4__2072__AT2G39800.1
Length=2802
Score = 2322 bits (1257), Expect = 0.0
Identities = 1862/2153 (86%), Gaps = 46/2153 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 110 GGAGATCGATCGTTCACGCGCGTTCGCCAAAGACGTTAAGCGTATCGTCGTCAAGGTTGG 169
|||| | ||||||||||| || || || | ||||||||| ||||||||||| ||||||||
Sbjct 374 GGAGTTAGATCGTTCACGTGCTTTTGCTAGAGACGTTAAACGTATCGTCGTTAAGGTTGG 433
Query 170 GACTGCAGTTGTTACTGGGAAAGGTGGAAGATTGGCTCTTGGACGTTTAGGAGCTA-TCT 228
||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||| | | |
Sbjct 434 GACCGCAGTTGTAACTGGAAAAGGTGGAAGATTGGCTCTTGGTCGATTAGGAGC-ACTGT 492
Query 229 GTGAACAGCTTGCGGAGTTAAACTCAGATGGATTTGAGGTCATTTTGGTGTCATCTGGTG 288
|||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||
Sbjct 493 GTGAACAGCTTGCGGAATTAAACTCGGATGGATTTGAGGTGATATTGGTGTCATCTGGTG 552
Query 289 CCGTTGGTCTTGGTCGACAAAGGCTTCGATA-CAGACAATTAGTCAACAGCAGTTTTGCA 347
| ||||||||||| || |||||||||||||| | ||||||||||||| ||||| |||||
Sbjct 553 CGGTTGGTCTTGGCCGGCAAAGGCTTCGATATC-GACAATTAGTCAATAGCAGCTTTGCG 611
Query 348 GAT-TTACAGAAGCCACA-AATGGAACTTGATGGGAAGGCTTGTGCTGGTGTTGGGCAGA 405
||| || |||||||| || | | |||||||||||||||||||||||||||||||| || |
Sbjct 612 GATCTT-CAGAAGCCTCAGACT-GAACTTGATGGGAAGGCTTGTGCTGGTGTTGGACAAA 669
Query 406 GCAGTCTCATGGCTTACTATGAGACTATGTTTGACCAGTTGGATGTGACGGTTGCTCAAA 465
||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||| |||||||||| | ||||||
Sbjct 670 GCAGTCTTATGGCTTATTATGAGACTATGTTCGACCAGCTGGATGTGACCGCGGCTCAAC 729
Query 466 TGCTTGTGACCGATAGCAGTTTTAGAGATAAGGATTTCAGGAAGCAACTTAGTGAAACTG 525
| || |||| || || || |||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 730 TTCTGGTGAATGACAGTAGCTTTAGAGACAAGGATTTCAGGAAGCAACTTAATGAAACTG 789
Query 526 TCAAAG-CGATGC-TGAGGATGAGGGTTATTCCAGTTTTCAATGAGAATGATGCTATAAG 583
|| ||| | |||| ||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 790 TC-AAGTCCATGCTTGA-TTTGAGGGTTATTCCAATTTTCAATGAGAATGATGCTATTAG 847
Query 584 CACTCGCAGAGCCCCCTA-CAAGGATTCTACTGGTATATTT-TGGGATAATGACAGCTTA 641
||| || |||||||| || | |||||||| ||||||| ||| |||||||| || ||||||
Sbjct 848 CACCCGAAGAGCCCCTTATC-AGGATTCTTCTGGTAT-TTTCTGGGATAACGATAGCTTA 905
Query 642 GCCGCTCTTCTGTCGCTAGAGCTGAAAGCTGATCTTTTGATTCTTCTAAGTGATGTTGAG 701
|| ||||| ||| |||| || ||||||||||||||| ||||||| || |||||||||||
Sbjct 906 GCTGCTCTACTGGCGCTCGAACTGAAAGCTGATCTTCTGATTCTCCTGAGTGATGTTGAA 965
Query 702 GGCCTTTACACTGGCCCTCCAAGTGATTCTACCTCAAAATTAATACACACATTCATTAAA 761
|| |||||||| ||||||||||||||| ||| |||||| || || ||||| || |||||
Sbjct 966 GGTCTTTACACAGGCCCTCCAAGTGATCCTAACTCAAAGTTGATCCACACTTTTGTTAAA 1025
Query 762 GAAAAACACCAGGACGAGATTACTTTTGGCGA-AAAGTCCAA-ATTA-GGACGAGGGGGT 818
|||||||| || ||||||||||| || ||||| ||| | ||| |||| ||| ||||||||
Sbjct 1026 GAAAAACATCAAGACGAGATTACATTCGGCGACAAA-T-CAAGATTAGGGA-GAGGGGGT 1082
Query 819 ATGACTGCAAAAGTTAAAGCTGCTGTTAATGCAGCTTATGGTGGCG-TTCCTGTTATCAT 877
|||||||||||||| |||||||| || ||||||||||||| ||| | ||||||| |||||
Sbjct 1083 ATGACTGCAAAAGTCAAAGCTGCAGTGAATGCAGCTTATGCTGG-GATTCCTGTCATCAT 1141
Query 878 AACCAGTGGATATGCAGCTGAGAATA-TAAGTAAAGTCCTTAGAGGACTGCGTGTTGGTA 936
||||||||| ||| |||||||||| | | | |||||||| ||||||||||||||||| |
Sbjct 1142 AACCAGTGGCTATTCAGCTGAGAACATTGA-CAAAGTCCTCAGAGGACTGCGTGTTGGAA 1200
Query 937 CCCTGTTCCATCAAGATGCTCATTTATGGGCTCCGGTCGTAGATACTACTTCTCGTGACA 996
|| | |||||||||||||||| ||||||||||||| || |||| ||| | |||||||||
Sbjct 1201 CCTTATTCCATCAAGATGCTCGTTTATGGGCTCCGATCACAGATTCTAATGCTCGTGACA 1260
Query 997 TGGCAGTTGCTGCAAGGGAAAGCTCAAGAAAGCTTCAGGCCTTATCTTCAGAAGATAGGA 1056
||||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1261 TGGCAGTTGCTGCGAGGGAAAGTTCCAGAAAGCTTCAGGCCTTATCTTCAGAAGATAGGA 1320
Query 1057 AACAAATTCTACACGACATTGCCAATGCCCTTGAAGTAAATGAGAA-AACAATTAAAGCT 1115
|| ||||||| | || |||||| |||||||||||| |||||| || || ||| ||||||
Sbjct 1321 AAAAAATTCTGCTTGATATTGCCGATGCCCTTGAAGCAAATGA-AACAAGAATCAAAGCT 1379
Query 1116 GAGAATGATTTAGATGTTGCTGCAGCACAAGAAGCTGGATAT-GAAGAGTCTTTGGTAGC 1174
|||||||| |||||||| ||||| |||||||| ||||| | | |||||||| |||| ||
Sbjct 1380 GAGAATGAGTTAGATGTAGCTGCTGCACAAGAGGCTGGGT-TGGAAGAGTCAATGGTGGC 1438
Query 1175 TCGCTTAGTTATGA-AGCCTGGGAAGATCTCAAGCCTTGCAGCTTCCGTTCGCCAGCTAG 1233
|||||||||||||| | ||||| |||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||
Sbjct 1439 TCGCTTAGTTATGACA-CCTGGAAAGATCTCGAGCCTTGCAGCTTCAGTTCGTAAGCTAG 1497
Query 1234 CCGAAATGGAAGATCCAATAGGCCGTGTATTAAAGAAAACTCAGGTTGCAGATGATCTTA 1293
| ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||| ||||||| ||||
Sbjct 1498 CTGAAATGGAAGATCCAATCGGCCGTGTTTTAAAGAAAACAGAGGTGGCAGATGGTCTTG 1557
Query 1294 TTTTAGAGAAGACCTCATCACCAATAGGTGTTCTTCTGATTGTTTTTGAATCCCGGCCTG 1353
| ||||||||||||||||| ||| |||| || || |||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1558 TCTTAGAGAAGACCTCATCTCCATTAGGCGTACTCCTGATTGTTTTTGAATCCCGACCTG 1617
Query 1354 ATGCACTTGTTCAGATAGCTTCGCTTGCAATCCGGAGTGGAAATGGTCTTCTGCTGAAGG 1413
|||||||||| ||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1618 ATGCACTTGTACAGATAGCTTCACTTGCCATCCGTAGTGGAAATGGTCTTCTGTTGAAGG 1677
Query 1414 GTGGAAAGGAGGCTCGTCGATCAAATGCTATCTTACACAAGGTGATCACTGATGCAATTC 1473
||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||
Sbjct 1678 GTGGAAAAGAGGCCCGGCGATCAAATGCTATCTTACACAAGGTAATTACTGATGCAATTC 1737
Query 1474 CGGAGACTGTTGGAGGTAAACTCATAGGACTTGTGACCTCAAGAGAGGAGATTCCTGATT 1533
| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||
Sbjct 1738 CAGAGACTGTTGGGGGTAAACTCATTGGACTTGTGACTTCAAGAGAAGAGATTCCTGATT 1797
Query 1534 TGCTCAAGCTTGAT-GACGTTATTGATCTTGTGATCCCAAGAGGCAGCAACAAGCTTGTT 1592
|||| |||| |||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1798 TGCTTAAGC-TGATGGACGTTATTGATCTGGTGATCCCAAGAGGCAGCAACAAGCTTGTT 1856
Query 1593 TCTCA-AAT-AAAAAACTCGACGAAAATCCCAGTGCTAGG-CCATGCTGATGGAATCTGT 1649
|||| | | |||| ||| ||| |||| | || || || ||||||||||||||||||
Sbjct 1857 ACTCAGATTGAAAATACT--ACGGAAATGCGTGTACT-GGTTCATGCTGATGGAATCTGT 1913
Query 1650 CATGTATATGTTGATAAGTCTGGT-AAACTGGACATGGCAAAGCGCATTGTTTCCGATGC 1708
||||| ||||| || |||||| || | || ||| |||||||||||||| ||||| |||||
Sbjct 1914 CATGTGTATGTCGACAAGTCTTGTGATAC-GGATATGGCAAAGCGCATAGTTTCTGATGC 1972
Query 1709 AAAGTTGGACTATCCAGCAGCCTGTAATGCGATGGAAACCCTTCTTGTACATAAAGATTT 1768
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||| ||| |
Sbjct 1973 AAAGTTGGACTATCCAGCAGCCTGTAATGCGATGGAAACTCTCCTTGTGCATAAGGATCT 2032
Query 1769 GGAGCAGAATGGTTTTCTCGATGATCTTATTTATGTTCTGCAAACCAAAGGCGTCACTTT 1828
|||||||||| | | ||| |||| ||||||| || ||| || | ||| || ||||||||
Sbjct 2033 AGAGCAGAATGCTGTGCTCAATGAGCTTATTTTTGCTCTTCAGAGCAATGGAGTCACTTT 2092
Query 1829 GTATGGTGGGCCAAGAGCAAGTGCAAAACTGAATATTCCGGAAACAAAATCATTTCACCA 1888
||||||||| ||||| |||||||||| |||||| || || ||| || |||||| ||||
Sbjct 2093 GTATGGTGGACCAAGGGCAAGTGCAATACTGAACATACCAGAAGCACGGTCATTTAACCA 2152
Query 1889 CGAGTACAGTTCCAAGGCCTGCACCGTTGAAATTGTAGAAGACGTATATGGTGCTATAGA 1948
|||||| || ||||||| ||||| |||||| ||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2153 TGAGTACTGTGCCAAGGCTTGCACTGTTGAAGTTGTAGAAGACGTTTATGGTGCTATAGA 2212
Query 1949 TCATATTCACCAACATGGAAGTGCACACACTGATTGCATAGTGACGGAAGAT-AGTGAAG 2007
||| ||||||| |||||| ||||||||||| || ||||| ||||| || ||| | ||||
Sbjct 2213 TCACATTCACCGACATGGGAGTGCACACACAGACTGCATTGTGACAGAGGATCAC-GAAG 2271
Query 2008 TAGCAGAAATATTCCTCCGCCAAGTGGACAGTGCTGCTGTTTTCCACAATGCAAGCACAA 2067
| ||||| ||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2272 TTGCAGAGCTATTCCTTCGCCAAGTGGACAGCGCTGCTGTTTTCCACAACGCAAGCACAA 2331
Query 2068 GATTCTCTGATGGTTTTAGGTTCGGACTTGGTGCTGAGGTGGGAATAAGCACAAGCAGGA 2127
||||||| |||||||| | || ||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||
Sbjct 2332 GATTCTCAGATGGTTTCCGATTTGGACTTGGTGCTGAGGTGGGAGTAAGCACGGGCAGGA 2391
Query 2128 TTCATGCCCGTGGTCCAGTTGGAGTTGAAGGATTA-TTGACAACAAGATGGATAATGAGA 2186
| ||||| ||||||||||| || |||||||||||| || ||||| |||||||||||||||
Sbjct 2392 TCCATGCTCGTGGTCCAGTCGGGGTTGAAGGATTACTT-ACAACGAGATGGATAATGAGA 2450
Query 2187 GGAAAGGGACAAGTTGTGGATGGAGACAATGGAATCGTTTACACCCATAAGGA 2239
||||| || |||||||| || |||||||||||||| |||||||||||| ||||
Sbjct 2451 GGAAAAGGTCAAGTTGTCGACGGAGACAATGGAATTGTTTACACCCATCAGGA 2503
> Ahg952470 jgi|Araly1|952470|scaffold_77200001.1
Length=1010
Score = 756 bits (409), Expect = 0.0
Identities = 608/705 (86%), Gaps = 10/705 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1540 AGCTTGATGACGTTATTGATCTTGTGATCCCAAGAGGCAGCAACAAGCTTGTTTCTCAAA 1599
|||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |
Sbjct 272 AGCTTGATGATGTTATCGATCTTGTGATCCCAAGAGGCAGCAACAAGCTTGTTACTCAGA 331
Query 1600 TAAAAAACT-CGACGAAAATCCCAGTGCTAGGCCATGCTGATGGAATCTGTCATGTATAT 1658
||||||| | | || ||||| || ||||| || |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 332 TAAAAAA-TACTACAAAAATTCCTGTGCTTGGTCATGCTGATGGAATCTGTCATGTATAT 390
Query 1659 GTTGATAAGTCTGGT-AAACTGGACATGGCAAAGCGCATTGTTTCCGATGCAAAGTTGGA 1717
|| || ||| || || | || ||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||
Sbjct 391 GTCGACAAGGCTTGTGATAC-GGATATGGCAAAGCGCATAGTTTCTGATGCAAAGTTGGA 449
Query 1718 CTATCCAGCAGCCTGTAATGCGATGGAAACCCTTCTTGTACATAAAGATTTGGAGCAGAA 1777
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| | ||||||||
Sbjct 450 CTATCCAGCAGCCTGTAATGCGATGGAAACCCTTCTTGTGCATAAGGATCTAGAGCAGAA 509
Query 1778 TGGTTTTCTCGATGATCTTATTTATGTTCTGCAAACCAAAGGCGTCACTTTGTATGGTGG 1837
|| | | ||| |||| ||||||| || |||||| | ||| || |||||||||||||||||
Sbjct 510 TGCTGTGCTCAATGAGCTTATTTTTGCTCTGCAGAGCAATGGAGTCACTTTGTATGGTGG 569
Query 1838 GCCAAGAGCAAGTGCAAAACTGAATATTCCGGAAACAAAATCATTTCA-CCACGAGTACA 1896
||||| |||||||||| |||||| || || ||| || ||||| || ||| ||||||
Sbjct 570 ACCAAGGGCAAGTGCAATACTGAACATACCAGAAGCACGGTCATT-CAACCATGAGTACT 628
Query 1897 GTTCCAAGGCCTGCACCGTTGAAATTGTAGAAGACGTATATGGTGCTATAGATCATATTC 1956
|| ||||||| ||||| |||||| |||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||
Sbjct 629 GTGCCAAGGCTTGCACTGTTGAAGTTGTTGAAGACGTTTATGGTGCTATAGATCACATTC 688
Query 1957 ACCAACATGGAAGTGCACACACTGATTGCATAGTGACGGAAGAT-AGTGAAGTAGCAGAA 2015
||| |||||||||||||||||| || ||||| ||||| || ||| | ||||| |||||
Sbjct 689 ACCGACATGGAAGTGCACACACAGACTGCATTGTGACAGAGGATCAC-GAAGTTGCAGAG 747
Query 2016 ATATTCCTCCGCCAAGTGGACAGTGCTGCTGTTTTCCACAATGCAAGCACAAGATTCTCT 2075
||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| |||||||
Sbjct 748 CTATTCCTTCGCCAAGTGGACAGCGCTGCTGTTTTCCACAACGCAAGCACACGATTCTCA 807
Query 2076 GATGGTTTTAGGTTCGGACTTGGTGCTGAGGTGGGAATAAGCACAAGCAGGATTCATGCC 2135
|||||||| | || ||||||||||||||||||||| ||||||| || | || |||||
Sbjct 808 GATGGTTTCCGATTTGGACTTGGTGCTGAGGTGGGAGTAAGCACGGGCCGTATCCATGCT 867
Query 2136 CGTGGTCCAGTTGGAGTTGAAGGATTA-TTGACAACAAGATGGATAATGAGAGGAAAGGG 2194
||||||||||| || || ||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||| ||
Sbjct 868 CGTGGTCCAGTCGGGGTCGAAGGATTACTT-ACAACGAGATGGATAATGAGAGGAAAAGG 926
Query 2195 ACAAGTTGTGGATGGAGACAATGGAATCGTTTACACCCATAAGGA 2239
||||||||| || |||||||||||||| |||||||||||| ||||
Sbjct 927 ACAAGTTGTCGACGGAGACAATGGAATTGTTTACACCCATCAGGA 971
Score = 211 bits (114), Expect = 2e-53
Identities = 140/153 (92%), Gaps = 0/153 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1389 AGTGGAAATGGTCTTCTGCTGAAGGGTGGAAAGGAGGCTCGTCGATCAAATGCTATCTTA 1448
||||| |||||||||||| ||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||
Sbjct 34 AGTGGTAATGGTCTTCTGTTGAAGGGTGGAAAAGAGGCCCGGCGATCAAATGCTATCTTA 93
Query 1449 CACAAGGTGATCACTGATGCAATTCCGGAGACTGTTGGAGGTAAACTCATAGGACTTGTG 1508
||||||||||| |||||||||||||| ||||| || || ||||||||||| |||||||||
Sbjct 94 CACAAGGTGATTACTGATGCAATTCCAGAGACGGTCGGGGGTAAACTCATTGGACTTGTG 153
Query 1509 ACCTCAAGAGAGGAGATTCCTGATTTGCTCAAG 1541
|| |||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 154 ACTTCAAGAGAAGAGATTCCTGATTTGCTCAAG 186
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 95873146665
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5